FUNDAMENTOS DE

BIOQUMICA
A V I D A E M N V E L M O L E C U L A R

2a Edio

CAPTULO

PARTE

1
A terra primitiva, um diminuto ponto na galxia, continha molculas inorgnicas simples que originaram as primeiras macromolculas biolgicas. Tais macromolculas, por sua vez, adquiriram a capacidade de auto-organizao e auto-replicao, formando, finalmente, formas celulares de vida. (Lynette Cook/ Photo Researchers.)

Introduo Qumica da Vida

1. A Origem da Vida
A. O Mundo Pr-Bitico B. Evoluo Qumica

4. Termodinmica
A. A Primeira Lei da Termodinmica: A Energia Conservada B. A Segunda Lei da Termodinmica: A Entropia Tende a Aumentar C. Energia Livre D. Equilbrio Qumico e Estado-Padro E. A Vida Obedece s Leis da Termodinmica

2. Arquitetura Celular
A. Evoluo das Clulas B. Procariotos e Eucariotos

3. Evoluo dos Organismos

A. Taxonomia e Filogenia B. As Origens da Complexidade C. Como os Organismos Evoluem?

Fundamentos de Bioqumica

A palavra bioqumica significa, literalmente, o estudo da qumica da vida. Apesar de sobrepor-se a outras disciplinas, como a biologia celular, a gentica, a imunologia, a microbiologia, a farmacologia e a fisiologia, a bioqumica limitada a um nmero de indagaes, que incluem: 1. Quais so as estruturas qumicas e tridimensionais das molculas biolgicas? 2. Como as molculas biolgicas interagem? 3. De que maneira as clulas sintetizam e degradam as molculas biolgicas? 4. De que maneira a energia conservada e usada pela clula? 5. Quais so os mecanismos de organizao das molculas biolgicas e de coordenao das atividades? 6. De que maneira a informao gentica armazenada, transmitida e expressa? A Bioqumica, como qualquer outra cincia moderna, depende de instrumentos sofisticados para dissecar a arquitetura e a operao de sistemas inacessveis aos sentidos humanos. Alm do instrumental qumico para separar, quantificar e tambm analisar materiais biolgicos, os bioqumicos tiram vantagem do aspecto biolgico, o qual exclusivo dos temas que eles examinam: a histria evolucionria dos organismos, os sistemas metablicos e as molculas individuais. Alm das implicaes lgicas para a sade humana, a bioqumica revela o trabalho do mundo natural, permitindo-nos entender e apreciar a condio misteriosa e nica que chamamos vida.

Tabela 1-1 Os Elementos Mais Abundantes do Corpo Humanoa

Peso Seco C N O H Ca P K S Cl Na Mg Elemento (%) 61,7 11,0 9,3 5,7 5,0 3,3 1,3 1,0 0,7 0,7 0,3

1 A Origem da Vida
Algumas caractersticas bioqumicas so comuns a todos os organismos, como, por exemplo, o modo pelo qual a informao hereditria codificada e expressa e a maneira pela qual as molculas biolgicas so formadas e fragmentadas para produzir energia. A base gentica e bioqumica dos organismos atuais sugere que eles descendem de um ancestral comum. Embora seja impossvel descrever com exatido como surgiu a primeira forma de vida, estudos paleontolgicos e laboratoriais tm fornecido algumas pistas sobre a origem da vida. Todas as culturas do passado e do presente possuem seus mitos criacionistas que racionalizam o modo pelo qual a vida teria surgido. No entanto, somente na era atual tem sido possvel considerar a origem da vida em termos cientficos.

Clculo a partir de dados de Frieden, E., Sci. Am. 227(1), 54-55 (1972).

A. O Mundo Pr-Bitico
A matria viva consiste em um nmero relativamente pequeno de elementos (Tabela 1-1). Por exemplo, C, H, O, N, P, Ca e S respondem por aproximadamente 97% do peso seco do corpo humano (os seres humanos e a maioria dos outros organismos vivos so formados por cerca de 70% de gua). Os organismos vivos tambm podem conter quantidades diminutas de muitos outros elementos, incluindo B, F, Al, Si, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, As, Se, Br, Mo, Cd, I e W, embora nem todos os organismos utilizem todas essas substncias. A mais antiga evidncia paleontolgica da vida um fssil de cerca de 3,5 bilhes de anos (Figura 1-1). A era pr-bitica precedente, que comeou com a formao da Terra h aproximadamente 4,6 bilhes de anos, no deixou evidncias diretas, mas os cientistas podem reproduzir experimentalmente os tipos de reaes qumicas que deram origem aos organismos vivos durante aquele perodo de 1 bilho de anos. A atmosfera da Terra primitiva era constituda provavelmente de compostos pequenos e simples como H2O, N2, CO2 e quantidades pequenas de CH4 e NH3. Na dcada de 1930, Alexandre Oparin e J. B. S. Haldane independentemente sugeriram

10 m

20

Figura 1-1 Microfssil de clulas bacterianas filamentosas. Esse fssil (mostrado com um desenho interpretativo) incrustrado em uma rocha originria da Austrlia Ocidental data de aproximadamente 3.400 milhes de anos. (Cortesia de J. William Schopf, UCLA, EUA.)

Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt

que a radiao ultravioleta do sol ou as descargas eltricas dos relmpagos fizeram com que as molculas da atmosfera primitiva reagissem para formar compostos orgnicos (compostos de carbono) simples. Esse processo foi reproduzido em 1953 por Stanley Miller e Harold Urey, que submeteram uma mistura de H2O, CH4, NH3 e H2 a descargas eltricas durante uma semana. A soluo resultante continha compostos orgnicos hidrossolveis, incluindo vrios aminocidos (que so componentes das protenas) e outros compostos bioquimicamente significativos. As suposies que basearam o experimento de Miller-Urey, principalmente a composio do gs usado como material de partida, foram contestadas por alguns cientistas, os quais sugeriram que as primeiras molculas biolgicas teriam sido geradas de uma forma totalmente diferente: no escuro e sob a gua. Fontes hidrotermais no fundo do oceano, que emitem solues de metais sulfdricos a temperaturas de 400C (Figura 1-2), podem ter fornecido condies adequadas para a formao de aminocidos e outras molculas orgnicas pequenas a partir de compostos simples presentes na gua do mar. Qualquer que seja sua origem, as molculas orgnicas primitivas tornaram-se os precursores de uma enorme variedade de molculas biolgicas. Essas podem ser classificadas de vrias maneiras, dependendo de sua composio de reatividade qumica. Nesse ponto, til revisar os grupos funcionais e as ligaes que determinam a atividade biolgica dessas molculas (Tabela 1-2)

B. Evoluo Qumica
Figura 1-2 Conduto hidrotermal. Essas formaes submarinas so conhecidas como fumarolas negras, porque os sulfetos metlicos que elas emitem dissolvidos na gua superaquecida precipitam quando encontram a gua do oceano muito mais fria. ( J. Edmond. Cortesia de Woods Hole Oceanographic Institution, EUA.)

