Cálculos quantum mecânicos

Hugo Verli

Grupo de Bioinformática Estrutural

Centro de Biotecnologia/Faculdade de Farmácia
Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Resumo

  Introdução
  Capacidade de reproduzir sistemas “reais”?
  Formas dos orbitais atômicos
  Minimização de energia
  Métodos quânticos
  Mecânica quântica
  Métodos Ab initio
  Métodos semi-empíricos

1.  Introdução
1.1. Capacidade de reproduzir sistemas “reais”?
  Reprodução das propriedades de orbitais moleculares:

Itani et al., Nature, 2004, 432, 867-871.

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 1.  Introdução
1.1. Capacidade de reproduzir sistemas “reais”?
  Reprodução das propriedades eletrostáticas de sistemas moleculares:
  Estrona:
  Cálculos DFT

Experimental Teórico

Zhurova et al., J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 8849-8861.

1.  Introdução
1.2. Formas dos orbitais atômicos
  Primeiros orbitais do átomo de hidrogênio, em corte transversal sobre o
plano x-z:

http://en.wikipedia.org/wiki/Image:HAtomOrbitals.png

1.  Introdução
1.3. Minimização de energia
  Na modelagem molecular busca-se regiões de menor energia:
  Estados estáveis do sistema;
  Obtenção através de algoritmos de minimização de energia;
  Caracterização através de cálculos de freqüências vibracionais;
  Norma do gradiente (segunda derivada da função de energia potencial do
sistema): igual à zero nos pontos de mínimo de energia;
  O objetivo dos algoritmos de minimização de energia é reduzir a norma do
gradiente do sistema (critério de convergência).

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1.  Introdução
1.3. Minimização de energia
  Algoritmos de minimização de energia:
  Steepest Descents
  Conjugate Gradients
  Newton-Raphon
  Quasi-Newton
  EF (EigenFollowing)
  BFGS (Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno)
  LBFGS
  Cálculo de freqüências vibracionais:
  Simulação das absorções em um espectro de infra-vermelho;
  A presença de freqüências negativas caracteriza um estado de transição
(ponto não-estacionário):
  Uso na caracterização de mínimos de energia;
  Uso na caracterização de máximos de energia:
  Estados de transição.

1.  Introdução
1.4. Máximos de energia
  Não só os mínimos de energia são importantes, mas os máximos
também;
  Vão representar estados de transição entre dois estados;
  Reação química;
  Equilíbrio conformacional.
  Deve-se, contudo, partir dos mínimos de energia de cada estado;
  O programa irá procurar a geometria de maior energia, intermediária a cada
processo.
  Algoritmos de “minimização” de energia para estados de transição:
  TS (métodos semi-empíricos):
  uso da rotina EF para busca de estados de transição.
  SADDLE
  BAR
  Cálculo de freqüências vibracionais:
  A presença de freqüências negativas caracteriza um estado de transição
(ponto não-estacionário).

2.  Métodos quânticos

2.1. Mecânica Quântica
  Mecânica quântica versus mecânica clássica
  Material on-line:
  http://bethe.cornell.edu/

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2.  Métodos quânticos
2.1. Mecânica Quântica
  A mecânica quântica representa explicitamente os elétrons em seus
cálculos, tornando possível a investigação de propriedades moleculares
dependentes da distribuição eletrônica, com destaque para reações
químicas;

  Neste ponto a mecânica quântica difere da mecânica molecular, na qual

não há representação explícita dos elétrons;

  O ponto de partida para a mecânica quântica é a equação de

Schrödinger, descrevendo o movimento de uma partícula através do
espaço como função do tempo e de um campo externo:

2.  Métodos quânticos

2.1. Mecânica Quântica
  Distribuição eletrônica:
  Orbitais atômicos!

2.  Métodos quânticos

2.1. Mecânica Quântica
  Regras para o preenchimento dos orbitais atômicos:
  O Princípio da Exclusão de Pauli:
  Cada orbital pode ter no máximo dois elétrons;
  O Princípio de Aufbau:
  Os elétrons são colocados de acordo com o nível de energia dos orbitais,
começando pelo de menor energia, 1s.
  A Regra de Hund:
  Quando existirem orbitais degenerados (energia igual), primeiramente se
insere um elétron por orbital, com o mesmo spin.

