Segmentao e Reconstruo 3D de Tecidos

Animais em Imagens Histolgicas

Trabalhos Prticos
Liliana Sofia Sales Azevedo

Mestrado em Engenharia Biomdica
Porto, Jlho de !"#!



































Segmentao e Reconstruo 3D de Tecidos Animais em Imagens
Histolgicas


Liliana Sofia Sales Azevedo
Licenciada em Engenharia Biomdica $ela Escola S$erior de Estdos %ndstriais e de &est'o (!"##)






Trabalhos prticos




Orientador:
Joo Manuel R. S. Tavares
Professor Associado do Departamento de Engenharia Mecnica
Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto

Co-orientador:
Augusto Manuel Robrigues Faustino
Professor Associado do Departamento de Patologia e Imunologia Molecular
Instituto de Cincias Biomdicas Abel Salazar








Mestrado em Engenharia Biomdica
Jlho de !"##

































Agradecimentos

Ao Professor *otor e +rientador Jo'o Manel Tavares $ela $aci,ncia, tem$o e toda a a-da
.m$ar dis$onibilizada/
0 Ana 1arvalho $ela sim$atia, esfor2o e dedica2'o merecidas/
Ao 3rancisco +liveira $ela dis$onibilidade, $elos bons conselhos e a-da crcial/
Aos mes amigos 4e sem$re me aconselharam e a-daram nos momentos dif.ceis/
5 minha fam.lia, $ais e irm'o, $ela com$reens'o e carinho demonstrado/




A todos, o me sincero agradecimento6

Liliana Sofia Sales Azevedo
































vii

7esmo

A reconstr2'o a tr,s dimens8es da estrtra dos tecidos a $artir de ma srie de sec28es
histol9gicas , $elo menos em teoria, ma ferramenta valiosa $ara e:$andir a dimens'o
;escondida< da microsco$ia/ Estdar a estrtra dos tecidos, das cllas e dos com$onentes
acellares, bem como a sa intera2'o $ode ser =til $ara a dete2'o e diagn9stico de
determinadas $atologias/ Tal facto faz com 4e se-a cada vez mais interessante encontrar
novas tcnicas e sol28es 4e a:iliem neste diagn9stico, como o caso da reconstr2'o/
>o $resente trabalho encontra?se ma $rimeira metodologia 4e consiste no $rocessamento
das imagens histol9gicas, mais concretamente, no se escalamento/ A$9s esta eta$a,
desenvolve?se a segnda metodologia 4e se baseia no alinhamento das imagens recorrendo a
vrios modelos de transforma2'o/ Posteriormente, foram com$arados os diferentes
alinhamentos recorrendo a $ar@metros de 4alidade/
+s laborat9rios do %nstitto de 1i,ncias Bi9medicas de Abel Salazar cordialmente ofereceram o
material de estdo/ Para a realiza2'o destas das abordagens, inclindo anlise de dados
recorre?se A ferramenta MATLAB/
A im$lementa2'o das metodologias $rodzi resltados mais favorveis do 4e otros/ +
alinhamento de imagens necessita de ser estdado e analisado $ara criar m algoritmo mais
eficiente/
Em sma, o trabalho realizado dei:a em $arte boas $ers$etivas $ara o ftro/ Todos os
as$etos $ara o melhoramento e a$rofndamento do trabalho - analisado s'o bem recebidos/




Palavras?chaveB imagens histol9gicas, $atologias, diagn9stico, alinhamento





viii

Liliana Azevedo
Abstract

The reconstrction of three?dimensional strctres of tisses from a varietC of histological
sections is at least in theorC, a valable tool to e:$and the ;hidden< dimension of microsco$C/
StdC the strctre of tisses, cells and acelllar com$onents, and so their interactions can be
sefl for the detection and diagnosis of certain $athologies/ This fact maDes even more
interesting to find neE soltions and techni4es to assist in diagnosis, as the case of
reconstrction/
%n the $resent EorD is fond a first methodologC Ehich consists in the $rocessing of
histological images, more $reciselC, in its climbing/ 3olloEing this $hase, is develo$ed the
second method Ehich is based on registration of the images sing varios tC$es of
transformations/ Thereafter Eere com$ared the different registrations recorsing to 4alitC
$arameters/
The laboratories of the %nstitte of Biomedical Sciences Abel Salazar DindlC $rovided the
material of stdC/ To $erform these tEo a$$roaches, inclding data analCsis Eas made se of
MATLAB tool/
The im$lementation of the methodologies $rodced more favorable reslts than others/ The
image registration needs to be stdied and analCzed to create a more efficient algorithm/
%n sm, the EorD leaves good $ros$ects for the ftre/ All as$ects for im$rovement and
frther the EorD alreadC analCzed are Eell received/





FeCEordsB histological images, $athologC, diagnosis, registration






i:

Liliana Azevedo
Gndice
% H %ntrod2'o //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #
% % H +b-etivo ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// I
%%%?3ndamento te9ricoB alinhamento /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// J
K/# %ntrod2'o /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// J
K/! 1lassifica2'o das metodologias /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// J
K/K Tcnicas de Alinhamento ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #"
K/L Metodologias de Alinhamento ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// ##
K/L/# Mtodo baseado em 1aracter.sticas ////////////////////////////////////////////////////////////////////////// ##
K/L/! Mtodo baseado em %ntensidade ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #!
K/I Modelos de Transforma2'o ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #K
K/M Avalia2'o da Precis'o do Alinhamento ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #I
%N?Mtodos ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #J
L/# Materiais e %nstrmentos ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #J
L/! Metodologia ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #O
L/!/# Escalamento de imagem //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #O
L/!/! Alinhamento e 1lclo do erro ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !"
N?Anlise de *ados////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !K
I/# *ataset ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !K
I/! Escalamento de imagem /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !L
I/K Alinhamento ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !I
N%?1oncls'o e Pers$etivas 3tras //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !J
N%%?Bibliografia ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !P








:

