Regulação Gênica

O que é: Mecanismos usados por uma célula para controlar a quantidade que
será sintetizado de cada gene.

Função: Sintetizar genes individuais, modular a síntese de genes, diferenciação

celular e evitar interações desnecessárias entre proteínas.

Tipos

● Constitutiva: Transcrição/ Tradução de um gene de forma contínua e

não regulada, ou seja, há sempre uma expressão mínima acontecendo.
Ex: Genes ribossomais (proteínas ribossômicas) e histonas.

● Modulada: Acontece quando um gene não é necessário o tempo todo, é

expresso em determinadas etapas da vida. Ex: Genes que induzem a
formação de tecidos específicos.

Processos regulatórios do DNA atuam como

● Elementos de atuação cis: Sequências de nucleotídeos que regulam

genes adjacentes a estes (não afetam genes em outros cromossomos).
Atua exclusivamente naquele gene.

- No DNA afetam a regulação da transcrição e os transcritos afetam o

processamento do mRNA, promovendo a tradução
Mutações = Cis dominantes, pois afetam os elementos e não conseguem
realizar a regulação, não há complementação.

● Elementos de atuação trans: Moléculas que se difundem (como

proteínas ou RNAs) e regulam a expressão de genes em que entram em
contato. Regulam vários genes.

Modos de regulação

● Regulação positiva (ativador): Os ativadores promovem a transcrição

do RNA para formação de proteína

● Regulação negativa (repressão): A transcrição ocorre sem a presença

de uma proteína promotora. Quando o operador se liga na região
promotora, a RNA pol não reconhece e o gene não é transcrito.
Âmbito da Regulação gênica

● Regulação Global: Regulam diversos genes ao mesmo tempo, ocorrem

diversas mudanças. Ex: Condensar mais ou menos uma região da
cromatina, síntese de fatores de alongamento.

● Regulação de Domínio Ampla (co-regulação) ou restrita: Regulação

de um pequeno conjunto de genes ou de forma individual. Ativação de
promotores/intensificadores de forma individual. Ex: Operons e regulons.

Expressão gênica (Procariotos x Eucariotos)

● Cromatina: Regulação universal, pois afeta a interação do DNA com

enzimas.

● Modificações no DNA: Maior empacotamento do DNA torna as regiões

de transcrição menos acessíveis (Estrututral). O silenciamento do gene
acontece pela metilação do DNA (Química)

● Núcleo: É uma oportunidade de regulação, exportando o mRNA do

núcleo pro citoplasma.

● Reg. Cordenada em Cis: Comum em procariotos (operon).

● Íntrons: Comum em Eucariotos, um gene pode sintetizar mais de uma

proteína através da retirada dos íntrons (splicing alternativo).

Atividade da RNApol: Procariotos = holoenzima em que sua subunidade

auxilia no reconhecimento do gene a ser transcrito. Eucariotos = RNApol
precisa de fatores auxiliares

Regulação na trancrição: Procariotos = Regulação mediada por fatores que

interagem diretamente com a RNApol (controle alostérico – interação de
proteínas que modifica a função delas). Eucariotos = Interação de fatores
distantes (promotor basal e através da excisão de íntrons).
 Regulação Gênica em Procariotos

Transcrição da RNA pol pode ser regulada por:

● Fatores de especificidade: Alteram a especificidade da RNApol à um

promotor. Ex: Fator Sigma

● Repressores: Se ligam a regiões não codificantes próximas ao início da

transcrição e sobrepõe a região promotora.

● Ativadores: Incrementam a interação da RNApol com um promotor,

promovendo a expressão.

Fatores de especificidade: Fator sigma

Fatores de Repressão/Ativação: Reduzem / Aumentam a taxa de transcrição

= São elementos que tem afinidade pelo DNA e regulam a expressão de um ou
mais genes

Indução da transcrição:

● Uma proteína repressora está ligada ao promotor no DNA e neste caso

não ocorre transcrição, mas quando há ligação deste repressor com um
indutor ele muda sua conformação e perde afinidade pelo DNA.

● Quando um gene não possui nada ligado a ele e não é transcrito, mas
ao se ligar com uma proteína ativadora que reconhece região ele induz
a transcrição

Repressão da tradução:

● O gene está naturalmente sendo transcrito, e a molécula repressora está

inativada, mas, ao se ligar com o indutor ele muda sua conformação
passando a ter afinidade pelo DNA, reprimindo a transcrição.

