Genoma e genética molecular microbiana

1. Descreva o dogma central da biologia molecular

Replicação: Durante a replicação, a dupla-hélice do DNA é duplicada, produzindo duas
cópias. A replicação é realizada por uma enzima denominada DNA-polimerase.
Transcrição: A transferência da informação genética do DNA para o RNA é denominada
transcrição. A transcrição é realizada por uma enzima denominada RNA-polimerase.
Tradução: A síntese de uma proteína, utilizando a informação genética contida no RNAm, é
denominada tradução.
Muitas moléculas distintas de RNA são transcritas a partir de uma região relativamente curta
da longa molécula de DNA. Em eucariotos, cada gene é transcrito, originando um único
RNAm, enquanto em procariotos, uma única molécula de RNAm pode carrear a informação
genética de vários genes; isto é, de mais de uma região codificadora de proteínas. Existe uma
correspondência linear entre a sequência de bases de um gene e a sequência de aminoácidos
de um polipeptídeo. Cada grupo de três bases em uma molécula de RNAm codifica um único
aminoácido, e cada tripleto de bases é chamado de códon.
2. Moléculas de DNA ricas em A-T conseguem separar-se mais facilmente em duas
fitas com o aumento da temperatura do que moléculas de DNA ricas em G-C.
Explique este fato com base nas propriedades do pareamento de bases AT e GC.
A complementaridade do DNA ocorre a partir do pareamento específico de bases por
meio das ligações de hidrogênio: a adenina sempre se liga à timina, e a guanina sempre se
liga à citosina. Cada par de bases adenina- -timina apresenta duas ligações de hidrogênio,
enquanto cada par de bases guanina-citosina apresenta três ligações. Isso torna os pares GC
mais fortes do que os pares AT.
3. Descreva como o DNA, que possui um comprimento muito maior que uma célula
quando linearizado, consegue ser acondicionado dentro da célula.
. Se uma molécula de DNA circular é linearizada, qualquer superenovelamento é
perdido e o DNA torna-se “relaxado”. Assim, uma molécula de DNA relaxada apresenta
exatamente o número predito de voltas da hélice, a partir do número de pares de bases. Os
superenovelamentos são inseridos ou removidos no DNA por enzimas denominadas
topoisomerases. A atividade de superenovelamento submete a molécula de DNA a um estado
de torção, muito similar à tensão imposta a um elástico quando é torcido.
4. O que são plasmídeos R e porque eles possuem importância médica?
 Plasmídeos são elementos genéticos que se replicam independentemente do
cromossomo. A maioria dos plasmídeos é constituída por DNA de dupla-fita e, embora
grande parte deles exiba configuração circular, alguns são lineares.
Elementos transponíveis são segmentos de DNA capazes de moverem-se de um sítio
em uma molécula de DNA a outro sítio na mesma molécula, ou em uma molécula distinta de
DNA. Os elementos transponíveis não são encontrados como moléculas de DNA
independentes, em vez disso, são sempre encontrados inseridos em outras moléculas de
DNA.
Entre os grupos de plasmídeos mais estudados e amplamente distribuídos em células,
encontram-se os plasmídeos de resistência, geralmente denominados plasmídeos R, que
conferem resistência a antibióticos ou vários outros inibidores de crescimento. No geral, os
genes de resistência codificam proteínas que inativam os antibióticos ou protegem a célula
por algum outro mecanismo. Vários genes de resistência a antibióticos podem ser codificados
por um único plasmídeo R; alternativamente, uma célula com múltipla resistência pode
conter vários plasmídeos R diferentes.
5. Com relação ao DNA, o que se entende pelos termos semiconservativo,
complementar e antiparalelo?
A replicação é um processo semiconservativo, significando que as duas duplas hélices
resultantes consistem em uma fita recém-sintetizada e uma fita parental. A fita de DNA que é
utilizada como molde na produção de uma fita complementar é denominada molde, e na
replicação do DNA, cada fita parental corresponde a um molde para uma fita-filha
recém-sintetizada.
6. Por que erros na replicação do DNA são tão raros? Qual atividade enzimática,
além da polimerização, está associada a DNA-polimerase III e como ela minimiza
a taxa de erros?
Essa precisão é possível, em parte, porque as DNA-polimerases têm duas
oportunidades para incorporar a base correta em um determinado sítio. A primeira
oportunidade ocorre após a inserção de bases complementares às bases opostas da fita-molde
pela DNA Pol III, de acordo com as regras de pareamento de bases, A com T e G com C.A
segunda oportunidade depende de uma segunda atividade enzimática da DNA Pol I e Pol III,
denominada mecanismo de revisão.
7. Os genes de RNAt apresentam promotores? Eles apresentam códons de início?
Explique.
 A maioria dos genes codifica proteínas, porém outros codificam RNA que não são
traduzidos, como o RNA ribossomal ou o RNA transportador. Existem vários tipos diferentes
de RNAr em um organismo. Bactérias e arqueias possuem três tipos: RNAr 16S, RNAr 23S e
RNAr 5S. Existem unidades de transcrição que contêm um gene de cada um desses RNA,
sendo esses genes cotranscritos. Dessa forma, a unidade de transcrição da maioria dos RNArs
é mais extensa que um único gene. Em procariotos, os genes de RNAt são frequentemente
cotranscritos entre si, ou mesmo com genes de RNAr
8. Os sítios de início e término da síntese de RNAm (no DNA) são diferentes dos
sítios de início e término da síntese proteica (no RNAm). Explique.
O RNA mensageiro é traduzido a partir do códon de início , que codifica uma
metionina quimicamente modificada em bactérias, denominada N-formilmetionina. Embora
um AUG situado no início de uma região codificadora codifique N-formilmetionina, os
AUGs situados no interior da região codificadora codificam metionina. Dois RNAt distintos
estão envolvidos neste processo. Por outro lado, arqueias e eucariotos inserem uma metionina
regular como o primeiro aminoácido em um polipeptídeo. Em procariotos, o RNA ribossomal
reconhece um AUG específico no RNAm como códon de início, com o auxílio de uma
sequência localizada a montante no RNAm, denominada sítio de ligação ao ribossomo (RBS,
ribosome-binding site), ou sequência de Shine-Dalgarno. Essa exigência de alinhamento
explica porque alguns RNAms de bactérias podem utilizar outros códons de início, como
GUG. Alguns códons não codificam nenhum aminoácido. Esses códons (UAA, UAG e
UGA) são os códons de término, uma vez que atuam como sinalizadores do término da
tradução de uma sequência codificadora de proteínas no RNAm. Os códons de término são
também denominados códons sem sentido, pois interrompem o “sentido” do polipeptídeo em
crescimento, quando terminam a tradução.
9. O que é um óperon e por que ele é benéfico para conectar a expressão de
determinados genes?
Um RNAm que codifica tal grupo de genes cotranscritos é denominado RNAm
policistrônico. RNAm policistrônicos possuem múltiplas janelas abertas de leitura, porções
do RNAm que de fato codificam aminoácidos. Quando esse RNAm é traduzido, vários
polipeptídeos são sintetizados, um após o outro, pelo mesmo ribossomo. Um grupo de genes
relacionados, transcritos em conjunto, gerando um único RNAm policistrônico, é referido
como um óperon. A organização de genes de uma mesma via bioquímica ou de genes
necessários, sob as mesmas condições, em um óperon, permite sua expressão coordenada.
Frequentemente, a transcrição de um óperon é controlada por uma região específica do DNA,
situada imediatamente a montante na região codificadora de proteínas do óperon.
