doi: 10.

1038/nature07191

ARTIGOS
O Trichoplax do genoma e da natureza do
Placozoans
Mansi Srivastava1, Emina Begovic1,2, Jarrod Chapman2, Nicholas H. Putnam2{, Uffe Hellsten2,
Takeshi Kawashima1,3, Alan Kuo2, Therese Mitros1, Asaf Salamov2, Meredith L. Carpenter1, Ana Y. Signorovitch4,5,
Maria A. Moreno4, Kai Kamm7, Jane Grimwood8, Jeremy Schmutz8, Harris Shapiro2, Igor V. Grigoriev2,
Leo W. Buss5,6, Bernd Schierwater4,7, Stephen L. Dellaporta4& Daniel S. Rokhsar1,2
Como, sem dvida, as mais simples animais de vida livre, Placozoans pode representar uma forma metazoan primitivo, mas sua biologia
pouco
entendido. Aqui relatamos o seqenciamento e anlise do , 98 milhes de pares de bases do genoma nuclear do placozoan
Adhaerens Trichoplax. Todo o genoma anlise filogentica sugere que Placozoans pertence a um clado 'eumetazoan' que
inclui cnidrios e bilaterians, com esponjas como os primeiros animais divergentes. Os espetculos do genoma compacto conservadas
contedo gentico, estrutura gentica e synteny em relao aos genomas eumetazoan complexos humanos e outros. Apesar do
aparente simplicidade celular e do organismo de Trichoplax, seu genoma codifica uma rica variedade de fatores de transcrio e
sinalizao da via genes que so normalmente associados com diversos tipos de clulas e processos de desenvolvimento em
eumetazoans,
motivando novas pesquisas para a complexidade celular enigmtica e / ou como fases da histria de vida ainda no observados.
Apesar de esperma tm sido descritos previously13, este no tem sido
Placozoans (literalmente, animais planas ") so pequenos (1-2 mm), em forma
visto por outros investigadores. Anlises genticas da populao, no entanto,
de disco
criaturas que eram inicialmente discovered1 nas paredes de gua salgada demonstrar variao allica e provas para a recombinao gentica
aqurio no final de 1800. Estes animais incomuns foram em grande parte em animais em estado selvagem que consistente com sex14.
negligenciado, at que foram rediscovered2 na dcada de 1970 e foram postetemente encontrados nos oceanos tropicais e subtropicais em quase
habitats em terra, particularmente mangue communities3, 4. Placozoans souma
b
SS
prontamente coletadas na natureza e pode ser mantido em laboratrio
UE
em diversas fontes de alimento. Embora Placozoans encontrado em diversas
locaMC
es so morfologicamente indistinguveis, eles mostram surpreendente
B
diversidade ao nvel do ADN, sugerindo que as espcies crpticas pode exist5-7.
FC
GC
A espcie s nomeadas no filo Adhaerens Trichoplax F. E.
Schulze1.
Trichoplax aparece como um disco plano de clulas que consistem em dois
epitelial
LE
camadas, que sanduche de uma camada de clulas de fibra multinucleadosc
(Fig. 1A).
Apenas quatro tipos de clulas tm sido descritos previously8, 9 (Fig. 1b);
nervos, clulas sensoriais e clulas musculares so aparentemente ausente.
f
g
d
Para alimentar,
Trichoplax sobe em cima de sua comida usando a superfcie inferior como tempornea extraorganismal cavidade gstrica; digesto extracelular tanto
e phagocytic10, 11. Quando no est a alimentao, os animais se movem epor
clios em
a superfcie de fundo e por a clula layer10 fibra. Placozoans no tm
corpo evidente eixos diferente do top contra inferior e periferia contra
interior; eles no mostram nenhuma direcionalidade regular em seu movimento,
Figura 1 | plano Placozoan corpo e reproduo. uma,Trichoplax em
cultura de laboratrio; barra de escala, 200 mm. b, Prestao esquemtico de uma
embora ambos phototaxes positivos e negativos foram
transversal
observado (K. von der Chevallerie, T. Bergmann e B. Schierwater,
seco atravs Trichoplax. B, bactria em cisterna endoplasmtico; FC,
observaes no publicadas).
clula de fibra contrtil; GC, clula da glndula; LE, menor epitlio; MC,
Na cultura, Trichoplax reproduz por fisso, em que dois (algunscomplexo mitocondrial; SS, brilhante esfera; UE, epitlio superior (feita com
vezes trs) partes do animal se afastar um do outro at
permisso de ref. 45). c-e,Trichoplax progredindo atravs assexuada
a ligao rompida (Fig. 1c-e). A reproduo sexual no tem
foi observada em cultura, mas a formao do ocito putativo em degenerat-reproduo por fisso; barras de escala, 200 mm. f, A clivagem Trichoplax
"Embrio" na fase de 4 clulas mostrada; barra de escala, 20 mm. g, A clivagem
ing animais rotineiramente seen12. Estas clulas grandes tm sido observados
Trichoplax "Embrio" na fase 16-clula mostrada; barra de escala, 20 mm.
para
1Center for Integrative Genomics e do Departamento de Biologia Molecular e Celular da Universidade da Califrnia, em Berkeley, Califrnia 94720, EUA. 2 Departamento de Energia Joint Genome
submeter-se a clivagem (Fig. 1-F, g) at um estgio de 256 clulas antes
Instituto, Walnut Creek, Califrnia 94598, EUA. 3Okinawa Instituto de Cincia e Tecnologia, Uruma, Okinawa 904-2234, Japan. 4Department de Biologia Molecular, Celular e
degeneratBiologia do Desenvolvimento, 5Department de Ecologia e Biologia Evolutiva, e 6Department de Geologia e Geofsica da Universidade de Yale, em New Haven, Connecticut 06520, EUA.
7
Diviso
de Ecologia
fur Tierokologie undobservaes
Zellbiologie, Stiftung Tieraerztliche
Hochschule Hannover, Bunt eweg 17d, D-30559 Hannover, Alemanha. 8Stanford
ING
(M.
Eitele Evoluo,
e B. Institut
Schierwater,
no publicadas).

