Disciplina: Biologia Molecular

Professor: Rogério Ferreira

Mestrando: Igor Ricardo Savoldi
 DNA: abreviatura inglês de Ácido desoxirribonucleico

 É um aglomerado de moléculas que contêm material genético

 Age orientando a célula na produção de proteína

 É uma molécula informacional

 Possui a capacidade de caracterizar tudo e qualquer particularidade do nosso corpo

 A unidade básica da molécula de DNA são os nucleotídeos

 Definição: Polímeros lineares de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster.
 Os ácidos nucléicos são moléculas grandes (macromoléculas), formadas por unidades
monoméricas menores conhecidas como nucleotídeos.

 Cada nucleotídeo, por sua vez, é formado por três partes:

 Um açúcar do grupo das pentoses (monossacarídeos com cinco átomos de carbono)
 Um radical “fosfato”, derivado da molécula do ácido ortofosfórico (H3PO4)
 Uma base orgânica nitrogenada.
  Bases nitrogenadas;
São divididas em duas categorias
 5 tipos de bases nitrogenada

Bases Pirimídicas
Contém apenas 1 anel na
estrutura molecular

Bases Púricas
Contém 2 anéis na estrutura
molecular
 Composição química do DNA:
 DNA é um polímero;
 Ligações fosfodiéster;
 Bases são complementares
 Pareamento

Agnaldo---Timóteo
Gal ----Costa
 Estrutura Molecular: conformação
 Estrutura Molecular: conformação A

 Dupla-hélice mais curta e grossa

 Pouco abundante nas células

 Acredita-se estar relacionado ao DNA-RNA transcrição

 Dupla-hélice gira para a direita

 Altas concentrações de sais ou parcialmente desidratados

Estrutura Molecular: conformação B

Dupla-hélice mais fina e longa

Abundante nas células

Dupla-hélice gira para a direita

 B-DNA= condições fisiológicas (baixa concentração de sal)

 Estrutura Molecular: conformação Z

 Dupla-hélice mais longa e fina que DNAB

 DNA B pode se converter em Z

 Dupla-hélice gira para a ESQUERDA

 Polímeros ricos em G-C com purinas e pirimidinas alternadas na mesma fita

 Estrutura Molecular: DNA laboratórios

 c-DNA: maior desidratação, menos compacto

 d-DNA e e-DNA: ocorrem em hélices que não contém G em sua composição de bases
 p-DNA: é o mais longo e mais estreito que o B e seu grupo fosfato e bases nitrogenadas têm
localização inversa do b-DNA

 Esse interesse na forma do DNA esta em entender que o DNA pode mudar de forma para facilitar
algumas funções genéticas.
 O DNA nem sempre está na forma de um bastão de dupla-hélice (linear)

 Quando as duas extremidades de um DNA ligam-se covalentemente, formam-se as chamadas

estruturas circulares.
 Além da estrutura secundária da dupla-hélice, o
DNA assume uma conformação tridimensional
supertorcida

A dupla-hélice enrola-se sob si mesma

(extremamente importante nos processos de
replicação, transcrição, recombinação e
expressão gênica).
Estrutura Supertorcida, Superenrolada ou Super-hélice
 Prêmio Nobel Fisiologia/Medicina 1959

1957: idenficação de enzima capaz de

sintezar o DNA – DNA polimerase I (E. coli)

 Descoberta dos mecanismos de replicação do DNA e RNA

 DNA polimerase

 Adição de bases: região 3’

 Atividade melhor em DNA simples fita, não

dupla-fita

 Depende da presença de um DNA molde para

replicar - primer
 Complexo inicial → ligação de DNaA (proteína) em seu sítio de ligação (4 sequências repetidas
de 9 pb (5’ TTAT(C/A)CA(C/A)A 3’))

 Complexo aberto → dependente das alterações estruturais no DNA em função do complexo

DNaA: oriC (separação das 2 fitas na sequência de 13 pb). HU, IHF (proteínas) estimulam a reação
a partir da estabilização da curvatura do DNA.