10. Replicação do DNA
De uma maneira geral a replicação tem uma direção 5’ para 3’ e é bidirecional, as
mesmas proteínas são necessárias para a fita continua (líder) e para a fita descontínua
(atrasada), sendo a replicação semi-descontínua O replissomo é um complexo
“nucleoproteico” que coordena as atividades da forquilha de replicação. A primeira enzima a
atuar é a helicase com a função de abrir a dupla hélice antes da DNA polimerase atuar,
responsável por romper as ligações de hidrogênio usando energia da hidrólise de ATP. A
helicase é um homohexâmero em forma de anel de proteínas DNAB (complexo de seis
cópias), o DNA desenrolado é estabilizado por meio de proteínas de ligação à filamento
simples (SSB), que se ligam ao DNA unifilamentar e evitam a reestruturação do dúplex. A
formação das forquilhas de replicação torna algumas regiões do DNA super-hecoidizadas e
nisso entra a DNA girase (que é uma topoimerase) com a função de aliviar a tensão
quebrando um filamento e permitindo a molécula girar em torno de si para continuar a
replicação com a atuação da DNA polimerase. Os telômeros são regiões do DNA onde ocorre
a replicação, na síntese contínua o processo vai até a outra ponta 3’ do molde no filamento
contínuo, contudo, no filamento descontínuo a síntese do filamento necessita de primer no
processo todo. A telomerase, que adiciona repetições curtas às extremidades 3', carrega uma
pequena molécula de RNA como molde para síntese da unidade de repetição. Há variedades
de DNA polimerase, no entanto, a DNA polimerase III é a enzima responsável por catalisar o
alongamento da cadeia de DNA, ela avança na medida em que a dupla hélice é desenrolada,
tendo em vista que a DNA polimerase sempre adiciona nucleotídeos na extremidade 3’,
apenas um dos filamentos antiparalelos pode atuar como molde. O filamento descontínuo
também ocorre no 3’ no sentido “errado”, a polimerase sintetiza um segmento, em seguida
volta para a extremidade 5’ do segmento, onde a forquilha expôs o novo molde e inicia de
novo (esses segmentos são chamados fragmentos de Okazaki). A síntese do filamento
contínuo e de cada fragmento de Okazaki tem que ser iniciada por um primer (sintetizados
por proteínas chamadas prissomos, na qual o componente central é a enzima primase). Para
em seguida um DNA polimerase diferente, a DNA polimerase I, é responsável por remover
os primers através da sua atividade exonuclease 5’ para 3’ e preencher as lacunas no sentido
3’ para 5’. Enfim, a enzima DNA ligase une a extremidade 3’ do DNA que preencheu a
lacuna à extremidade 5’ do fragmento de Okazaki. A DNA ligase une os fragmentos do DNA
ao catalisar a formação de uma ligação fosfodiéster entre a extremidade 5’-fosfato de um
fragmento e o grupo 3’-OH adjacente de outro fragmento.
11. Transcrição em procariotos
Iniciação: A RNA polimerase se liga a uma sequência de DNA específica, chamada
promotor, localizada próximo do início da região transcrita. A síntese do RNA tem início na
sua extremidade 5’ para 3’ (a região promotora é denominada região reguladora 5’). A
primeira base (numerada +1) transcrita está sempre na mesma localização, o sítio de
iniciação. É feita a referência do promotor como um upstream (-) do sítio de iniciação e um
sítio downstream estaria localizado posteriormente no sítio de transcrição (+). É possível
chegar a uma cadeia de nucleotídeos (sequência consenso) que está de acordo com a maior
parte das sequências. Uma holoenzima RNA polimerase se liga ao DNA nesse ponto e
desenrola a dupla hélice e inicia a sintese. A parte do gene codificadora tem inicio na
sequência ATG. A parte intercalar é denominada região 5’ não traduzida (5’UTR). A
holoenzima RNA polimerase é um complexo de cinco subunidades (duas subunidades α, uma
β, uma β' e uma ω), mais uma subunidade denominada fator sigma (σ). As duas subunidades
alfa auxiliam na montagem da enzima e promovem interação com proteínas reguladoras, a
subunidade beta é ativa na catálise, a subunidade beta’ se liga ao DNA, e a subunidade ômega
apresenta papéis na montagem da enzima e na regulação da expressão gênica. A subunidade
sigma se liga às regiões -10 e -35 posicionando a holoenzima para iniciar a transcrição, além
de atuar na separação dos filamentos de DNA em torno da região -10, o cerne da enzima se
liga fortemente ao DNA.
Alongamento: Na medida que a RNA polimerase se movimenta ao longo do DNA, ela
desenrola o DNA à sua frente e enrola o que já foi transcrito, mantendo uma região
unifilamentar denominada bolha de transcrição. Na bolha a polimerase monitora a ligação
ribonucleotídeo trifosfato livre à próxima base exposta no molde de DNA. A energia para
adição do nucleotídeo é derivada da divisão do trifosfato de alta energia e da liberação de
difosfato inorgânico. Dentro da bolha, os últimos oito ou nove nucleotídeos adicionados à
cadeia de RNA formam um híbrido de RNA-DNA por meio do pareamento de bases
complementares com o filamento-molde. Na medida em que a cadeia de RNA é alongada em
sua extremidade 3’, a extremidade 5’ é adicionalmente liberada da polimerase.
Término: a transcrição de um gene contínua além do segmento do gene codificador de
proteína, criando uma região 3’ não traduzida (3’UTR) na extremidade do transcrito e
continua até a sequência de nucleotídeos sinal do término que indica a liberação do RNA
nascente. O intrínseco, é o qual o término é direto com 40 pares de base terminando em um
trecho rico em GC que é seguido por um trecho de seis ou mais A. As bases CG formam
ligações de hidrogênio complementares formando um grampo. A estrutura do grampo é
seguida de aproximadamente oito U do A anterior. O segundo tipo de mecanismo requer o
auxílio de uma proteína denominada fator rho, que reconhece as sequências sinais de
término para a RNA polimerase. RNA com sinais Rho-dependentes não apresentam
resíduos U em sua extremidade 3’ e normalmente não apresentam alças em grampo. As
rho-dependentes apresentam 40-60 nucleotídeos que rica em C e pobre em G e inclui um
segmento denominado sítio rut que pausa a polimerase e a dissociação do RNA.
12. Tradução em procariotos
Os códons de iniciação são precedidos por sequências especiais denominadas
sequências de Shine-Dalgarno, que pareiam com a extremidade 3′ de um rRNA, denominado
rRNA 16S, na subunidade ribossômica 30S. Esse pareamento posiciona corretamente o
códon iniciador no sítio P ao qual o tRNA iniciador se ligará. O mRNA pode parear apenas
com a subunidade 30S que está dissociada do restante do ribossomo. Três proteínas — IF1,
IF2 e IF3 (de fator de iniciação) — são necessárias para a iniciação correta. A IF3 é
necessária para manter a subunidade 30S dissociada da subunidade 50S, e IF1 e IF2 atuam
para assegurar que apenas o tRNA iniciador entre no sítio P. A subunidade 30S, o mRNA e o
tRNA iniciador constituem o complexo de iniciação. O ribossomo 70S completo é formado
por meio da associação da subunidade maior 50S com o complexo de iniciação e da liberação
dos fatores de iniciação.
É durante o processo de alongamento que o ribossomo mais se assemelha a uma
fábrica. O mRNA atua como um mapa que especifica a entrega de tRNA cognatos, cada um
carregando um aminoácido como carga. Cada aminoácido é adicionado à cadeia de
polipeptídios em crescimento, enquanto o tRNA desacilado é reciclado por meio da adição de
outro aminoácido. Dois fatores proteicos, denominados fator de alongamento Tu (EF-Tu) e
fator de alongamento G (EF-G), auxiliam no processo de alongamento.
Um aminoacil-tRNA é formado por meio da ligação covalente de um aminoácido à
extremidade 3′ de um tRNA que contém o anticódon correto. Antes que os aminoacil-tRNA
possam ser utilizados na síntese proteica, eles se associam ao fator proteico EF-Tu para
formar um complexo ternário composto por tRNA, aminoácido e EF-Tu. O ciclo de
alongamento começa com um tRNA iniciador (e sua metionina unida) no sítio P e com o sítio
A pronto para aceitar um complexo ternário. Quando há correspondência correta, o
ribossomo altera sua forma, EF-Tu deixa o complexo ternário e as duas extremidades
aminoacil são justapostas no centro peptidiltransferase da subunidade maior. Ali, uma ligação
peptídica é formada com a transferência da metionina no sítio P para o aminoácido no sítio A.
O fator EF-G aparenta se encaixar no sítio A. A sua entrada nesse sítio altera os tRNA nos
sítios A e P para os sítios P e E, respectivamente, e o mRNA se movimenta pelo ribossomo,
de modo que o próximo códon é posicionado no sítio A. Quando o EF-G deixa o ribossomo,
o sítio A é aberto para aceitar o próximo complexo ternário. Na medida em que o
alongamento progride, o número de aminoácidos no peptidil-tRNA (no sítio P) aumenta.
Finalmente, a extremidade amino-terminal do polipeptídio em crescimento emerge do túnel
na subunidade 50S e sai do ribossomo.