Centro do Genoma Humano da Universidade de Stanford, Stanford, Califrnia 94304, EUA. {Presente Endereo: Departamento de Ecologia e Biologia Evolucionria da Universidade Rice, de Houston, Texas
77005, EUA.

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NATUREZA

A relao filogentica de Placozoans a outros metazorios

em Trichoplax como detectado pelo BLAST. Trichoplax genes tm um intro
permanece controverso. Considerando os estudos iniciais sobre a base de densidade
um
(7,6 por kb) comparvel ao encontrado em vertebrados (8,5
pequeno
kb) ea anmona do mar starlet (6,7 kb) 23.
nmero de genes sugere que poderia ser Placozoans secundariamente semeA anlise da estrutura exo-intro de genes ortlogos
plified cnidarians15, outras anlises refutou esta position16 de 17. Pequenodemonstra um elevado grau de conservao em Trichoplax parente
A anlise de ARN de subunidade ribossomal sugerido Placozoans como para outros eumetazoans, estendendo a antiguidade de muitos animais
eumetantrons (Informaes Complementares) 23. Por exemplo, em conservada
zoans, como um grupo irmo bilaterians16 ou como o mais antigo Eume- regies, 82% dos ntrons humanos tm homlogos ortlogos com
branch18 tazoan (embora a adio de a grande subunidade de rRNA
a mesma posio e em fase Trichoplax. A reteno do antigo
sequncias de reduzida resoluo da rvore filogentica). As anlises
ntrons em Trichoplax est em contraste com outros animais com pequeno
dos genomas mitocondriais completos Adhaerens Trichoplax19 e
genomas que mostram extensa perda intron (por exemplo, fruitfly, solo
outro placozoans20, no entanto, levou proposta que poderia Placozoa nematides e ascdias) que, presumivelmente, acompanhado seu
ser o mais antigo ramificao filo metazoan basal (mas veja 21 ref.).
reduo no genoma size23.
Aqui ns relatamos o projeto de sequenciamento do genoma nuclear de
Trichoplax
adhaerens e us-lo para comear a abordar a natureza da Placozoans.
A anlise filogentica apoia a identificao de Placozoans
Relao de Trichoplax para outros animais
como uma linhagem eumetazoan basal que divergiram antes da separaoNs
de reavaliou a posio filogentica de Placozoans em relao ao
cnidrios e bilaterians mas aps a divergncia de demosponges
outros metazorios usando bayesiana, mxima verossimilhana, e para partir de outros animais. O genoma compacto mostra notvel complexo analisa simonia de uma concatenao de 104 evoluindo lentamente singledade, incluindo contedo gene conservado, a estrutura do gene e synteny relacpia genes nucleares (6.783 posies de aminocidos alinhados) elaborado a
tiva de genomas humanos e eumetazoan outros. Apesar da ausncia de partir de
qualquer programa de desenvolvimento conhecida e apenas um pequeno nove diferentes genomas seqenciados (Fig. 2 e Suplementares
nmero de clulas
Informao). Com 100% de apoio Bayesiana e 92% probabilidade
tipos, o Trichoplax genoma codifica uma rica variedade de transcrio
inicializao apoio, Placozoans so encontrados para ser um grupo da irm ao
fatores e genes de sinalizao que so normalmente associados com embrio