O R C OH

N H

Condensao H2O

Hidrlise H 2O

Durante um perodo de evoluo qumica, molculas orgnicas simples condensaram-se para formar molculas mais complexas ou combinaram-se pelas suas extremidades para formar polmeros de unidades repetidas. Em uma reao de condensao, os elementos da gua so perdidos. A velocidade de condensao de compostos simples para formar um polmero estvel deve ser, portanto, maior do que a velocidade de hidrlise (ruptura pela adio dos elementos da gua; Figura 1-3). No ambiente pr-bitico, minerais como a argila devem ter catalisado reaes de polimerizao e seqestrado os elementos reativos da gua. O tamanho e a composio das macromolculas pr-biticas provavelmente eram limitados pela matria inicial e pela disponibilidade das pequenas molculas do material de partida, assim como pela eficincia dos processos de combin-las e pela resistncia degradao. Obviamente, a combinao de diferentes grupos funcionais em uma molcula maior aumenta sobremaneira a versatilidade qumica de tal molcula, permitindolhe desempenhar tarefas qumicas alm das alcanadas pelas molculas simples. (Esse princpio de propriedades emergentes pode ser expresso como o inteiro maior do que a soma de suas partes.) Macromolculas separadas com arranjos complementares de grupos funcionais podem associar-se umas s outras (Figura 1-4), dando origem a arranjos moleculares mais complexos, com um nmero ainda maior de possibilidades funcionais.

O R C NH R

+NH

O C

Figura 1-3 Reao de um cido carboxlico com uma amina. Os elementos da gua so perdidos durante a condensao. No processo inverso hidrlise , a gua adicionada para aderir-se ao amido. Nos sistemas vivos, as reaes de condensao no so livremente reversveis.

Figura 1-4 Associao de molculas complementares. Os grupos amino com carga positiva interagem eletrostaticamente com os grupos carboxilato carregados negativamente.

Fundamentos de Bioqumica

O pareamento especfico entre grupos funcionais complementares permite a um membro do par determinar a identidade e a orientao do outro membro. Tal complementaridade torna possvel uma macromolcula replicar-se ou copiar-se pelo direcionamento da montagem de uma nova molcula a partir de

Tabela 1-2 Chave para Estrutura. Grupos Funcionais e Ligaes Comuns em Bioqumica
Nome do Composto Aminab
RNH 2 R 3N ROH R SH ROR O R R
b

Estruturaa
ou ou R NH 3 R 2NH 2 R 3NH OOH OSH OO O O C O O OH ou R C O C O C O C O OR SR NH2 O NHR NR2 RP NH 2 C N C N C O C N ou

Grupo Funcional ou Ligao

R 2NH ou

(grupo amino)

lcool Tiol ter Aldedo Cetona cido carboxlico

(grupo hidroxila) (grupo sulfidrila) (ligao ter) (grupo carbonila) (grupo carbonila)
OH O O S

C H O C O C R

(grupo carboxila) ou (grupo carboxilato)

O

ster Tioster Amida

R R R R

C O C O C O C O C

(ligao ster) (ligao tioster)

C O R C

(grupo acila)c (grupo acila)c

(grupo amido) R

(grupo acila)c

Imina (base de Schiff)b Dissulfeto ster de fosfato

b

R PNH ou

ou

(grupo imino)

R PNR ou RP NHR R OSOSOR O R O P OH O

OSOSO O P OH O

(ligao dissulfeto) (grupo fosforila)

ster de difosfatob
R O

O P O O

O P OH O

O P O O O

O P OH O

(grupo fosfoanidrido)

Dister de fosfatob
R O

O P O O R O

P O

(ligao fosfodister)

a b

R representa qualquer grupo contendo carbono. Em uma molcula com mais de um grupo R, esses podem ser iguais ou diferentes. Sob condies fisiolgicas, esses grupos esto ionizados e por isso possuem carga positiva ou negativa. c Se estiverem ligados a um tomo que no seja o carbono.

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Figura 1-5 Replicao por meio de complementaridade. Nesse caso simples, um polmero serve de molde para a montagem de uma molcula complementar, a qual, por causa de sua complementaridade intramolecular, uma cpia exata da original.

unidades complementares menores. A replicao de um polmero simples com complementaridade intramolecular est ilustrada na Figura 1-5. Um fenmeno similar central para a funo do DNA, em que as seqncias de bases em uma fita (p. ex., A-C-G-T) especificam absolutamente a seqncia de bases na fita com a qual essa est pareada (T-G-C-A). Quando o DNA se replica, as duas fitas separam-se e dirigem a sntese das fitas-filhas complementares. A complementaridade tambm a base para a transcrio de DNA para RNA e para a traduo de RNA para protena. Um momento crtico na evoluo qumica foi a transio de sistemas de molculas geradas aleatoriamente para sistemas nos quais as molculas eram organizadas e especificamente replicadas. Uma vez que as macromolculas adquiriram a capacidade de perpetuarem-se, o ambiente primordial tornou-se enriquecido por molculas mais capazes de sobreviverem e multiplicarem-se. Os primeiros sistemas de replicao eram, sem dvida, um tanto quanto desorganizados, com molculas da prognie imperfeitamente complementares aos seus pais. Ao longo do tempo, a seleo natural viria a favorecer as molculas que fizessem cpias mais precisas delas mesmas.

2 Arquitetura Celular
Os tipos de sistemas descritos anteriormente teriam de competir com todos os outros componentes da Terra primordial pelos recursos disponveis. Condies ambientais em alterao podem tambm ter influenciado a sobrevivncia de sistemas de replicao autnoma. Uma vantagem seletiva viria a surgir em um sistema que fosse capturado e protegido por fronteiras de algum tipo. O modo pelo qual essas fronteiras surgiram inicialmente, ou mesmo do que elas eram formadas, obscuro. Uma teoria postula que vesculas membranosas (sacos repletos de fluidos) primeiro ligaram-se aos sistemas de replicao autnoma, delimitando-os. Essas vesculas viriam a tornar-se as primeiras clulas.

A. Evoluo das Clulas

As vantagens da compartimentalizao so muitas. Alm de receberem alguma proteo contra efeitos ambientais adversos, um sistema delimitado pode manter concentraes locais elevadas de componentes que, de outra forma, iriam difundirse. Substncias mais concentradas podem reagir mais rapidamente, resultando em uma eficincia aumentada na polimerizao e em outros tipos de reaes qumicas. Um compartimento delimitado por uma membrana que protegesse seus contedos viria a tornar-se gradualmente bem diferente em composio do que o meio externo. As clulas modernas contm alta concentrao de ons, molculas pequenas e grandes agregados moleculares, que so encontrados apenas em quantidades nfimas quando encontrados fora da clula. Por exemplo, a clula de Escherichia coli (E. coli) contm milhes de molculas, representando de 3 mil a 6 mil compostos diferentes (Figura 1-6). Uma clula animal tpica pode conter 100 mil molculas de diferentes tipos.

Fundamentos de Bioqumica

Ribossomo E. coli

Protenas

Lipopolissacardeo

mRNA

tRNA

DNA

Fosfolipdeo Lipoprotena Peptideoglicano

Flagelo

Figura 1-6 Corte transversal de uma E. coli. O lado esquerdo do desenho mostra a parede celular com multicamadas e a membrana. O citoplasma na regio mediana do desenho est cheio de ribossomos envolvidos em sntese protica. O lado esquerdo do desenho contm um emaranhado denso de DNA. A figura corresponde a uma magnificao de 1 milho de vezes. Apenas as

macromolculas maiores e as montagens moleculares so mostradas. Em uma clula viva, o espao que sobra do citoplasma estaria lotado de molculas pequenas e de gua (as molculas de gua teriam aproximadamente o tamanho do ponto final desta frase). (Com base em um desenho de David Goodsell, UCLA, EUA.)