Liliana Azevedo
























:i

Liliana Azevedo
Gndice de 3igras

3igra #B E:em$lo da combina2'o estrtral e fncional de vrios tecidos no membro s$erior
QmanoB tecido nervoso (termina28es nervosas), tecido e$itelial ($ele), tecido msclar
(m=sclos), tecido 9sseo, tecido cartilag.neo e sange/ (ada$tado de PBEorDs, !"#! /////////////// #
3igra !B Radro?resmo dos $rocessos laboratoriais de $re$ara2'o dos tecidos/ (ada$tado de
Qe et al, !""P) /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !
3igra KB Es4ema ilstrativo dos $rocessos 4e v'o desde o tecido at A reconstr2'o K* e
$osterior anlise/ (ada$tado de 1oo$er, !""P) //////////////////////////////////////////////////////////////////////////// K
3igra LB 7e$resenta2'o de m $rocesso de Alinhamento de imagens/ (ada$tado de Sitov et
al/, !""K) ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// ##
3igra IB E:em$los de vrias fn28es de ma$eamentoB transformada de similaridade (em cima
A es4erda), trasnforma2'o afim (em cima A direita), $ro-etiva (em bai:o A es4erda) e elstica
(em bai:o A direita)/ (ada$tado de Sitov et al/, !""K) /////////////////////////////////////////////////////////////// #K
3igra MB 3ragmento de tecido incl.do em $arafina com os 4atro marcadores/ ///////////////////// #J
3igra JB B %magens histol9gicas obtidas, inclindo os 4atro marcadores/ /////////////////////////////// #J
3igra OB 1ria2'o da regi'o de interesse/ //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #O
3igra PB *etermina2'o do centr9ide (bola azl) e clclo das dist@ncias do mesmo As
e:tremidades (linhas azis)/ //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #P
3igra #"B 1om$ara2'o das dist@ncias aos centr9ides entre das imagens/ *etermina2'o das
dist@ncias m.nimas aos centr9ides (retas verdes)/ ///////////////////////////////////////////////////////////////////// #P
3igra ##B %nterface grfica/ *o lado es4erdo a imagem $or alinhar e a imagem base/ ////////// !"
3igra #!B Alinhamento de das imagens tilizando o modelo de similaridade (1PTO)/ //////////// !#
3igra #KB %magem LO/ ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !K
3igra #LB %magem LP/ ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !K
3igra #IB L@mina I"/ ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !K
3igra #MB %magem I" recortada (escalamento com das imagens)/ ///////////////////////////////////////// !L
3igra #JB %magem LP recortada (escalamento com das imagens)/ ///////////////////////////////////////// !L
3igra #OB %magem LO (escalamento com tr,s imagens)/ /////////////////////////////////////////////////////////// !L
3igra #PB %magem LP (escalamento com tr,s imagens)/ /////////////////////////////////////////////////////////// !I
3igra !"B %magem I" (escalamento $ara tr,s imagens)/ /////////////////////////////////////////////////////////// !I
3igra !#B Escolha dos $ontos de controlo/ //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// !I







:ii

Liliana Azevedo
























:iii

Liliana Azevedo
Gndice de Tabelas

Tabela #B 1lassifica2'o das Metodologias de Alinhamento/ ///////////////////////////////////////////////////////// O
Tabela !B 1aracteriza2'o dos modelos globais de Transforma2'o/ (ada$tado de Sitov et al/,
!""K) /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #L
Tabela KB Par@metro de 4alidade $ara transforma2'o de Similaridade, Afim e Pro-etiva/ ////// !M
Tabela LB Par@metro de 4alidade $ara transforma28es $olinomiais de ordem !,K e L/ ////////// !M






















:iv

Liliana Azevedo



























:v

Liliana Azevedo
Gndice de E4a28es

E4a2'o #B 39rmla $ara o clclo do erro da diferen2a dos 4adrados/ % re$resenta a imagem
base e %< a imagem alinhada/ > corres$onde ao n=mero de elementos da imagem/ (ada$tado
de QCnh?Th, !""O) /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #I
E4a2'o !B 39rmla $ara o clclo do PS>7/ 7 corres$onde A flta2'o m:ima/ (ada$tado de
QCnh?Th, !""O) //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// #M



















:vi

Liliana Azevedo
Gndice de Abreviatras

QE? Qemato:ilina e Eosina
!*? *as dimens8es
K*? Tr,s dimens8es
>M7 ? 7esson@ncia Magntica >clear
1T?Tomografia 1om$torizada
M7 ? 7esson@ncia Magntica
PET? Tomografia $or Emiss'o de Positr8es
1P? 1ontrol Points o $ontos de controlo
1PE? Erro da diferen2a dos 4adrados nos $ontos de controlo
MSE? Mean S4are Error
PS>7? PeaD Signal?to?>oise 7atio
MAUE77? *esvio absolto m:imo dos 4adrados de das imagens
L!7AT?7az'o da >orma dos 4adrados de das imagens












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MEB

#

Liliana Azevedo
I Introduo

A histologia (do grego hCstoTtecido V logosTestdo) a ci,ncia 4e se dedica ao estdo da
estrtra e fncionamento dos tecidos org@nicos (animais e $lantas)/ (%nfo$dia, !"#!)
7elativamente ao cor$o hmano, a histologia a ci,ncia 4e estda os tecidos do cor$o e de
como estes tecidos se organizam $ara constitir 9rg'os/ E:istem 4atro ti$os de tecidos
fndamentais, consoante as sas caracter.sticas fisiol9gicas e anat9micasB o tecido e$itelial, o
tecido con-ntivo, o tecido msclar e o tecido nervoso (3igra #)/ (1arneiro et al/, !""L)













+ conhecimento destes tecidos bsicos fndamental $ara o estdo da estrtra e do
fncionamento dos diferentes 9rg'os e dos sistemas 4e os integram/ W im$ortante referir 4e
a dis$osi2'o =nica destes tecidos 4e $ermite o fncionamento de cada 9rg'o, mas tambm
do organismo como m todo/
Para o estdo de tecidos, o $rocedimento mais sado a $re$ara2'o de cortes histol9gicos
$ara a observa2'o no microsc9$ico/ +s tecidos eXo 9rg'os s'o fatiados em sec28es o cortes
histol9gicos finos 4e s'o colocados em l@minas de vidro antes de serem e:aminados/ Estas
sec28es obtidas necessitam de $assar $or ma srie de tratamentos $rvios $ara ent'o
$oderem ser fatiados $or meio de instrmentos de grande $recis'o chamados de micr9tomos
(3igra !)/ (1arneiro et al/, !""L)
Figura 1: Eem!lo da com"inao estrutural e #uncional de $%rios tecidos no
mem"ro su!erior Humano: tecido ner$oso &termina'es ner$osas() tecido
e!itelial &!ele() tecido muscular &m*sculos() tecido sseo) tecido cartilag+neo
e sangue, &ada!tado de -./or0s) 1211
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!