● Possuímos normalmente um ativador funcional e, quando entra em

contato com um efetor (co-repressor) ela perde afinidade pelo DNA e o
gene não é transcrito.

- Operon é um conjunto de enes controlados por um mesmo promotor

- Operon do Triptofano:

□ Operon contém 5 genes necessários para síntese de Triptofano

□ Além dos 5 genes contém o gene trpL que tem papel regulatório;
trpR que não faz parte do operon mas tem papel de sintetizar a
proteína repressora;
□ É ativado somente na falta do amino ácido triptofano

□ O elemento regulador é o próprio triptofano

□ Atua como um co-repressor

- Atenuador do Operon do Triptofano:

□ O fato da disponibilidade do promotor à RNApol permite o início da

transcrição. Nem toda transcrição alcança o primeiro gene do operon
□ Existe um 2º mecanismo de regulação: A Atenuação

□ Regiões 3 e 4 formam um terminador (grampo com alça) seguidos de poli-

U : Sequência líder e Peptídeo líder

Operon Lac: composto por 3 genes: lacZ, lacY e lacA

□ lacZ – sintetiza a ß-galactosidase. Gene responsável por quebrar a lactose

produzindo glicose e galactose
□ lacY – sintetiza a lactose permease. Esta proteína se insere na

membrana plasmática e transporta lactose para o interior da célula

□ LacA – sintetiza tiogalactosidase transacetilase. Proteína

responsável pela degradação dos tiogalactosídeos tóxicos que
também podem ser transportados pelo gene lacY

- Funcionamento do
ciclo:
□ Na presença de glicose e lactose há uma expressão basal.

□ Na ausência de lactose a transcrição é reprimida

□ Na presença de lactose o operon é ativado e o repressor é inativado e

a transcrição inicia-se

Regulação catabólica: Regulação por meio de uma molécula

(catabólito) no caso do operon lac é a glicose.
 Regulação gênica em Eucariotos

Existem mais elementos que controlam a regulação, podendo estar a montante

ou a jusante do gene, alguns elementos controlam o ponto de início e outros
quando deve ser o início. A transcrição é ativada por proteínas especializadas.

Podem ter mais de um promotor, sendo reguladas positiva ou negativamente.

Intensificadores (dif em Pro): Ocorrem a montante/jusante do gene. Proteínas

específicas se ligam (sequência que determina). Laços podem se formar entre
o fator de transcrição e os intensificadores.

Intensificadores: Elementos que ao se ligarem ao DNA estimulam a transcrição

de 10 a 1000X

Taxa de expressão depende da interação de proteínas com controle positivo ou

negativo.

Regulação combinatória dos genes: Promotores e intensificadores possuem

várias proteínas em comum, implicando em muita interação entre os dois
elementos.

Proteínas Reguladoras: Se ligam como dímeros (heterodímeros) que são

duas subunidades diferentes que formam uma proteína

● Domínios: Regiões na proteína que tem funções específicas/ Parte

conservada de uma sequência proteica. Ex: Domínio com afinidade ao
DNA ou Sítio de ligação de uma molécula efetora.

● Motivos: Quando um domínio (ou uma parte) tem uma estrutura muito
similar em muitas proteínas.

- Motivos proteicos: Estruturas supersecundárias, presentes em várias

moléculas.

Outra forma de regular o DNA = DNA imprinting que é uma modificação na

sequência de DNA e faz com que os elementos de regulação não reconheçam
o promotor

Domínios de Fatores de
Transcrição

Estrutura secundária (alfa-hélice), para reconhecer sequências através do

sulco profundo, formando pontes de hidrogênio entre o hélice e as bases e
interação de aminoácidos de carga positiva.
Domínios de ligação com DNA: Proteínas Hélice – Vota/laço – Hélice,
Domínio de Zíper de Leucina / de Ligação contendo Zinco e Proteínas com
Homeodomínio

No laço apenas uma hélice interage com o sulco profundo.