As clulas primitivas dependiam do meio-ambiente para o suprimento de blocos construtores. medida que alguns dos componentes essenciais na sopa prbitica tornavam-se escassos, a seleo natural favorecia organismos que desenvolvessem mecanismos para a sntese dos compostos requeridos a partir de precursores mais simples, mas mais abundantes. As primeiras reaes metablicas podem ter usado catalisadores de metal ou de barro selecionados do meio externo inorgnico (um catalisador uma substncia que promove uma reao qumica sem que ele prprio seja modificado). Na verdade, ons de metal esto ainda no cerne de muitas reaes qumicas em clulas modernas. Alguns catalisadores podem, do mesmo modo, ter originado-se de molculas polimricas que tinham os grupos funcionais apropriados. Em geral, as reaes biossintticas requerem energia; logo, as primeiras reaes celulares tambm precisavam de uma fonte energtica. O esgotamento eventual de substncias preexistentes ricas em energia no ambiente pr-bitico teria estimulado o desenvolvimento de rotas metablicas produtoras de energia. Por exemplo, a fotossntese evoluiu relativamente cedo para tirar proveito de uma fonte de energia praticamente inextinguvel, o Sol. Entretanto, o acmulo de O2 gerado de H2O pela fotossntese (a atmosfera moderna consiste em 21% de O2) apresentou um desafio adicional para organismos adaptados vida em uma atmosfera pobre em oxignio. Refinamentos metablicos, por fim, permitiram aos organismos no somente evitar

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danos oxidativos, mas tambm usar O2 para o metabolismo oxidativo, uma forma muito mais eficiente de metabolizar energia do que o metabolismo anaerbio. Ainda restam vestgios de vida ancestral no metabolismo anaerbio de certos organismos modernos. Os organismos primitivos que desenvolveram estratgias metablicas para sintetizar molculas biolgicas, conservar e utilizar a energia de uma forma controlada e reproduzirem-se dentro de um compartimento protetor foram capazes de se propagarem em uma extenso de hbitats cada vez mais vastos. A adaptao de clulas a condies externas diferentes finalmente conduziu diversidade de espcies atual. A especializao de clulas individuais tambm possibilitou que grupos de clulas diferenciadas trabalhassem juntos em organismos multicelulares.
Spirillum

B. Procariotos e Eucariotos
Uma espiroqueta

Anabaena (uma cianobactria)

Escherichia coli Bacillus grande

Staphylococcus Rickettsia Trs espcies de Mycoplasma 10 m

Figura 1-7 Desenho em escala de algumas clulas procariticas.

Todos os organismos modernos baseiam-se na mesma unidade morfolgica, a clula. Existem duas classificaes principais de clulas: as eucariticas (do grego, eu, bom ou verdadeiro + karyon, cerne), as quais tm um ncleo delimitado por uma membrana que encapsula seu DNA, e as procariticas (do grego, pro, anterior), as quais no possuem ncleo. Os procariotos, abrangendo os vrios tipos de bactrias, tm estruturas relativamente simples e so quase todos unicelulares (embora possam formar filamentos ou colnias de clulas independentes). Os eucariotos, os quais so multicelulares e unicelulares, so muito mais complexos do que os procariotos. (Vrus so entidades muito mais simples do que as clulas e no so classificados como vivos, pois no possuem o aparato metablico para se reproduzirem fora de suas clulas hospedeiras.) Os procariotos so os organismos mais numerosos e espalhados na Terra. Isso se deve aos seus metabolismos distintos e com freqncia altamente adaptados, que lhes permitem ajustar-se a uma variedade enorme de hbitats. Os procariotos variam em tamanho de 1 a 10 m e apresentam uma de trs formas bsicas (Figura 1-7): esferoidal (cocos), forma de basto (bacilo) e helicoidal retorcida (espirilo). Exceto por uma membrana celular externa, que em muitos casos envolvida por uma parede celular protetora, quase todos os procariotos carecem de membranas celulares. Entretanto, o citoplasma (contedo celular) procaritico no de forma alguma uma sopa homognea. Acredita-se que funes metablicas distintas so realizadas em diferentes regies do citoplasma (Figura 1-6). O procarioto mais bem caracterizado a Escherichia coli, uma bactria de 2 m por 1 m com forma de bastonete que habita o clon de mamferos. As clulas eucariticas tm geralmente 10 a 100 m de dimetro, tendo, portanto, de 1.000 a 1 milho de vezes o volume de um procarioto tpico. Entretanto, no o tamanho, mas a profuso de organelas delimitadas por membranas, que melhor caracteriza as clulas eucariticas (Figura 1-8). Alm do ncleo, os eucariotos possuem um retculo endoplasmtico, o stio de sntese de muitos componentes celulares, alguns dos quais so modificados subseqentemente no aparelho de Golgi. A maior parte do metabolismo aerbico ocorre na mitocndria em quase todos os eucariotos, e clulas fotossintticas contm cloroplastos. Outras organelas, como os lisossomos e os peroxissomos, desempenham funes especializadas. Os vacolos, que so mais proeminentes em clulas vegetais, geralmente funcionam como locais de estocagem. O citosol (o citoplasma sem as suas organelas delimitadas por membranas) organizado pelo citoesqueleto, um extenso conjunto de filamentos que tambm d clula sua forma e habilidade de movimento. As vrias organelas que compartimentam as clulas eucariticas representam um nvel de complexidade que bastante deficiente em clulas procariticas. Apesar disso, os procariotos so, na verdade, mais eficientes do que os eucariotos em muitos aspectos. Os procariotos exploraram as vantagens da simplicidade e da mi-

Fundamentos de Bioqumica

Membrana nuclear Ncleo Nuclolo Cromatina

Centrolos Aparelho de Golgi

Ribossomos livres Vacolos Retculo endoplasmtico Mitocndria Lisossomo Retculo endoplasmtico rugoso Membrana celular

Retculo endoplasmtico liso

Figura 1-8 Desenho de uma clula animal tpica acompanhado por micrografias eletrnicas de suas organelas. As organelas delimitadas por membranas incluem o ncleo, o retculo endoplasmtico, o lisossomo, o peroxissomo (no mostrado), a mitocndria, o vacolo e o aparelho de Golgi. O ncleo contm cromatina (um complexo de DNA e protena) e o nuclolo (o stio de sntese de ribossomos). O retculo endoplasmtico rugoso salpicado com ribossomos; o retculo endoplasmtico liso no o . Um par de centrolos

auxilia na organizao de elementos do citoesqueleto. Uma clula vegetal tpica diferencia-se principalmente pela presena de uma parede celular externa e pela presena de cloroplastos no citosol. (Ncleo: Tektoff-RM, CNRI/Photo Researchers; retculo endoplasmtico rugoso e aparelho de Golgi: Secchi-Lecaque/Roussel-UCLAF/CNRI/Photo Researchers; retculo endoplasmtico liso: David M. Phillips/ Visuals Unlimited; mitocndria: CNRI/Photo Researchers; lisossomo: Biophoto Associates/Photo Researchers.)

niaturizao. Suas taxas de crescimento rpido permitiram-lhes que ocupassem nichos ecolgicos nos quais pode haver flutuaes drsticas de nutrientes disponveis. Em contraste, a complexidade dos eucariotos, a qual os torna maiores e de crescimento mais lento do que os procariotos, d a eles vantagens competitivas em ambientes estveis com recursos limitados. Portanto, errneo considerar os procariotos evolutivamente primitivos em comparao aos eucariotos. Ambos os tipos de organismos esto bem adaptados aos seus respectivos estilos de vida.

3 Evoluo dos Organismos

Traar as origens de diferentes espcies (i.e., definir sua provvel histria evolutiva) valioso, porque o propsito biolgico de uma adaptao bioqumica especfica freqentemente mais bem apreciado pelo exame de como ela evoluiu. Tal informao evolutiva to til quanto a informao sobre a estrutura, e a qumica til para o entendimento de como a vida opera no nvel molecular.

