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Revista Brasileira de Zootecnia

2007 Sociedade Brasileira de Zootecnia


ISSN impresso: 1516-3598
ISSN on-line: 1806-9290
www.sbz.org.br

R. Bras. Zootec., v.36, suplemento especial, p.331-341, 2007

A genmica funcional no mbito da produo animal:


estado da arte e perspectivas
Luiz Roberto Furlan1, Andr Luiz Julien Ferraz2, Julio Csar Bortolossi2
1 - Departamento de Melhoramento e Nutrio Animal, Faculdade de Medicina Veterinria e Zootecnia/FMVZ, UNESP, Botucatu,
Brasil. E-mail: cedral@fca.unesp.br.
2 - Departamento de Tecnologia, Faculdade de Cincias Agrrias e Veterinrias/FCAV, UNESP, Jaboticabal, Brasil.

RESUMO - Os ltimos vinte anos caracterizaram-se pela proliferao de tecnologias que tornaram
possvel decifrar o genoma das espcies, localizar e identificar particularidades na sua seqncia, elucidar as suas
funes dentro dos sistemas biolgicos e, sobretudo, comear a entender os mecanismos que controlam as interaes
entre os gentipos e os estmulos ambientais, que so responsveis pela diversidade fenotpica. Estes estudos sobre
as bases moleculares da variabilidade fenotpica abriram uma nova abordagem cientfica, caracterizada pela
multiplicidade das questes envolvidas, que resultou no surgimento de novas reas de pesquisa, cujos conhecimentos
esto sendo aplicados em diversos campos da biologia, inclusive na zootecnia. Tendo em vista o grande impacto
que tais conhecimentos esto tendo sobre a compreenso dos fenmenos biolgicos, parece ser oportuno fazer uma
avaliao das potencialidades de aplicao das abordagens de Genmica Funcional em pesquisas de nutrio e
alimentao de ruminantes. Nesse contexto, este artigo est focado na descrio das principais ferramentas
genmicas disponveis e na discusso sobre a viabilidade de se utilizar as informaes por elas geradas em benefcio
da produo animal.
Palavras-chave: bovinos, expresso gnica, genmica funcional, microarrays, nutrio, polimorfismo

Functional genomics in the field of animal science:


state-of-the-art and perspectives
ABSTRACT - The last twenty years have been characterized by some remarkable technological advances in
the field of genomics which were essential to unveil the genome of varies species. Furthermore, these genomic
advances contributed to pinpoint particularities in genome sequences which might be associated with phenotypic
variations, therefore, it became possible to study functions associated with specific sequences in a more holistic
context within biological systems. More importantly, the blossoming in genomics contributed to a better
understanding on the mechanisms that control the interactions between genotype and environmental factors which
are responsible for phenotypic variability. Genomic advances also promoted innovative and multi-dimensional
scientific perspectives in research fields of biology, such as in animal science. Having in mind the remarkable
impacts of genomics on the understanding of biological phenomena, it becomes clear that an assessment of the
potential applications of functional genomics in the field ruminant nutrition should be performed. For this reason,
this paper reviews several important genomic tools, and discusses the feasibility of using these tools towards an
enhancement of animal production.
Key Words: bovine, functional genomics, gene expression, microarrays, nutrition, polymorphism

Introduo
Os conhecimentos sobre a natureza e contedo
da informao gentica, assim como as tecnologias
disponveis para o seqenciamento de genomas
em larga escala, evoluram de uma forma sem
Correspondncias devem ser enviadas para: cedral@fca.unesp.br

precedentes nas duas ltimas dcadas, permitindo


que os bancos de dados pblicos acumulassem um
enorme volume de informaes acerca das
seqncias de nucleotdeos de diversos genomas,
dentre os quais o dos bovinos e de outros animais
de interesse zootcnico.

Furlan et al.