Liliana Azevedo


Estes tratamentos $rvios inclem a fi:a2'o, a incls'o e a colora2'o/ + ob-etivo do $rocesso
denominado fi:a2'o $reservar a estrtra e evitar a digest'o dos tecidos $or enzimas/ Esta
eta$a recorre a sbst@ncias 4.micas como o formol/ Sege?se a desidrata2'o e o clareamento
4e $re$ara os tecidos $ara a incls'o em $arafina, de forma a conferir rigidez aos tecidos
$ara serem seccionados/ (1arneiro et al/, !""L) (Bioala, !""J)
Para os cortes histol9gicos serem estdados no microsc9$io, estes devem ser corados/ A
combina2'o Qemato:ilina e Eosina (QE) a mais tilizada/ A hemato:ilina cora em azl o
violeta o n=cleo das cllas e a eosina cora o cito$lasma e o colagnio em cor?de?rosa/
(1arneiro et al/, !""L)
Ym dos $roblemas da anlise de imagens microsc9$icas, mais $ro$riamente histol9gicas, o
facto de oferecer a$enas informa2'o nm $lano (!*), o 4e im$ossibilita a com$reens'o dos
fen9menos e da rela2'o estrtral 4e os diferentes constitintes do tecido t,m com o
e:terior/ +riginalmente, as sec28es histol9gicas eram e:aminadas visalmente e eram criados
diagramas desenhados A m'o/ 1onfiava?se assim na ca$acidade artista do investigador o do
bi9logo treinado/ Posteriormente, tcnicas mais recentes removeram o artista e introdziram
m n.vel mais tcnico e $reciso na ci,ncia da reconstr2'o K*/ (7ehoreD et al/, !""J)

A reconstr2'o K* ma ferramenta $oderosa e crcial $ara obter conhecimento mais $reciso
e $ermitir analisar de 4e forma as intera28es entre os com$onentes tecidais est'o
relacionadas com a $resen2a de anormalidades do $onto de vista fisiol9gico e anat9mico/
Yma abordagem $ara obter informa2'o K* a reconstr2'o dos tecidos a $artir de ma srie
de imagens consectivas/ Ym determinado fragmento de tecido $assa $or m con-nto de
$rocessos at obterem?se l@minas com as imagens histol9gicas/ A se4,ncia de imagens
Figura 1: 3uadro4resumo dos !rocessos la"oratoriais de !re!arao dos tecidos, &ada!tado de He et al)
1225(
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K

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digitalizada $or ordem e segidamente as imagens s'o alinhadas $ara gerar ma dataset
volmtrica do tecido original (3igra K)/

























Figura 3: Es6uema ilustrati$o dos !rocessos 6ue $o desde o
tecido at7 8 reconstruo 3D e !osterior an%lise, &ada!tado de
9oo!er) 1225(
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L

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I

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I I :";eti$o

*e acordo com o tema da Tese, ZSegmenta2'o e 7econstr2'o K* de Tecidos Animais em
%magens Qistol9gicas[, defini?se como ob-etivo $rinci$al e $rimeira abordagem ao tema, o
desenvolvimento de metodologias $ara o escalamento das imagens histol9gicas e $ara o
alinhamento das mesmas, tendo em conta os fndamentos biol9gicos e te9ricos/


























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M

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J

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III4Fundamento terico: alin<amento

3,1 Introduo

+ alinhamento de imagem (Zimage registration[) o $rocesso de sobre$osi2'o de das o
mais imagens do mesmo cenrio retiradas em momentos tem$orais diferentes, em diferentes
$ontos de vista eXo $or diferentes sensores/ &eometricamente alinha das imagens ? a
imagem de refer,ncia e a imagem sensoriada/ Esta diferen2a entre imagens est associada As
diferentes condi28es com 4e elas s'o obtidas/ + ob-etivo de m sistema de alinhamento de
imagens estimar os $ar@metros do modelo da transforma2'o geomtrica 4e melhor ma$eia
ma dada imagem alvo, com vista a obter ma sobre$osi2'o $erfeita entre as imagens/ (Sitov
et al/, !""K)
+ alinhamento m $asso crcial $ara todas as tarefas de anlise de imagem, nas 4ais a
informa2'o im$ortante e mais relevante obtida a $artir da combina2'o de vrios dados como
a fs'o de imagens, dete2'o de diferen2as e restara2'o de imagem mlticanal/ (Sitov et al/,
!""K)
Ti$icamente tilizado em sistemas de $rocessamento e anlise de imagens como dete2'o
remota ($or e:em$lo na classifica2'o mlties$ectral, monitoriza2'o ambiental, dete2'o de
discre$@ncias, ni'o de imagens, $revis'o meteorol9gica, cria2'o de imagens de alta
resol2'o), cartografia (na ataliza2'o de ma$as), vis'o com$tacional ($ara localiza2'o de
alvos e controlo de 4alidade atomtica), medicina (a combina2'o de imagens de 1T e >M7
tilizada $ara obter informa2'o mais detalhada sobre o $aciente, monitorizar o crescimento
de tmores o com$arar dados do $aciente com atlas anat9micos) e histologia (com o ob-etivo
de reconstrir tecidos o otras estrtras em K* $ara investigar estrtras cellares)/ (Sitov
et al/, !""K)


3,1 9lassi#icao das metodologias

E:istem vrios mtodos $ara o alinhamento de imagens e estes $odem ser classificados de
diferentes maneiras/ Maintz sgere m diagrama com P dimens8es 4e $rov, ma boa
categoriza2'o/ Estes critrios s'oB *imensionalidade, Bases do alinhamento, >atreza da
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O

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transforma2'o, *om.nio da transforma2'o, &ra da intera2'o, Procedimentos de +timiza2'o,
Modalidades, S-eito e +b-eto (Tabela #)/ (3itz$atricD et al/, !""")

Ta"ela 1: 9lassi#icao das =etodologias de Alin<amento,
9rit7rios 9aracter+sticas
Dimensionalidade 7efere?se As dimens8es geomtricas das
imagens a alinhar (!*X!*, !*XK*, K*XK*)/
(3itz$atricD et al/, !""")
.ase do alin<amento 1orres$onde As caracter.sticas dos $ontos
tilizados $ara alinhar das imagens/ Estes
$ontos $odem serB
E:tr.nsecosB e:teriores ao ob-eto a
alinhar, $or e:em$loB marcadores
fidciais, ZStereotactic 3rame[, entre
otros\ (1ifor et al/, !"##)

%ntr.nsecosB caracter.sticas
anat9micas do ob-eto, $or e:em$lo,
como linhas e crvas/ (1ifor et al/,
!"##)


>ature?a da trans#ormao Est ligado ao sistema de coordenadas 4e
define o es$a2o/ Ranto A natreza dividem?
se emB
7.gidas\
Afins\
Pro-etivas\
1rvadas/ (3itz$atricD et al/, !""")