Zíper de Leucina: Duas estruturas proteicas alfa-hélice formando uma tesoura,

interage com o sulco profundo. É zíper, pois as duas alfa-hélice tem cadeias
laterais de leucina

Proteínas com Homeodomínio: Fatores de trancrição que compartilham uma

estrutura proteica que se liga à molécula de DNA.

Ativadores: Estimulam a transcrição de genes, não recrutam a RNApol

diretamente e sim participam do recrutamento em:

● Interagindo com outros componentes de iniciação que interagem com a

RNApol.
● Recrutam modificadores de nucleossomo que os modificam nas
proximidades de um gene, ajudando no posicionamento da RNApol.

Repressores: Reprimem a atividade de transcrição.

● Podem se ligar a sítios adjacentes a um promotor e interagir com a

RNApol e interferir a ação dos ativadores.

● Recrutam proteínas que modificam os nucleossomos (oposta aos

ativadores).

● Não sobrepõe o promotor para impedir a ligação da RNA pol (dif em Bac)

Regulação à nível de cromatina: O DNA pode estar menos ou mais acessível.

Cromatina: DNA + proteínas dele (principalmente histonas) com interação raça

(pontes de hidrogênio)

● Eucromatina: Mais difusa e livre de proteínas

● Heterocromatina: Mais compactada, divididas em Constitutiva e

Facultativa, importantes no processo de morfogênese e diferenciação
celular.

Composição dos nucleotíodios na sequência de DNA influencia a afinidade do

nucleossomo pelo DNA.
Remodelagem da Cromátide: Processo de como o DNA é liberado e está
vinculada a estabilidade das histonas a um grupo de proteínas = Complexo de
remodelagem nucleossômica

3 modelos de remodelagem:

● Deslizamento: Nucleossomo rola de um lado pro outro liberando a

região a ser transcrita.
● Transferência: O nucleossomo é transferido de uma região para outra,
liberando a região.
● Remodelagem: Um sítio que está voltado para o nucleossomo se volta
para cima.

- Remodelagem e modificações: Proteína se fixa a um sítio de

reconhecimento, recrutando um complexo proteico de remodelagem (CPR) que
faz modificações nas histonas e outras proteínas com afinidade ao DNA

Elas recrutam proteínas que acetilam os terminais amino das histonas, fazendo
com que a fita de 30nm se torne uma fita de 10 nm

Modificação das histonas:

● Acetilação:
- Histona Acetilada: Regiões em atividade de transcrição.
- Histona Desacetilada: Regiões em que a transcrição foi repressa.

Resíduo = Lisina / Enzimas = Acetilação (acetiltransferase) e

Deacetilação (deacetilase)
Efeito no terminal N: Modifica a carga externa das histonas, diminuindo
(acetilado) ou aumentando (deacetilado) a afinidade das histonas ao DNA

● Metilação: Função de ativação e repressão depende do resíduo no

terminal amino da proteína que foi metilada

● Fosforilação: Influencia na carga positiva do terminal N, reduzindo a

afinidade pelo DNA. (importantes na formação da fibra de 30nm)
 Genomas

O que é: Toda a informação hereditária que está contida no Á.nucleico (DNA ou

RNA).

Tamanho se refere à quantidade de DNA contido em uma cópia de um genoma

Nem todo o gene resulta em uma proteína, RNAs – r,t,micro. Podem produzir
mais de um tipo de proteína.

Controle de uma característica e afetam outros caracteres (pleiotropia) OU

cooperam em grupos controlando caracteres individuais (herança constitutiva)

Epigenética: É o estudo da variação do trato celular e fisiológicos que não

são causados por modificações na sequência de DNA

Comum em Procariotos: Organização do genoma na forma de operon,

transcritos como mRNA policistrônico.

Cistron: É relativo a uma unidade genética funcional:

● Genomas simples: Relação direta entre o gene e seu produto –

proteína relacionada ao gene.

● Genomas complexos: Definição mais difusa, existindo vários casos.

Em Eucariotos complexos: São interrompidos por íntrons, como no splicing

alternativo.

Na situação inversa: Dois produtos são necessários para compor uma única
proteína = Edição de RNA, ambos juntos fazem o Cistron.

Em Procarioto: Há a composição de um Operon (unidade de transcrição) e o

produto de transcrição é mRNA policistrônico (um RNA com todos os genes
agregados)

Operon pode conter um gene regulador, Promotor e Operador.