Término: O ciclo continua até que o códon no sítio A seja um dos três códons de
parada: UGA, UAA ou UAG.
13. Por que existem mecanismos de controle da expressão gênica?
Regulação gênica é o processo de controlar quais genes no DNA da célula são
expressos (usados para produzir um produto funcional como uma proteína). No exemplo dos
eucariotos, as bactérias assim como organismos maiores têm a necessidade de regular a
expressão dos seus genes. A bactéria obtêm muitos compostos importantes, tais como
açúcares, aminoácidos e nucleotídeos, necessários para o metabolismo. Podem adquirir os
compostos que necessitam a partir do ambiente ou sintetizá-los por meio de vias enzimáticas,
porém a síntese desses compostos também requer gasto energético e recursos celulares para
produzir enzimas necessárias para essas vias. As bactérias desenvolveram, portanto, sistemas
reguladores que acoplam a expressão dos produtos gênicos a sistemas de sensores que
detectam o composto relevante no ambiente local de uma bactéria.
14. Qual é o ponto do dogma central da biologia molecular que mais possui
mecanismos de regulação da expressão gênica?
Genes constitutivos: – Transcritos em todas as células e estão envolvidos em
processos celulares básicos (produção de energia, morte, replicação, proteínas estruturais,
etc). – Housekeeping genes.
Tecidos específicos: – Além dos genes constitutivos, existem genes sendo transcritos
que estão relacionados à função. – Genes transcritos somente em um tecido altamente
especializado (ex.: protaminas em espermatozóides).
A transcrição é o ponto com mais mecanismos de regulação.
Uma dessas interações DNA-proteína determina onde a transcrição tem início. O DNA que
participa dessa interação é um segmento de DNA denominado promotor, e a proteína que se
liga a esse sítio é a RNA polimerase. Quando a RNA polimerase se liga ao DNA promotor, a
transcrição pode ter início à distância de algumas poucas bases do sítio promotor. Cada gene
deve ter um promotor ou ele não poderá ser transcrito. O outro tipo de interação
DNA-proteína determina se ocorre a transcrição direcionada pelo promotor. Segmentos de
DNA próximos ao promotor atuam como sítios de ligação para as proteínas reguladoras
sequência-específicas denominadas ativadores e repressores. Em bactérias, a maior parte dos
sítios de ligação para os repressores é denominada operador. Em relação a alguns genes, uma
proteína ativadora deve se ligar ao seu sítio-alvo no DNA como um pré-requisito necessário
para que a transcrição seja iniciada. Os referidos casos por vezes são denominados regulação
positiva, tendo em vista que é necessária a presença da proteína ligada para a transcrição.
Como os ativadores e os repressores regulam a transcrição? Com frequência, uma proteína
ativadora ligada ao DNA auxilia fisicamente a ancorar a RNA polimerase ao seu promotor
próximo, de modo que a polimerase possa iniciar a transcrição. Uma proteína repressora
ligada ao DNA atua tipicamente ao interferir fisicamente com a ligação da RNA polimerase
ao seu promotor (bloqueando o início da transcrição) ou ao impedir a movimentação da RNA
polimerase ao longo da cadeia de DNA (bloqueando a transcrição). Em conjunto, essas
proteínas reguladoras e seus sítios de ligação constituem interruptores genéticos que
controlam as alterações eficientes na expressão gênica que ocorrem em resposta às condições
ambientais.
Ambas as proteínas ativadoras e repressoras devem ser capazes de reconhecer quando as
condições ambientais são apropriadas para as suas ações e agir de acordo.
Em relação a muitas proteínas reguladoras, a ligação do DNA é efetuada por meio da
interação de dois sítios diferentes na estrutura tridimensional da proteína. Um sítio é o
domínio de ligação ao DNA. O outro sítio, o sítio alostérico, atua como um sensor que
configura o domínio de ligação ao DNA em um de dois modos: funcional ou não funcional.
O sítio alostérico interage com pequenas moléculas denominadas efetores alostéricos. Em
geral, um efetor alostérico se liga ao sítio alostérico da proteína reguladora de tal modo a
alterar a sua atividade.
Controle da expressão genica
Uma célula pode controlar as proteínas que produz (1) controlando quando e como um
determinado gene é transcrito (controle transcricional), (2) controlando como o transcrito de
RNA é submetido a splicing ou é processado (controle do processamento de RNA), (3)
selecionando quais mRNAs completos são exportados do núcleo para o citoplasma e
determinando onde no citoplasma eles ficam localizados (controle do transporte e da
localização de RNA), (4) selecionando quais mRNAs no citoplasma são traduzidos pelos
ribossomos (controle traducional), (5) desestabilizando seletivamente certas moléculas de
mRNA no citoplasma (controle da degradação do mRNA) ou (6) ativando, inativando,
degradando ou compartimentalizando seletivamente moléculas de proteína específicas após a
sua produção (controle da atividade proteica).
15. O que é um óperon?
Os operons são formados por um promotor/operador, por regiões codificadoras e um
terminador
O operon lac contém três genes: lacZ, lacY, e lacA. Esses genes são transcritos como um
único RNAm, sob o controle de um promotor.
Os genes do operon lac são específicos para proteínas que ajudam a célula a utilizar a lactose.
O lacZ codifica uma enzima que quebra a lactose em monossacarídeos (açúcar simples) que
podem alimentar a glicólise. Similarmente, lacY codifica um transportador de membrana que
ajuda a trazer a lactose para dentro da célula. [Mais detalhes]
Além dos três genes, o operon lac também contém um conjunto de sequências de DNA
reguladoras. Essas são regiões do DNA às quais proteínas reguladoras podem se ligar, para
controlar a transcrição do operon.
O elenco de personagens para a regulação do óperon lac inclui genes codificadores de
proteínas e sítios no DNA que são alvos para proteínas de ligação ao DNA. As bactérias
regulam a expressão de muitos dos seus genes de acordo com as fontes de alimentação que
estão disponíveis no ambiente. Por exemplo, na E. coli, cinco genes codificam enzimas que
produzem o aminoácido triptofano. Esses genes estão arranjados em um agrupamento no
cromossomo e são transcritos a partir de um único promotor como uma única longa molécula
de mRNA; esses agrupamentos de genes transcritos coordenadamente são denominados
óperons. Ainda que os óperons sejam comuns em bactérias, eles são raros em eucariotos,
onde os genes são normalmente transcritos e regulados individualmente.
16. O que é uma região operadora num operon? Qual a sua função?
Em geral, um operon contém genes que atuam em um mesmo processo. Por exemplo, um
operon bem-estudado, chamado operon lac contém genes que codificam proteínas envolvidas
na absorção e no metabolismo de um açúcar em particular, a lactose. Os operons permitem
que a célula expresse, com eficiência, conjuntos de genes cujos produtos são requeridos
simultaneamente.
Regulação da expressão gênica
O controle da expressão gênica pode ocorrer em dois níveis:
 ● Constitutivo: na qual o gene fica ativado o tempo todo e os housekeeping que são os
genes responsáveis pela manutenção.
● Regulado: nesse caso o gene só será expresso se for necessário, havendo uma
regulação positiva e uma regulação negativa.
1. Levando em conta o dogma central da biologia, quais são as principais
possibilidades de regulação da expressão gênica e da atividade proteica?
As possibilidades de controle da expressão tem três níveis: DNA, RNA e proteínas. A
partir do DNA, há o segmento promotor que regula o nível de expressão e as regiões de
ativador e repressor; a partir do RNA existem as extremidades 5’-UTR e 3’-UTR que
regulam a expressão gênica; e, por fim, a nível de proteínas, há os métodos de regulação da
atividade proteica por inibição e retroalimentação, interações proteína-proteína, degradação e
modificações covalentes. A regulação a nível de DNA também é chamado de nível
transcricional, a nível de RNA é pós-transcricional e a nível de proteínas é pós-traducional.
2. Regulação da transcrição:
● Sequência do promotor: Para um gene ser transcrito, a RNA-polimerase deve
reconhecer um promotor específico no DNA e, então, dar início às suas atividades.
Pequenas moléculas frequentemente assumem a regulação desse processo; entretanto,
elas raramente o fazem diretamente. Em vez disso, elas geralmente influenciam as
ligações de certas proteínas, denominadas proteínas reguladoras, para locais
específicos do DNA. Esse evento regula a expressão gênica ligando ou desligando a
transcrição.