332

Contudo, os dados obtidos nos projetos de


seqenciamento no tm contribudo da forma
esperada para o melhor entendimento do papel que
os genes e as protenas desempenham no
funcionamento dos organismos, uma vez que o
genoma um elemento virtualmente esttico, ao
passo que seus produtos, representados pelos
RNAs mensageiros (transcriptoma) e protenas
(proteoma), possuem um carter dinmico,
caracterizado por mudanas contnuas em resposta
estmulos internos e externos (Greenbaum et al.,
2001).
Assim sendo, ainda no auge da etapa de seqenciamento de genomas, comearam a surgir
novas plataformas de pesquisa que possibilitam
posicionar as funes individuais dos genes e seus
produtos (RNAs e protenas) dentro de um
contexto global, dando incio a um novo campo
de estudos, denominado Genmica Funcional,
cujas tcnicas analticas permitem avaliar os padres de expresso gnica e protica nas clulas e
tecidos, pr-requisito bsico para se entender como
estas macromolculas interagem de maneira
dinmica para produzir organismos complexos,
capazes de se adaptar s influncias do meio
ambiente e a situaes fisiolgico-metablicas
especficas.
Os avanos tericos e tecnolgicos em nanobiotecnologia, robtica, gentica, matemtica e
biologia computacional, entre outros, foram os
fatores determinantes que permitiram e facilitaram
os grandes avanos que ocorreram nessa rea.
Os resultados das pesquisas em Genmica
Funcional, notadamente daquelas que envolvem
indivduos geneticamente diferentes ou submetidos a condies contrastantes, tm permitido um
entendimento mais rpido e preciso das relaes
gene-fentipo, bem como dissecar as interaes
gentipo-ambientais que ocasionam mudanas
significativas no fentipo dos indivduos. Em
decorrncia dessa nova abordagem cientfica, na
qual ambos, gentipo e fentipo, so tratados
dentro de uma dimenso holstica, surgem novas
reas de estudo, dentre as quais a Genmica
Nutricional.

Genmica
Genmica rea da cincia que se dedica ao
seqenciamento dos nucleotdeos, mapeamento e

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anlise de genomas, os quais so constitudos por


todo o DNA existente nas clulas de um indivduo,
inclusive os seus genes estruturais, seqncias
regulatrias e regies no codificantes.
A histria do seqenciamento teve incio em
1977 quando Frederich Sanger e seus colaboradores descreveram uma metodologia para se
determinar a ordem seqencial dos nucleotdeos
que compe a estrutura do DNA, baseada no
princpio da terminao controlada da replicao
por didesoxinucleotdeos (Sanger et al., 1977).
Porm, na sua verso original, este mtodo no
era uma ferramenta adequada para o seqenciamento de genomas complexos, da ordem de
milhares, milhes, ou mesmo bilhes de pares de
bases, como o caso de organismos complexos
(mamferos, por exemplo). Tampouco havia
disponibilidade de programas computacionais para
analisar as seqncias geradas e orden-las
corretamente (processo chamado montagem do
genoma), de forma a reconstituir a disposio exata
que os genes e demais componentes do genoma
ocupam no cromossomo.
De maneira que a genmica teve seu incio
somente no final da dcada de 80, aps o mtodo
de Sanger ter sido modificado para permitir o
seqenciamento de forma automatizada e
integrada a um sistema de leitura computadorizado
(Venter et al., 2001), possibilitando que este
processo fosse realizado em plataforma de larga
escala e alta performance.
Um dos fatores que mais contribuiu para o
rpido desenvolvimento da genmica foi, sem a
menor sombra de dvida, o Projeto Genoma
Humano. Considerado um dos projetos cientficos
mais ousados da histria, comeou a ser elaborado
em 1984 e foi desenvolvido nos anos subseqentes
por um consrcio de cientistas dos Estados Unidos,
Reino Unido, Japo, Frana, Alemanha e China,
com o apoio financeiro de seus respectivos
governos (Lander et al., 2001).
Dada sua magnitude cientfica e porte econmico, o Projeto Genoma Humano foi o fator determinante para proliferao de um setor industrial
voltado criao e aperfeioamento de produtos
e equipamentos utilizados em pesquisas dessa
natureza. As tecnologias desenvolvidas por esse
setor foram fundamentais para o aumento da
eficincia e reduo dos custos do processo de
seqenciamento.

333

A genmica funcional no mbito da produo animal: estado da arte e perspectivas

A entrada do Brasil na chamada era genmica


se deu somente em 1997, quando a FAPESP, com
o intuito de gerar competncia cientfica nesta rea
emergente, criou o Programa Genoma e tomou a
iniciativa de organizar a Rede ONSA
(Organization for Nucleotide Sequencing and
Analysis), um consrcio de laboratrios ligados a
diferentes instituies de pesquisa do Estado de
So Paulo, estruturado para funcionar como um
instituto virtual.
Desde que foi institudo, o Programa Genoma
- FAPESP tem destinado expressivo volume de
recursos financeiros, no apenas para a realizao
de diversos projetos de seqenciamento, mas tambm para a concesso de bolsas de estudo que viabilizam o treinamento e aperfeioamento de estudantes, tcnicos e pesquisadores. Tais investimentos tm resultado na capacitao de um contingente considervel de pesquisadores na rea de
genmica, cuja produo cientfica, de altssima
qualidade, tem dado grande visibilidade ao Brasil