Previsão dos Operador no Genoma: Distância entre os genes, verificar códons

de início e fim.

Regulons: Conjuntos de genes que podem ou não estar organizados em

operons, regulados pela mesma proteína reguladora.

Stimulons: Mesma coisa mas estão sob regulação de um mesmo estímulo

celular
Multiplas cópias de um gene ocorem devido a um evento de duplicação gênica
Podem ser analisados pelo: Conteúdo e distribuição de G+C (estabilidade),
utilização dos códons nas sequências codificantes, duplicação, ente outros.

Códon: Um conjunto de 3 nucleotídeos (aminoácido)

Desvio do uso de Códons: Composição de G+C (tendências mutacionais),

conservação de aminoácidos e nível de expressão gênica

Elementos repetitivos se reassociam mais rápido do que elementos únicos.

Paradoxo do C: variação da quantidade de DNA não codifcante num genoma

Composição do genoma:

● Fração lenta: Regiões de cópia única.

● Fração intermediária: Composta por alguns genes e repetições longas

- Transposons: São duplicados com auxílio da transcrição reversa. Se

diferenciam pela presença ou ausência de repetições longas.

- Transpossons RNA = Elementos com LTR, repetições de mesmo sentido

nas extremidades.

- Lines (2 sequências codificantes) e Sines (não possuem transcriptase

reversa) = Elementos sem LTR

● Fração rápida: Formadas por sequências repetitivas = DNA satélite

(quebra do DNA localizados nos centrômeros ou telômeros).

VNTR (nº Variável de Repetições em Sequência): possui sequências curtas

repetidas em seguida:

● Microsatélites: Repetições simples

● Minisatélites: Sequências um pouco maiores ricas em G+C

Palíndromos: Sequências onde o complemento é o reverso da sequência

(simétrico).

Sequências/Repetições Invertidas: Temos um ou mais nucleotídeos

separando ele e o seu complemento.
MÉTODOS EM BIOLOGIA MOLECULAR
– Os métodos atuam em propriedades físico químicas das moléculas

- Todos os métodos tem:

□ Lise das membranas

□ Purificação e recuperação do DNA

□ Armazenamento do DNA

- Clonagem de DNA: é o processo de amplificação seletiva do DNA,

dependente da ligação do DNA de interesse a vetores

□ Vetores: sequências de DNA capazes de replicação

independente do(s) cromossomo(s) da célula hospedeira

□ DNA recombinante: a combinação de DNA de fontes diferentes: vetor

artificial e uma sequência de DNA de organismo, por ex Enzimas de
restrição: enzimas que clivam o DNA em locais específicos

Partes da clivagem:
1) Clivar o vetor e o DNA doador com a mesma ER
2) Ligar estes DNAs com uma enzima ligase
3) Inserir o DNA recombinante em células adequadas
4) Isolamento dos clones com o DNA recombinante

- Biblioteca genômica: é uma coleção de fragmentos de DNA de uma

determinada espécie de organismo, obtidos a partir da ação
de endonucleases de restrição, ligados aos vetores apropriados e
clonados após terem sido inseridos em um hospedeiro

- Reação em Cadeia da Polimerase: A PCR permite aamplificação seletiva

de uma sequência alvo de DNA a partir de uma população heterogênea de
DNA > realizada em termociclador

- Eletroforese: técnica usada para separar biomoléculas baseada em:

carga, tamanho e forma

- Método de sequenciamento Sanger – sequenciamento didesoxi de

DNA: métodos para determinar a ordem das bases nucleotídicas – em
uma molécula de DNA

• Princípios-chave do método de Sanger: Síntese, Didesoxinucleotídeos

trifosfatos (ddNTPs) (diferente de dNTPs) e Eletroforese

- Métodos de detecção de ácidos nucleicos: Detectar genes

específicos assim como os seus produtos, se baseia na propriedade da
complementariedade das bases, Sequência unifilamentar conhecida
hibridiza com uma sequência complementar

Transferência de Southern (DNA): Um gene clonado, ou um fragmento,

é usado como uma sonda para detectar a presença dessa sequência
gênica em particular dentro de uma mistura de fragmentos de
cromossomos, por exemplo.