Dom+nio da trans#ormao 7elacionada com a 4antidade de informa2'o
tilizada na imagemB
LocalB a$enas $arte dos vo:els da
regi'o de interesse s'o tilizados\
&lobalB S'o sados todos os vo:els da
regi'o de interesse/ (3itz$atricD et al/,
!""")

@rau da interao Em refer,ncia ao controlo do algoritmo de
alinhamento $elo o$erador/ *ivide?se emB
Atomtico\
%nicializa2'o de $ar@metros\
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P

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A-ste de $ar@metros ao longo do
mtodo/ (3itz$atricD et al/, !""")

-rocedimentos de :timi?ao Abordagem do algoritmo, no 4al a 4alidade
do alinhamento estimada continamente
drante o $rocesso de alinhamento em
termos de fn28es entre imagens e
ma$eamento entre elas/ Assim, $odem serB
Atomticos\
Procra iterativa/ (3itz$atricD et al/,
!""")

=odalidades 7elacionado com o meio com 4e s'o
ad4iridas as imagens $ara alinhar/ *esta
forma, t,m?seB
MonomodalB alinhamento com
imagens da mesma modalidade ($or
e:em$lo, M7?M7)\
%ntermodalB alinhamento com
imagens de modalidades diferentes
($or e:em$lo, M7?PET o M7?
imagens histol9gicas)\ (+sechinsDiC et
al/, !"##) (Li et al/, !""P)


Su;eito Est ligado com o envolvimento do $acienteB
%ntra$acienteB do mesmo s-eito\
%nter$acienteB entre s-eitos\
AtlasB entre s-eito e atlas/
(3itz$atricD et al/, !""")

:";eto 1omo o $r9$rio nome indica, refere?se A
denomina2'o das regi8es $ara alinhar ($or
e:em$lo crebro, vertebra, tecido)/ (&efen et
al/, !""K)

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#"

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3,3 T7cnicas de Alin<amento

*evido A diversidade de imagens $ara alinhamento e aos vrios ti$os de degrada2'o
e:istentes, im$oss.vel constrir m mtodo niversal a$licvel a todas as sita28es/ (Sitov
et al/, !""K)
Todos os mtodos devem ter em conta as caracter.sticas, a 4antidade de r.do e a
deforma2'o geomtrica das imagens, bem como a n.vel de $recis'o do alinhamento
necessria $ara o $roblema/ 1ontdo, a maioria dos mtodos de alinhamento consiste nos
segintes 4atro $assosB
*ete2'o de 1aracter.sticasB +b-etos salientes e distintos (regi8es fechadas,
cantos, contornos, interse28es de linhas, entre otros) s'o manalmente o
atomaticamente detetados/ Para $rocessamento $osterior, estas
caracter.sticas s'o re$resentadas $or $ontos, denominados Z1ontrol Points[
(1P)\ (Sitov et al/, !""K)
1orres$ond,ncia entre 1aracter.sticasB W estabelecida a corres$ond,ncia
entre a imagem de refer,ncia e a imagem a alinhar/ Nrios descritores de
caracter.sticas e medidas de similaridade s'o sadas $ara o $ro$9sito/ (Sitov
et al/, !""K)
Estima2'o do Modelo de Transforma2'oB + ti$o e $ar@metros da fn2'o de
ma$eamento, 4e alinhar as das imagens ser'o estimados/ S'o sadas as
corres$ond,ncias das caracter.sticas $ara a estima2'o destes $ar@metros/
(Sitov et al/, !""K)
Transforma2'o e %nter$ola2'oB Transforma2'o da imagem de acordo com os
$ar@metros estimados no $asso anterior/ +s valores da imagem em
coordenadas n'o inteiras s'o calclados sando tcnicas de inter$ola2'o
ade4adas/ (Sitov et al/, !""K)

>a 3igra L est'o re$resentados as 4atro eta$as de m $rocesso de alinhamento/ >a
$rimeira linha, os cantos da imagem s'o tilizadas como caracter.sticas (*ete2'o de
1aracter.sticas)\ na segnda, faz?se a corres$ond,ncia dos $ontos entre as das imagens,
estando estes nmerados (1orres$ond,ncia de 1aracter.sticas) e $or fim, na =ltima linha, do
lado es4erdo estimo?se os $ar@metros da transforma2'o (Modelo de Transforma2'o) e A
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##

Liliana Azevedo
direita mostra?se o resltado da transforma2'o e inter$ola2'o da imagem (Transforma2'o e
%nter$ola2'o)/ (Sitov et al/, !""K)

















3,A =etodologias de Alin<amento

>a generalidade, os mtodos de alinhamento de imagens $odem ser divididos em dois
grandes gr$osB alinhamento baseado em caracter.sticas e alinhamento global, o se-a,
baseado na intensidade/ (Sitov et al/, !""K)

3,A,1 =7todo "aseado em 9aracter+sticas

+ alinhamento baseado em caracter.sticas inicia?se com a dete2'o das mesmas dentro das
imagens/ As caracter.sticas s'o $ontos distintos na $r9$ria imagem, 4e $odem tomar diversas
formas/ *e segida e:ectado m em$arelhamento entre as caracter.sticas das imagens e
$osteriormente s'o estimados os $ar@metros da fn2'o de ma$eamento/ (Sitov et al/, !""K)
+ grande $roblema destes mtodos encontra?se na fase de dete2'o e em$arelhamento das
caracter.sticas/ >a dete2'o de caracter.sticas, n'o $oss.vel garantir a e:ist,ncia de $ontos
Figura A: Re!resentao de um !rocesso de Alin<amento de
imagens, &ada!tado de Bito$% et al,) 1223(
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#!