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2.  Métodos quânticos
2.1. Mecânica Quântica
  Orbitais moleculares:
  Formados a partir da combinação de orbitais atômicos;
  Um número x de orbitais atômicos produz um número x de orbitais
moleculares, ligantes e anti-ligantes;
  Formação da molécula de H2:

2.  Métodos quânticos

2.1. Mecânica Quântica
  Por que os orbitais moleculares são importantes?
  São responsáveis por grande parte das propriedades moleculares:
  Reatividade
  Polaridade
  Conformação
  Estrutura 3D
  Etc.
  Deve-se ter em mente que os orbitais moleculares são formados por uma
combinação de orbitais atômicos.
  A estrutura e orientação dos orbitais atômicos influenciam diretamente as
propriedades dos orbitais moleculares;
  Por exemplo, a mudança na conformação de uma molécula é capaz de
modificar as propriedades dos orbitais moleculares, uma vez que a
orientação dos orbitais atômicos se modifica.

2.  Métodos quânticos

2.1. Mecânica Quântica
  Métodos quantum mecânicos:
  Ab initio:
  “Do princípio”, “baseado nos princípios básicos”;
  Requer como dados somente constantes físicas;
  Refere-se ao cálculo que utiliza as equações Hartree-Fock, sem ignorar
ou aproximar qualquer das integrais ou termos do cálculo;
  A diferença entre os métodos ab initio se deve à calibração diferenciada
dos cálculos.
  Semi-empíricos:
  São considerados somente os elétrons da camada de valência;
  São considerados somente os orbitais s e p;
  Simplificações matemáticas.
  Densidade funcional:

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2.  Métodos quânticos
2.2. Métodos Ab initio
  Principais conjuntos de bases para cálculos ab initio:
  Minimal basis sets:
  STO-nG, n = 2, 3, 4, 5, 6
  Split valence basis sets:
  n-21G, n = 3, 6
  n-31G, n = 4, 5, 6
  Triple split basis set:
  n-311G, n = 6
  Double zeta valence basis set: Extended basis sets
  DZV
  Triple zeta valence basis set:
  TZV

2.  Métodos quânticos

2.2. Métodos Ab initio
  Principais conjuntos de bases para cálculos ab initio:
  Foram inicialmente desenvolvidos por Slater, e os orbitais descritos por estas
equações recebiam seu nome;
  Infelizmente, o cálculo dos orbitais do tipo Slater são extremamente
custosos computacionalmente.

  Mais tarde foi identificado que gaussianas para descrever os orbitais do tipo
Slater, o que representou uma redução no custo computacional de 4 a 5
ordens de grandeza;
  Infelizmente, o preço pago por este ganho de performance foi uma
redução na precisão da descrição dos orbitais atômicos;
  Uma forma de compensar esta deficiência é através do aumento no
número de gaussianas para descrever os orbitais.

2.  Métodos quânticos

2.2. Métodos Ab initio
  Conjuntos de bases para cálculos ab initio:
  Minimal basis sets:
  STO-nG – n é o número de gaussianas usadas para descrever
adequadamente o orbital do tipo Slater;
  STO-3G e STO-4G;
  Considera todos os orbitais como possuindo a mesma forma, o que não é
uma verdade;

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2.  Métodos quânticos
2.2. Métodos Ab initio
  Conjuntos de bases para cálculos ab initio:
  Split-valence basis sets:
  Uso de mais de uma função para descrever os orbitais da camada de
valência, uma vez que são estes os elétrons envolvidos na formação de
ligações químicas;
  Split-valence double basis sets:
  Cada orbital da camada de valência é descrito por duas funções de
base;
  Exemplos: 3-21G, 6-31G.
  Split-valence triple basis sets
  Cada orbital da camada de valência é descrito por três funções de
base;
  Exemplo: 6-311G.

2.  Métodos quânticos

2.2. Métodos Ab initio
  Conjuntos de bases para cálculos ab initio:
  Split-valence basis sets:

2.  Métodos quânticos

2.2. Métodos Ab initio
  Funções adicionais utilizadas em cálculos ab initio:
  Funções descrevendo a polarização de átomos pesados;
  Exemplo: 6-31G*.
  Funções descrevendo a polarização de átomos leves;
  Exemplo: 6-31G** (átomos pesados inclusos).
  Funções descrevendo difusão de orbitais em átomos pesados;
  Exemplo: 3-21+G.
  Funções descrevendo difusão de orbitais em átomos leves;
  Exemplo: 6-311++G (átomos pesados inclusos).
  Polarização: correção da distorção na forma dos orbitais atômicos que
ocorre com a formação de espécies poli-atômicas (perda de simetria).
  Difusão de orbitais: correção do aumento de densidade eletrônica que
ocorre com espécies aniônicas e moléculas apresentando pares de
elétrons não-ligados.

