19/04/2013

Quantum Mechanics (consider electron)

Molecular Mechanics (atoms are spheres) Classical Physics Laws

Ab initio ORDER ATOMS 10-100

Semiempirical 100-1000 VELOCITY ACCURACY 1000+

COMPLEXITY OF CALCULATION

Mecnica Quntica (considera eltron)

Mecnica Molecular (os tomos so esferas) Leis Fsica Clssica

Ab initio ORDEM TOMOS 10-100

Semi-emprico 100-1000 VELOCIDADE ACURCIA 1000+

COMPLEXIDADE DO CLCULO

19/04/2013

Energy minimization Identifying stable conformations Energy calculations for specific conformations Generating different conformations Studying molecular motion.

Minimizao de energia Identificando conformaes estveis Clculos de energia para conformaes especficas Gerao de diferentes conformaes Estudo do movimento molecular

Molecular orbital energies and coefficients Heat of formation for specific conformations; Partial atomic charges calculated from molecular orbital coefficients Electrostatic potentials Dipole moments Transition state geometries and energies Bond dissociation energies.

19/04/2013

Energias e coeficientes do orbital molecular Calor de formao de conformaes especficas Cargas atmicas parciais calculadas a partir dos coeficientes do orbital molecular Potenciais eletrostticos Momentos dipolo Geometrias e energias do estado de transio Energias de dissociao da ligao

Some drawing packages are linked to other items of software which allow quick calculations of various molecular properties, including:
IUPAC chemical name, Molecular formula, Molecular weight, Exact mass, Theoretical elemental analysis. Calculated predictions: melting point, freezing point, log P value and heat of formation.

Alguns pacotes de desenhos de estruturas acompanham com outros softwares que permitem clculos rpidos de vrias propriedades moleculares, incluindo:
Nome qumico IUPAC Frmula molecular Massa molecular Massa exata Anlise terica dos elementos. Predies: ponto de fuso, ponto de congelamento, log P, e calor de formao.

19/04/2013

PROPERTIES OF ADRENALINE PREDICTED BY CHEMDRAW

(%)

PROPRIEDADES DA ADRENALINA PREDITAS PELO CHEMDRAW

(%)

Molecular modeling software allows the researcher to construct a 3D molecular structure on the computer.

Software packages available:

Chem 3D Alchemy Sybyl Hyperchem Discovery Studio Pro CAChe Avogadro

19/04/2013

Softwares de modelagem molecular permitem construir estruturas 3D usando o computador.

Pacotes disponveis:
Chem 3D Alchemy Sybyl Hyperchem Discovery Studio Pro CAChe Avogadro

The 3D model can be made by constructing the molecule atom by atom, and bond by bond. It is also possible to automatically convert a 2D drawing into a 3D structure, and most molecular modelling packages have this facility.

Os modelos 3D podem ser feitos via construo da molcula tomo por tomo, e ligao por ligao. Tambm possvel automaticamente converter uma estrutura 2D numa estrutura 3D. Muitos pacotes de softwares de modelagem possuem essa facilidade.

Bola e basto

Varetas

Basto

Esferas de Van der Waals

19/04/2013

It can also be accessed and downloaded from the Cambridge Structural Database (CSD) CSD contains over 200000 molecules, which have been crystallized and their structure determined by X-ray crystallography.

Tambm podem ser acessadas e baixadas do Cambridge Structural Database (CSD) O CSD contm mais de 200.000 molculas que foram previamente cristalizadas e suas estruturas determinadas por cristalografia de raiosX.

Whichever software program is used to create a 3D structure, a process called energy minimization should be carried out once the structure is built. This is because the construction process may have resulted in unfavourable bond lengths, bond angles or torsion angles.

19/04/2013

Qualquer que seja o programa utilizado para criar uma estrutura 3D, um processo denominado minimizao de energia dever ser conduzido aps a estrutura ser construda. Isso porque o processo de construo pode ter resultado em comprimentos ou ngulos de ligao e ngulos de toro desfavorveis.

The energy of the new structure is calculated to see whether it is energetically more stable or not. If the starting structure is inherently unstable, a slight alteration in bond angle or bond length will have a large effect on the overall energy of the molecule resulting in a large energy difference, until obtain a structure with an energy minimum.