A. Taxonomia e Filogenia
A prtica de aglomerar todos os procariotos em uma nica categoria com base no que eles no tm um ncleo obscurece sua diversidade metablica e sua his-

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Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt

tria evolutiva. Em contrapartida, a notvel diversidade morfolgica de organismos eucariticos (considere as diferenas anatmicas entre, digamos, uma ameba, um Archaea carvalho e um ser humano) mascara sua similaridaFungos Fungos gelatinosos de fundamental no nvel celular. Esquemas taxoBacteria Plantas nmicos tradicionais (taxonomia a cincia da Ciliados Halfilos Flagelados classificao biolgica), os quais se baseiam em Gram-positivos Bactrias roxas morfologia bruta, provaram ser inadequados para Microspordeos Methanococcus descrever as verdadeiras relaes entre organisThermoproteus mos como as reveladas pelas suas histrias evoCianobactrias lutivas (filogenia). Esquemas de classificao biolgica com base em estratFlavobactrias gias reprodutivas ou de desenvolvimento refletem de forma mais genuna a histria evolutiva do que aqueles com base somente na morfologia adulta. Contudo, as relaes filogenticas so mais bem deduzidas pela comparao de molculas polimricas RNA, DNA ou protena de organismos diferentes. Por exemplo, a anlise de RNA levou Carl Woese a agrupar todos os organismos Figura 1-9 rvore filogentica mostrando os trs em trs domnios (Figura 1-9). As arquibactrias (tambm chamadas de clulas domnios de organismos. As ramificaes indicam o arqueais ou archaea) so um grupo de procariotos to distantemente relacionados padro de divergncia a partir de um ancestral comum. aos outros procariotos (as bactrias, s vezes chamadas de eubactrias) quanto As arquibactrias so procariotos como as bactrias, mas ambos os grupos esto para os eucariotos (eucria ou eukarya). As arquibactrias compartilham algumas caractersticas com os eucariotos. incluem alguns organismos incomuns: os metangenos (que produzem CH4), as (Segundo Wheelis, M. L., Kandler, O., e Woese C. R., Proc. halobactrias (que prosperam em solues salinas concentradas) e certos termNatl. Acad. Sci. 89, 2931 [1992].) filos (que habitam fontes termais). A evidncia de que as arquibactrias no so apenas bactrias incomuns est no seu material gentico, sendo que partes desse material so mais similares ao dos eucariotos do que ao das bactrias. O padro de ramificao no diagrama de Woese indica a divergncia de diferentes tipos de organismos (cada ponto de ramificao representa um ancestral comum). O esquema de trs domnios tambm mostra que animais, plantas e fungos constituem apenas uma pequena poro de todas as formas de vida. Tais rvores filogenticas suplementam os registros fsseis, os quais fornecem um registro fragmentado da vida antes de aproximadamente 600 milhes de anos atrs (os organismos multicelulares surgiram h cerca de 700 a 900 milhes de anos).
Eukarya Animais

B. As Origens da Complexidade
O ltimo ancestral comum das bactrias, das arquibactrias e dos eucariotos foi sem dvida um organismo relativamente complexo, o que justifica as caractersticas partilhadas por todos os organismos atuais. improvvel que os eucariotos sejam descendentes de um procarioto altamente desenvolvido, porque as diferenas entre bactrias e eucariotos so muito profundas. Pelo contrrio, o primeiro eucarioto parece ter evoludo de uma forma de vida primordial relativamente rara, de acordo com evidncias fsseis. Apenas depois que ela desenvolveu organelas complexas delimitadas por membranas que essa forma de vida se tornou bem-sucedida o bastante para gerar restos fsseis significativos. Entre os desenvolvimentos evolutivos mais importantes que produziram a variedade atual de bactrias, de arquibactrias e de eucariotos est o surgimento de mecanismos para a reproduo sexual. A troca de material gentico entre organismos aumentou suas capacidades de adaptao a condies variveis. Um desenvolvimento relacionado foi o aparecimento de cromossomos mltiplos (os procariotos tipicamente possuem apenas um cromossomo), o que permitiu que os eucariotos estocassem eficientemente e replicassem quantidades maiores de material gentico. Indcios adicionais da origem da complexidade celular eucaritica esto na mitocndria e no cloroplasto. Os dois tipos de organelas se parecem com bactrias no tamanho e no formato, e ambos contm seu prprio material gentico e maqui-

Fundamentos de Bioqumica

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naria de sntese protica. Essas observaes levaram Lynn Margulis a elaborar a hiptese de que as mitocndrias e os cloroplastos evoluram a partir de bactrias aerbicas de vida livre que formavam relaes simbiticas (mutuamente benficas) com eucariotos primordiais. Presumivelmente, o hospedeiro eucaritico provia os nutrientes e um meio protetor ao procarioto simbionte e era recompensado pela alta eficincia da proeza metablica aerbica do procarioto. Tal hiptese corroborada pela observao de que certos eucariotos que no tm mitocndria ou cloroplastos abrigam permanentemente bactrias simbiticas. Em algum ponto na histria evolutiva, clulas eucariticas individuais atuando de uma maneira mutuamente benfica originaram organismos multicelulares, para os quais a diviso de trabalho fornecia uma vantagem competitiva. Princpios semelhantes sem dvida caracterizaram o desenvolvimento de sistemas de ordem superior, como sociedades de indivduos e espcies interagindo em um mesmo ecossistema.

C. Como os Organismos Evoluem?

A seleo natural que guiou a evoluo pr-bitica continua a dirigir a evoluo dos organismos. Richard Dawkins comparou a evoluo a um relojoeiro cego capaz de produzir complexidade acidentalmente, embora tal imagem seja falha na hora de transmitir a vasta extenso de tempo e a maneira incrementada de tentativa e erro por meio da qual organismos complexos surgiram. Pequenas mutaes (mudanas no material gentico de um indivduo) surgem aleatoriamente como resultado de danos qumicos ou de erros inerentes ao processo de replicao. Uma mutao que aumente as chances de sobrevivncia do indivduo aumenta a probabilidade de que a mutao seja passada para a prxima gerao. Mutaes benficas tendem a espalhar-se rapidamente por uma populao; mudanas deletrias tendem a morrer junto com os organismos que as abrigam. A teoria da evoluo por seleo natural, articulada pela primeira vez por Charles Darwin na dcada de 1860, tem sido confirmada por meio de observao e experimentao. As bactrias so particularmente teis para estudos de evoluo, uma vez que elas se reproduzem rapidamente sob condies laboratoriais, com tempos de gerao to curtos quanto 20 minutos. Richard Lenski, por exemplo, documentou mudanas em aptido (adaptao a certas condies) ao longo de milhares de geraes bacterianas. A coincidncia de evidncias experimentais, informao molecular e registro fssil destaca alguns importantes e geralmente mal-entendidos princpios da evoluo: 1. A evoluo no dirigida a um objetivo em particular. Ela procede por mudanas aleatrias que podem afetar a habilidade de um organismo reproduzir-se sob as condies prevalentes. Um organismo bem-adaptado ao seu ambiente pode ficar melhor ou pior quando as condies mudam. 2. A evoluo requer uma certa desorganizao intrnseca, a qual permite que os organismos se adaptem a mudanas inesperadas. Isso explica por que populaes geneticamente homogneas (p. ex., uma lavoura de milho) so to suscetveis a um nico desafio (p. ex., um fungo). Uma populao mais heterognea dispe de mais meios para resistir a adversidades e para recuperar-se. 3. A evoluo condicionada pelo seu passado. Novas estruturas e funes metablicas surgem de elementos preexistentes. Por exemplo, as asas dos insetos no brotaram de forma espontnea, mas parecem ter sido desenvolvidas de modo gradual a partir de pequenas estruturas trocadoras de calor. 4. A evoluo continua, embora no proceda exclusivamente em direo complexidade. Uma viso antropocntrica coloca o ser humano no topo do esquema evolutivo, mas uma rpida inspeo da diversidade da vida revela que espcies mais simples no morreram nem pararam de evoluir.