● Fator sigma alternativo: No controle negativo, o elemento controlador – a proteína
repressora – promove a repressão da síntese de RNAm. Em contrapartida, no controle
positivo da transcrição uma proteína reguladora ativa a ligação da RNA-polimerase ao
DNA.Os promotores de óperons controlados positivamente possuem sequências
nucleotídicas que se ligam à RNA-polimerase de modo fraco e exibem pequena
similaridade em relação à sequência-consenso. Assim, mesmo portando um fator
sigma (s) correto, a RNA-polimerase apresenta dificuldades para se ligar a esses
promotores. A proteína ativadora age auxiliando a RNA-polimerase a reconhecer o
promotor e iniciar a transcrição.
● Proteínas regulatórias: Proteínas que promovem maior (ativadoras) ou menor
(repressoras) afinidade da RNA polimerase à região promotora.
○ Mecanismo regulador que interrompe a transcrição, através de PROTEÍNAS
REPRESSORAS que se ligam ao DNA e impedem a ação da RNA
 polimerase; ● Controla a expressão de genes que codificam para enzimas
anabólicas (biossíntese) ou catabólicas (degradação de substratos).
○ • Mecanismo regulador é uma proteína ligante de DNA que ativa a ligação da
RNA polimerase ao DNA – PROTEÍNA ATIVADORA; • Tem-se também a
MOLÉCULA INDUTORA que precisa ligar-se à proteína ativadora para que
essa possa ligar-se ao DNA; • No operon essas proteínas ativadoras ligam-se
ao DNA em sequências específicas denominadas local de ligação do ativador
que podem estar próximas ou distantes do promotor.
3. Sistemas reguladores de dois componentes.
A maioria dos sistemas de transdução de sinal é composta por duas partes, por isso
são denominados sistemas reguladores de dois componentes. Esses sistemas se caracterizam
por apresentarem duas proteínas distintas: uma proteína-cinase sensorial específica,
localizada na membrana citoplasmática, e uma proteína reguladora de resposta, presente no
citoplasma.
Procariotos conseguem detectar sinais externos (alterações de temperatura, pH,
disponibilidade de O2 , nutrientes e número de células presente) através de sensores de
membrana que transmitem a informação para proteínas reguladoras – TRANSDUÇÃO DE
SINAL.
4. O que é quorum sensing?
O quorum sensing é um mecanismo pelo qual as bactérias avaliam sua densidade
populacional. Esse processo é prático, pois garante a presença de um número suficiente de
células de uma determinada espécie, antes de iniciar uma resposta que requer determinada
densidade celular para exibir seu efeito. Por exemplo, uma bactéria patogênica (causadora de
doenças) que secreta uma toxina pode ser ineficaz quando isolada; a produção de toxina por
uma única célula poderia ser um gasto de recursos. O quorum sensing é amplamente
disseminado em bactérias gram-negativas, sendo também encontrado em bactérias
gram-positivas. Cada espécie que realiza o quorum sensing sintetiza uma molécula
sinalizadora específica, denominada autoindutor. Essa molécula se difunde livremente através
do envoltório celular nas duas direções. Por essa razão, o autoindutor atinge concentrações
intracelulares elevadas somente quando há muitas células nas proximidades, cada uma
sintetizando o mesmo autoindutor. No interior da célula, o autoindutor se liga a uma proteína
ativadora específica ou a uma cinase sensorial, desencadeando a transcrição de genes
específicos.
5. Regulação da diferenciação e desenvolvimento
 Como a maioria dos microrganismos procarióticos corresponde a células únicas,
poucos sofrem diferenciação. No entanto, existem exemplos ocasionais entre os procariotos
unicelulares que ilustram o princípio básico da diferenciação, isto é, uma célula que origina
dois descendentes geneticamente idênticos, mas que realizam atividades distintas, devendo,
por isso, expressar conjuntos diferentes de genes. Muitos microrganismos, tanto procarióticos
como eucarióticos, respondem às condições adversas convertendo as células de crescimento,
denominadas células vegetativas, em esporos. Uma vez que as condições adequadas são
restabelecidas, os esporos germinam e o organismo retoma seu estilo de vida normal. Entre as
bactérias, o gênero Bacillus é bem conhecido devido a sua capacidade de formar endósporos,
isto é, esporos formados no interior de uma célula-mãe. O resultado de múltiplas condições
adversas consiste na fosforilação sucessiva de várias proteínas, denominadas fatores de
esporulação, culminando com o fator de esporulação Spo0A. Quando Spo0A se encontra
altamente fosforilada, os eventos de esporulação têm continuidade. Spo0A controla a
expressão de vários genes.
Regulação baseada no RNA
6. O que são riboswitches e qual sua função?
Em organismos procariotos, tais como as bactérias, possuem a características de
sofrer com pequenas variações do meio ambiente. Sendo assim, esses organismos necessitam
de um maior poder de regulação de seu metabolismo, em prol de uma melhor adaptação às
variações do meio. Muito dessa regulação é feita a nível da transcrição de genes por
proteínas, aproveitando-se do fato de que algumas proteínas importantes podem ser
controladas por alterações alostéricas e ligações covalentes reversíveis.
Os controladores de expressão gênica riboswitches são caracterizados como domínios
complexos presentes no próprio RNA que servem como receptores para metabólitos
específicos. Estes domínios são encontrados em regiões não codificadoras de proteínas de
vários mRNAs, que controlam a expressão gênica de diversos genes através de mudanças
estruturais do mRNA provocadas pela ligação com o metabólito. Os riboswitches são
importantes elementos genéticos presentes em procariontes e eucariontes que estão
envolvidos na regulação de processos metabólicos fundamentais e ficam localizados quase
que exclusivamente em regiões não codificadoras de proteínas (UTRs- untranslated regions)
na porção 5’. São compostos por dois domínios funcionais; o domínio aptâmero e a
plataforma de expressão.
Em bactérias, todos os genes são transcritos em RNA pela mesma RNA polimerase,
enquanto três RNA polimerases atuam em eucariotos. A RNA polimerase II, que transcreve
DNA em mRNA. Os transcritos de RNA são extensivamente processados durante a
transcrição em eucariotos; as extremidades 5′ e 3′ são modificadas e os íntrons são
removidos. A RNA polimerase II é muito maior e mais complexa do que a sua
correspondente bacteriana. Um motivo de ser mais complexa é que a RNA polimerase II deve
sintetizar RNA e coordenar os eventos únicos de processamento especiais de eucariotos.
7. Regulação baseada em proteínas
Um importante meio de controle da atividade enzimática é a inibição por
retroalimentação. Esse mecanismo interrompe temporariamente todas as reações de uma via
biossintética inteira. As reações são interrompidas porque um excesso do produto final de
uma via inibe as atividades de uma enzima inicial (geralmente a primeira) desta mesma via.
A inibição de um passo inicial efetivamente desliga a via inteira, uma vez que nenhum
intermediário é gerado pelas enzimas subsequentes.
Algumas vias biossintéticas controladas pela inibição por retroalimentação utilizam as
isoenzimas (“iso” significa “mesmo”). As isoenzimas são proteínas diferentes que catalisam a
mesma reação, mas estão sujeitas a diferentes controles reguladores. Como exemplo,
podemos citar as enzimas necessárias para a síntese dos aminoácidos aromáticos – tirosina,
triptofano e fenilalanina – em Escherichia coli.

ALGAS
1. Quem são as algas?
As algas são organismos eucariotos fotoautotróficos relativamente simples que não
possuem tecidos típicos de plantas (raízes, caules e folhas). Todas as algas podem se
reproduzir assexuadamente: para o caso dos organismos multicelulares pode ocorrer a
fragmentação formando um novo talo (corpo) ou filamento; enquanto a unicelular realiza
divisão (mitose) e formação de duas células completas (citocinese). Também pode ocorrer
reprodução sexuada: em algumas espécies alternância entre gerações (uma assexuada, outra
sexuada) e outras passam a reproduzir dessa forma pela mudança de condições ambientais.
Grandes algas multicelulares possuem possuem como estruturas vegetativas: apressórios
modificados que ancoram a uma rocha, hastes cauliformes e frequentemente ocas e lâminas
semelhantes a folhas.Também é importante salientar que o talo não possui tecido condutor, de
modo que os nutrientes são absorvidos ao longo de toda a superfície do corpo, por meio da
água (componente necessário para o suporte físico, reprodução e difusão de nutrientes). Deste
modo, são encontradas, no geral, ao longo da zona fótica dos corpos aquáticos, mas também
podem ser vistas no solo ou sobre árvores quando a umidade é suficiente. Por fim, sua
classificação ocorre de acordo com as sequências de rRNA, estrutura, pigmentos e outras
propriedades.
