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Do DNA ao RNA
A função e propriedades de uma proteína são determinadas pela sequencia de a.a. que a constitui.
Dogma central da Biologia Molecular: expressão da informação genética ocorre no mesmo sentido para
todos os organismos:
Splicing
Existencia de transcriptase reversa, tanto em bactérias como em eucariotas.
Assim:
A partir de um único gene podemos obter várias copias de RNAm e como tal, várias proteínas. Cada
gene é transcrito e traduzido com diferente eficácia, dependendo das necessidades da célula.
Nem todo o RNA é obtido por transcrição.
Comparação DNA/RNA:
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Catarina Caires Ornelas
Biologia Molecular e Celular – Resumos Alberts 2009/2010
1. RNA é de cadeia simples, o que permite que se dobre adquirindo diversas formas e que emparelhe
de forma convencional (A) e até mesmo de forma não convencional (B), formando estruturas
tridimensionais, ao contrario do DNA.
2. Moléculas de RNA mais pequenas que as DNA por serem o resultado da transcrição de um pequeno
segmento da dupla hélice.
3. A molécula de RNA mensageiro, nos eucarióticos, corresponde á copia de apenas um gene.
O processo de transcrição:
1. A molécula de DNA abre-se numa determinada zona expondo as duas cadeias de DNA;
2. Uma das cadeias serve como modelo para a nova molécula de RNA
3. A nova molécula de RNA é formada pela adição de ribonucleótidos por complementaridade á cadeia
modelo de DNA
4. Se por acaso o emparelhamento estiver correcto, ocorre então a ligação do ribonucleótido a
extremidade crescente da cadeia de RNA a partir de um reacção catalisada enzimaticamente.
5. Á medida que a síntese de RNA vai ocorrendo, a RNA polimerase desloca cadeia de RNA recém-
formada, permitindo que a dupla hélice recupere a sua forma.
Enquanto alguns genes têm como produto final proteínas, outros têm como produto final o próprio
RNA, como é o caso de RNAt (transferência) que ajuda na selecção de a.a. e a segurá-los para que o
ribossoma os incorpore numa proteína, do RNAr (ribossómico) que forma o núcleo dos ribossomas,
ajudando na tradução e ainda Small RNAs, como: microRNA (miRNA) que servem como chaves
reguladoras da expressão génica, ao nível da tradução e alguns RNAs, os snRNAs (small nuclear
RNAs) que vão ser utilizados no splicing, fazendo parte do spliceossoma.
Para que a transcrição tenha início a RNA polimerase tem de se ligar a molécula de DNA num ponto
específico: o local de iniciação do gene (iniciaton site) – local onde tem inicio o gene.
O modo como as RNA polimerases encontram o sítio de iniciação da transcrição é diferente de procariotas
para eucariotas:
Procariotas:
1. A RNA polimerase liga-se fracamente ao acaso a uma molécula de DNA e desliza sobre esta até
encontrar uma região específica que informa a RNA polimerase que síntese de RNA deve começar –
o promotor. A RNA polimerase e capaz de encontrar o promotor sem ter de abrir a cadeia de DNA
pois contacta com porções de bases expostas na parte de fora da dupla hélice.
2. O reconhecimento do promotor é feito por um subunidade da RNA polimerase – o factor sigma (б) –
que reconhece o promotor dando início à síntese, e se dissocia logo da RNA polimerase, deixando
que esta transcreva sozinha
3. Quando a RNA polimerase encontra o local de terminação (codificado por um sequencia de
nucleotidos específica) a síntese pára, a RNA polimerase dissocia-se do DNA e liberta a molécula de
RNA pré-m. A dupla hélice volta a sua
conformação original e o factor sigma
volta a ligar-se a RNA polimerase
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Muitas das etapas seguidas para a transcrição de genes nos procariotas também ocorre nos
eucariotas, no entanto, nestes últimos, a transcrição diverge em alguns aspectos.
Nos eucariontes existe mais do que um tipo de RNA polimerase: RNA polimerase I, II e III. Sendo a II
a responsável pela transcrição de genes que originam proteínas.
Enquanto nos procariotas a polimerase é capaz de reconhecer o promotor e iniciar a síntese sozinha,
a polimerase dos eucariotas necessita de ajuda de proteínas acessórias: factores de transcrição
gerais
Os mecanismos que controlam o inicio da transcrição dos eucariotas são muito mais elaborados
(descrita no cap 8)
Como é que os factores de transcrição gerais ajudam a RNA polimerase II a iniciar a transcrição
1. O início do processo de agregação ocorre com a ligação do factor de transcrição geral TFIID a uma
parte da dupla hélice (a ligação ocorre entre o TBP – TATA binding protein – que é uma subuinidade
do TFIID responsável pelo reconhecimento e ligação ao TATA box): sequência TATA ou TATA box
(localizado a 25 nucleotidos a montante do sítio de início da transcrição, é o promotor dos
eucariotas). A ligação do TFIID provoca uma distorção local no DNA que serve como ponto de
referência para as outras proteínas que se vão ligar ao promotor.