no cenrio internacional.
Seguindo o modelo bem-sucedido da FAPESP,
em dezembro de 2000 o Ministrio da Cincia e
Tecnologia, por intermdio do Conselho Nacional
de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgico
(CNPq), lanou o Projeto Genoma Brasileiro e
criou a Rede Nacional de Seqenciamento,
ampliando a expertise na rea de Genmica em
nvel nacional.
Impulsionada pela reduo dos custos do
seqenciamento e pela maior facilidade de acesso
a essa tecnologia, a expanso da genmica em
meados de 2000 foi um fenmeno que ocorreu a
nvel mundial, resultando no crescimento
significativo do nmero de espcies a terem seu
genoma seqenciado.
Como pode ser observado na Tabela 1, existem
atualmente 1.470 projetos de seqenciamento de
grande porte cadastrados no NCBI (National
Center for Biotechnology Information), cada um
deles dedicado a uma espcie diferente.

Tabela 1 - Estatstica dos Projetos de Seqenciamento de Genomas.


Organismo
Procariotos
Arqueobactrias
Bactrias
Eucariotos
Animais
Mamferos
Aves
Peixes
Insetos
Vermes achatados
Vermes redondos
Anfbios
Rpteis
Outros animais
Plantas
Plantas superiores
Algas verdes

Completo

Estatus
Montando

Em andamento

487
38
449

335
6
329

387
27
360

1209
71
1138

26
4

99
42

136
53

261
99

16
1
3
15
1
2

14
1
3
17
3
3
1
2
12

32
2
6
33
4
6
1
2
17

1
1

Total

5
5
2
3

2
2

37
27
9

44
31
12

Fungos
Ascomicetos
Basidiomicetos
Outros fungos

10
8
1
1

38
32
4
2

20
14
5
1

68
54
10
4

Protistas
Apicomplexos
Kinetoplastideos
Outros protistas

7
1
1
5

15
7
2
6

25
7
6
11

47
15
9
22

513

434

523

1470

Total

Fonte: NCBI 27/04/2007 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/gpstat.html)

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Furlan et al.

334

Os procariotos, organismos com genomas mais


simples e de menor tamanho, constituem-se no
grupo que tem maior nmero de projetos de
seqenciamento. J em relao aos eucariotos, a
maioria dos projetos est focada nas espcies do
reino animal, predominantemente naquelas que
pertencem ao grupo dos mamferos e dos insetos,
nos quais se encontram as espcies de interesse
zootcnico (Tabela 2).
Em virtude da dimenso internacional e da
grande abrangncia cientfica, o Projeto Genoma
Bovino aquele que tem tido mais destaque dentre
os projetos conduzidos com animais domsticos.
Orado em cinqenta e trs milhes de dlares, o
projeto de seqenciamento e anotao do genoma
bovino, coordenado pelo Baylor College of
Medicine (Texas, USA) e conta com a participao
de diversas instituies internacionais, inclusive
do Brasil.
Os dados gerados no Projeto Genoma Bovino
devero ser utilizados tanto para propsitos da
produo animal, quanto para os da sade humana,
haja vista que os cromossomos das duas espcies
apresentam grande sintenia e que estes animais so
usados como modelo de estudo para diversos
aspectos da fisiologia e tambm de algumas das
patologias humanas (Hocquette et al., 2007).
A ltima verso da montagem do genoma
bovino (Btau 3.1) pode ser acessada livremente
no endereo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome
/guide/cow/, no qual tambm so encontrados links
para diversos bancos de dados pblicos que
contm informaes sobre o assunto.

Outra abordagem bastante utilizada em genmica, particularmente em estudos com eucariotos,


o seqenciamento das Etiquetas de Seqncias
Expressas ou ESTs (do ingls Expressed Sequence
Tags), cujo objetivo caracterizar a expresso
temporal e local dos genes estruturais mediante a
identificao de seus respectivos RNAs
mensageiros.
Devido a grande instabilidade das molculas
de RNA, a estratgia utilizada nessa modalidade
de seqenciamento a utilizao do princpio da
transcrio reversa para converter o RNA mensageiro em seu DNA complementar (cDNA), que
posteriormente ter as extremidades seqenciadas. Essas pequenas seqncias so ento
analisadas por programas computacionais (ferramentas de bioinformtica) que tm a capacidade
de identificar o gene que lhes deu origem.
As colees de ESTs so muito importantes
para os estudos de genmica funcional e tm sido
largamente utilizadas para identificao de novos
genes, mapeamento e anotao de transcritos
(Smith et al., 2001), assim como para a construo
de mapas comparativos, utilizando informaes
geradas em projetos conduzidos com outras espcies (Liu et al., 2004). Alm disso, as bibliotecas
de cDNA produzidas nestes projetos fornecem o
substrato para a confeco das lminas de
microarrays utilizadas nos ensaios de expresso
gnica (Suchyta et al., 2003).
At o momento (Maio de 2007), j foram
depositadas mais de 1.300.000 ESTs da espcie
bovina no GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.

