Após conquistar definitivamente o reino de Portugal pela força das armas na batalha de

Alcântara, Felipe II passou então a procurar garantir juridicamente a nova aquisição ao império
Habsburgo enquanto D. Antônio formava um governo de oposição no arquipélago dos Açores.
Se, por um lado, o desafio do prior do Crato ao domínio espanhol serviu para sobressaltar o
novo regime, juntamente com a oposição silenciosa da Casa de Bragança, por outro lado
ambas as hostilidades foram de curta vida. No caso dos Bragança, embora a pretensão da
duquesa viúva D. Catarina ao trono continuasse, seu filho D. Teodósio rapidamente se provaria
um apoiador fiel da nova dinastia após chegar à maturidade, essencialmente anulando a
ameaça brigantina naquela geração. No caso antonino, o reino do prior do Crato nos Açores
duraria poucos anos antes que ele recuasse para o exílio na Inglaterra e França, onde morreria
tentando organizar uma nova expedição.

Comparado a isso, a vitória jurídica de Felipe II nas cortes de Tomar pode ser considerada
fulminante do ponto de vista da legitimidade dinástica dos Habsburgo. Reunidas em abril de
1581, as cortes sancionaram o domínio filipino ao aprovar a proposta de governo do novo rei,
que consistia em muito em um renascimento do plano manuelino de 1499, quando era
presumida a sucessão do herdeiro D. Miguel ao trono de Espanha: de fato, como naquela
ocasião, era prevista a presença de um Conselho de Portugal sempre junto ao monarca para
tratar exclusivamente dos assuntos daquele reino. Por outro lado, se o rei português tivesse
que se afastar fisicamente do reino, seu papel político só poderia ser incarnado por um vice-rei
de sangue real ou então por uma junta de governadores portugueses.

Outras instituições da Coroa foram também submetidas a tais regras, que visavam exatamente
tornar o governo português exclusivo apenas aos naturais: por exemplo, os cargos e ofícios da
justiça e fazenda não podem ser preenchidos por estrangeiros, assim como as funções da casa
e capela reais. Da mesma forma, o comando militar de tropas e frotas portuguesas tornou-se
exclusivo de naturais do reino, e as Cortes, quando convocadas pelo rei, seriam a única forma
de representação legítima dos estados do reino. Desta forma, portanto, Felipe II de Espanha
dava sua garantia que seus súditos portugueses teriam o monopólio das nomeações em
funções e ofícios do aparelho monárquico português (SCHAUB, 2001, p. 21).

Ao final da reunião dos estados, as Cortes juraram fidelidade ao novo monarca e ao seu
herdeiro na época, D. Diego, o que interessantemente não era nem um pouco habitual na
tradição portuguesa – D. Manuel I, D. João III e D. Sebastião, por exemplo, não haviam
recebido tal tratamento. Nomeado como D. Felipe I de Portugal, o novo rei permaneceria por
mais dois anos em Lisboa antes de retornar para a capital espanhola. Em seu lugar, deixaria
seu sobrinho Alberto de Áustria como vice-rei.