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caracter.sticos em todas as zonas de interesse/ >a corres$ond,ncia entre caracter.sticas,
$roblemas de r.do, a ocls'o de ob-etos nma imagem $or algns motivos (movimento,
ilmina2'o), $ode levar a 4e as caracter.sticas de ma imagem n'o tenham corres$ond,ncia
na otra, o 4e ha-a m em$arelhamento incorreto/ (Sitov et al/, !""K)

Ti$os de 1aracter.sticas
As caracter.sticas deste mtodo corres$ondem a estrtras salientes da imagem/ Estas
caracter.sticas $odem ser regi8es significativas (lagos, cam$os, 9rg'os), linhas (contornos,
costas, rios) o $ontos (cantos, intersec2'o de linhas)/ *evem ser distintos, estar es$alhados
$ela imagem e fceis de detetar em ambas as imagens/ (Sitov et al/, !""K)

1orres$ond,ncia entre 1aracter.sticas
Assmindo 4e as caracter.sticas nas das imagens - foram detetadas, o ob-etivo $rende?se
agora em encontrar a corres$ond,ncia entre os $ares de caracter.sticas tilizando as sas
rela28es es$aciais o os vrios descritores/ Estes mtodos s'o a$licados 4ando a informa2'o
estrtral local mais im$ortante 4e a informa2'o carregada $ela intensidade das imagens/
(Sitov et al/, !""K)

3,A,1 =7todo "aseado em Intensidade


S'o mtodos $referencialmente sados 4ando as imagens n'o $ossem detalhes
$roeminentes e a informa2'o distinta $rovida $elas coresXn.veis de cinzento em vez de
estrtras o formas locais/ + alinhamento baseado em intensidades tiliza diretamente os
valores das intensidades $resentes nos vo:els das imagens $ara estimar os $ar@metros da
fn2'o de transforma2'o, recorrendo A minimiza2'o de ma fn2'o csto entre as das
imagens/ Estes mtodos tilizam normalmente o gradiente das imagens/ (Sitov et al/, !""K)
>este caso, o $asso da dete2'o de caracter.sticas e corres$ond,ncia de caracter.sticas faz?se
ao mesmo tem$o/ >este caso, as caracter.sticas s'o os valores da intensidade das imagens/
Estes mtodos sam -anelas de tamanho $r?definido $ara efetar a corres$ond,ncia/ (Sitov
et al/, !""K)
A imagem de refer,nciaXbase e a imagem obtida do sensor, devem ter de algm modo fn28es
de intensidade similares (onde $ode ser sado o mtodo de correla2'o) o $elo menos
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#K

Liliana Azevedo
fn28es estatisticamente de$endentes (como acontece no alinhamento mltimodal)/ (Sitov
et al/, !""K)
*esta forma, r.do, varia2'o das condi28es de ilmina2'o o o so de diferentes sensores, s'o
fatores intr.nsecos 4e alteram os valores de intensidade tilizados $ara a corres$ond,ncia e,
$or conse4,ncia, deterioram a $recis'o do alinhamento/ Yma otra desvantagem destes
mtodos baseados em intensidade 4e eles s'o $esados com$tacionalmente/ (Sitov et al/,
!""K)

3,C =odelos de Trans#ormao

A$9s a corres$ond,ncia de caracter.sticas ter sido estabelecida, a fn2'o de ma$eamento
constr.da/ Esta eta$a tem como meta encontrar a fn2'o e estimar os $ar@metros ade4ados
de forma a transformar a imagem sensoriada de forma a sobre$or?se A imagem de refer,ncia/
A 3igra I mostra e:em$los de fn28es de ma$eamento/ (Sitov et al/, !""K)













+ ti$o de fn2'o de ma$eamento a$licada deve corres$onder A deforma2'o geomtrica
ocorrida na imagem sensoriada, A 4alidade do mtodo de a4isi2'o da imagem e A $recis'o
necessria $ara o dado alinhamento/ (Sitov et al/, !""K)
Figura C: Eem!los de $%rias #un'es de ma!eamento: trans#ormada de
similaridade &em cima 8 es6uerda() trasn#ormao a#im &em cima 8 direita()
!ro;eti$a &em "aio 8 es6uerda( e el%stica &em "aio 8 direita(, &ada!tado de
Bito$% et al,) 1223(
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#L

Liliana Azevedo
+s modelos de ma$eamento, de acordo com a 4antidade de informa2'o 4e tilizam como
s$orte, $odem ser divididos em das grandes categoriasB os Modelos &lobais e os Modelos
Locais/ (Sitov et al/, !""K)
+s modelos globais (Tabela !) tilizam todos os 1P<s $ara estimar m con-nto de $ar@metros
vlidos $ara a imagem inteira/ Em geral, o n=mero de $ontos normalmente maior 4e o
n=mero m.nimo necessrio $ara a determina2'o da fn2'o de ma$eamento/ +s $ar@metros da
fn2'o s'o estimados $ela tcnica dos m.nimos locais/ >o entanto, m modelo global n'o
consege lidar com imagens deformadas localmente, visto 4e a tcnica dos m.nimos
4adrados distribi a distor2'o geomtrica de forma igal, $or toda a imagem/ (Sitov et al/,
!""K)
Ta"ela 1: 9aracteri?ao dos modelos glo"ais de Trans#ormao, &ada!tado de Bito$% et al,) 1223(



Ti!o de Trans#ormada Descrio
Similaridade + modelo mais sim$les/ 1onsiste em a$enas
rota2'o, transla2'o e escalamento/ Este
modelo $reserva @nglos e crvatras e $ode
ser determinado $or a$enas dois 1P<s/ (Sitov
et al/, !""K)

A#im Mais generalista mas linear como o anterior/
Esta transformada efeta rota2'o, transla2'o
e escalamento horizontal, vertical e obl.4o/ W
definido $or tr,s $ontos e $reserva linhas
retas e $aralelismo entre linhas retas/ >'o
$reserva @nglos e dist@ncias/ (Sitov et al/,
!""K)


-ro;eti$a >a mesma linha 4e a transforma2'o afim
mas n'o $reserva @nglos, nem dist@ncias
nem $aralelismos/ W tilizado 4ando a
dist@ncia do sensor ao ob-eto $ode variar/
Pode ser determinado $or 4atro $ontos/
(Sitov et al/, !""K)

-olinomial de ordem 1)3)A Pe4enas viola28es dos $ress$ostos
anteriores/ Polin9mios de ordem maior n'o
s'o salmente tilizados na $rtica visto 4e
$odem deformar a imagem em zonas longe
dos $ontos de controlo/ (Sitov et al/, !""K)

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#I

Liliana Azevedo
3,D A$aliao da -reciso do Alin<amento

%nde$endentemente do ti$o de imagens tilizadas, do mtodo de alinhamento $ro$osto o da
rea de a$lica2'o, altamente dese-vel $ro$orcionar ao tilizador ma estima2'o de 4anto
$reciso o algoritmo de alinhamento tilizado/ A avalia2'o da e:atid'o n'o m $roblema
trivial visto 4e os erros $odem ser arrastados entre as vrias eta$as do alinhamento e torna?
se com$licado de distingir os erros entre m alinhamento im$reciso e diferen2as f.sicas nos
conte=dos das imagens/ (Sitov et al/, !""K)
+ erro de alinhamento est sem$re $resente na $rtica $or das raz8esB
#/ + modelo de ma$eamento $ode n'o corres$onder A distor2'o e:istente entre as
imagens\
!/ +s $ar@metros da fn2'o $odem ter sido calclados com bai:a $recis'o/