 Complexo pré-priming → ligação de DNaB (proteína) na região de 13 pb. Formação do complexo

DNaB:DNaC.

 DNaB → mantém as 2 fitas de DNA dissociadas, permitindo que a replicação continue (helicase).
 DnaA

 FUNÇÃO:
 Liga-se a origem
 Induz abertura da fita de DNA
 Posiciona DnaB em oriC

 CARACTERÍSTICA
 Proteína Iniciadora Monômero de 52 kDa
 Liga-se as 4 sequências de 9pb
 Ligação Cooperativa 20 a 40 monômeros
 DnaB

 FUNÇÃO
 Liga-se a origem após DnaA
 Utiliza ATP
 Preparo para entrada do P’

 CARACTERÍSTICAS
 Helicase Hexâmero (54 kDa)
 Liga-se as 3 sequências de 13pb
 Ligação Dimerizada  DnaB-DnaC
 Origem de replicação
 Formação de DNA hemi-metilado (nova fita sintetizada) que se liga a membrana
celular (mesossomo)
 Início da replicação → pode ser ativada mais de uma vez em procariotos, mas somente uma
vez em células eucarióticas (OriC)

 Movimento da forquilha de replicação → unidirecional (parte da origem e segue replicando

o DNA em uma só direção) ou bidirecional (2 forquilhas deixam a origem em direções
opostas)

 Direção da replicação → sempre no sentido 5’→ 3’

 Semi-descontinuidade da replicação → a replicação ocorre de forma contínua numa das

fitas do DNA e descontínua na outra.
 DNA Polimerase III (PROCARIOTO)

Holoenzima → enzima composta por vários grupos

polipeptídicos (20 ou +), fundamental no processo
replicativo do cromossomo de E. coli.

DNA Polimerase I (PROCARIOTO)

 A replicação ocorre em uma fase específica

 Fase G1 transcrição RNA

e síntese de portínas

 Fase S replicação do DNA

 Fase M divisão celular

 Fase G2 transcrição RNA e síntese

de proteínas
 Replicação do DNA é Semiconservativa: Meselson & Stahl (1958)
 Síntese dirigida por complementaridade DNA-polimerase DNA-dependente

 É dirigido pelo pareamento de bases complementares livres com a fita molde

parental

 Requer a separação das fitas parentais

 Síntese ocorre no sentido 5’ - 3’

 Começa numa origem de replicação (ORI) e é em sentido uni ou bidirecional

 A velocidade da forquilha de replicação eucariótica é 2000 pb/min

 Os replicons eucarióticos tem 40-100 kb e são iniciados em tempos diferentes
 A fase S demora aproximadamente 6 horas e uma célula somática
 Unidade do DNA onde está ocorrendo um evento de replicação
O que dirige a escolha do nucleotídeo a ser adicionado à fita é a especificidade A-T / G-
C e o alongamento ocorre somente no sentido da fita 5’ – 3’ devido à necessidade de um
agrupamento 3’OH livre para formação da ligação fosfodiéster
 Enzimas participantes do processo de duplicação

 DNA helicase;
 Proteínas de ligação de fita simples (SSB);
 RNA primase;
 DNA polimerase (I e III);
 DNA ligase;
 DNA topoisomerase
 Proteínas de ligação de fita simples (SSB)
 Se ligam às regiões de fita simples para protegê-las da
degradação (hidrólise) por enzimas (nucleases)

 DNA helicase
 Quebra as pontes de hidrogênio entre as bases
complementares separando as duas fitas da molécula
de DNA
 RNA primase

 Sintetiza o fragmento iniciador para que

em seguida a DNA polimerase continue
a síntese
 DNA polimerases

 Adicionam nucleotídeos ao filamento em crescimento na extremidade 3’OH;

 Não são capazes de iniciar a síntese, necessitam de um pequeno filamento de nucleotídeos,

um iniciador; DNA ligase.