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Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt

4 Termodinmica
As atividades normais dos organismos vivos mover-se, crescer, reproduzir-se demandam um gasto constante de energia. Mesmo em repouso, os organismos destinam uma poro considervel da sua aparelhagem bioqumica para a aquisio e para a utilizao de energia. O estudo da energia e de seus efeitos sobre a matria pertence ao campo da termodinmica (do grego, therme, calor + dynamis, energia). Apesar de os sistemas vivos apresentarem alguns desafios prticos anlise termodinmica, a vida segue as leis da termodinmica.

A. A Primeira Lei da Termodinmica: A Energia Conservada

Na termodinmica, um sistema definido como a parte de interesse do universo, tal como um frasco de reao ou um organismo; o restante do universo chamado de meio externo. A primeira lei da termodinmica afirma que a energia (U) conservada; ela no pode ser criada nem destruda. A variao da energia de um sistema definida como sendo a diferena entre o calor (q) absorvido pelo sistema do meio externo e o trabalho (W) realizado pelo sistema sobre o meio externo. U = Ufinal Uinicial = q w (1-1)

O calor um reflexo do movimento molecular aleatrio, ao passo que o trabalho, definido como fora vezes deslocamento, est associado a movimento organizado. A fora pode tomar diversas formas, como a fora gravitacional que um corpo exerce sobre outro, a fora de expanso exercida por um gs, a fora de tenso exercida por uma mola ou fibra muscular, a fora eltrica de uma carga sobre a outra e as foras dissipativas da viscosidade ou frico. A maioria dos processos biolgicos ocorre sob presso constante. Sob tais condies, o trabalho realizado pela expanso de um gs (trabalho presso-volume) PV. Conseqentemente, conveniente definir uma nova grandeza termodinmica, a entalpia (do grego, enthalpein, aquecer), abreviada H: H = U + PV Portanto, sob presso constante, H = U + PV = qP w + PV (1-3) (1-2)

em que qP definido como o calor em presso constante. Agora, admitindo somente trabalho presso-volume (os outros tipos de trabalho em reaes qumicas so normalmente desprezveis), H = qP PV + PV = qP (1-4)

Alm disso, as variaes de volume da maioria das reaes bioqumicas so insignificantes; assim, a diferena entre seus valores de U e H desprezvel. A entalpia, tal como a energia e o calor, dada em unidades de Joules (algumas unidades comuns usadas e constantes bioqumicas e outras convenes esto apresentadas no Quadro 1-1). A termodinmica til para indicar a espontaneidade de um processo. Um processo espontneo ocorre sem a admisso adicional de energia externa ao sistema. (A espontaneidade termodinmica no tem nada a ver com a rapidez de um processo.) A primeira lei da termodinmica, contudo, no consegue determinar, por si s, se um processo espontneo ou no. Considere dois objetos em temperaturas diferentes que so postos em contato. O calor flui espontaneamente do mais quente para o mais frio, e nunca o contrrio.

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QUADRO 1-1

Perspectivas em Bioqumica
Convenes Bioqumicas
A bioqumica moderna geralmente usa as unidades do Sistema Internacional (SI), incluindo o metro (m), o grama (g), o segundo (s) e suas unidades derivadas, para vrias medidas termodinmicas e outras. A seguir, esto relacionados as unidades bioqumicas mais usadas, algumas constantes bioqumicas teis e alguns fatores de converso. Unidades Energia, calor, trabalho Potencial eltrico Prefixos para as unidades mega (M) quilo (k) mili (m) micro () Converses angstrom () caloria (cal) Kelvin (K) 1010 m 4,184 J graus Celsius (C) + 273,15 106 103 103 106 nano (n) 109 pico (p) 1012 femto (f) 1015 atto (a) 1018 joule (J) volt (V) kg m2 s2 ou C V J C1 Constante dos gases (R) Constante de Boltzmann (kB) Constante de Planck (h) Constantes Nmero de Avogadro (N) Coulomb (C) Faraday (f) 6,0221 1023 molculas mol1 6,241 1018 cargas de eltrons 96.485 C mol1 ou 96.485 J V1 mol1 8,3145 J K1 mol1 1,3807 1023 J K1 (R/N) 6,6261 1034 J s

Ao longo deste texto, as massas moleculares das partculas sero expressas em dltons (D), definidas como 1/12 da massa do tomo de 12C (1.000 D = 1 quilodlton = 1 kD). Os bioqumicos usam tambm massa molecular, uma quantidade adimensional definida como sendo a razo entre a massa da partcula e 1/12 da massa do tomo de 12C, que simbolizada como Mr (como massa molecular relativa).

Ambos os processos estaro de acordo com a primeira lei da termodinmica, j que a energia total dos dois objetos no se altera. Portanto, preciso um critrio adicional de espontaneidade.

B. A Segunda Lei da Termodinmica: A Entropia Tende a Aumentar

De acordo com a segunda lei da termodinmica, os processos espontneos so caracterizados pela converso de ordem em desordem. Nesse contexto, a desordem definida como o nmero de modos energeticamente equivalentes, W, de arranjar os componentes de um sistema. Para tornar esse conceito mais concreto, considere um sistema constitudo de dois bulbos (ou bales) de volumes iguais, e que um deles possui molculas de um gs ideal (Figura 1-10). Quando a torneira que conecta os dois bales aberta, as molculas se distribuem de forma aleatria, mas igualmente, entre os dois bulbos. O nmero aproximadamente igual de molculas em cada balo no resultado de nenhuma lei de movimento, mas ocorre apenas porque a soma das probabilidades de todas as outras distribuies para as molculas muito pequena. Portanto, a probabilidade de todas as molculas se deslocarem de modo espontneo para o balo da esquerda (a condio inicial) praticamente nula, mesmo que a energia e a entalpia para esse arranjo sejam exatamente as mesmas daquelas das molculas distribudas igualmente. O grau de desordem de um sistema indicado pela entropia (do grego, en, dentro de + trope, curva), abreviado S: S = kB ln W
1

(a)

(b)

(1-5)

em que kB a constante de Boltzmann. As unidades de S so J K (a temperatura absoluta, em unidades de Kelvin, um fator porque a entropia varia com a tempe-

Figura 1-10 Distribuio aleatria de molculas de gs. Em (a), o gs ocupa um dos dois bulbos do mesmo tamanho (da esquerda). Quando a conexo aberta (b), as molculas de gs difundem-se entre os bulbos, distribuindo-se homogeneamente, metade em cada um.

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ratura; p. ex., um sistema torna-se mais desordenado medida que sua temperatura aumenta). O arranjo mais provvel de um sistema aquele que maximiza W e, por conseguinte, S. Portanto, se um processo espontneo, como o mostrado na Figura 1-10, possui variaes de energia e entalpia (U e H) iguais a zero, sua variao de entropia (S) deve ser maior do que zero; isto , o nmero de modos equivalentes do arranjo no estado final deve ser maior do que o do estado inicial. Alm disso, Ssistema + Smeio externo = Suniverso > 0 (1-6)

todos os processos aumentam a entropia isto , a desordem do universo. Nos sistemas qumicos e biolgicos, no prtico, e talvez seja impossvel, determinar a entropia de um sistema contando-se todos os arranjos energeticamente equivalentes dos seus componentes (W). Contudo, existe uma expresso para a entropia totalmente equivalente que se aplica condio de temperatura constante tpica de sistemas biolgicos: para um processo espontneo, (1-7) Portanto, a variao de entropia em um processo pode ser experimentalmente determinada a partir de medidas de calor.