Tabela 2 - Projetos de seqenciamento de animais domsticos.


Organismo

Tamanho do
genoma (Mb)

Estatus Cobertura Grupo responsvel

Apis mellifera
Bombis mori
Bos Taurus

200
530
3000

Montado
Montado
Montado

8X
6X
6X

Canis familiaris
Canis familiaris
Equus caballus
Felis catus

2400
2400
3000

Montado
Montado
Montado
Montado

1,5X
7,6X
6,8X
2X

Gallus gallus

1200

Montado

6,6X

Oryctolagus cuniculus
Ovis aries
Sus scrofa

3500
2800

Em andamento
Em andamento
Em andamento

Baylor College of Medicine


Southwest Agricutural University, China
Cattle Genome Sequencing International
Consortium
TIGR
Dog Genome Sequencing Consortium
Broad Institute
The Genome Sequencing Platform,
The Genome Assembly Team
International Chichen Genome
Consortium
NISC-NIH Intramural Sequencing Center
International Sheep Genomics Consortium
Swine Genome Sequencing Projetc (SGSP)

Fonte: NCBI 27/04/2007 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/leuks.cgi)

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A genmica funcional no mbito da produo animal: estado da arte e perspectivas

gov/Genbank/), a maior parte das quais procedentes de projetos desenvolvidos nos Estados
Unidos. De maneira que os bovinos ocupam a
quarta colocao entre os organismos que possuem
maior nmero de ESTs seqenciadas.
O Brasil tambm deu sua contribuio para a
produo dessas colees de ESTs. Financiado
conjuntamente pela FAPESP e Central Bela Vista
(http://www.centralbelavista.com.br/), o Projeto
Genoma Bovino gerou um banco de dados que
contm mais de 60.000 seqncias expressas
exclusivamente em animais da subespcie Bos
indicus. Alm disso, durante seu desenvolvimento
foram produzidas 18 bibliotecas de cDNA,
algumas das quais tecido-especfica, que se
constituem num importante recurso para a
confeco de lminas de microarrays para estudos
de expresso gnica com zebunos.
Uma aplicao imediata dos resultados obtidos
nestes projetos de seqenciamento tem sido a
construo de mapas genticos saturados para
identificao de marcadores para caractersticas
quantitativas.
A grande quantidade de SNPs (single
nucleotide polymorphisms) identificada nos
bancos de dados desses projetos est sendo
utilizada para saturar os mapas de QTLs
(quantitative trait loci) existentes, com o intuito

335

de identificar os genes responsveis pelas


variaes fenotpicas em bovinos (Sonstegard &
Van Tassel, 2004). Esta estratgia tem gerado um
grande nmero de marcadores moleculares que
esto sendo usados para rastrear os animais
portadores de alelos ou combinao de alelos que
aumentam a produo.
Alguns marcadores, cujos testes empregam
tecnologias mais simples, j esto sendo comercializados ao nvel de criador (Tabela 3). Contudo,
os mtodos de genotipagem em larga escala, que
fazem a anlise simultnea de milhares de SNPs,
ainda esto restritos ao campo da pesquisa.
preciso salientar que a avaliao da eficcia
desses marcadores no melhoramento gentico ainda se encontra em fase preliminar e, portanto, deve
ser considerada com cautela. Uma fonte confivel
de informaes sobre a validao de alguns testes
comerciais pode ser encontrada na pgina web do
National Beef Cattle Evaluation Consortium
(http://www.nbcec.org/nbcec/index. html).

Genmica funcional
Genmica funcional a vertente da genmica
cujo foco est voltado para a elucidao das funes que cada gene exerce no organismo e, ao mesmo
tempo, como esses genes interagem entre si dentro

Tabela 3 - Testes comerciais para a genotipagem de marcadores moleculares em bovinos (modificado de


Hocquette et al., 2007).
Gene

Caractersticas

Ano

Procedncia

TG
CAST

Marmoreio
Maciez da carne

2000
2002

CAPN1
DGAT1

2003
2003

GH1

Maciez da carne
Produo de gordura
no leite
Marmoreio

LEP

Marmoreio/Gordura

2003

Mltiplos testes
GHR
SCD

Maciez da carne
2003/04
Produo de leite
2004
Relao de cidos graxos 2004

Mltiplos testes
Mltiplos testes
CAPN3

Marmoreio
Vrias caractersticas
para gado de leite
Maciez da carne

CSIRO/MLA
Genetic Solutions P/L
CSIRO/MLA/
Beef CRC
Genetic Solutions P/L
USDA/AgResearch NZ
Univ. de Lieve/
Tech Uni Muench
Merial
NIAS, Japo
Prescribe Genomics
CO
Univ. de
Saskatchewan
Merial
Genetic Solutions P/L
Univ. de Lieve
Merial
Univ. Kobe
Prescribe Genomics
CO
Genetic Solutions P/L

