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RESUMO - Os ltimos vinte anos caracterizaram-se pela proliferao de tecnologias que tornaram
possvel decifrar o genoma das espcies, localizar e identificar particularidades na sua seqncia, elucidar as suas
funes dentro dos sistemas biolgicos e, sobretudo, comear a entender os mecanismos que controlam as interaes
entre os gentipos e os estmulos ambientais, que so responsveis pela diversidade fenotpica. Estes estudos sobre
as bases moleculares da variabilidade fenotpica abriram uma nova abordagem cientfica, caracterizada pela
multiplicidade das questes envolvidas, que resultou no surgimento de novas reas de pesquisa, cujos conhecimentos
esto sendo aplicados em diversos campos da biologia, inclusive na zootecnia. Tendo em vista o grande impacto
que tais conhecimentos esto tendo sobre a compreenso dos fenmenos biolgicos, parece ser oportuno fazer uma
avaliao das potencialidades de aplicao das abordagens de Genmica Funcional em pesquisas de nutrio e
alimentao de ruminantes. Nesse contexto, este artigo est focado na descrio das principais ferramentas
genmicas disponveis e na discusso sobre a viabilidade de se utilizar as informaes por elas geradas em benefcio
da produo animal.
Palavras-chave: bovinos, expresso gnica, genmica funcional, microarrays, nutrio, polimorfismo
Introduo
Os conhecimentos sobre a natureza e contedo
da informao gentica, assim como as tecnologias
disponveis para o seqenciamento de genomas
em larga escala, evoluram de uma forma sem
Correspondncias devem ser enviadas para: cedral@fca.unesp.br
Furlan et al.
332
Genmica
Genmica rea da cincia que se dedica ao
seqenciamento dos nucleotdeos, mapeamento e
333
no cenrio internacional.
Seguindo o modelo bem-sucedido da FAPESP,
em dezembro de 2000 o Ministrio da Cincia e
Tecnologia, por intermdio do Conselho Nacional
de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgico
(CNPq), lanou o Projeto Genoma Brasileiro e
criou a Rede Nacional de Seqenciamento,
ampliando a expertise na rea de Genmica em
nvel nacional.
Impulsionada pela reduo dos custos do
seqenciamento e pela maior facilidade de acesso
a essa tecnologia, a expanso da genmica em
meados de 2000 foi um fenmeno que ocorreu a
nvel mundial, resultando no crescimento
significativo do nmero de espcies a terem seu
genoma seqenciado.
Como pode ser observado na Tabela 1, existem
atualmente 1.470 projetos de seqenciamento de
grande porte cadastrados no NCBI (National
Center for Biotechnology Information), cada um
deles dedicado a uma espcie diferente.
Completo
Estatus
Montando
Em andamento
487
38
449
335
6
329
387
27
360
1209
71
1138
26
4
99
42
136
53
261
99
16
1
3
15
1
2
14
1
3
17
3
3
1
2
12
32
2
6
33
4
6
1
2
17
1
1
Total
5
5
2
3
2
2
37
27
9
44
31
12
Fungos
Ascomicetos
Basidiomicetos
Outros fungos
10
8
1
1
38
32
4
2
20
14
5
1
68
54
10
4
Protistas
Apicomplexos
Kinetoplastideos
Outros protistas
7
1
1
5
15
7
2
6
25
7
6
11
47
15
9
22
513
434
523
1470
Total
Furlan et al.
334
Tamanho do
genoma (Mb)
Apis mellifera
Bombis mori
Bos Taurus
200
530
3000
Montado
Montado
Montado
8X
6X
6X
Canis familiaris
Canis familiaris
Equus caballus
Felis catus
2400
2400
3000
Montado
Montado
Montado
Montado
1,5X
7,6X
6,8X
2X
Gallus gallus
1200
Montado
6,6X
Oryctolagus cuniculus
Ovis aries
Sus scrofa
3500
2800
Em andamento
Em andamento
Em andamento
gov/Genbank/), a maior parte das quais procedentes de projetos desenvolvidos nos Estados
Unidos. De maneira que os bovinos ocupam a
quarta colocao entre os organismos que possuem
maior nmero de ESTs seqenciadas.
O Brasil tambm deu sua contribuio para a
produo dessas colees de ESTs. Financiado
conjuntamente pela FAPESP e Central Bela Vista
(http://www.centralbelavista.com.br/), o Projeto
Genoma Bovino gerou um banco de dados que
contm mais de 60.000 seqncias expressas
exclusivamente em animais da subespcie Bos
indicus. Alm disso, durante seu desenvolvimento
foram produzidas 18 bibliotecas de cDNA,
algumas das quais tecido-especfica, que se
constituem num importante recurso para a
confeco de lminas de microarrays para estudos
de expresso gnica com zebunos.
Uma aplicao imediata dos resultados obtidos
nestes projetos de seqenciamento tem sido a
construo de mapas genticos saturados para
identificao de marcadores para caractersticas
quantitativas.