C. Energia Livre
A espontaneidade de um processo no pode ser prevista somente a partir da variao de entropia do sistema. Por exemplo, 2 mis de H2 e em contato com 1 mol de O2, aps a ignio, quando detonados, reagem para formar 2 mis de H2O. J as duas molculas de gua, em que trs tomos permanecem juntos em cada molcula, so mais ordenadas do que as trs molculas diatmicas das quais elas so formadas. Qual , ento, o critrio termodinmico para um processo espontneo? As Equaes 1-4 e 1-7 indicam que sob temperatura e presso constantes (1-8) Portanto, H TS 0 (1-9)

Esse o verdadeiro critrio de espontaneidade, como formulado, em 1878, por J. Willard Gibbs. Ele definiu a energia livre de Gibbs (G, usualmente chamada apenas de energia livre) como G = H TS (1-10)

Como conseqncia, processos espontneos sob temperatura e presso constantes possuem G = H TS < 0 (1-11)

Tais processos so chamados exergnicos (do grego, ergon, trabalho). Os processos que no so espontneos possuem valores positivos de G (G > 0) e so chamados endergnicos; eles devem ser forados pela introduo de energia livre. Se um processo for exergnico, seu inverso ser endergnico e vice-versa. J os processos em equilbrio, aqueles para os quais as reaes nos dois sentidos esto exatamente balanceadas, so caracterizados por G = 0. Para a maioria dos casos, somente as variaes de energia livre, de entalpia e de entropia (G, H e S) podem ser medidas, e no seus valores absolutos. Um processo acompanhado por um acrscimo de entalpia (H > 0), que se ope ao processo, poder ocorrer espontaneamente se a variao da entropia for

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Tabela 1-3 Variao da Espontaneidade da Reao (Sinal de G) com o Sinal de H e S

H S + G = H TS A reao entalpicamente favorvel (exotrmica) e entropicamente favorvel. Ela espontnea (exergnica) em qualquer temperatura. A reao entalpicamente favorvel, mas entropicamente desfavorvel. Ela espontnea somente em temperaturas menores do que T = H/S. A reao entalpicamente desfavorvel (endotrmica), mas entropicamente favorvel. Ela espontnea somente em temperaturas maiores do que T = H/S. A reao entlpica e entropicamente desfavorvel. Ela no-espontnea (endergnica) em qualquer temperatura.

suficientemente positiva (S > 0; Tabela 1-3). O contrrio, um processo acompanhado por um decrscimo da entropia (S < 0), poder ocorrer espontaneamente se a variao da entalpia for suficientemente negativa (H < 0). importante enfatizar que um valor grande e negativo de G no assegura que um processo, tal como uma reao qumica, v ocorrer em uma velocidade mensurvel. A velocidade da reao depende do mecanismo detalhado da reao, que independe de G. A energia livre, a energia, a entalpia e a entropia so funes de estado. Em outras palavras, seus valores dependem somente do estado ou das propriedades atuais do sistema, e no como o sistema atingiu tal estado. Portanto, as medidas termodinmicas podem ser feitas considerando somente os estados inicial e final do sistema e ignorando a maneira como a entalpia e a entropia variaram durante esse processo. Por exemplo, impossvel medir diretamente a variao de energia da reao da glicose com O2 em um ser vivo devido s outras numerosas reaes qumicas que ocorrem simultaneamente. Entretanto, como G depende somente dos estados inicial e final, a combusto da glicose pode ser analisada em um aparelho apropriado, usando os mesmos materiais de partida (glicose e O2) e produtos finais (CO2 e H2O), tambm obtidos in vivo.

D. Equilbrio Qumico e Estado-Padro

A entropia (desordem) de uma substncia aumenta com seu volume. Por exemplo, uma poro de molculas de um gs maximiza sua entropia ao ocupar todo o volume disponvel para elas. De modo similar, molculas dissolvidas tornam-se uniformemente distribudas no volume da sua soluo. A entropia , portanto, uma funo da concentrao. Se a entropia variar com a concentrao, o mesmo ocorrer com a energia livre. Desse modo, a variao de energia livre de uma reao qumica depende da concentrao dos reagentes e dos produtos. Esse fenmeno possui grande importncia, porque muitas reaes bioqumicas operam em ambas as direes, dependendo da concentrao relativa dos seus reagentes e dos seus produtos. As Constantes de Equilbrio Esto Relacionadas a G. A relao entre a concentrao e a energia livre de uma substncia A aproximadamente
= RT ln [A] GA GA

(1-12)

em que GA conhecida como energia livre molar parcial ou como potencial qu a energia livre molar parmico de A (as barras indicam quantidades por mol), GA

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cial de A nas condies-padro, R a constante dos gases, e [A] a concentrao molar de A. Portanto, para a equao geral aA + bB cC + dD a variao da energia livre G = cGC + dGD aGA bGB e G = cGC + dGD aGA bGB (1-14) (1-13)

porque as energias livres so aditivas, e a variao da energia livre de uma reao a soma das energias livres dos produtos menos a soma das energias livres dos reagentes. Substituindo essas relaes na Equao 1-12, teremos (1-15) em que G a variao da energia livre da reao, quando todos os seus reagentes e produtos esto no estado-padro (ver adiante). Portanto, a expresso para a variao da energia livre de uma reao consiste em duas partes: (1) um termo constante, cujo valor depende somente da reao e (2) um termo varivel, que depende das concentraes dos reagentes e produtos, da estequiometria da reao e da temperatura. Para uma reao em equilbrio, no existe variao lquida, porque a energia livre da reao em um sentido exatamente balanceada pela reao no sentido oposto. Conseqentemente, G = 0. Assim, a Equao 1-15 torna-se EXEMPLO DE CLCULO 1-1 em que Keq a j conhecida constante de equilbrio da reao: (1-17) O ndice eq denota a concentrao de reagentes e produtos no equilbrio (a condio de equilbrio usualmente clara a partir do contexto da situao, de forma que concentraes de equilbrio so usualmente escritas sem esse ndice). A constante de equilbrio de uma reao pode, portanto, ser calculada a partir dos dados da energia livre padro e vice-versa (ver Exemplo de Clculo 1-1). K Depende da Temperatura. A maneira como a constante de equilbrio varia com a temperatura pode ser encontrada substituindo-se a Equao 1-11 pela Equao 1-16 e rearranjando: (1-18) em que H e S representam a entalpia e a entropia no estado-padro. A Equao 1-18 possui a forma y = mx + b, que a equao da reta. O grfico de ln Keq versus 1/T, conhecido como grfico de vant Hoff, permite determinar os valores de H e S (e, portanto, de G) a partir das medies de Keq em duas (ou mais) temperaturas diferentes. Esse mtodo muitas vezes mais prtico do que uma medida direta de H e S por calorimetria (que mede o calor, qP, de um processo). Convenes de Estado-Padro em Bioqumica. Para podermos comparar as variaes de energia livre para diferentes reaes, necessrio expressar os valores de G em relao a algum estado-padro (da mesma forma que nos referimos s eleva(1-16)

A variao da energia livre padro de uma reao 15 kJ mol1. Qual a constante de equilbrio da reao? Uma vez que G conhecido, a Equao 1-17 pode ser usada para calcular a Keq. Supondo que a temperatura seja de 25C (298 K): Keq = e
G/RT
1)/(8,314 J K1 mol1)(298 K)