+ $rimeiro caso reslta da falta de informa2'o A $riori sobre a distor2'o geomtrica da
imagem e o ltimo derivado da tiliza2'o de $ontos insficientes eXo erros de localiza2'o/
+ mtodo mais sim$les $ara medir o erro de alinhamento o erro da diferen2a dos 4adrados
o Zmean s4are error[ (E4a2'o #) nos $ontos de controlo (1PE)/ Este $ar@metro 4antifica o
4'o bom o a-ste das coordenadas 1P<s $ela fn2'o de ma$eamento escolhida/ (Sitov et
al/, !""K)

HSE =
[I I[
N
2

E6uao 1: Frmula !ara o c%lculo do erro da di#erena dos 6uadrados, I re!resenta a imagem "ase e IE a imagem
alin<ada, > corres!onde ao n*mero de elementos da imagem, &ada!tado de HuFn<4T<u) 122G(
>o entanto, em determinados casos esta medida $ode se tornar ineficaz/ Para m
determinado n=mero de $ontos escolhidos, o 1PE $ode tomar valor de zero 4ando a fn2'o
de ma$eamento selecionado $ossi gras de liberdade sficientes (este fen9meno
denominado ;over?fitting<)/ Por otro lado, grandes valores de 1PE $odem ser casados $or
erros de localiza2'o de $ontos e n'o re$resentar ma m $recis'o do alinhamento/ (Sitov et
al/, !""K)
+tros mtodos de re$resentativos da a$ro:ima2'o de 4alidade s'o PS>7, MAUE77, L!7AT/
+ PS>7 o Z$eaD signal?to?noise ratio[ ma medida de 4alidade, em decibis, entre das
imagens/ Ranto maior o PS>7, melhor a 4alidade (E4a2'o !)/ (QCnh?Th, !""O)
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#M

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PSNR = 1|ug
1
_
R
2
MSF
_
E6uao 1: Frmula !ara o c%lculo do -S>R, R corres!onde 8 #lutuao m%ima, &ada!tado de HuFn<4T<u) 122G(

Por =ltimo, MAUE77 corres$onde ao desvio absolto m:imo dos 4adrados entre as das
imagens e L!7AT corres$onde A raz'o entre a norma dos 4adrados da imagem alinhada, $ara
imagem base/ (QCnh?Th, !""O)




























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#J

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IH4=7todos

A,1 =ateriais e Instrumentos

+ $rocesso laboratorial $ara a obten2'o de imagens histol9gicas a $artir de m fragmento de
tecido escolhido foi realizado no laborat9rio de Anatomia Patol9gica e 1itol9gica do %nstitto
de 1i,ncias Biomdicas de Abel Salazar/
A$9s selecionado m fragmento de tecido, $rocede?se ao se $rocessamentoB fi:a2'o em
formol e incls'o em $arafina $ara garantir rigidez do tecido no corte/ 3oram acrescentados
4atro marcadores de tecido A volta do fragmento $ara facilitar o alinhamento $osterior das
imagens (3igra M)/










Segidamente, o bloco de tecido e $arafina foi seccionado obtendo?se sec28es mito finas/
Estas fatias (da ordem dos micr9metros) foram de$ois coradas com QE e colocadas em l@minas
$ara observa2'o (3igra J)/ As l@minas foram nmeradas de acordo com a ordem de corte
(lado es4erdo da l@mina)/




Figura D: Fragmento de tecido inclu+do em
!ara#ina com os 6uatro marcadores,
Figura I: : Imagens <istolgicas o"tidas) incluindo os 6uatro
marcadores,
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#O

Liliana Azevedo

Por fim, as imagens foram ad4iridas $elo digitalizador NS##"+lCm$s $resente no
laborat9rio/ >ote?se 4e o con-nto de imagens tilizadas corres$onde As $rimeiras fatias
secionadas/ >este caso, na maior $arte das imagens tratadas a$enas a$arecem tr,s
marcadores/ 3ator casado $elos erros de seccionamento eXo coloca2'o dos marcadores
drante a e:$eri,ncia/

A,1 =etodologia

A,1,1 Escalamento de imagem

A$9s a obten2'o das imagens foi necessrio im$lementar tcnicas de $r?$rocessamento,
visto 4e as imagens histol9gicas digitalizadas n'o $oss.am todas o mesmo tamanho/ A fim
de escalar as imagens $ara o mesmo tamanho, sem alterar as intensidades, recorre?se a ma
metodologia 4e recorre A cria2'o de ma regi'o de interesse (7+%), c-os vrtices
corres$ondem nada mais, nada menos 4e aos centros dos marcadores (3igra O)/








+btendo?se as coordenadas dos vrtices, calclo?se o centr9ide do $ol.gono formado $ela
regi'o de interesse/ Segidamente calclo?se as dist@ncias do centr9ide As e:tremidades das
imagens (3igra P)/




Figura G: 9riao da regio de interesse,
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#P

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Para o con-nto de imagens tilizadas, calclado o res$etivo centr9ide e as dist@ncias As
e:tremidades (4atro retas)/ + $asso seginte consisti em com$arar as dist@ncias obtidas
$ara cada imagem (baseada no centr9ide de cada ma) de forma a encontrar as dist@ncias
m.nimas (3igra #")/














Por =ltimo, todas as imagens s'o recortadas $or ma -anela c-as medidas corres$ondem As
dist@ncias m.nimas obtidas no $asso anterior, e c-o centro corres$onde ao centr9ide de cada
ma/
Este mtodo alm de garantir 4e as imagens fi4em escaladas $ara o mesmo tamanho,
garante 4e todas elas $ossam a informa2'o $retendida, isto , os marcadores e o tecido/


Figura 5: Determinao do centride &"ola
a?ul( e c%lculo das distJncias do mesmo 8s
etremidades &lin<as a?uis(,
Figura 12: 9om!arao das distJncias aos centrides entre duas
imagens, Determinao das distJncias m+nimas aos centrides
&retas $erdes(,
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!"