A energia da nova estrutura calculada para verificar se ela energeticamente mais estvel ou no. Se a estrutura de partida inerentemente instvel, uma alterao discreta no ngulo de ligao ou distncia da ligao ter um grande efeito em toda a energia da molcula resultando numa grande diferena de energia, at que se obtenha uma estrutura com mnima energia.

19/04/2013

During an energy minimization, lots of different conformation could have a local minimum energy, but just one more stable conformation, which have a global minimum energy

19/04/2013

Durante uma minimizao de energia, vrias diferentes conformaes podem ser um mnimo de energia local, mas apenas uma conformao mais estvel pode ter uma energia mnima global

Therefore, in order to identify the most stable conformation, it is necessary to generate different conformations of the molecule and to compare their steric energies.
1. Molecular dynamics 2. Stepwise bond rotation 3. Monte Carlo and Metropolis method 4. Genetic and evolutionary algorithms

HOW TO FIND THE STRUCTURE WITH GLOBAL ENERGY MINIMA?

Portanto, no intuito de identificar a conformao mais estvel, necessrio gerar diferentes conformaes da molcula e comparar suas energias estricas.

COMO ACHAR A ESTRUTURA COM O MNIMO GLOBAL DE ENERGIA?

1. Dinmica Molecular 2. Rotao da ligao por etapas 3. Mtodos de Monte Carlo e Metropolis 4. Algoritmos Genticos e Evolucionrios

19/04/2013

Molecular mechanics program to mimic the movement of atoms within a molecule. Classical and Newtons second law: F = ma; a = v/t; v = s/t; Ek = (mv)/2
Position, acceleration and velocity of each atom Calculated the kinetic energy treated as moving sphere

determined after 1 fs (femtosecond) = 10-5 s

Programas de mecnica molecular que mimetizam o movimento de tomos na molcula. Leis clssicas e Segunda Lei de Newton: F = ma; a = v/t; v = s/t; Ek = (mv)/2
Posio, acelerao e velocidade de cada tomo Energia cintica calculada tratadas como esferas mveis

Determinadas aps 1 fs (femtosegundo) = 10-5 s

Can be used to generate a variety of different conformations

by heating T = 900 K (5 ps = 5.10-12 s) by cooling T = 300 K (10 ps = 10-11 s)

repeat process as many times as desired

Minimize structure

Calculate steric energy

10

19/04/2013

Podem ser usadas para gerar uma variedade de diferentes conformaes

aquecimento T = 900 K (5 ps = 5.10-12 s) resfriamento T = 300 K (10 ps = 10-11 s)

Repete o processo vrias vezes que desejar

Minimiza a estrutura

Calcula a energia estrica

heating

CICLOHEXANO

aquecimento Conformao de barco Cadeira

11

19/04/2013

Consist in generate conformations by rotate torsions (dihedral angle) and calculate steric energy of each ones.
Global minimum energy

30 fixed moved

Dihedral angle = angle between 2 planes

Consiste em gerar conformaes por tores rotacionveis (ngulos diedros) e calcular a energia estrica de cada uma delas.
Energia mnima global

30 fixo mvel

ngulo diedro = entre 2 planos

12

19/04/2013

Monte Carlo algorithm generation of random conformations which are all analysed separately Metropolis method or recozimento simulado chances de encontrar o mnimo global
Envolve um n de ciclos onde o algoritmo de Monte Carlo compilado em diferentes temperaturas

Algoritmo de Monte Carlo gerao de conformaes aleatrias onde todas so analisadas separadamente Mtodo Metrpolis ou simulated annealing chances of finding the global minimum
It envolves a # of cycles where the Monte Carlo algorithm is run at different temperatures

13

19/04/2013

Algorithms that use biological ideas from genetics and evolution to find the structure with global minimum energy (mutations, crossing-overs, Lamarckian Genetic Algorithm...)

Algoritmos que usam ideias biolgicas da gentica e evoluo para encontrar a estrutura com energia mnima global (mutaes, crossingovers, Algoritmo Gentico Lamarquiano...)

Continue... Next seminar Continua... Prximo seminrio

14