2004/05
2006

Mltiplos testes

Eficincia alimentar

2006

2003

2004

Comercializador

Merial
CSIRO/MLA/
Beef CRC
CSIRO/MLA/
Beef CRC

Genetic Solutions P/L


Genetic Solutions P/L

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Furlan et al.

das redes biolgicas que controlam as caractersticas


fenotpicas (Mutch et al., 2005). As duas
abordagens mais utilizadas nesse campo de estudo
tm sido a anlise do perfil global da expresso
gnica (transcriptoma) e a anlise sistemtica das
protenas (proteoma).
Dentre as metodologias utilizadas nos estudos
do transcriptoma, a mais difundida a anlise da
expresso gnica por microarrays, uma vez que
permite a avaliao simultnea da expresso de
milhares de genes em diferentes tecidos, provenientes de indivduos que foram submetidos a
condies contrastantes ou que se encontram em
diferentes estgios do desenvolvimento (Schena
et al., 1995).
Esta tcnica baseada no uso de um chip de
DNA, que nada mais do que uma plataforma
slida, cuja superfcie contm um grande nmero
de genes distribudos de forma ordenada. Embora
existam variaes, o tipo mais comum aquele em
que a matriz slida uma lmina de vidro usada em
microscopia (tambm chamada de slide), contendo
milhares de spots (locais onde se encontram os
genes), nos quais est depositada uma quantidade
infinitamente pequena de DNA (sonda). As fontes
de DNA mais comumente utilizadas como sondas
so os produtos de PCR amplificados de cDNAs ou
oligonucleotideos sintetizados a partir de
seqncias depositadas no GenBank.
O fundamento dessa tecnologia a utilizao
de um slide no qual as sondas foram imobilizadas
em quantidades e posies precisamente definidas,
para se fazer a hibridizao com um pool de RNAs
mensageiros extrados de amostras biolgicas,
previamente marcados com fluorforos (marcadores florescentes), tambm chamados de alvos
ou targets. Aps o processo de hibridizao o slide
lavado para remoo do targets excedentes (que
no se ligaram sonda) e, em seguida, exposto a
raios laser para excitar os fluorforos, fazendo com
estes emitam luz (fluorescncia).
Em princpio, quanto maior a expresso de um
determinado gene, maior ser a quantidade de
targets marcados com o fluorforo e, consequentemente, maior ser a intensidade da fluoresccia
do complexo target-sonda aps a hibridizao
(Hiendleder et al., 2005).
Devido ao seu carter prospectivo, e pela
facilidade em identificar genes diferencialmente
expressos, as anlises de microarrays tm sido

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extensivamente utilizadas nas reas mdica e


farmacolgica, visando identificao de conjuntos de genes associados pr-disposio e ao
desenvolvimento de doenas, elaborao de
sistemas de diagnstico, e na identificao de
produtos com potencial teraputico (drogas e
novos alvos para medicamentos).
Tendo em vista a complexidade dos fatores
envolvidos nas respostas aos estados patolgicos
e na determinao das caractersticas produtivas
nos animais domsticos, a utilizao da tecnologia
de microarrays tem despertado grande interesse
por parte dos setores ligados produo animal,
pois ela permite a caracterizao dos status sanitrio, fisiolgico e nutricional de acordo com a
raa, tipo gentico, manejo aplicado ou mesmo o
ambiente de criao desses animais.
De fato, a disponibilidade de chips de DNA
para os estudos de expresso gnica em animais
tem aumentado significativamente nos ltimos
anos e, atualmente, existem chips especficos para
diversas espcies de interesse zootcnico, inclusive a bovina (Tabela 4).
No mbito da nutrio, a anlise do transcriptoma uma ferramenta extremamente til para se
investigar quais e de que maneira os genes so
afetados pelos nutrientes essenciais e no
essenciais, evidenciar novos mecanismos de ao
e novas funes para os nutrientes, investigar
possveis efeitos colaterais provocados por
componentes da dieta, determinar como as
variaes (diferenas individuais, estgio do
crescimento ou do desenvolvimento, efeitos
ambientais, etc...) alteram as necessidades ou as
respostas do organismo a um dado nutriente ou
dieta, investigar quais as conseqncias dos
desbalanos nutricionais provocados pela
inadequao das dietas, sem contar outras
abordagens genticas e evolucionrias relativas
nutrio (German & Young, 2004).
Embora o volume de publicaes sobre o assunto
ainda no seja expressivo, a tecnologia de
microarrays j esta sendo utilizada nos estudos de
nutrio dos ruminantes, notadamente naqueles
delineados para avaliar os efeitos do nvel nutricional
da dieta (Lehnert et al., 2006 ; Loor et al., 2007).
Apesar da crescente popularidade na aplicao
desta tecnologia, necessrio ressaltar que a
formao do RNA mensageiro apenas o primeiro
passo de uma longa seqncia de eventos que