 Necessitam dos 4 desoxirribonucleotídeos trifosfato (dTTP, dATP, dGTP e dCTP);

 DNA polimerases

 Repara também o DNA

 Um nucleotídeo recém adicionado é conferido para que haja certeza de sua

complementaridade à base da fita-molde

 Caso negativo, esse nucleotídeo é removido e substituído pelo nucleotídeo complementar

correto

 Tal procedimento reforça a precisão da replicação do DNA

 No caso de não haver esse reparo, caracteriza-se uma mutação

 DNA polimerase I

 Reparo de DNA danificado

 Atividades:

 Atividade de exonuclease (remoção de nucleotídeos a partir da extremidade da

molécula de DNA).
 DNA polimerase I

 Atividade 3’------5’ e 5’-----3’ exonucleásica

 DNA polimerase III

 Complexo enzimático com 10 subunidades responsáveis de polimerização no sentido 5’----3’

da fita de DNA recém-formada
 Esta enzima apresenta ainda atividade 3’----5’ exonucleásica que permite nucleotídeos
incorretos adicionados sejam prontamente removidos, um por vez, durante a duplicação e
substituídos por nucleotídeos corretos, mecanismo de revisão e reparo
 DNA ligase

 Polimerização no sentido 5’---3’

 DNA ligase “fecha” o espaço entre os fragmentos de Okazaki, convertendo para uma fita
de DNA contínua;
 Fecha covalentemente os espaços em fita dupla de DNA
 DNA topoisomerase I
 Reduz o enovelamento a frente da forquilha de duplicação
 Cataliza quebras transitórias das ligações fosfodiéster em um dos filamentos fornecendo um eixo de
rotação que permite que os segmentos de DNA em lados opostos da quebra girem
independentemente, com o filamento intacto servindo como eixo
 Fragmentos de Okasaki
o É um pequeno fragmento de DNA ( com um primer de RNA no término 5’) criado na
cadeia atrasada durante a replicação do DNA;
o Entre 1.000 a 2.000 nucleotídeos de comprimento em E. coli;
o 100 a 200 em eucariontes.
 A replicação do DNA ocorre em duas etapas:
 Separação das bases nitrogenadas;
 Inserção e pareamento de novos nucleotídeos em cada fita pela fita de DNA polimerase;
 Conceitos Associados com GENE
 Definir o gene como uma sequência de DNA que codifica uma cadeia polipeptídica

 Frequentemente, os genes são considerados sinônimos de open reading frames que são
traduzidos como quadros abertos de leitura, ou simplesmente ORFs.

 Em organismos procariotos, as ORFs se apresentam como uma sequência ininterrupta.

 Em eucariotos, diferentemente, a sequência é interrompida por íntrons, enquanto que as

sequências utilizadas na tradução são chamadas de éxons

 Assim, a região do cromossomo que porta a informação para a produção de determinada

sequência polipeptídica pode ser muitas vezes maior do que a sequência que será
definitivamente traduzida.
 Gene: toda a sequência de ácido nucléico que é necessária para a síntese de um polipeptídio
funcional ou molécula de RNA.
 Unidade de Transcrição : segmento de DNA que codifica a sequência no transcrito primário.
 Promotor: a sequência mínima necessária para que a transcrição se inicie corretamente.
 Elementos Regulatórios em Cis: elementos que regulam a iniciação da transcrição.
 Locus/loci gênico: é o lugar certo inalterável , no cromossomo, onde situa o gene para
determinado caráter
 Qualquer deslocamento dos genes alterando seus loci, provoca anomalias hereditárias
(mutação)
 Esquema representativo da
estrutura e da expressão de
um gene eucariótico que
codifica uma proteína.

Íntrons eucarióticos dependem de

um complexo ribonucleoproteico
(spliceossomo) para a sua
remoção.

Íntrons procarióticos
são removidos por meio de
processos autocatalíticos.
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