outros eumetazoans (como representado por dois cnidrios e uma amostragem
gnese e o destino da clula especificao em eumetazoans, bem como outros
de diversos bilaterians), com seqncias demosponge divergentes antes
genes
o Trichoplax-cnidrios-bilaterian clade. Esta topologia est ainda
que esto de acordo com padres enigmtica de clulas, a vida no observado
suportado por anlise de parcimnia (embora com um suporte mais fraco). L
fases da histria e / ou execuo complexa de processos biolgicos, tais h suporte para Trichoplax como um derivado ou basal cnidrios ou bilacomo fisso e desenvolvimento embrionrio nessas criaturas enigmticas. Terian, e essas hipteses so rejeitadas pela filogentica estatstica
O Trichoplax genoma
testes (ver Informao Complementar). Embora no exista uma forte comoProduzimos um projecto de seqncia da alta qualidade , 98 milhes de base
inicializao e suporte probabilidade Bayesian para a topologia na figura. 2, a
par (megabases, Mb) Trichoplax genoma usando todo o genoma shotnossa
methods22 arma com ,8-Dobra cobertura seqncia redundante. Porque
anlise s pode rejeitar a colocao de Trichoplax basal para outra
l existem actualmente mapas genticos ou fsicos de Trichoplax, ns
animais no P50,07 nvel.
no poderia reconstruir cromossomos inteiros, mas a integralidade da
Embora nosso resultado no concorda com os resultados de mitocondrial
o projecto de montagem (98% dos 14.571 etiquetas de seqncias expressas
trees19, 20,24, estas outras anlises so complicados pelo ramo longo
(ESTs)
comprimentos (isto , quantidades anormalmente elevadas de divergncia de
alinhar) ea sua ligao de longa distncia (19 andaimes mais de 1 Mb repaminocidos)
ressentir-se de 80% do conjunto) fazem dele um excelente substrato para
encontrado em pptidos mitocondriais bilaterian relao sua basal
anotaoorthologues24 metazoan de 25. A Figura 2 mostra que os pptidos codificados
o e anlise comparativa (Informaes Complementares).
pelos
Como esperado a partir de sequncias genmicas derivadas de um
o genoma nuclear no tm diferenas notveis na aminocido subassexuadamente
nveis tituio entre metazorios e bilaterians basais, sugerindo
reproduzindo cultura de laboratrio de animais diplides, apenas dois alelos
que a nossa proposta filogenia na base de genes nucleares menos
so observados em cada locus. O polimorfismo de nucleotdeo nico fresuscetveis atrao artefatos longo do ramo.
quncia de 1% e distribudo como esperado para dois hapltipos
seleccionados
de uma populao sexual panmictic (Informaes Complementares).
Sintenia conservada com outros eumetazoans
Observou-se 35 regies longos anormalmente baixo polimorfismo
Embora a linhagem placozoan divergiu do que de outro animal
(0,25% ao longo de mais de 40 kb), indicando recentemente ancestralidadefilos no Pr-Cambriano, encontramos evidncias para limitar conservada
compartilhada
ordem gene local, bem como blocos substanciais de longo alcance condos dois hapltipos por consanguinidade ou gene de converso e / ou a serviu de ligao (sintenia) na Trichoplax do genoma em relao
influncia de varreduras seletivas. Amostragem de mais de dois hapltipos maior