A genmica funcional no mbito da produo animal: estado da arte e perspectivas

337

Tabela 4 - Alguns exemplos de arrays disponveis para estudos de expresso gnica em bovino
(modificado de Hocquette et al., 2007).
Array

Tipo

MEM array

cDNA

Procedncia
Frana

Detalhes

(1)

1896 cDNAs oriundos de msculo,


glndula mamria e embrio

NBFGC Microarray cDNA

Universidade Estadual
de Michigan(2)

> 18000 transcritos de bibliotecas de


vrios tecidos (MARC 1-4)

Bovi Analyzer

cDNA

10608 cDNAs de Bibliotecas MARC

Beef CRC muscle


and fat array

cDNA

Universidade Estadual
de Iowa(3)
CSIRO e Beef CRC,
Austrlia(4)

Bos taurus
(bovine) OpArray

Oligos
longos

Operon
Biotechnologies(5)

Pequenos Oligos
sintetizados in situ

Affymetrix(6)

Gene Chip

Bovine whole
genome long
oligonucleotdeo
expression array

Oligos
longos

Bos taurus e
de Array distintos

Oligos
longos

8329 longos oligos de transcritos (EST)


bovinos
23000 sondas representando genes
contidos no GenBank

Consrcio de
microarray bovino,
USA(7)

Agilent(8)

> 9000 sondas oriundas de bibliotecas de


cDNAs de msculo esqueltico tecido
adiposo

> 2005 genes oriundos de um banco de


dados de EST

21475 sondas representando 19500 genes


bovinos

(1) = Bernard et al. (2005); (2) Suchyura et al. (2003); (3) = www.ans.iastate.edu/report/air/2004pdf/
AS1877,pdf; (4) = Lehert et al. (2004); (5) = www.operon.com; (6) = www.affymetrix.com; (7) = Elsik
et al. (2006); (8) = earrat.chem.agilent.com/earray.

resultam na sntese das protenas funcionais, que


so, em ltima instncia, as molculas responsveis pelo fentipo das clulas.
Logo aps a transcrio do DNA, o RNA
resultante est sujeito a modificaes (processamento alternativo, edio do RNA mensageiro e
poliadenilao) que podem resultar na formao de
diferentes isoformas de protenas, geradas a partir
de um nico gene (Newman, 1998). Alm disso, os
mecanismos que regulam o processo de traduo, as
modificaes ps-traducionais e, principalmente,
o processo de protelise celular, so fatores que
afetam significativamente as quantidades e as
caractersticas estruturais e funcionais das protenas
(Graves & Haystead, 2002). Neste sentido, diversos
trabalhos tm demonstrado que o contedo de
protenas na clula no um reflexo direto da
abundancia dos RNAs mensageiros especficos
(Gygi et al., 1999, Chen et al., 2002).
Assim sendo, as tecnologias que permitem a
caracterizao do perfil global das protenas

presentes numa clula, tecido, ou organismo, como


o so a eletroforese bi-dimensional e a espectrometria de massa, tornam-se ferramentas poderosas
para comparar diferentes estados de um sistema
biolgico, como por exemplo, entre sistemas
normais e doentes, resistentes e susceptveis ou
ainda com caractersticas fenotpicas positivas e
negativas.
Em virtude da complexidade das misturas
proticas que so analisadas em estudos do
proteoma, primeiramente necessrio separ-las
para, posteriormente, fazer a identificao de cada
protena individualmente.
Uma das tecnologias mais utilizadas para
separao de protenas em misturas complexas
a eletroforese bi-dimensional em gis de
poliacrilamida ou simplesmente 2D-PAGE (Wang
& Hanash, 2005).
Seu princpio baseado na conduo da
eletroforese em duas etapas, com critrios diferentes de separao. Na chamada primeira dimenso,

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Furlan et al.