2. Interesses comerciais: Produtos naturais (antioxidantes, pigmentos e ácidos graxos),
alimentação, fertilizantes, cosméticos, biocombustíveis (biodiesel, bioetanol e biogás),
tratamento de efluentes, biofixação de CO2.
3. Cite as principais características dos grupos de microalgas, indicando a
composição da parede celular, os pigmentos presentes e a forma de reserva de
carboidrato (Rodófitas, diatomáceas, dinoflagelados, clorofíceas e euglenas).
Rodófitas: seu talo é delicadamente ramificado, podendo viver em profundidades oceânicas
maiores que outras algas. A parede celular é composta por celulose, possui como pigmentos
clorofila a e d e ficocianina e ficoeritrina; sendo seu material de reserva um polímero de
glicose. Os pigmentos vermelhos ajudam esses organismos a reter a luz azul que penetra nos
locais mais profundos do oceano, o ágar é extraído de algas vermelhas.
Diatomáceas: são algas unicelulares ou filamentosas, sua parede celular é complexa e
composta por pectina e sílica, sendo que a estrutura externa é denominada frústula. Possuem
pigmentos clorofila a e c, caroteno e xantofila, sendo o material de reserva, o óleo.
Dinoflagelados: são algas unicelulares coletivamente chamadas de plâncton, ou organismos
de livre flutuação. Possui celulose na membrana citoplasmática, os pigmentos clorofila a e c,
caroteno e xantinas, e o material de reserva é o amido. Ademais, alguns possuem fitotoxinas.
Clorofíceas: também chamadas de algas verdes, podendo ser uni ou pluricelulares. Sua
parede celular é composta por celulose, possui como pigmentos clorofila a e b e o material de
reserva é o amido.
Euglenas: possuem uma membrana plasmática semirrígida, com um envoltório denominado
película, que possuí composição predominantemente proteica. Seus pigmentos são clorofila a
e b, além de B-caroteno. Sua reserva de carboidratos é o paramilo.
 4. Microalgas e cianobactérias podem apresentar riscos à saúde do ser humano?
Como?
No caso das diatomáceas tem como exemplo a intoxicação com ácido domóico, uma
doença neurológica que inclui diarréia e perda da memória, e, desde 1987, afetou pessoas que
consumiram mexilhões afetados por essas toxinas. Também há os dinoflagelados, que
produzem ratatoxinas: alguns produzem saxitoxinas que causam paralisia por envenenamento
por moluscos e pode afetar humanos.

FUNGOS
1. Quais as características gerais de fungos?
Os fungos são um grupo grande, diverso e amplamente disseminado de organismos,
consistindo de bolores, cogumelos e leveduras. Os fungos formam um grupo
filogeneticamente distinto dos outros protistas e são um grupo de microrganismos
estritamente relacionados com os animais. A maioria dos fungos é microscópica e terrestre.
Eles habitam o solo ou matéria vegetal morta e desempenham um papel crucial na
mineralização do carbono orgânico. Inúmeros fungos são parasitas de plantas, enquanto
outros podem causar diversas doenças em animais, inclusive no ser humano. Certos fungos
também podem estabelecer associações simbióticas com diversas plantas, auxiliando-as na
aquisição de minerais provenientes do solo, e muitos fungos beneficiam a vida humana por
meio da fermentação e da síntese de antibióticos.
➣Eucariontes aclorofilados;
➢ Quimio-heterotróficos;
➢ Aeróbios ou anaeróbios;
➢ Uni (leveduras) ou multicellular;
➢ Parede celular de quitina e glucanas;
➢ Maioria microscópico;
➢ Inúmeros fungos são parasitas de plantas;
➢ Simbiose: líquens e micorrizas.
2. O que são conídios: Como um conídio difere de uma hifa? E de um micélio?
As hifas são paredes celulares tubulares que envolvem a membrana citoplasmática. As hifas
fúngicas frequentemente são septadas, com paredes transversais dividindo cada hifa em
células separadas. Em alguns casos, no entanto, a célula vegetativa de uma hifa contém mais
de um núcleo, frequentemente estão presentes centenas de núcleos devido à divisão repetida
sem a formação de paredes transversais, condição denominada cenocítica. Cada filamento de
hifa cresce principalmente a partir da extremidade, por meio da extensão da célula terminal.
As hifas normalmente crescem em conjunto, ao longo de uma superfície, formando tufos
compactos macroscopicamente visíveis denominados micélio. A partir do micélio, hifas
aéreas crescem acima da superfície, e esporos denominados conídios são formados nas suas
pontas. Os conídios são esporos assexuados e podem ter pigmento negro, verde, vermelho,
amarelo ou marrom. A presença de tais esporos confere à massa miceliana um aspecto
pulverulento e a função de dispersão dos fungos para novos ambientes. Alguns fungos
formam estruturas reprodutivas microscópicas denominadas corpos de frutificação
(cogumelos ou puffballs, por exemplo) em que milhões de esporos podem ser dispersos pelo
vento, água ou animais. Em contraste com os fungos filamentosos, alguns fungos são
unicelulares; eles são as leveduras.
3. Qual é a característica dos quitrídios que os distingue dos demais fungos?
Os quitridiomicetos, ou quitrídios, são a linhagem fúngica de divergência mais antiga.
Sua denominação refere-se à estrutura do corpo de frutificação, que contém os esporos
sexuados (zoósporos). Estes esporos são incomuns entre os esporos fúngicos por serem
flagelados e móveis, e são ideais para a dispersão desses organismos em ambientes aquáticos,
principalmente água doce e solos úmidos, onde são comumente encontrados. Alguns
quitrídios são anaeróbios obrigatórios, uma característica altamente incomum nas células
eucarióticas, e habitam o rúmen de animais ruminantes. O rúmen é uma parte do sistema
digestório ruminante onde a celulose é quebrada em polissacarídeos relacionados.
4. Compare os fungos e bactérias quanto aos seguintes aspectos: tipo de célula,
membrana e parede celular, esporos e metabolismo.

5. Defina as principais características dos Zigomicetos, Ascomicetos e

Basidiomicetos.
Os Zygomycetes, conhecidos principalmente por seu papel na deterioração de
alimentos. Os zigomicetos são comumente encontrados no solo e em material vegetal em
decomposição. Todos estes fungos são cenocíticos (multinucleados), e a característica
unificadora é a formação de esporos sexuados chamados de zigósporos. O bolor preto do pão,
Rhizopus (Figura 17.25a) é um zigomiceto comum. Esse organismo realiza um ciclo de vida
complexo que inclui tanto a reprodução assexuada quanto a sexuada. Na fase assexuada, os
micélios formam esporângios, no interior dos quais os esporos haploides são produzidos.
Quando liberados, esporos geneticamente idênticos são dispersos e germinam, originando
micélios de crescimento vegetativo. Na fase sexuada, gametângios miceliais de diferentes
compatibilidades se fundem para produzir uma célula com dois núcleos chamada de
zigosporângio, que pode permanecer dormente e resistir à dessecação ou a outras condições
desfavoráveis. Quando as condições são favoráveis, os diferentes núcleos haploides se
fundem para formar um núcleo diplóide, seguido por meiose que produz os esporos
haploides.
Os Ascomycetes constituem um grupo grande e altamente diverso de fungos, que
variam desde espécies unicelulares, como a levedura de padaria Saccharomyces, até as
espécies que crescem na forma de filamentos, como o bolor comum Aspergillus. O grupo
ascomiceto, do qual são encontrados representantes em ambientes aquáticos e terrestres,
recebe essa denominação em virtude da produção de ascos, células onde dois núcleos
haplóides, provenientes de diferentes tipos de linhagens sexuais, unem-se para formar o
núcleo diplóide que eventualmente sofre meiose originando os ascósporos haploides. Em
adição aos ascósporos, os ascomicetos reproduzem-se assexuadamente pela produção de
conídios que se formam por mitose nas extremidades de hifas especializadas, denominadas
conidióforos.
