Perguntas Prova I Biologia Molecular

ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS

1 De que é composto um nucleotídeo?
Base nitrogenada, pentose/açúcar (ribose [rna] e desoxirribose [dna] e um
agrupamento fosfato.
2 Cite as bases nitrogenadas, suas classificações e o formato de suas
ligaçoes;
Purinas : Adenina e Guanina, Pirimidinas : Timina, Citosina e Uracila.
Guanina se liga a citosina por tripla ponte de hitrogenio, Timina se liga a
Adenina por dupla ponte de hidrogênio. Uracila se liga a Adenina por
dupla ponte de hidrogênio
3 Quais são as principais características do DNA?
Fita dupla em forma de hélice, complementariedade de bases,
antiparalelismo (5’-3’), desnaturação e renaturação.
4 Qual é a importância da desnaturação e da renaturação do DNA ?
É importante para a replicação do dna, pois para ocorrer a replicação é
necessario que as duplas fitas sejam divididas (desnaturação) e utilizando
as fitas divididas como um molde para gerar novas fitas, após as fitas
deverão ser renaturadas, se unindo por complementariedade de bases.
5 O que é o superenrolamento e para que serve ?
Enrolamento da hélice dupla sobre si mesmo, Fundamental para o
empacotamento do DNA nos genomas, Envolvido na replicação,
transcrição e na recombinação.
6 Para que servem as enzimas topoisomerases I e II ?
São enzimas responsáveis pelo superenrolamento do dna, a
topoisomerase I introduz superenrolamentos clivando 1 fita do dna. A
topoisomerase II destorce o dna superenrolado clivando 2 fitas de dna de
uma mesma região.
7 Quais são as funções do RNAm, RNAr e do RNAt
O RNAm transfere a informação genética aos ribossomos onde sera feita a
transcrição em proteína.
RNAr : Componente dos ribossomos
RNAt: transfere os aminoácidos ate os ribossomos para a síntese proteica.
8 Qual é o dogma central da biologia molecular.
Replicação do DNA, transcrição em RNAm e tradução para proteínas.
9 Tendo a fita molde abaixo traduza em sua fita complementar.
a) DNA
AAATCCGATCCAGTAGCACCGATAAAA
TTTAGGCTAGGTCATCGTGGCTATTTTT
b) RNA
GAUCAAUUGAUCAUCAUCAAAUCCGG
CUAGUUAACUAGUAGUAGUUUAGGCC

c) DNA para RNA

TTCGAAATAGCAAGCTTTAGCAAAAGCCC
AAGCUUUAUCGUUCGAAAUCGUUUUCGGG

ORGANIZAÇÃO GENICA EM PROCARIOTOS

1 – Cite a composição básica de um gene procarioto e explique suas
funções.
Promotor : sitio de ligação da RNA Polimerase;
Terminador: Sequencia nucleotidica que determina o desligamento da
RNA polimerase da fita molde e o término da transcrição;
RBS: Sítio de ligação do ribossomo;
UTR: regiões 5’ e 3’ não traduzidas.
2- O que é a colinearidade de um gene procarioto?
É a equivalência exata entra a sequencia nucleotidica do gene e a
sequencia de aminoácidos da proteína expressa.
3 - O que são plasmídeos ?
São pequenas sequencias nucleotidicas extra celulares (ficam no citosol)
capazes de sintetizar proteínas.
4 – O Que são Operons ?
"Unidade funcional do genoma, na qual duas ou mais regioes
codificadoras de um produto genico (RNA ou proteico) ocupam posicoes
adjacentes, estão coorientadas e tem sua transcricao controlada por um
mesmo conjunto de sequencias reguladoras"
5 – Cite quais são as características gerais de um genoma procarioto;
Ausencia de mutações, uso de quase todo o genoma na codificação e
regulação, colineariedade (equivalência exata entra a sequencia do gene e
a sequencia de aminoácidos do produto proteico), tendência de
apresentar operons e possui plasmídeos.
6 – O que é um gene, e uma ORF;
O gene é uma sequencia de nucleotídeos que ira codificar para uma fita de
rna ou proteínas.
As ORFs (frases de leitura aberta) são sequencias de nucleotídeos que
podem codificar proteínas. Ela é a parte lida pelo RNAm ou seja sem a
presença de introns.