338

as protenas so separadas pelo ponto isoeltrico


em gradiente de pH e, em seguida (segunda
dimenso), separadas de acordo com o peso molecular. Nos passos subseqentes o gel corado,
para a visualizao do padro de migrao de cada
protena (spot), sendo em seguida digitalizado para
que sua imagem possa ser analisada. De maneira que
as diferenas quantitativas e qualitativas no perfil de
protenas da amostra se refletem em alteraes
quantitativas e qualitativas no padro de migrao
na eletroforese, as quais podem ser detectadas na
anlise das imagens (Hiendleder et al., 2005).
Para a identificao das protenas que se
encontram diferencialmente representadas na
amostra, basta remover seu spot do gel e analislo por espectrometria de massa ou fazer o
seqenciamento da poro N-terminal pelo mtodo
de degradao de Edman.
As tcnicas para o estudo do proteoma ainda
no se popularizaram com a mesma magnitude que
as tcnicas utilizadas no estudo do transcriptoma,
tampouco suas metodologias esto devidamente
padronizadas para permitir a comparao entre
resultados que foram obtidos em experimentos
diferentes, porm conduzidos de forma similar.
Contudo, a tendncia de que haja um aumento
gradativo na sua utilizao, inclusive na rea
zootcnica.
A aplicao conjunta das tecnologias empregadas em estudos de transcriptoma (microarrays)
e proteoma (eletroforese bi-dimensional e espectrometria de massa) em ensaios que envolvem
indivduos geneticamente diferentes, ou submetidos a condies ambientais contrastantes, permite
um entendimento mais rpido e preciso das
relaes gene-fentipo, e possibilita dissecar as
interaes gentipo-ambientais que ocasionam
mudanas significativas no fentipo destes
indivduos. A utilizao de ferramentas de
bioinformtica adequadas para uma anlise
integrada dos dados do genoma, transcriptoma e
proteoma um ponto crucial para a obteno de
resultados confiveis (Bailey, 1999).

Genmica nutricional
Genmica nutricional o novo campo da
nutrio que emerge na era ps-genmica com o
objetivo de elucidar a complexa interao existente
entre a dieta e o genoma dos indivduos, mediante

2007 Sociedade Brasileira de Zootecnia

utilizao de tecnologias desenvolvidas para


anlise do transcriptoma e do proteoma (Mutch et
al., 2005).
Definida como a interface entre o ambiente
nutricional e os processos gentico-celulares, a
Genmica Nutricional dedica-se ao estudo das
interaes entre os componentes qumicos das
dietas (nutrientes) e o material gentico dos indivduos (gentipo), ou seja, dos mecanismos
moleculares envolvidos na interao nutrientesgentipo e a maneira como estas afetam o fentipo
(Kaput & Rodriguez, 2004).
Dentro de seu escopo existem duas vertentes
distintas: a Nutrigenmica, voltada para o
entendimento dos efeitos dos nutrientes sobre os
mecanismos envolvidos na expresso gnica e a
Nutrigentica, que estuda os efeitos das variaes
nas seqncias do DNA (polimorfismos) sobre o
aproveitamento dos nutrientes e/ou o desenvolvimento de doenas metablicas.
Os efeitos dos componentes qumicos da dieta
sobre a expresso gnica podem ser diretos ou
indiretos, dependendo do papel que estes desempenham dentro das clulas. Neste sentido, os nutrientes podem:
1) atuar como ligantes para receptores de
fatores de transcrio;
2) serem metabolizados por rotas metablicas
primrias ou secundrias, alterando desse
modo as concentraes de substratos ou
intermedirios;
3) influir positiva ou negativamente nas vias de
sinalizao celular (Kaput & Rodriguez,
2004).
Uma das classes de nutrientes que afetam a
expresso gnica a dos cidos graxos polinsaturados de cadeia longa ou LC-PUFA. Vrios
estudos de expresso gnica por microarrays tm
evidenciado os efeitos destes compostos sobre
diversos processos fisiolgicos, dentre os quais o
crescimento, desenvolvimento neurolgico, ganho
de massa muscular ou de gordura, reproduo,
sistema imune inato e adquirido, sem contar que
tambm esto relacionados com praticamente
todas as doenas crnicas e degenerativas que
acometem os seres humanos.
Seu efeito sobre a expresso gnica nesta
grande amplitude de processos est relacionado
com o fato de eles atuarem como ligantes para um