Keq = e( 15.000 J mol Keq = e6,05 Keq = 426

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es geogrficas em relao ao nvel do mar, que arbitrariamente designada altura zero). De acordo com a conveno adotada na fsico-qumica, um soluto est em seu estado-padro quando a temperatura 25C, a presso 1 atm, e a atividade do soluto igual a 1 (a atividade de uma substncia a sua concentrao corrigida em funo do seu comportamento no-ideal em concentraes acima da diluio infinita). As concentraes dos reagentes e dos produtos na maioria das reaes bioqumicas so to baixas (na faixa do milimolar ou menos) que suas atividades sempre esto prximas das suas concentraes molares. Alm disso, pelo fato de as reaes qumicas ocorrerem em pH prximo do neutro, os bioqumicos adotaram uma conveno de estado-padro um pouco diferente: 1. A atividade da gua pura considerada igual a 1, mesmo sua concentrao sendo igual a 55,5 M. Essa prtica simplifica as expresses da energia livre para as reaes em solues diludas envolvendo a gua como reagente, porque o termo [H2O] pode ento ser ignorado. 2. atribudo o valor 1 para a atividade do on hidrognio no pH fisiologicamente relevante, que o pH = 7. Portanto, o estado-padro bioqumico pH 7,0 (pH neutro, em que [H+] = 107 M), em vez de pH 0 ([H+] = 1 M), que o estado-padro fsico-qumico, em que muitas substncias biolgicas so instveis. 3. O estado-padro de uma substncia sujeita reao cido-base definida em termos da concentrao total dos seus ons que ocorrem naturalmente em pH 7. Em contraste, a conveno fsico-qumica refere-se espcie pura mesmo que ela exista ou no em pH 0. A vantagem da conveno bioqumica que a concentrao total de uma substncia com mltiplos estados de ionizao, assim como a maioria das molculas biolgicas, usualmente mais fcil de medir do que a concentrao de uma de suas espcies inicas. Visto que a composio inica de um cido ou de uma base varia com o pH, no entanto, a energia livre padro calculada de acordo com a conveno bioqumica vlida somente em pH 7. Na conveno bioqumica, as variaes da energia livre padro so costumeiramente simbolizadas por G para distingui-la do padro fsico-qumico de variao de energia livre, G. Se a reao no envolver H2O, H+ ou qualquer espcie ionizvel, ento G = G.

E. A Vida Obedece s Leis da Termodinmica

Durante um tempo, muitos cientistas acreditavam que a vida, com sua ordem e complexidade inerentes, de alguma forma no seguia as leis da termodinmica. Contudo, medidas elaboradas em animais vivos so consistentes com a conservao da energia predita pela primeira lei. Infelizmente, a verificao experimental da segunda lei no prtica, visto que ela requer o desmantelamento de um organismo em seus componentes moleculares, que resultaria em sua morte. Conseqentemente, possvel somente observar que a entropia da matria viva menor do que a dos produtos nos quais ela se transforma. A vida persiste, contudo, porque um sistema (um organismo vivo) pode ser ordenado custa de uma desordem maior causada por ele no meio externo. Em outras palavras, a entropia total do sistema e do meio externo aumenta, de acordo com a segunda lei. Os organismos vivos obtm ordem pelo desordenamento (quebra) dos nutrientes que consomem. Portanto, o contedo entrpico da comida to importante quanto seu contedo energtico. Os Organismos Vivos So Sistemas Abertos. A termodinmica clssica aplica-se a processos reversveis em sistemas isolados (que no podem trocar matria ou energia com o meio externo) ou em sistemas fechados (que podem trocar somente

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energia). Um sistema isolado necessariamente atinge o equilbrio. Por exemplo, se os reagentes esto em excesso, a reao em um sentido ser Perda de calor mais veloz do que a reao em sentido oposto, at que o equilbrio seja estabelecido (G = 0), ponto no qual as reaes progressiva e inversa se contrabalanam mutuamente. Por outro lado, os sistemas abertos, que trocam matria e energia com o exterior, podem alcanar o equilbrio CO2 + Fotossntese somente aps a parada do fluxo de matria e energia. H2O Os organismos vivos, que consomem nutrientes, liberam subprodutos e geram calor e trabalho, so sistemas abertos e, por isso, nunca podem estar em equilbrio. Eles continuamente ingerem nutrientes contendo elevada entalpia e baixa entropia, convertendo-os em subprodutos de baixa entalpia e elevada entropia. A energia livre liberada nesse processo move as atividades celulares que produzem esse elevado grau Decomposio dos carboidratos de organizao que caracteriza a vida. Se o processo for interrompido, o sistema atingir o equilbrio, o que, para sistemas vivos, sinnimo de Figura 1-11 Fluxo de energia na bioesfera. As plantas morte. Um exemplo de fluxo de energia em sistemas vivos mostrado usam a energia radiante do Sol para sintetizar carboidrana Figura 1-11. Por meio da fotossntese, as plantas convertem a energia radiante tos a partir de CO2 e H2O. As plantas ou os animais que do Sol, que a fonte primria de energia para a vida na Terra, em energia qumias consomem metabolizam os carboidratos para liberar a ca dos carboidratos e de outras substncias orgnicas. As plantas, ou os animais sua energia livre estocada, retornando CO2 e H2O para o que as consomem, metabolizam essas substncias para fazer funcionar a sntese ambiente. de biomolculas, manter a concentrao de ons no meio intracelular e garantir os movimentos celulares.
Energia radiante do Sol

Os Sistemas Vivos Mantm-se em Estado Estacionrio. Mesmo em um sistema que no est em equilbrio, a matria e a energia fluem de acordo com as leis da termodinmica. Por exemplo, os materiais tendem a mover-se das reas de alta concentrao para as de baixa concentrao. Essa a razo pela qual o sangue capta O2 nos pulmes, onde o O2 abundante, e o libera nos tecidos, onde o O2 escasso. Os sistemas vivos so caracterizados por estarem em um estado estacionrio. Isso significa que todos os fluxos no sistema so constantes, de forma que o sistema no muda com o tempo. O fluxo de energia na biosfera (Figura 1-11) um exemplo de um sistema em estado estacionrio. Pequenas perturbaes no estado estacionrio provocam variaes nos fluxos, que, por sua vez, fazem o estado estacionrio restabelecer-se. Em todos os sistemas vivos, o fluxo de energia sempre morro abaixo (G < 0). Ademais, a natureza intrinsecamente dissipativa; assim, a recuperao da energia livre de um processo biolgico nunca total, e alguma energia sempre perdida para o meio externo. As Enzimas Catalisam as Reaes Bioqumicas. Praticamente todos os componentes moleculares de um organismo podem, potencialmente, reagir uns com os outros. Muitas dessas reaes so favorveis termodinamicamente (espontneas). Mesmo assim, somente um pequeno subconjunto de todas as reaes possveis de fato ocorre em quantidade significativa em um organismo vivo. A velocidade de uma dada reao no depende da diferena entre a energia livre dos estados inicial e final, mas do caminho pelo qual os reagentes so transformados em produtos. Os organismos vivos fazem uso dos catalisadores, que so substncias que aumentam a velocidade das reaes em direo ao equilbrio sem, contudo, afetar o G da reao. Os catalisadores biolgicos so chamados de enzimas e em sua maioria so protenas. As enzimas aceleram as reaes bioqumicas pela interao fsica com os reagentes e produtos, propiciando um caminho mais favorvel para a transformao de um no outro. As enzimas aumentam a velocidade das reaes, fazendo com que

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a interao entre os reagentes aumente a probabilidade de a reao completar-se. Contudo, as enzimas no conseguem promover reaes cujos valores de G total sejam positivos. Um grande nmero de enzimas medeia o fluxo de energia em cada clula. medida que a energia livre colhida, armazenada ou usada para realizar trabalho celular, ela pode ser transferida para outras molculas. Embora seja tentador pensar em energia livre como algo armazenado nas ligaes qumicas, a energia qumica pode ser transformada em calor, trabalho eltrico ou mecnico, de acordo com as necessidades do organismo e da maquinaria bioqumica com a qual ele foi equipado por meio da evoluo.