Os Basidiomycetes constituem um grande grupo de fungos, com mais de 30.000
espécies descritas. Muitos correspondem aos comumente reconhecidos cogumelos e
cogumelos venenosos, dos quais alguns são comestíveis, como o cogumelo Agaricus
produzido comercialmente. Outros, como o cogumelo Amanita, são altamente venenosos.
Durante a maior parte de sua existência, um cogumelo desenvolve-se como um simples
micélio haplóide, crescendo vegetativamente no solo, em restos de folhas ou em troncos em
decomposição. A fase reprodutiva sexuada dos basidiomicetos origina o conhecido
cogumelo. O corpo de frutificação do cogumelo, denominado basidiocarpo, começa como um
micélio que se diferencia em uma pequena estrutura com forma de botão subterrâneo e esta se
expande até formar um basidiocarpo adulto que pode ser visto acima do solo, o cogumelo. Os
basídios dicarióticos são formados na face inferior do basidiocarpo, em regiões achatadas
denominadas lamelas, que se encontram ligadas ao píleo do cogumelo.
6. Reprodução dos fungos:
Os fungos reproduzem-se assexuadamente de três formas: (1) pelo crescimento e pela
disseminação de filamentos de hifas; (2) pela produção assexuada de esporos (conídio); ou
(3) pela simples divisão celular, como ocorre nas leveduras com brotamento. Alguns fungos,
como o já bem conhecido bolor Penicillium (fonte do antibiótico penicilina), por muito tempo
se pensou que não possuíam um estágio sexuado e se reproduziam apenas por conídios. Mas
atualmente já foi demonstrado que o Penicillium (e provavelmente todos os fungos desta
classe taxonômica, os Deuteromycetes) possui um estágio sexuado em seus ciclos de vida.
Alguns fungos produzem esporos como resultado da reprodução sexuada. Os esporos
desenvolvem-se pela fusão de gametas unicelulares ou de hifas especializadas, denominadas
gametângios. Alternativamente, esporos sexuados podem ser originados pela fusão de duas
células haploides, originando uma célula diploide, que então sofre meiose e mitose
originando esporos haploides individuais. Dependendo do grupo, são produzidos diferentes
tipos de esporos sexuados. Esporos produzidos no interior de um saco fechado (asco) são
denominados ascósporos. Os esporos sexuados de fungos são, em geral, resistentes à
desidratação, ao aquecimento, ao congelamento e a alguns agentes químicos. No entanto, os
esporos fúngicos sexuados são menos resistentes ao calor do que os endósporos bacterianos.
Tanto um esporo assexuado como um sexuado de um fungo é capaz de germinar e
desenvolver-se, originando uma nova hifa e micélio.
ETAPAS PARA A FORMAÇÃO DE ESPOROS:
•PLASMOGAMIA: núcleo haploide de uma célula doadora (+) penetra no citoplasma de
uma célula receptora (-);
• CARIOGAMIA: os núcleos (+) e (-) fundem-se formando um núcleo zigótico diploide;
• MEIOSE: o núcleo diploide dá origem a esporos haploides, pode haver recombinação de
genes.

VÍRUS
1. O que é um vírus? Qual a diferença entre um vírus nu e um vírus envelopado?
Embora os vírus não sejam células, eles possuem um genoma de ácido nucleico que
codifica as funções necessárias para sua replicação e uma forma extracelular, denominada
vírion, que permite que o vírus viaje de uma célula hospedeira para outra. Os vírus são
incapazes de replicarem-se, a menos que o próprio vírion (ou seu genoma, no caso de vírus
bacterianos) penetre em uma célula hospedeira adequada, um processo denominado infecção.
O vírion de um vírus consiste em um envoltório proteico, o capsídeo, que contém o
genoma viral. A maioria dos vírus bacterianos são nus, sem camadas adicionais, enquanto
muitos vírus de animais contêm uma camada externa consistindo de proteínas e lipídeos,
denominada envelope. Em vírus envelopados, a estrutura interna composta por ácido nucleico
e proteínas do capsídeo é denominada nucleocapsídeo. O vírion protege o genoma viral
quando o vírus está fora da célula hospedeira, e proteínas na superfície do vírion são
importantes no ancoramento à célula hospedeira. O vírion pode também conter uma ou mais
enzimas virais específicas que desempenham papéis durante a infecção e a replicação, como
discutido posteriormente.
2. Quais as formas que os vírus encontram para se replicar?
O vírus pode replicar e destruir o hospedeiro em uma infecção virulenta (lítica). Em
uma infecção lítica, o vírus redireciona o metabolismo do hospedeiro para suportar a
replicação do vírus e a montagem de novos vírions. Eventualmente, novos vírions são
liberados, e o processo pode repetir-se em novas células hospedeiras. Alternativamente,
alguns vírus podem submeter-se a uma infecção lisogênica; neste caso, a célula hospedeira
não é destruída, mas é geneticamente alterada, pois o genoma viral torna-se parte do genoma
do hospedeiro.
3. Genomas virais
Os vírus podem apresentar genomas de DNA ou de RNA e podem ser subdivididos
baseados no fato de o genoma ser de fita simples ou dupla-fita. Alguns vírus pouco comuns
utilizam tanto DNA quanto RNA como seu material genético, porém em diferentes estágios
de seu ciclo de replicação. Os genomas virais podem ser lineares ou circulares, e genomas
virais de fita simples podem também ser de senso positivo ou senso negativo, baseado na sua
sequência de bases. Os genomas virais de senso positivo apresentam a sequência de bases
exatamente igual ao do RNAm viral que será traduzido para formar as proteínas virais. Em
contrapartida, os genomas virais de senso negativo são complementares à sequência de bases
do RNAm viral.
4. Características gerais:
● Não possuem células.
● A maioria é 10 a 100 vezes menor que bactéria (tamanho médio de 20 a 300 nm).
● Dependem das células hospedeiras para replicação e geração de energia.
● Responsáveis por causar infecções em humanos, animais, vegetais e bactérias.
● Genoma constituído de DNA ou RNA.
● Incapazes de crescer independentemente em meios artificiais.
● Não são cultiváveis
● Podem existir nas formas extra ou intracelular.
● Estado extracelular: É uma partícula microscópica contendo ácido nucléico envolvido
por uma COBERTURA PROTEICA e, dependendo do tipo de vírus outras
macromoléculas.
● A estrutura viral completa é denominada VÍRION.
● É metabolicamente inerte, não realiza respiração ou biossíntese.
● O vírion é a estrutura a partir da qual o genoma viral é transferido.
5. Estrutura do vírion
O capsídeo é composto por um número de moléculas proteicas individuais,
denominadas capsômeros, que se organizam em um padrão preciso e altamente repetitivo, ao
redor do ácido nucleico. A informação requerida para o adequado dobramento e montagem
das proteínas nos capsômeros e subsequentemente nos capsídeos está contida na sequência de
aminoácidos das próprias proteínas virais. Quando este é o caso, a montagem do vírion é um
processo espontâneo, denominado automontagem. Entretanto, algumas proteínas e estruturas
virais requerem assistência de proteínas de dobramento da célula hospedeira para que
ocorram o dobramento e a montagem adequados. Por exemplo, as proteínas do capsídeo do
bacteriófago lambda requerem assistência da chaperonina GroE de Escherichia coli para se
dobrar em sua conformação ativa.
 A simetria icosaédrica corresponde ao arranjo mais eficiente de subunidades em um
envoltório fechado, pois utiliza o menor número de unidades para construí-lo. O arranjo mais
simples de capsômeros corresponde a três por face triangular, com um total de 60 capsômeros
por vírion. Entretanto, a maioria dos vírus possui uma quantidade de ácido nucleico maior do
que a possível de ser empacotada em um envoltório composto por apenas 60 capsômeros e
então vírus com 180, 240 ou 360 capsômeros são mais comuns.
6. Que tipos de enzimas podem ser encontradas nos vírions de vírus de RNA? Por
qual motivo elas estão lá?
Vírus de RNA carregam suas próprias polimerases de ácido nucleico (denominadas
replicases de RNA) que atuam na replicação do genoma de RNA viral e produção do RNAm
vírus-específico. Essas enzimas são necessárias, uma vez que as células são incapazes de
sintetizar RNA a partir de um molde de RNA. Os retrovírus são vírus de RNA pouco comuns
que se replicam sob a forma de intermediários de DNA. Uma vez que produzir DNA a partir
de um molde de RNA é outro processo que as células não conseguem executar, esses vírus
possuem um DNA-polimerase dependente de RNA, denominado transcriptase reversa, que
transcreve o RNA viral em um intermediário de DNA.