2. Uma vez que o primeiro factor está ligado os restantes agregam-se juntamente com a polimerase,
formando o complexo de iniciação de transcrição
3. A polimerase dissocia-se do complexo de factores para iniciar a transcrição, pela adição de grupos
fosfato a sua cauda. O TFIIH é responsável por este processo pois tem numa das suas subunidades
uma proteína cinase.
4. Uma vez começada a transcrição os factores libertam-se da molécula de DNA
5. Após terminar a transcrição, a RNA polimerasse II liberta-se da molécula de DNA e uma fosfatase
remove os fosfatos.
As enzimas responsáveis pelo processamento do RNA residem na cauda da RNA polimerase. (Ver imag.
7-15)
1. Capping = Nivelamento: ocorre uma modificação na extremidade 5’ do RNAm a ser transcrito. Este
nivelamento consiste na adição à extremidade 5’ da molécula de RNAm que está a ser transcrita, de
uma guanina que possui um grupo metilo. Pode-se dizer que esta extremidade possui um capuz =
cap.
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2. Polyadenylation = poliadenilação: de uma forma geral, consiste na adição de uma cauda de poli-A –
muitas adeninas (poly-A tail). A extremidade 3’ do RNAm acabado de ser sintetizado é cortada por
uma enzima numa sequência particular de nucleótidos, depois uma segunda enzima adiciona uma
sequencia repetida de adeninas na extremidade cortada, formando-se uma cauda Poli-A. A adição
da cauda Poli-A pode ocorrer depois do splicing ocorrer ou antes do splicing terminar.
A maioria dos RNAs eucarioticos têm de sofrer mais uma etapa de processamento até se tornarem
funcionais: remoção de intrões.
Exões: sequências de DNA codificantes. São geralmente mais curtas que os intrões.
Splicing: processo que permite a remoção das sequencias de RNA não condificáveis (intrões)
deixando as codificáveis (exões) na molécula de RNA pre-mensageiro que após sofrer o splicing passa a a
molécula de RNAm madura. Trata-se então de uma das etapas de processamento do RNA que ocorre no
núcleo das células eucarióticas. É extremamente importante pois contribui para a regulação da expressão
génica.
O splicing ocorre com recurso a moléculas de RNA – small nuclear RNAs que se associam a proteínas
formando as small nuclear ribonucleoprotein particles – snRNPs, estas que por sua vez vão fazer parte do
centro do spliceossoma.
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Etapas:
Um gene pode originar várias proteínas diferentes por originar uma molécula de RNAm que pode
sofrer splice de maneiras diferentes; ou seja, o splicing permite aumentar o potencial de codificação
dos genomas, bem como regular a expressão génica – Splicing alternativo.
Está na origem da variação genética pois a existência de intrões facilita a recombinação génica entre
os exões de diferentes genes.
Devido ao splicing, um gene que produz no cérebro uma proteína, pode produzir num rim outra
proteína qualquer com funções diferentes.
Splicing alternativo: O papel central do slipicing no processamento de pré-mRNA abre várias possibilidades
na regulação da expressão dos genes. Como a maior parte dos pré-mRNA contem múltiplos intrões,
diferentes mRNA podem ser produzidos a partir do mesmo gene por diferentes combinações de terminações
5’ e 3’ do intrão. A possibilidade de juntar exões de várias maneiras origina uma nova maneira de controlo,
gerando múltiplos mRNA a partir do mesmo pré-mRNA.
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Como é que a célula distingue as molec de RNAm maduras que podem seguir para o núcleo do lixo
resultante do processamento, como pequenos fragmentos de RNA e RNAm com problemas?
O transporte através do poro nuclear para o citoplasma é específico: apenas RNAs correctamente
processados podem passar. O complexo do poro nuclear reconhece e exporta apenas RNAms completos e
correctamente processados. Estes RNAms apresentam-se ligados a um conjunto de proteínas que sinalizam
que aqueles RNAms foram correctamente processados. Estas proteínas são as proteínas de ligação ao Poli-A,
complexo de ligação Cap (cap-binding complex) e proteínas que marcam RNA splices completos.
Os restos de RNA são degradados.
Os diferentes tempos de vida das moléculas de RNAm sintetizadas definem a quantidade de proteínas
diferentes a serem sintetizadas
Quanto mais tempo uma molécula de RNAm madura ficar na célula, mais vezes será traduzida. Portanto, a
quantidade de proteínas sintetizadas vai depender do tempo de vida da molécula de RNAm que as
codificam.
