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Uma das principais áreas de atuação do Instituto Mamirauá é a Reserva Mamirauá, uma
área de conservação de cerca de 11.000 km² localizada na região do Médio Solimões,
no estado do Amazonas. A reserva abriga uma rica diversidade de espécies animais e
vegetais, muitas das quais ameaçadas de extinção. O instituto realiza pesquisas e
monitoramento nessa área, além de desenvolver projetos de manejo sustentável dos
recursos naturais, como pesca e manejo de pirarucus (um tipo de peixe).
Além disso, o Instituto Mamirauá também realiza estudos e projetos em outras áreas da
Amazônia, abordando temas como mudanças climáticas, ecologia de rios, conservação
de mamíferos aquáticos, manejo de florestas, entre outros.