7. Explique a forma geral do ciclo de vida viral.
Uma célula que suporta o ciclo completo de replicação de um vírus é dita permissiva
para aquele vírus. Em um hospedeiro permissivo, o ciclo de replicação viral pode ser dividido
em cinco etapas:
1. Ligação (adsorção) do vírion à célula hospedeira
2. Penetração (entrada, injeção) do ácido nucleico do vírion na célula hospedeira
3. Síntese de ácidos nucleicos e proteínas virais pela maquinaria da célula hospedeira, de
acordo com o redirecionamento determinado pelo vírus
4. Montagem dos capsídeos e empacotamento do genoma viral em novos vírions
5. Liberação de novos vírions pela célula
Ao final da maturação, ocorre a liberação de vírions maduros como resultado da lise
celular, ou de algum processo de brotamento ou de excreção, dependendo do vírus. O número
de vírions liberados, denominado tamanho da população liberada (do inglês, burst size),
depende do vírus e da célula hospedeira em particular, podendo variar de alguns poucos a
milhares. A duração de um ciclo completo de replicação varia de 20 a 60 minutos (no caso de
muitos vírus bacterianos) a 8 a 40 horas (para a maioria dos vírus de animais).
8. De que forma o processo de ligação contribui para a especificidade
vírus-hospedeiro?
 O principal fator determinante para a especificidade de um vírus é a ligação. O
próprio vírion possui uma ou mais proteínas na superfície externa que interagem com
componentes específicos da superfície celular, denominados receptores. Na ausência de seu
receptor específico, o vírus não é capaz de adsorver e, portanto, não causa infecção. Além
disso, quando o sítio receptor é modificado, por exemplo, por mutação, o hospedeiro pode
tornar-se resistente à infecção viral. Assim, o espectro de hospedeiros de um vírus em
particular é determinado, em sua maior parte, pela presença de um receptor adequado que o
vírus seja capaz de reconhecer e se ligar a ele. Os receptores são componentes superficiais
normais da célula hospedeira, como proteínas, carboidratos, glicoproteínas, lipídeos,
lipoproteínas ou complexos desses. Os receptores realizam funções normais da célula; por
exemplo, o receptor para o bacteriófago T1 é uma proteína captadora de ferro, enquanto o
receptor do bacteriófago lambda normalmente está envolvido na captação de maltose. Os
carboidratos no lipopolissacarídeo (LPS) da membrana exterior de bactérias gram-negativas
são os receptores reconhecidos por bacteriófago T4, um fago que se liga ao LPS de
Escherichia coli.
9. Por que o fago T4 necessita de uma enzima similar à lisozima para infectar seu
hospedeiro?
A ação de uma enzima similar à lisozima promove a formação de um pequeno poro
no peptideoglicano e a bainha da cauda contrai-se. Quando isto ocorre, o DNA de T4 penetra
no interior do citoplasma da célula de E. coli, através de um orifício presente na ponta da
cauda fágica, em um formato que lembra a injeção por uma seringa. Em contrapartida, o
capsídeo de T4 permanece fora da célula. O DNA no interior da cabeça do bacteriófago está
sob alta pressão e, uma vez que o interior da célula bacteriana está sofrendo também a força
de pressões osmóticas, a injeção DNA do fago leva vários minutos para ser completada.
Enzimas específicas presentes no fago facilitam a infecção e a replicação na célula do
hospedeiro. No caso da lisoenzima, ou enzimas similares, presente no fago T4 é utilizada
para produzir um pequeno orifício no peptideoglicano para permitir a entrada do ácido
nucléico no citoplasma do hospedeiro.
10. Como Escherichia coli tenta se proteger do ataque de fagos e como o fago T4 se
protege dessas armas?
Apesar da ausência do sistema imune de animais, as bactérias possuem várias armas
contra os ataques virais. Um sistema antiviral denominado CRISPR ) é um destes, mas, além
disso, as bactérias podem destruir DNA viral de dupla-fita pela ação de endonucleases de
restrição, enzimas bacterianas que clivam o DNA estrangeiro em sítios específicos. Esse
fenômeno é denominado restrição e é parte de um mecanismo geral do hospedeiro que
impede a invasão por ácidos nucleicos virais (ou qualquer outro exógeno). Para que esse
sistema seja efetivo, o hospedeiro deve possuir um mecanismo que confira proteção a seu
próprio DNA do ataque das enzimas de restrição. O hospedeiro realiza esse processo por
meio da modificação de seu DNA, tipicamente pela metilação dos nucleotídeos nos sítios de
clivagem das enzimas de restrição.
11. Dê um exemplo de proteína precoce, intermediária e tardia do fago T4. Como o
fago T4 direciona a RNA-polimerase do hospedeiro para os genes
fago-específicos?
O genoma de T4 pode ser dividido em três regiões, que codificam as proteínas
precoces, proteínas intermediárias e proteínas tardias, os termos referentes à ordem geral de
sua aparência na célula. As proteínas precoces incluem enzimas para a síntese e a glicosilação
da base incomum de T4 5-hidroximetil-citosina, enzimas que funcionam no replissomo de T4
para produzir cópias específicas do genoma do fago e proteínas precoces que modificam a
RNA- -polimerase do hospedeiro. Em contrapartida, as proteínas intermediárias e tardias
incluem proteínas adicionais modificadoras da RNA-polimerase, e proteínas estruturais do
vírion e relacionadas com a liberação. Estas incluem, em particular, proteínas da cabeça e da
cauda e as enzimas virais requeridas para a liberação dos novos vírions da célula.
O gene viral vai sofrer glicosilação (impedir a degradação), assim, no processo de
transcrição vai haver a atuação de proteínas precoces, proteínas intermediárias e proteínas
tardias. Produziram os fatores antissigma que se ligam ao fator sigma da RNA-polimerase e
interferem no reconhecimento dos promotores do hospedeiro. Em seguida o vírus irá produzir
fatores sigma virais e farão a RNA-polimerase reconhecer a maquinaria viral.
O genoma de T4 não codifica sua própria RNA-polimerase; em vez disso, proteínas
específicas de T4 que modificam a especificidade da RNA-polimerase do hospedeiro, de
forma que ela reconheça apenas os promotores fágicos (lembre-se que promotores são as
regiões a montante de um gene estrutural, onde se liga a RNA-polimerase para iniciar a
transcrição). Estas proteínas modificadoras são codificadas por genes precoces de T4 e são
transcritas pela RNA-polimerase do hospedeiro. A transcrição do hospedeiro é interrompida
logo em seguida por um fator antissigma codificado pelo fago, o qual se liga ao fator sigma
da RNA-polimerase do hospedeiro e interfere no reconhecimento dos promotores do
hospedeiro. Esta eficiência altera a atividade da RNA-polimerase do hospedeiro de
transcrever genes do hospedeiro para transcrever genes de T4. Posteriormente no processo de
infecção, outras proteínas de fagos modificam a RNA-polimerase do hospedeiro de forma
que ela reconheça agora os promotores de genes intermediários de T4. Finalmente, começa a
transcrição de genes tardios de T4, e isso requer um novo fator sigma codificado por T4 que
direciona a RNA-polimerase hospedeira para promotores apenas destes genes. Neste ponto, a
montagem viral pode começar.
12. Ciclo lítico:
O genoma de DNA do bacteriófago T4 é forçosamente bombeado para uma capsídeo
pré-montado usando um motor de empacotamento movido a energia. Os componentes do
motor são codificados por genes virais, mas metabolismo da célula hospedeira é necessário
para produzir as proteínas e fornecer o ATP requerido para o processo de bombeamento. O
processo de empacotamento pode ser dividido em três fases: Primeiro, precursores da cabeça
do bacteriófago, chamados de “proheads”, são montados mas permanecem vazios. Os
proheads contêm proteínas que atuam como “andaimes temporários”, bem como proteínas
estruturais de cabeça. Em segundo lugar, um motor de empacotamento é montado na abertura
do prohead. O genoma de DNA linear de dupla-fita de T4 é então bombeado para dentro do
prohead sob pressão, usando ATP como a força motriz. O prohead expande quando
pressurizado pela entrada do DNA e as proteínas do andaime são descartadas ao mesmo
tempo. Em terceiro lugar, o próprio motor de empacotamento é descartado e a cabeça do
capsídeo é selada. Depois da cabeça ter sido preenchida, a cauda de T4, as fibras de cauda e
os outros componentes do vírion são adicionados, principalmente por automontagem. O
genoma do fago codifica um par de enzimas muito tardias que se combinam para romper os
dois principais obstáculos à liberação do vírion: a membrana citoplasmática do hospedeiro e
camada de peptideoglicano. Uma vez que estas estruturas sejam comprometidas, a célula se
rompe por lise osmótica e os vírions recém-sintetizadas são liberados. Após cada ciclo de
replicação, que leva apenas cerca de 25 minutos, mais de 100 novos vírions são liberados a
partir de cada célula hospedeira (o tamanho da população liberada, ou burst size, e estes
agora estão livres para infectar a vizinhança da célula hospedeira.