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 2.  Métodos quânticos
2.2. Métodos Ab initio
  O simples aumento no número de funções de base não necessariamente
acarreta em melhoria do modelo molecular:

Moran et al., J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9342.

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  A maior parte do tempo requerido para a realização de um cálculo ab
initio Hartree-Fock é gasto calculando e manipulando integrais;
  Negligenciar ou aproximar estas integrais é portanto uma maneira de reduzir o
custo computacional do cálculo;
  O método desenvolvido com este objetivo é denominado semi-empírico.

  Aproximações realizadas pelos métodos semi-empíricos:

  São considerados somente os elétrons da camada de valência;
  São considerados somente os orbitais s e p;
  Simplificações matemáticas.

  Métodos semi-empíricos mais comuns:

  MNDO, MNDO/d
  AM1, RM1
  PM3, PM5

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  Os primeiros métodos semi-empíricos foram desenvolvidos na segunda
metade da década de 1960 (CNDO, INDO, NDDO);

  Até meados da década de 1980 mesmo simples cálculos ab initio

estavam além dos recursos computacionais disponíveis para a maior
parte dos grupos de pesquisa;

  Estes primeiros métodos semi-empíricos apresentavam severas

limitações, tais como:
  Os calores de formação para compostos insaturados eram muito positivos;
  Os erros nos ângulos de ligação calculados eram muito grandes;
  Os calores de formação para moléculas contendo átomos com pares de
elétrons não-ligados eram muito negativos.

  O primeiro método semi-empírico a superar estes problemas foi o MNDO.

Pople et al., J. Chem. Phys., 1965, 43, S129; Pople et al., J. Chem. Phys., 1967, 47, 2026; Pople et al., J. Chem. Phys., 1965, 43, S136.

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 2.  Métodos quânticos
2.3. Métodos semi-empíricos
  MNDO:
  Modified Neglect of Diatomic Overlap method;
  Este método permitiu cobrir uma série de átomos não manipuláveis
previamente por métodos semi-empíricos, tais como alumínio, silício,
germânio, bromo e outros;
  Inicialmente não podia ser utilizado para metais de transição, uma vez que a
parametrização envolvia somente os orbitais s e p;
  Elementos hipervalentes (S e P) também são descritos deficientemente em
decorrência da hibridização sp3d2:
  Mais recentemente foi desenvolvida a versão MNDO/d, que inclui
parâmetros para o orbital d de alguns elementos.
  Apresenta sérias limitações na representação dos seguintes sistemas:
  Inter-moleculares envolvendo ligações de hidrogênio;
  Conjugados, tais como anéis aromáticos;
  Estericamente restritos;
  Superestima a repulsão entre átomos quando estes estão separados por uma
distância aproximadamente igual à soma de seus raios de van der Waals.

Dewar & Thiel, J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899; Dewar & Thiel, J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4907;
Thiel & Voityuk, J. Mol. Struct. 1994, 313, 141.

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  MNDO:
  Modified Neglect of Diatomic Overlap method;
  Elementos parametrizados para este método:

Stewart, J. P., MOPAC2000 User Manual, 2000.

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  AM1:
  Ausitn Model 1 method;
  Foi desenhado de forma a eliminar os problemas identificados com o MNDO;
  De fato, apresenta uma melhora significativa em relação aos métodos
anteriores;
  PM3:
  Parameterisation Model 3 method;
  Contém essencialmente os mesmos componentes que o AM1;
  Enquanto o AM1 foi desenvolvido a partir do conhecimento químico, o PM3 foi
parametrizado através de procedimentos automatizados;
  Em linhas gerais, a precisão de AM1 e PM3 são semelhantes, tanto com
relação a propriedades estruturais quanto termodinâmicas;
  Um dos principais problemas que permanecem com este método é relativo à
barreira de rotação de amidas, muito baixa ou inexistente. A correção deste
problema pode ser conseguida através de um termo empírico (MMOK);
  Incorreções na geometria dos átomos de nitrogênio;
  Comprimento de ligações de hidrogênio mais curto que o dado experimental;
  Existe um debate considerável quanto à comparação entre AM1 e PM3.