A grande quantidade de SNPs (single
nucleotide polymorphisms) identificada nos
bancos de dados desses projetos est sendo
utilizada para saturar os mapas de QTLs
(quantitative trait loci) existentes, com o intuito
335
Genmica funcional
Genmica funcional a vertente da genmica
cujo foco est voltado para a elucidao das funes que cada gene exerce no organismo e, ao mesmo
tempo, como esses genes interagem entre si dentro
Caractersticas
Ano
Procedncia
TG
CAST
Marmoreio
Maciez da carne
2000
2002
CAPN1
DGAT1
2003
2003
GH1
Maciez da carne
Produo de gordura
no leite
Marmoreio
LEP
Marmoreio/Gordura
2003
Mltiplos testes
GHR
SCD
Maciez da carne
2003/04
Produo de leite
2004
Relao de cidos graxos 2004
Mltiplos testes
Mltiplos testes
CAPN3
Marmoreio
Vrias caractersticas
para gado de leite
Maciez da carne
CSIRO/MLA
Genetic Solutions P/L
CSIRO/MLA/
Beef CRC
Genetic Solutions P/L
USDA/AgResearch NZ
Univ. de Lieve/
Tech Uni Muench
Merial
NIAS, Japo
Prescribe Genomics
CO
Univ. de
Saskatchewan
Merial
Genetic Solutions P/L
Univ. de Lieve
Merial
Univ. Kobe
Prescribe Genomics
CO
Genetic Solutions P/L
2004/05
2006
Mltiplos testes
Eficincia alimentar
2006
2003
2004
Comercializador
Merial
CSIRO/MLA/
Beef CRC
CSIRO/MLA/
Beef CRC
336
Furlan et al.
337
Tabela 4 - Alguns exemplos de arrays disponveis para estudos de expresso gnica em bovino
(modificado de Hocquette et al., 2007).
Array
Tipo
MEM array
cDNA
Procedncia
Frana
Detalhes
(1)
Universidade Estadual
de Michigan(2)
Bovi Analyzer
cDNA
cDNA
Universidade Estadual
de Iowa(3)
CSIRO e Beef CRC,
Austrlia(4)
Bos taurus
(bovine) OpArray
Oligos
longos
Operon
Biotechnologies(5)
Pequenos Oligos
sintetizados in situ
Affymetrix(6)
Gene Chip
Bovine whole
genome long
oligonucleotdeo
expression array
Oligos
longos
Bos taurus e
de Array distintos
Oligos
longos
Consrcio de
microarray bovino,
USA(7)
Agilent(8)
(1) = Bernard et al. (2005); (2) Suchyura et al. (2003); (3) = www.ans.iastate.edu/report/air/2004pdf/
AS1877,pdf; (4) = Lehert et al. (2004); (5) = www.operon.com; (6) = www.affymetrix.com; (7) = Elsik
et al. (2006); (8) = earrat.chem.agilent.com/earray.
Furlan et al.
338
Genmica nutricional
Genmica nutricional o novo campo da
nutrio que emerge na era ps-genmica com o
objetivo de elucidar a complexa interao existente
entre a dieta e o genoma dos indivduos, mediante
339
Furlan et al.
340
Processo de
expresso gnica
Tcnicas de genmica
funcional
Genmica (seqenciamento e
idenficao de polimorfismos)
DNA
Transcrio,
processamento do
RNA
Transcriptmica
(microarrays)
RNA
Traduo,
modificao de
protenas
Protena
Clula
Metablitos
Protemica
(2D, MS/MS)
Metabolmica
Fentipo
Figura 1 - Representao esquemtica dos passos envolvidos na expresso gnica (centro), estgios nos
quais a dieta pode modular estes processos (esquerda), e as tcnicas de genmica funcional utilizadas
para analisar cada estgio (direita). (Extrado e modificado de Elliot & Ong, 2007).
uma abordagem mais personalizada, na qual as
dietas das diferentes espcies sero adequadas em
funo da raa, linhagem, ou mesmo grupos de
animais com caractersticas semelhantes.
Literatura citada
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genomics and drug discovery. Nat. Biotechnol., v.17, p.61618, 1999
CHEN, G.; GHARIB, T.G.; HUANG, C.C. et al. Discordant
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GERMAN, B. & YOUNG, V. R. Nutrition and Genomics. Nestl
Nutrition Workshop Series Clinical & Performance
Program, v.9, p.243-263, 2004.
GRAVES, P.R. & HAYSTEAD, T.A.J. Molecular biologists
guide to proteomics. Microbiol. Mol. Biol. Rev., v.66, p. 39
63, 2002.
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Interrelating different types of genomic data, from proteome
to secretome: Oming in on function. Genome Res., v.11, p.
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Recent advances in cattle functional genomics and their
application to beef quality. The International Journal of
Animal Biosciences, v.1, p.159-173, 2007.
KAPUT, J. & RODRIGUEZ, R.L. Nutritional genomics: the
next frontier in the postgenomic era. Physiol. Genomics, v.
16, p.166-177, 2004.
LANDER, E.S.; LINTON, L.M.; BIRREN, B. et al. Initial
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409, p. 860-921, 2001.
LEHNERT, S.A.; BYRNE, K.A.; REVERTE, A. et al. Gene
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