A genmica funcional no mbito da produo animal: estado da arte e perspectivas

nmero significativo de fatores de transcrio, que


atuam em vrios tecidos do organismo. De maneira
que os LC-PUFA constituem-se numa classe de
nutrientes ideal para estudos de nutrigenmica
(Mutch et al., 2005)
Alm disso, esses cidos graxos esto relacionados com a modulao da atividade de protenas
e participam ativamente do metabolismo dos
lipdeos, fatos que concorrem para explicar a
multiplicidade de aes.
A influncia dos nutrientes sobre a estabilidade
do genoma outra questo importante que tem
sido abordada em nutrigenmica. O estatus
nutricional durante a fase de desenvolvimento fetal
pode alterar o estado epigentico do genoma,
afetando os nveis da expresso gnica durante
toda a vida ps-natal (Stover, 2004).
Os efeitos das alteraes epigenticas no esto
relacionados com mudanas na seqncia primria
do DNA, mas sim com os mecanismos que
controlam a expresso gnica, como o caso da
metilao dos resduos de citosina, sendo uma das
explicaes para as diferenas fenotpicas sutis que
so observadas nos gmeos monozigticos ou nos
indivduos clonados.
O estabelecimento dos padres de metilao
ocorre na fase inicial do desenvolvimento e pode
se propagar pela vida toda, criando uma situao
peculiar, na qual caractersticas fenotpicas
controladas em nvel de genoma, no so passveis
de serem herdadas.
Um dos fatores que exerce grande influncia
no padro de metilao a disponibilidade celular
das vitaminas que participam do metabolismo de
um-carbono (B6, B12 e cido flico), uma vez que
o grupo metil utilizado no processo de metilao
do DNA originrio dessa via metablica.
Por outro lado, variaes genticas dentro de
uma mesma populao fazem com que os
indivduos respondam de forma diferente a uma
mesma dieta. o caso dos portadores de
galactosemia ou de fenilcetonuria, duas doenas
causadas por defeito gentico em um nico gene,
que necessitam dietas isentas de lactose ou de
fenilalanina para poderem ter uma vida normal.
Este um exemplo cuja caracterstica fenotpica controlada por um nico gene. Entretanto,
existe considervel evidncia de que doenas
crnicas, decorrentes de anomalias polignicas,
possam estar associadas dieta. Hipercoles-

339

terolemia, aterosclerose, diabete tipo 2, obesidade


e diversos tipos de cncer, so exemplos clssicos.
A diabete tipo 2 um modelo de estudo
interessante, pois os genes regulados pela dieta
tem um papel central no seu desenvolvimento.
Quando diagnosticados com essa doena, alguns
indivduos conseguem controlar os seus sintomas
apenas com o aumento da atividade fsica e
reduo na ingesto de calorias, ou seja, controlam
a expresso da informao genmica pela
mudana em variveis ambientais (a dieta). J
outros indivduos so totalmente refratrios a esse
tipo de controle e precisam ser tratados com
medicamentos (Marti et al., 2005). De maneira que
a identificao de alelos que contribuem para o
desenvolvimento das doenas crnicas, de carter
polignico, um dos campos que tm recebido
mais ateno dentro da genmica nutricional
humana.
Assim sendo, verifica-se que as interaes
entre os nutrientes e o genoma dos indivduos
ocorrem em diferentes etapas do processo de
expresso gnica, afetando tanto o transcriptoma,
quanto o proteoma. No entanto, seus efeitos podem
ser monitorados e analisados pelas ferramentas de
genmica funcional atualmente disponveis
(Figura 1).
O genoma de uma espcie e as variaes
genticas que existem entre os indivduos dessa
espcie so resultantes da adaptao s presses
evolucionrias a que ela foi submetida. Durante
esse processo, a nutrio talvez seja a varivel
ambiental mais persistente e, portanto, uma das
que mais contribui para moldar um genoma e suas
variaes (Stover, 2004).
Assim, considerando as diferenas que existem
entre os indivduos de uma mesma espcie,
plausvel pensar que cada um possa reagir de forma
diferente ao ser alimentado com a mesma dieta e,
com o uso das ferramentas de genmica, est sendo
possvel identificar e entender as bases genticas
dessas diferenas, bem como analis-las dentro de
um contexto populacional.
Os estudos de genmica nutricional na rea
animal ainda so incipientes, mas os exemplos
tomados da rea humana deixam claro que eles
sero de grande valia, notadamente para o
aperfeioamento e evoluo das normas e padres
de alimentao das diferentes espcies. De maneira
que ela dever redirecionar a nutrio animal para

2007 Sociedade Brasileira de Zootecnia

Furlan et al.

340

Processo de
expresso gnica

Regulao pela dieta

Tcnicas de genmica
funcional

Genmica (seqenciamento e
idenficao de polimorfismos)

DNA

Transcrio,
processamento do
RNA
Transcriptmica
(microarrays)

RNA
Traduo,
modificao de
protenas
Protena

Clula

Metablitos

Protemica
(2D, MS/MS)

Metabolmica

Fentipo

Figura 1 - Representao esquemtica dos passos envolvidos na expresso gnica (centro), estgios nos
quais a dieta pode modular estes processos (esquerda), e as tcnicas de genmica funcional utilizadas
para analisar cada estgio (direita). (Extrado e modificado de Elliot & Ong, 2007).
uma abordagem mais personalizada, na qual as
dietas das diferentes espcies sero adequadas em
funo da raa, linhagem, ou mesmo grupos de
animais com caractersticas semelhantes.

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