Principais

comandos Linux


Neste tutorial abordaremos alguns dos mais utilizados comandos do sistema
Linux.

Todos os alunos devero logar no servidor do ICB cujo nome

seal.icb.usp.br

Para isso, chame o programa Terminal da interface Gnome do Linux Ubuntu.

Digite o seguinte comando

ssh X p 2606 bioinfo@seal.icb.usp.br

Vamos entender este comando:

ssh (Secure Shell) o nome de um programa e um protocolo que permite
o acesso e a execuo de comandos em um computador remoto. O
programa permite que os dados transitem de forma criptografada,
oferecendo assim uma maior segurana.
O uso de uma interface grfica de usurio em Linux baseada no uso de
um software do sistema denominado X11 ou X Window. possvel
atravs de uma conexo via ssh estabelecer uma comunicao que
permite o uso de janelas de modo transparente atravs da rede. Para isso,
utiliza-se o parmetro X.
O ssh usa a porta 22 como padro (default) para estabelecer uma
conexo. O nosso servidor seal est configurado para somente permitir o
acesso via a porta 2606. Para especificar essa porta, utilizamos o
parmetro p.
Para logar em um sistema remoto, necessrio se definir o usurio e o
nome do servidor, separados entre si pelo caractere @ (at). Assim, o
usurio bioinfo no servidor seal.icb.usp.br dever ser especificado
como bioinfo@seal.icb.usp.br.

Concluindo, o comando acima invoca o programa ssh com a instruo de utilizar
a porta 2606, permitir a exportao do X Window a partir do servidor e logar
como usurio bioinfo no servidor seal.icb.usp.br.

Existem vrios sites na internet que apresentam listas de comandos em Linux.
Alguns sites interessantes esto listados:

http://www.comandoslinux.com/
http://wiki.ubuntu-br.org/ComandosBasicos
http://www.tecmundo.com.br/atalho/1982-comandos-basicos-do-linux.htm

Seguem abaixo alguns comandos comumente usados em Linux. Cada um dos

mesmos pode ter vrios parmetros de uso. Consulte o manual online (man
nome-do-comando).

apropos mostra todos os comandos com a tecla e sua descrio.
cat - exibe o contedo do arquivo na tela. Tambm permite criar arquivos e
cal exibe um calendrio do ms corrente
concatenar arquivos.
cd - muda o diretrio corrente
clear limpa a tela
cp copia arquivos
date mostra na tela a hora e data atuais
exit - termina o shell.
grep exibe na tela as linhas de um arquivo que contm um padro (expresso
regular)
head / tail - exibe linhas no inicio / fim do arquivo.
kill mata um processo
less / more - lista o contedo do arquivo.
ln -s - cria links simblicos (symlinks) para arquivos ou diretrios.
ls lista o contedo de arquivos do diretrio
man exibe o manual online do comando.
mkdir - cria diretrios.
mv - mover ou renomear arquivos
ps lista processos ativos
pwd mostra o caminho do diretrio corrente
rm - deletar arquivos ou diretrios
rmdir - deleta diretrios (desde que estejam vazios)
who exibe os usurios logados
wc exibe a contagem de linhas, palavras e caracteres de um arquivo
whoami mostra o nome do usurio logado no sistema.

Comandos de Linux podem ser agregados por meio de pipes (|). Por exemplo, se
quisermos contar quantas sequncias esto presentes num arquivo em formato
FASTA:

grep > vector.seq |wc l

O comando acima invoca o programa grep para que ele encontra a string
(sequncia de caracteres de texto) > no arquivo vector.seq. O programa
grep exibe na tela todas as linhas do arquivo que contm o caractere >. Para que
possamos contar o nmero de ocorrncias, utilizamos um pipe que pega a sada
do grep e a utiliza como entrada para o programa wc. O wc conta o nmero de
linhas, palavras e caracteres. Para que ele conte apenas o nmero de linhas,
usamos o parmetro l.