RESUMO
1. Um modelo para a origem da vida prope que os organismos surgiram a partir de molculas orgnicas simples que se polimerizaram para formar molculas mais complexas e capazes de replicar-se. 2. A compartimentalizao deu origem a clulas que desenvolveram reaes metablicas para sintetizar molculas biolgicas e gerar energia. 3. Todas as clulas so procariticas ou eucariticas. As clulas eucariticas possuem uma variedade de organelas providas de membrana. 4. Evidncias filogenticas agrupam organismos em trs domnios: arquibactrias, bactrias e eucariotos. 5. A seleo natural direciona a evoluo das espcies. 6. A primeira lei da termodinmica (a energia conservada) e a segunda lei (os processos espontneos aumentam a desordem do universo) aplicam-se aos processos bioqumicos. A espontaneidade de um processo determinada pela variao da sua energia livre (G = H TS): as reaes espontneas possuem G < 0, e as no-espontneas possuem G > 0. 7. A constante de equilbrio para um processo est relacionada variao da energia livre padro para esse processo. 8. Os organismos vivos so sistemas abertos que se mantm em estado estacionrio.

REFERNCIAS
A Origem e Evoluo da Vida
de Duve, C., Blueprint for a Cell. The Nature and Origin of Life, Carolina Biological Supply Co. (1991). Nisbet, E.G. e Sleep, N.H., The habitat and nature of early life. Nature 409, 1083-1091 (2001). (Explica algumas das hipteses relacionadas terra primitiva e origem da vida, incluindo a possibilidade de a vida ter originado-se nas fontes hidrotermais.) Orgel, L.E., The origin of lifea review of facts and speculations. Trends Biochem. Sci. 23, 491-495 (1998). (Revisa a hiptese mais amplamente aceita sobre a origem da vida e discute evidncias que a apiam e suas dificuldades.) Szathmry, E. e Smith, J.M., The major evolutionary transitions, Nature 374, 227-232 (1995). (Um resumo da evoluo da complexidade, da origem dos sistemas pr-biticos at o surgimento da linguagem.) Campbell, N.A., Reece, J.B. e Mitchell, L.G., Biology (5th ed.), Benjamin/ Cummings (1999). (Esse e outros textos abrangentes de biologia geral fornecem detalhes sobre a estrutura dos procariotos e eucariotos.) Goodsell, D.S., A look inside the living cell, Am. Scientist 80, 457-465 (1992); e Inside a living cell, Trends Biochem. Sci. 16, 203-206 (1991). Lodish, H., Berk A., Zipursky, S.L., Matsudaria, P., Baltimore, D. e Darnell, J., Molecular Cell Biology (4th ed.), Chapter 5, W.H. Freeman (2000). (Esse e outros livros-texto de biologia celular oferecem revises completas sobre estrutura celular.) Pace, N.R., A molecular view of microbial diversity and the biosphere, Science 276, 734-740 (1997). (Descreve os trs domnios da vida e suas estratgias metablicas.)

Termodinmica
Tinoco, I., Jr., Sauer, K., Wang, J.C. e Puglisi, J.C., Physical Chemistry. Principles and Applications in Biological Sciences (4th ed.), Chapters 2-5, Prentice-Hall (2002). (A maioria dos textos fsico-qumicos trata a termodinmica em detalhes.) van Holde, K.E., Johnson, W.C. e Hu, P.S., Principles of Physical Biochemistry, Chapters 2 and 3, Prentice Hall (1998).

Clulas
Baldauf, S.L., The deep roots of eukaryotes. Science 300, 1703-1706 (2003). (Descreve algumas descobertas recentes que levantam questes sobre a taxonomia dos eucariotos.)

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TERMOS-CHAVE
aparelho de Golgi arquibactrias bactrias catalisador citoesqueleto citoplasma citosol cloroplasto compartimentao composto orgnico constante de equilbrio endergnico enzima equilbrio estado estacionrio estado-padro eucria eucarioto exergnico filogenia funo de estado G GA GA H halobactria hidrlise kB lisossomo meio externo metangenos mitocndria mutao ncleo organela peroxissomo polmero procarioto processo espontneo q qP reao de condensao replicao retculo endoplasmtico S seleo natural simbiose sistema sistema aberto sistema fechado sistema isolado taxonomia termodinmica termfilos U vacolo vescula vrus W w

EXERCCIOS
1. Resuma os principais estgios da evoluo qumica e dos organismos. 2. Descreva o processo de evoluo por seleo natural. 3. Que tipos de organismos so encontrados em cada um dos trs principais domnios evolutivos? 4. Explique a primeira e a segunda leis da termodinmica. 5. Como a variao de energia livre em um processo depende das mudanas em entalpia e entropia? 6. Qual o estado-padro da bioqumica? 7. Como a vida persiste, apesar da segunda lei da termodinmica?

PROBLEMAS
1. Identifique os grupos funcionais e as ligaes circundados no composto abaixo.
O H N CH2 CH2 SH A O D C B CH2CH2 H N C O C OH CH3 C H C H O O P O P O CH2 O H H
2O PO 3

4. Quantas molculas de glicose tm a clula do Problema 3, quando sua concentrao de glicose interna de 1,0 mM? 5. (a) O que tem maior entropia, gua lquida a 0C ou gelo a 0C? (b) Como a entropia do gelo a 5C difere, se que difere, de sua entropia a 50C? 6. A entropia aumenta ou diminui nos seguintes processos? (a) N2 3 H2 88n 2 NH 3 O C
Uria

CH2

(b) H 2N
O

NH 2

+ H 2O

CO 2

+ 2 NH 3

(c)
1 M NaCl
OH H H OH F

0,5 M N a C l

(d)

COO HC H 2C OH O PO 2 3

COO HC H 2C O PO 2 3 OH

2. Por que a membrana celular no uma barreira absoluta entre o citoplasma e o meio externo? 3. Uma bactria esferoidal com um dimetro de 1 m contm duas molculas de uma protena particular. Qual a concentrao molar dessa protena?

3-Fosfoglicerato

2-Fosfoglicerato

7. Considere a reao com H = 15 kJ e S = 50 J K1. Essa reao espontnea (a) a 10C e (b) a 80C? 8. Calcule a constante de equilbrio para a reao glicose-1-fosfato + H2O S glicose + H2PO 4 em pH 7,0 e 25C (G = 20,9 kJ mol1).

Fundamentos de Bioqumica 9. Calcule o G para a reao A + B C + D a 25C, quando as concentraes de equilbrio so [A] = 10 M, [B] = 15 M, [C] = 3 M e [D] = 5 M. Essa reao exergnica ou endergnica sob condies-padro? 10. O G para a reao de isomerizao glicose-1-fosfato (G1P) glicose-6-fosfato (G6P) de 7,1 kJ mol1. Calcule a razo de equilbrio de [G1P] para [G6P] a 25C. 11. A variao de entalpia para a reao A n B a 298 K de 7 kJ mol1, e a variao da entropia de 25 J K1 mol1. A reao espontnea? Se no , a temperatura deveria ser aumentada ou reduzida para torn-la espontnea?

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12. Para a converso do reagente A em produto B, a variao de entalpia de 7 kJ mol1 e a variao da entropia de 20 J K1 mol1. Acima de qual valor de temperatura a reao torna-se espontnea? 13. Marque verdadeiro ou falso para as seguintes afirmativas: (a) Uma reao dita espontnea quando ocorre em ambas as direes. (b) Um processo espontneo sempre muito rpido. (c) Uma reao no-espontnea ocorrer espontaneamente na direo contrria. (d) Um processo espontneo pode acontecer com uma grande diminuio na entropia.