ORGANIZAÇÃO GENETICA DE EUCARIOTOS

1 – Quais são as principais diferenças dos seres procariotos e dos

eucariotos.
Os eucariotos possuem organelas e seu material genético está
concentrado dentro do núcleo. Procariotos possuem plasmídeos.
2 – Cite e comente sobre as estruturas de um gene eucarioto
Elementos reguladores são elementos que fazem a regulação da
expressão genica.
Promotor é o local onde a dnapolimerase se liga, e promove a transcrição
genica.
Exons região transcrita dividida em segmentos, informações genéticas.
Introns regiões de interrupções, são transcritas como uma forma de
garantir proteção contra mutaçoes, também pode propiciar a diversidade
genica pelo splicing alternativo.
Pré-RNAm fita simples constituída de intros e exons;
RNAm fita simples que passou pelo splicing e removeu os instros do rna.
Traduzido fita de rnam pronta para ser traduzido em proteína
3 – Explique os domínios transcricionais complexos
São regiões no genoma que possuem uma lata taxa de transcrição, são
gerados múltiplos tipos de transcritos independentes entre si. Ocorre no
mesmo locus cromossômico.
4 – Explique o paradoxo do valor C
Este consiste em que a uma falta de correlação entre o tamanho do
genoma e a complexidade biológica do organismo. Isto ocorre pois como
não há colinearidade como no genoma procarioto, por exemplo 1 gene
pode transcrever em 18 isoformas.
5 – Explique o que é o processo de splicing alternativo
é um processo regulado durante a expressão gênica que resulta na
codificação de múltiplas proteínas por um mesmo gene. Nesse processo,
certos exons podem ser incluídos ou excluídos do RNAm produzido por tal
gene. Consequentemente, as proteínas traduzidas dos RNAm que
sofreram o splicing alternativo serão diferentes quanto às suas sequencias
de aminoácidos e em certos casos até mesmo quanto às suas funções
biológicas.Esse processo permite que o genoma humano sintetize muito
mais proteínas do que as derivadas dos seus 20.000 genes codificadores
de proteínas.
6 – O que é um transposon e um retransposon
O transposon é uma maquinaria móvel. Serve para promover a
recombinação da sequencia de dna das extremidades com a sequencia do
sitio alvo.
O retransposon promove reações de translocações intermediadas por um
rna. Genes da enzima transcriptase reversa e transposase.
REPLICAÇÃO DE DNA
1 – O que são as origens ?
É a região onde se inicia duplicação do DNA, nos seres eucariotos e
procariotos essas regiões são ricas em AT, em eucariotos existem varias
origens, já em seres procariotos, plasmídeos e vírus são compostos
somente de uma origem.
2 – O que são replicons?
É o local onde está ocorrendo a duplicação, normalmente em procariotos
há somente 1 replicon no genoma dos procariotos, já em eucariotos
existem vários replicon espalhados.
3 – Quais são as regras básicas do processo de duplicação?
Processo semiconservativo
Início da replicação - Origem
Movimento da forquilha de replicação
Unidirecional ou bidirecional
Direção da replicação 5’ → 3’
Semi-descontinuidade da replicação
O processo pode ser dividida em:
- Inicio da replicação
- Forquilha de replicação
- Terminação
4 – Como acontece a replicação de seres eucariotos ?
Ocorre na fase S da interfase, dentro do replicon onde está localizada a
origem de replicação (OriC).
Primeiro a enzima dnaA reconhece a OriC, dnaC ajuda a dnaA se ligar na
OriC a dnaB(helicase) desnatura a fita dupla de dna fazendo assim com
que a dnaA consiga abrir a fita. Cada fita separada serve como um molde
para a criação de um novo dna dupla fita (processo semi conservativo).
Existe nessas regiões proteínas HU que irão estimular a iniciação da
replicação.
Vem a enzima Primase no qual adiciona primers de RNA na fita molde de
dna para iniciar o processo de replicação.
A dna polimerase se liga ao primer e começa a adicionar nucleotídeos na
direção 5’ 3’ da fita molde. Para que não ocorra uma supertorção na
região fora da forquilha de replicação as topoisomerases irão garantir que
isso não ocorra. E também as SSB irão se ligar a fita simples de dna e
ajudar a estabiliza-las.
Vão existir 2 fitas moldes, a fita continua no qual a polimerase não é
interrompida durante o processo de adicionar nucleotídeos (fita 5’ 3’).
E a fita descontinua no qual o seu sentido e oposto da anterior (3’ 5’),
dessa forma para que a dna polimerase consiga trabalhar ela irá replicar
pequenos fragmentos por vez chamados de fragmentos de Okazaki. Cada
fragmento é iniciado por uma primase que coloca primers entre esses
fragmentos para assim a dna polimerase conseguir adicionar
nucleotídeos.
Após as fitas estarem completas a enzima exonuclease ira clivar os
primers de rna nas fitas, e assim a dna polimerase ira completar os gaps.
Por fim a dna ligase ira unir as fitas recém formadas.