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A,1,1 Alin<amento e 9%lculo do erro

A$9s recolhidas as imagens com o mesmo tamanho, $ode?se $roceder ao se alinhamento e
ao res$etivo clclo das medidas de 4alidade/
Para efetar o alinhamento, considera?se ma imagem como refer,ncia (imagem base) e as
otras imagens como imagens como in$t (imagem sensoriada o $or alinhar)/
+ comando cpselect inicia o Z1ontrol Point Selection tool[, ma interface grfica 4e $ermite
selecionar $ontos de controlo (1P) nas das imagens (3igra ##)/ Estes $ontos s'o
caracter.sticas igais o similares 4e se $odem encontrar em ambas as imagens/

*e$ois de escolhidos os $ontos, a o$2'o ]]E:$ort Points to ^orDs$ace__ $ermite e:$ortar as
coordenadas dos $ontos $ara o EorDs$ace do Matlab/
A fn2'o cp2tform es$ecifica o ti$o de transforma2'o geomtrica dese-ada ($ro-etiva, afim,
entre otros) tendo como $ar@metros de entrada, os $ontos de controlo da imagem base e da
imagem $or alinhar/
A eta$a final do alinhamento consiste em a$licar A imagem $or alinhar, a transforma2'o
geomtrica criada no $asso anterior/ Para isso tiliza?se a o$era2'o imtransform/ 1omo
resltado, as das imagens ficam alinhadas ma com a otra (3igra #!)/ *e forma a distingir
as imagens, nesta figra a imagem base est mais trans$arente 4e a imagem alinhada/
Figura 11: Inter#ace gr%#ica, Do lado es6uerdo a imagem !or alin<ar e a imagem "ase,
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!#

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+ n=mero de $ontos escolhidos t,m em conta o n=mero m.nimo de $ontos necessrios $ara
a$licar ma dada transforma2'o geomtrica/ Para $roceder a ma transforma2'o $or
similaridade s'o necessrios no m.nimo dois $ontos, $ara a transforma2'o afim s'o tr,s
$ontos, $ara a $ro-etiva necessrio 4atro $ontos e $ara a transforma2'o $olinomial de
ordem !,K e L s'o $recisos no m.nimo seis, dez e 4inze $ontos res$etivamente/
Para com$arar os diferentes alinhamentos, a fim de encontrar a melhor transforma2'o $ara as
imagens histol9gicas foi calclado o MSE (mean s4are error) e mas tambm o PS>7, MAUE77
e L!7AT/ *esta forma estabelece?se das com$ara28esB a $rimeira com$arando os erros de
alinhamento das diferentes transformadas $ara o mesmo n=mero de $ontos\ a segnda
com$ara2'o ser $ara verificar se o amento de n=mero de $ontos de controlo (1P) $ara a
mesma transformada $ode diminir o erro de alinhamento nma mesma transforma2'o
geomtrica/











Figura 11: Alin<amento de duas imagens utili?ando o modelo de
similaridade &9-KG(,
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!!

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!K

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H4An%lise de Dados

C,1 Dataset

*e m con-nto de amostras histol9gicas $rodzidas nas instala28es laboratoriais foram
selecionadas tr,s $erfeitas imagens histol9gicas $ara testar 4er o algoritmo $ara escalamento
das imagens, como o algoritmo $ara o alinhamento/ A$esar da 4antidade de imagens
$oss.veis de tilizar, a tiliza2'o de tr,s imagens desde - satisfat9ria $ara com$rovar a
eficcia dos algoritmos/
>ote?se 4e esta se4,ncia foi escolhida visto 4e as imagens encontram?se em boas
condi28es, a$resentam os marcadores intactos, e corres$ondem a ma se4,ncia, isto , s'o
tr,s se28es consectivas do tecido 4e foi laminadoB l@minas n=mero LO (3igra #K), LP (3igra
#L) e I" (3igra #I)/















Figura 13: Imagem AG,
Figura 1A: Imagem A5,
Figura 1C: LJmina C2,
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!L

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C,1 Escalamento de imagem

+ algoritmo descrito na metodologia foi im$lementado $rimeiramente $ara das imagens
(amostras n=mero LP e I") e segidamente $ara tr,s imagens (amostras n=mero LO, LP e I")/
Para o $rimeiro caso, obteve?se ma -anela retanglar de M!O:OJI/ As imagens foram
recortadas $or esta -anela centrada no centr9ide de cada ma, obtendo?se as 3igras #M e #J/


Para testar o algoritmo $ara mais de das imagens foi adicionada a imagem da amostra LO/
1alclo?se o valor do novo centr9ide e as dist@ncias m.nimas As e:tremidades $ara a nova
imagem/ Estes valores foram sbmetidos com os anteriores, obtendo?se ma -anela de
dimens8es IJO:OJI/ As tr,s imagens foram novamente recortadas $or esta -anela centrada no
centr9ide de cada ma/ (3igras #O, #P e !")/ 1omo $oss.vel notar, a tiliza2'o de K imagens
redzi a -anela retanglar de recorte, no entanto a informa2'o im$ortante contina $resente
nas imagens/ Este resltado deve?se ao facto desta metodologia basear?se a $artir dos
centr9ides da regi'o de interesse/






Figura 1I: Imagem A5 recortada &escalamento com duas
imagens(,
Figura 1D: Imagem C2 recortada &escalamento com duas
imagens(,
Figura 1G: Imagem AG &escalamento com trMs imagens(,
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!I

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C,3 Alin<amento

Em $rimeiro lgar, $ara com$arar os diferentes alinhamentos, mais $ro$riamente, encontrar
melhor transformada $ara as imagens histol9gicas foi calclado o erro da diferen2a dos
4adrados (MSE), bem como o PS>7, MAUE77 e L!7AT/ + $asso seginte consisti em variar o
n=mero de $ontos de controlo $ara a mesma transformada/ Esti$lo?se ma com$ara2'o
$ara 4atro $ontos, oito $ontos, doze $ontos e dezasseis $ontos (3igra !#)/

Figura 15: Imagem A5 &escalamento com trMs
imagens(,
Figura 12: Imagem C2 &escalamento !ara trMs imagens(,
Figura 11: Escol<a dos !ontos de controlo,
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!M

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Alm disso, teve?se em conta o n=mero m.nimo de $ontos $ara efetar cada transformada/ +s
dados obtidos foram resmidos em tabelas (Tabela K e Tabela L)/
Ta"ela 3: -arJmetro de 6ualidade !ara trans#ormao de Similaridade) A#im e -ro;eti$a,