Cada molécula de RNAm é degradada por RNases, dependendo da célula em que a molécula se
encontra e da sequência de nucleótidos que tem.
O tempo de vida de cada molécula de RNAm ajuda a célula a especificar a quantidade de cada
proteína que sintetiza.
A molécula de RNAm que codifica a β - Globina, tem um tempo de vida muito longo, por isso
produzem-se muitas quantidades de β –Globina.
O processo de trnascrição é universal: todos os organismos usam RNApolimerase para a transcrição e pares
de bases complementares;
No entanto, nos eucarióticos ocorre splicing, devido à existência de introes, ao passo que nos procarioticos
este processo não existe.
Como se explica que os eucarióticos possuam introes e os procarióticos não?
2 hipóteses:
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1- A célula ancestral dos procarióticos e eucarióticos possuía intrões, no entanto com a evolução, os
procarióticos perderam os intrões e adquiriram um DNA mais simples que lhes conferia uma
capacidade de replicação mais rápida e eficaz.
A apoiar esta teoria estão eucarióticos simples, que se reproduzem rapidamente, e que têm um DNA
simples, com menos intrões do que os eucarióticos mais complexos e esses intrões são de menor
tamanho
2- Um ancestral eucariota foi infectado por parasitas que intruduziram elementos genéticos móveis no
organismo colonizado, sendo estes elementos genéticos depois incorporados no genoma do
ancestral eucariota. (esta hipótese pare n ser mto aceite plos cientistas)
É importante ter em conta que seria impossível que cada nucleótido desse origem a um a.a., pois só existem
4 nucleótidos, porém, 20 a.a.. A única forma de obtermos os 20 a.a. é através da sua codificação por 3
nucleótidos, pois 4x4x4 = 64. No entanto, não temos 64 a.a. Como se explica isto?
1- O código genético é redundante e alguns a.a. são obtidos por mais do que um tripleto.
As mitocôndrias: têm o seu próprio DNA e a maquinaria para fabricar proteínas independetemente do resto
da célula.
As moléculas de RNAt funcionam como adaptadores que reconhecem e se ligam a um determinado codão,
de um lado, e do outro estão ligados a um a.a. específico.
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diferentes codões. Ambas as situações ocorrem: existem a.a. que têm mais de um RNAt e também,
alguns RNAt que estão construídos de tal forma que apenas requerem precisão para o
reconhecimento dos dois primeiros nucleótidos de um codão, tolerando o 3º.
Existem diferentes sintetases para cada aminoácido. Por exemplo, uma sintetase é responsável por
ligar glicinas a todos os RNAt que reconhecem o codão que codifica a glicina.
Como é que a sintetase sabe que àquele RNAt deve ser adicionado um determinado a.a.? Através de
nucleótidos específicos situados no RNAt na região de ligação a um a.a. e no anticodão.
A reacção catalisada pelas sintetases requer energia, obtida pela hidrólise do ATP a AMP. Esta
energia permite uma ligação de alta energia entre os RNAt e os a.a. A energia desta ligação vai ser
posteriormente usada na síntese proteica, para ligar os a.a. entre si, covalentemente, na cadeia
polipeptídica.
Ribossoma: complexo constituído por diferentes proteínas ribossomais e diversas moléculas de RNA
chamadas RNAs ribossómicos. Este complexo é responsável por capturar as moléculas de RNAt, pô-las em
posição e ligar covalentemente os a.a. entre si.
Os ribossomas são constituídos por uma pequena subunidade – responsável pelo processo de
ligação dos RNAt aos codões do RNAm – e a grande subunidade – responsável por catalisar a
formação das ligações peptídicas entre os a.a., originando a cadeia polipeptídica.
As duas subunidades juntam-se no RNAm, iniciando a tradução. O RNAm é puxado ao longo do
ribossoma. À medida que a molécula de RNAm se move ao longo do ribossoma, este vai realizando a
tradução de codões em a.a. No fim, as duas subunidades do ribossoma separam-se.
Os ribossomas apresentam um centro activo para a molécula de RNAm e 3 para a de RNAt (A,P e E).
Os ribossomas com actividade catalítica são os ribozimas.
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O ribossoma apresenta um movimento que permite que novos aminoácidos sejam adicionados à cadeia
polipeptídica. Este movimento é realizado tanto pela grande subunidade como pela pequena. A energia
utilizada no movimento da pequena subunidade provém da hidrólise do GTP que acompanha a RNAt.
O processo de tradução
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RNAm dos procariotas: policistrónico: codifica mais de uma cadeia polipeptídica; os genes estão
organizados em operões.