5 – Como ocorre a replicação de seres procariotos?

Igual nos procariotos, suas diferenças são :
• Procariotos
- Cromossomo único,Cromossomo circular,Bidirecional e tem UMA
ORIGEM
• Eucariotos
- Múltiplos cromossomos, Cromossomos lineares,Unidirecional e tem
VÁRIAS ORIGENS.
6 – Quais são as principais enzimas e proteínas relacionadas ao processo
de replicação e suas respectivas funções
DnaA : Reconhece a origem e abre a dupla fita
DnaB (helicase) : Desnatura o DNA
DnaC : Auxilia a ligação de DnaB na origem
HU : Proteína do tipo histona que estimula a iniciação da replicação
Primase (DnaG) : Sintetiza os primers de RNA
Single strand binding protein (SSB) : Liga-se à fita simples de DNA
Topoisomerase : Alivia a tensão torsional gerada pela abertura da dupla-
fita
Dna Polimerase : Enzima responsável por adicionar os nucleotídeos na fita
molde por complementariedade de bases
Dna Ligase : Responsavel por ligar as fitas de dna, após o fim da replicação.

PCR

1 – Para que serve a técnica de PCR?

PCR se constitui hoje no método de rotina para isolar rapidamente
sequências específicas a partir de uma mistura complexa de seqüências
genômicas e ou de cDNAs e aumentar a sua quantidade
2 – Quais são os componentes da reção de PCR, e para que cada um deles
serve?
DNA molde – Sequencia no qual vc quer amplificar
Oligonucleotídeos (primer) – Promotor da replicação de uma região
especifica de interesse do seu dna molde
dNTP’s – Nucleotideos livres, utilizados pela dna polimerase
DNA Polimerase – enzima responsável pela replicação do dna molde
Magnésio – substrado da enzima dna polimerase
Tampão – Responsavel por manter o equilíbrio osmótico da mistura
Água – Utilizado como solvente
3 – Quais são as etapas da reação de PCR?
Extração de DNA, Desenho dos primers, Reação da PCR(desnaturação do
dna aos 94 graus, anelamento dos primers a 54 graus, polimerização de
novas fitas de dna a 72 graus) e analise dos resultados.
4 – Durante a reação da PCR existe várias temperaturas durante o ciclo,
para que serve cada uma delas?
desnaturação do dna aos 94 graus, anelamento dos primers a 54 graus,
polimerização de novas fitas de dna a 72 graus
5 - Como é feita a analise da sua PCR?
Normalmente e feito por eletroforese em gel de agarose
6 – Cite aplicações para a técnica de PCR
Diagnóstico de doenças infecciosas e genéticas, amplificação de genes
para posterior clonagem e expressão, determinação de variabilidade
genética, deteção de OGMs, sexagem de embriões, estudo da expressão
gênica e etc.
7 – Quais são as limitações desta técnica?
Extração do DNA da amostra é crítica, alguns compostos podem inibir a
polimerase, condições específicas para cada reação, falsos resultados
positivos devido a contaminação, falsos resultados negativos, análises
conduzidas em laboratórios especializados etc.