Dewar et al., J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.

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 2.  Métodos quânticos
2.3. Métodos semi-enpíricos
  AM1:
  Ausitn Model 1 method;

  PM3:
  Parameterisation Model 3 method;

Stewart, J. P., MOPAC2000 User Manual, 2000.

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  PM5:
  Parameterisation Model 5 method;
  Comprimento de ligações de hidrogênio maiores do que o valor experimental;
  Potencial eletrostático envolvendo o átomo de cloro é severamente incorreto;
  Parâmetros para H, C, N, O, S, F, Cl, Br e I.

  RM1:
  Recife Model 1 method;
  O mais recente semi-empírico, sendo uma evolução da família de métodos
AM1, PM3 e PM5;
  Parâmetros para H, C, N, O, P, S, F, Cl, Br e I.

Rocha et al., J. Comp. Chem. 2006, 27, 1101; Stewart, J. P., MOPAC2002 User Manual, 2002.

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  Comparação de diferentes métodos semi-empíricos:

Rocha et al., J. Comp. Chem. 2006, 27, 1101;

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 2.  Métodos quânticos
2.3. Métodos semi-empíricos
  Comparação de diferentes métodos semi-empíricos:

Rocha et al., J. Comp. Chem. 2006, 27, 1101;

2.  Métodos quânticos

2.3. Métodos semi-empíricos
  Embora tenha havido uma significativa evolução na performance dos
métodos semi-empíricos, deve-se ter em mente que podem ser obtidos
resultados anômalos em sistemas moleculares específicos;

  As principais deficiências dos métodos semi-empíricos surgem do fato de

que os compostos (ou classe química) em estudo não foram usados na
parametrização do método:
  Por exemplo, a maior parte dos compostos utilizados na parametrização dos
métodos mais comuns, MNDO, PM3 e AM1, possuem nenhuma ou pouca
liberdade conformacional;
  Em conseqüência, o cálculo de barreiras rotacionais não é realizado com a
mesma precisão que os calores de formação ou outras propriedades não
relacionadas à conformação molecular.

2.  Métodos quânticos

2.4. Métodos complementares
  Métodos de solvatação:
  Solvente explícito:
  Presença física da molécula do solvente;
  Ocorrem interações químicas entre soluto e solvente, tais como ligações
de hidrogênio e interações de van der Waals;
  Descreve o efeito mútuo de soluto sobre a estrutura do solvente e deste
sobre a conformação do soluto.
  Solvente implícito:
  Não há presença física da molécula do solvente;
  A presença do solvente se dá através de sua capacidade de modular as
propriedades eletrostáticas do meio, denominada constante dielétrica (ε);
  εvácuo = 1 e εágua = 80;
  Conformações de elevado momento dipolar tendem a ser estabilizadas
em meios de elevada constante dielétrica;
  Conformações de reduzido momento dipolar tentem a ser estabilizadas
em meios de baixa constante dielétrica.

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 2.  Métodos quânticos
2.4. Métodos complementares
  Modelos de solvente implícito:
  COSMO:
  Conductor-like Screening Model;
  Utiliza como parâmatros: constante dielétrica do solvente, raio do solvente
e o número de segmentos por átomo;
  São obtidos em geral gradientes em torno de 1% do valor da constante
dielétrica do meio;
  Variações de energia em torno de 1% devem ser esperadas e, portanto,
desconsideradas;
  Cálculos vibracionais não são recomendados com este método.

Stewart, J. P., MOPAC2000 User Manual, 2000.

2.  Métodos quânticos

2.5. Programas
  Principais programas utilizados para a realização de cálculos quantum
mecânicos:
  MOPAC
  AMPAC
  GAMESS
  GAUSSIAN

Referências adicionais:

  Alguns artigos de referência:

  Sant’Anna, C. M. R., 2002, Quim. Nova, 25, 505-512.
  Sant’Anna et al., 1998, J. Mol. Struct. (Teochem), 429, 217-227.
  Stewart, J. J. P., 1997, J. Mol. Struct. (Teochem), 401, 195-205.
  Mammino, L., 2006, J. Mol. Struct. (Teochem), 769, 61-68.
  Stewart, J. J. P., 2004, J. Mol. Mod., 10, 6-12.
  Tarakeshwar & Kim, 2002, J. Mol. Struct., 615, 227-238.

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