RNAm dos eucariotas: monocistrónico: codifica apenas uma cadeia polipeptídica
Ao contrário dos ribossomas dos eucariotas, os ribossomas procariotas não têm cap para sinalizar
onde se ligar. Em vez das cap, apresentam uma sequencia especifica de ligação ao ribossoma situada alguns
nucleotidos antes do codao de iniciação. Assim os ribossomas procariotas ligam-se à molécula de RNAm
mesmo no centro dela, desde que estejam no local de ligação ao ribossoma da RNAm.
É importante ter em conta que, como a RNAm eucariota não tem essa sequencia de ligação ao
ribossoma, sempre que uma molécula de RNAm for transferida para uma célula eucariota para ser traduzida,
é necessário que se arranje maneira de pôr essa sequencia presente, se não a síntese não se inicia.
Polissomas/ Poliribossomas
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Nas bactérias a síntese de proteínas a partir dos polirribossomas é muito mais rápida porque como o
RNAm não sofre processamento, assim que ele está a ser sintetizado, a tradução já se inicia. Isto é,
ainda não terminou a síntese de RNAm e já está a ocorrer a síntese de proteínas. Os ribossomas
acompanham, assim, a RNA polimerase.
Sabendo que existem divergências entre a síntese proteica dos eucariotas e a dos procariotas,
antibióticos podem ser criados para interromper a síntese de proteínas (tanto ao nível da tradução como da
transcrição) em procariotas sem que eucariotas sejam afectados.
Sendo os ribossomas dos eucariotas diferentes dos dos procariotas, antióticos podem ser usados para inibir
acções realizadas por ribossomas.
Os fungos, tal como os humanos, são eucariotas. Neste sentido, as toxinas usadas pelos fungos para
matar bactérias podem ser usadas pelos humanos com o mesmo objectivo, sem que estes sejam afectados
pelas mesmas.
A quantidade de proteínas numa célula pode ser controlada pela hidrólise das proteínas nos seus a.a.
Enzimas responsáveis pelo processo de proteólise são as proteases. Estas enzimas degradam
proteínas danificadas (deformadas) ou proteínas que devem ter um tempo de vida curto, por hidrólise das
ligações peptídicas entre os a.a. A actividade proteolítica origina primeiro péptidos mais pequenos e depois
os a.a.
A acumulação de proteínas deformadas é responsável por danificar células e tecidos e até mesmo
levar à morte celular. Doenças causadas por acumulação de proteínas deformadas são: Alzheimer,
Huntington, etc.
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Esta degradação proteolítica ocorre no citosol. Também existem outras vias de degradação de proteínas
que correm no lisossoma.
Os proteossomas actuam primeiramente sobre as proteínas que estão marcadas para a destruição,
estas possuem uma ligação covalente à ubiquitina, a ubiquita é reconhecida por proteínas do proteossoma.
Além das proteínas que deverão ter um curto período de vida, proteínas deformadas, proteínas com a.a.
oxidados, proteínas desnaturadas, etc., são degradadas pelo sistema proteolítico ubiquitino-dependente
(proteossomas).
O RNA é a única molécula capaz de se autocatalisar, isto é, de catalisar reacções que levem a sua
própria síntese.
O RNA é, por ser capaz de se autocatalisar e de armazenar informação genética, a molécula que
ocupa o papel central na origem da vida.
O DNA origina proteínas, mas necessita de proteínas para essa mesma acção. No entanto, como se
explica a síntese de proteínas a partir do DNA, se ainda não havia proteínas sintetizadas para poder catalisar
as reacções que conduzem à sua obtenção?
A resposta a esta pergunta é: antes do DNA, o que estava nas células era RNA. Este tinha a
capacidade de, a partir de ribozimas, catalisar reacções que estariam na origem de proteínas.
A ribose é facilmente obtida a partir do formaldeído. Por sua vez, na terra primitiva, o formaldeído
era um composto mto comum;
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A desoxirribose não é facilmente obtida a partir do formaldeído, mas sim a partir de uma reacção,
catalisada por proteínas (enzimas) que permitem a obtenção de desoxirribose, a partir da ribose.
Além disso temos o argumento descrito atrás, sobre o facto do DNA necessitar de proteínas para
sintetisar proteínas…
Então, o DNA surgiu mais tarde e permaneceu nas células por ser capaz de armazenar informação
genética de forma permanente, dado as suas ligações açúcar-fosfato lhe conferirem maior estabilidade e
como tal, resistência à quebra.
A estrutura em dupla hélice e o uso de timina em vez de uracilo reforça a estabilidade e torna a molécula
mais fácil de reparar.
A desaminação é mais fácil de detectar e reparar no DNA do que no RNA, isto porque, o produto da
desaminação da citosina é o uracilo, que existe no RNA, enquanto uma deaminação no RNA vai se tornar
impossível de detectar para as enzimas de reparação.
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