● Adsorção: o fago adere-se à célula hospedeira.
● Penetração: o fago penetra na célula hospedeira e injeta o seu DNA
● Biossíntese: o DNA do fago direciona a síntese de componentes virais pela célula
hospedeira.
● Maturação: os componentes virais são organizados, formando vírions.
● Liberação: a célula hospedeira sofre lise, e novos vírions são liberados.
1. Montagem de precursores da cabeça do bacteriófago – Prohead; 2. Acoplamento de motor
de empacotamento à abertura do Prohead
3. Bombemanto do DNA dupla-fita do fago para dentro do prohead (uso ATP); • Após
entrada do DNA, o prohead se expande, o motor é descartado, e o capsídeo é selado cauda e
fibras são adicionadas; • Produção de enzimas muito tardias que rompem a membrana celular
e peptideoglicano para liberação do T4.
13. Ciclo lisogênico:
Fagos lisogênicos ou temperados: ciclo de vida que não resulta na morte da célula
hospedeira;
• Estado de lisogenia – maioria dos seus genes não é expressa e a replicação do genoma viral
ocorre junto com a replicação do cromossomo hospedeiro, sendo repassado para as
células-filhas após a divisão celular
• O estado lisogênico pode conferir novas propriedades genéticas ao hospedeiro bacteriano –
uma condição denominada conversão lisogênica novas capacidades metabólicas.
Durante a lisogenia, o genoma de um vírus temperado encontra-se integrado ao
cromossomo bacteriano (lambda) ou encontra-se no citoplasma, na forma de plasmídeo (P1).
Em qualquer um dos casos, o DNA viral, agora denominado prófago, replica-se
concomitantemente com a célula hospedeira, desde que os genes que ativam sua via virulenta
(lítica) não sejam expressos.
Transdução especializada: Quando excisado do cromossomo bacteriano hospedeiro, o
prófago pode carrear um pedaço do DNA adjacente a ele no cromossomo bacteriano.
● O prófago existe em uma bactéria hospedeira que utiliza a galactose (que
contém o gene gal).
● O genoma do fago é excisado, levando consigo o gene gal adjacente da
bactéria hospedeira.
● O fago torna-se maduro, e a célula é lisada, liberando fagos contendo o gene
gal.
● O fago infecta uma célula que não utiliza a galactose (que não tem o gene gal)
● O gene bacteriano gal junto com o prófago, integra-se ao DNA do novo
hospedeiro.
● A célula lisogênica poderá, agora, metabolizar a galactose.
A ocorrência de lise ou lisogenia durante a infecção de lambda depende
essencialmente dos níveis de duas proteínas repressoras chave que podem se acumular na
célula durante a infecção: o repressor de lambda, também chamado proteína cI, e um segundo
repressor, Cro. Em poucas palavras, o acúmulo do primeiro repressor irá controlar o resultado
da infecção.
 14. Retrovírus:
Os retrovírus possuem genoma de RNA. No entanto, o genoma é replicado através de
um intermediário de DNA. O termo retro significa “para trás” e a denominação retrovírus
deve-se ao fato de eles transferirem as informações de RNA para DNA (em contraste com o
fluxo de informação genética nas células, que é exatamente o contrário). Os retrovírus
utilizam a enzima transcriptase reversa para realizar esse processo pouco usual. Os retrovírus
foram os primeiros vírus a serem descobertos de causar câncer, e o vírus da imunodeficiência
humana (HIV) é um retrovírus que causa a síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids).
Os retrovírus são vírus envelopados que carreiam várias enzimas no vírion. Estas incluem a
transcriptase reversa, a integrase e a uma protease retroviral específica. O genoma dos
retrovírus é singular e consiste em duas moléculas idênticas de RNA de fita simples de senso
positivo. O genoma contém os genes gag, que codifica proteínas estruturais; pol, que codifica
a transcriptase reversa e integrase; e env, que codifica proteínas do envelope. Em cada
extremidade do genoma dos retrovírus existem sequências repetidas que são essenciais para a
replicação. A replicação de um retrovírus começa com a penetração do vírion na célula
hospedeira, onde o envelope é removido e começa a transcrição reversa no nucleocapsídeo. A
fita simples de DNA é produzida e, em seguida, a transcriptase reversa utiliza-a como um
molde para fazer uma fita complementar; o DNA de fita dupla é o produto final. Este último é
liberado do nucleocapsídeo, penetra no núcleo do hospedeiro juntamente com a proteína
integrase, e a integrase facilita a incorporação do DNA retroviral no genoma do hospedeiro.
O DNA retroviral é agora um provírus. Este permanece no genoma do hospedeiro
indefinidamente e o DNA proviral pode ser transcrito pela RNA-polimerase do hospedeiro
para formar cópias do genoma de RNA retroviral e RNAm. Eventualmente, os
nucleocapsídeos são montados, contendo duas cópias do genoma de RNA retroviral e, como
eles são envelopados, eles brotam através da membrana citoplasmática da célula hospedeira.
A partir daqui, os vírions retrovirais maduros estão livres para infectar as células vizinhas.
 15. Agentes subvirais:
Viroides
Viroides são moléculas de RNA infeccioso que diferem dos vírus pelo fato de serem
desprovidos de um envoltório proteico. Os viroides correspondem a pequenas moléculas
circulares de RNA de fita simples, estando entre os menores patógenos conhecidos.. Os
viroides causam importantes doenças em plantas, e podem representar um grave impacto na
agricultura. Alguns viroides bem estudados incluem o viroide cadang-cadang do coco (246
nucleotídeos) e o viroide do tubérculo afilado da batata (359 nucleotídeos). Não são
conhecidos viroides que infectam animais ou microrganismos. O RNA viroide não codifica
proteínas e, portanto, o viroide é totalmente dependente de seu hospedeiro para que possa se
replicar. O mecanismo de replicação assemelha-se ao mecanismo círculo rolante empregado
para a síntese do genoma por alguns pequenos vírus. O resultado é uma grande molécula de
RNA contendo muitas unidades de viroides unidas pelas extremidades. O viroide exibe
atividade de ribozima (RNA catalítico) e é utilizado na autoclivagem da grande molécula de
RNA, liberando viroides individuais.
Príons
Os príons representam o outro extremo em relação aos viroides. Os príons são agentes
infecciosos cuja forma extracelular consiste exclusivamente de proteínas. Assim, uma
partícula do príon não contém DNA ou RNA. Os príons causam várias doenças neurológicas,
como o scrapie, em ovinos; a encefalopatia espongiforme, no gado bovino (BSE ou “mal da
vaca louca”); a doença debilitante crônica, em cervos e alces; e as doenças kuru e de
Creutzfeldt-Jakob (CJD), em seres humanos. Não são conhecidas doenças causadas por
príons em plantas, embora príons tenham sido encontrados em leveduras. Coletivamente, as
doenças animais causadas por príons são conhecidas como encefalopatias espongiformes
transmissíveis.Uma vez que os príons são desprovidos de ácido nucleico, como a proteína
que os compõe é codificada? A resposta para esse enigma é que a própria célula hospedeira
codifica o príon. O hospedeiro contém um gene, Prnp (“proteína do príon”), que codifica a
forma nativa da proteína do príon, conhecida como PrPC (proteína celular do príon). Esta é
encontrada em animais sadios, sobretudo em neurônios, especialmente no cérebro. A forma
patogênica da proteína do príon é denominada PrPSc (proteína priônica do scrapie), porque o
scrapie de ovelhas foi a primeira doença causada por príons a ser descoberta. PrPSc possui
uma sequência de aminoácidos idêntica àquela da PrPC da mesma espécie, porém tem
conformação diferente.