Ta"ela A: -arJmetro de 6ualidade !ara trans#orma'es !olinomiais de ordem 1)3 e A,
1onsiderando como mais im$ortantes os valores obtidos $elo MSE e o PS>7, concli?se 4e
os melhores resltados foram obtidos $ara a transformada Polinomial de ordem K com
dezasseis $ontos de controlo (1PT#M)/ >a generalidade, os $iores resltados foram obtidos a
$artir da a$lica2'o dos modelos Polinomiais ($rinci$almente, $ara o $olin9mio L`ordem)/
Ao contrrio do 4e seria de es$erar, $ara a transformada Similaridade, os resltados t,m $ior
com$ortamento $ara 1PT#M do 4e 4ando tilizados 4atro, oito e at doze $ontos de
controlo/ A escolha dos =ltimos 4atro $ontos de controlo n'o beneficio os resltados da
transformada 4e $reserva @nglos e crvatras/ Em rela2'o A transformada Afim, os
resltados $ara dezasseis $ontos relativamente $ior do 4e 4ando tilizados doze $ontos
de controlo/ Pela mesma raz'o, a escolha manal dos =ltimos 4atro $ontos de controlo, n'o
a-do a minimizar o erro/ *eve?se ter em conta 4e esta transformada $reserva $aralelismos
entre linhas retas/
Ym $onto im$ortante a ter em conta reside no facto de as imagens histol9gicas sofrerem
distor28es internas $e4enas (dilata2'o) resltantes dos $rocessos de $re$ara2'o dos tecidos
(fi:a2'o, incls'o entre otros)/ Este facto $oder estar na origem de resltados mais
favorveis $ara o $olin9mio de K` ordem/ >o entanto, o $olin9mio de Laa ordem reslto na
distor2'o com$leta da imagem, 4e $or sa vez $rodzi resltados desfavorveis/
Sem
alin<amento
=SE: CDI)11 -S>R: 12)C5 =ANERR: 1I5
L1RAT: 1)2C
Similaridade
(m.nimo ! $ontos)
Afim
(m.nimo K $ontos)
Pro-etiva
(m.nimo L $ontos)
9-
MSE PS>7 MAUE77 L!7AT MSE PS>7 MAUE77 L!7AT MSE PS>7 MAUE77 L!7AT
A L!P/OO !#/O" #O# #/"L L#M/IO !#/PK #O" #/"L LOP/KI !#/!O #MI #/"K
G L!P/#" !#/O# #O! #/"L L#I/LM !#/PI #JP #/"L L!#/PJ !#/OO #O" #/"L
11 L!J/MK !#/O! #O# #/"L L"P/P# !!/"" #JO #/"L L##/OL !#/PO #O" #/"L
1D LK"/IK !#/JP #OK #/"L L#I/!P !#/PI #JO #/"L L"O/#L !!/"! #JM #/"L
-olinomial
:rdem1
&m+nimo D !ontos(
-olinomial
:rdem3
&m+nimo 12 !ontos(
-olinomial
:rdemA
&m+nimo 1C !ontos(
9-
MSE PS>7 MAUE77 L!7AT MSE PS>7 MAUE77 L!7AT MSE PS>7 MAUE77 L!7AT
A
G L!J/!O !#/O! #O" #/"K
11 L##/JJ !#/PO !"O #/"K L!O,JP !#,O# !#P #,"J
1D KJK/MP !!/L# #JI #/"L KKI,M# !!,OJ !#P #,"I IP"/LI !"/L! #PO #/"!
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HI49oncluso e -ers!eti$as Futuras

*e m con-nto de amostras histol9gicas, foram selecionadas tr,s imagens tendo em conta a
sa condi2'o e o facto de serem sec28es consectivas de m tecido/ Este $ensamento n'o
restringe a tiliza2'o do algoritmo $ara mais de tr,s imagens, no entanto as imagens a$licadas
$ermitem com$rovar a eficcia das metodologias e dos algoritmos constr.dos/
As metodologias tilizadas $rodziram resltados mais satisfat9rios como resltados mais
desfavorveis/ A im$lementa2'o do escalamento As imagens $rodzi resltados favorveis/
Permiti redzir as imagens histol9gicas $ara o mesmo tamanho tendo em conta a
metodologia baseada nos centr9ides e nas dist@ncias m.nimas As e:tremidades de cada
imagem/ Pode?se notar 4e as imagens finais obtidas mant,m a regi'o de interesse como
$retendido/
Pelo contrrio, os resltados $rovenientes do alinhamento $rodziram dados menos
satisfat9rios/ >'o se verifica ma melhora significativa da a$lica2'o dos diferentes modelos
globais na tiliza2'o de mais $ontos de controlo/ Yma $oss.vel e:$lica2'o $oder residir nma
escolha de $ontos $oco favorvel/ Alm disso, o facto da escolha dos $ontos ser feita
manalmente $elo tilizador, $ossivelmente $oder ter inflenciado a e:atid'o das
transformadas/ >o ftro, recorrer a combina2'o de transformadas $oder ser ma boa
$ers$etiva/ Por otro lado, testar as imagens histol9gicas com transformadas n'o do dom.nio
global, mas sim do dom.nio local $oder ser frt.fero/ Por otro lado, o alinhamento efetado
demoroso visto 4e s'o alinhadas as imagens das a das/ Ym mtodo mais eficiente e
r$ido seria m bom $onto de $artida/
Em sma, o trabalho realizado dei:a em $arte boas $ers$etivas $ara o ftro/ E:istem tambm
as$etos 4e necessitam de ser melhorados, revistos e $rofndamente estdados nma
$r9:ima eta$a/







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HII4.i"liogra#ia

Bioala/ (!""J) Qistologia bsica bconsltado em #M?"L?!"#!c/ *is$on.vel emB
htt$BXXEEE/bioalas/com/brXalasX!""MXhistologiaXa$ostilasXa$ostiladhistologiadba
sicaXa$ostiladhistologiadbasicaddemo/$df
1arneiro, J/, e Jn4eira, L/ 1/ (!""L)/ &/ F/ S/A/ (Ed/), Histologia Bsica #"th ed/, $$/ #?!!/
1ifor, A/, Bai, L/, e Pitiot, A/ (!"##)/ Smoothness?gided K?* reconstrction of !?* histological
images/ >ero%mage, IM (#), $$/ #PJ?!##/ Elsevier %nc/
1oo$er, L/ (!""P)/ High Performance Image Analysis for Large Histological Datasets/ +hio State
YniversitC , $$/ #?J/
3itz$atricD, J/ M/, Qill, */ L/ &/, e Marer, 1/ 7/ (!""")/ %mage 7egistration/ Handbook of Medical
Imaging, $$/ LLJ?I#L/
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Segmentao e Reconstruo 3D de Tecidos Animais em Imagens Histolgicas
MEB

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Liliana Azevedo