vertebrados e os starlet genomas mar anmona

necessria complemento
para distinguirde
entre
estas
duas
possibilidades.
Trichoplax
genes
e as
estruturas
de genes conservados (Tabela 8.1 Complementar). Isto est em ntido contraste com a relativa
Estimamos que o Trichoplax genoma contm cod-11514 protena
pequenos genomas de moscas e nematides, que mostram nenhuma consero de genes, com base em uma combinao de base e de homologia ab vao. Anlises quantitativas dos bairros de genes em Trichoplax,
initio mtodos (informaes complementares). Quase 87% destes
humano e Nematostella genomas mostram que o Trichoplax genoma
genes preditos tem similaridade detectvel a partir de protenas conhecidastem a mais baixa quantidade de rearranjo locais em relao ao comum
outros animais, e a maioria (83%) do , 7800 famlias de genes que so
ancestral placozoan-cnidrios-bilaterian (Informaes Complementares).
conservado entre a anmona do mar e bilaterians23 tm homlogos

Saccharomyces cerevisiae
100
100 96
100
100

100 88 100
9298 100
98

Brevicollis Monosiga
Magnipapillata Hydra
Nematostella vectensis
Homo sapiens
Lottia gigantea
Drosophila melanogaster
Adhaerens Trichoplax
Amphimedon queenslandica

0.05 mudanas por site

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Figura 2 | filogenia Metazoan

e Trichoplax. Bayesian

filogenia dos lugares metazorios

Trichoplax como o grupo irmo
cnidrios e bilaterians.
Parcimnia mxima aplicada ao
mesmos resultados do alinhamento numa
nica
rvore com a mesma topologia mostrada
aqui. Probabilidades posteriores so
relatado acima de cada ramo;
valores de suporte probabilidade de bootstrap
so relatados abaixo.

ARTIGOS

NATUREZA

O Trichoplax genoma tambm mostra grandes blocos de conservada syndestino, padronizao e diferenciao que so encontrados em outro eumetazoteny (isto , sem a necessidade de ligao conservada colinearity26) rela- ans (Tabela 1). No entanto, estudos de homeoboxes alvo de
tiva para o genoma humano. Cada uma das 21 mais longa do gene-rico Trichoplax identificaram um complemento modesta destes essencial
Trichoplax andaimes contm segmentos com uma concentrao significativa
eumetazoan padronizao genes, incluindo emparelhado caixa genes29 e
o de ortlogos em um ou mais segmentos cromossmicos humanos
membros da class30 ANTP. Duas delas (Trox-2 e Not) so
(Informaes complementares). Estes segmentos so claramente visveis numa
expressa em torno da borda do animal, definindo a nica conhecida
dotplot do Trichoplax andaimes contra o 17 de cordados ancestral
modelao molecular da sua plan28 corpo, 31.
ligao groups27 (fig. 3), o que mostra que muitas dessas ligaes
Trichoplax contm um rico repertrio de fatores de transcrio
foram preservados na Trichoplax do genoma, e que a maior parte do
(Tabela 1 e Informao Suplementar) comumente associados com
grupos de ligao cordados remontam ao ltimo placozoan-vertebrados padronizao e regionalizao durante o desenvolvimento eumetazoan,
ancestral comum. Nem moscas nem nematides mostrar como conserincluindo novos genes contendo homeobox da ANTP,
vao. Por exemplo, o grupo de cordados ligao 10 (compreendendo pores
Emparelhado (PRD), POU e SEIS subfamilies32. Trichoplax tambm memdos cromossomos humanos 1q, 6p e 9q) aparece em sua totalidade como um
bros de muitas subfamlias das especficas de animais Sox (Sry-relacionados
relativamente compacto segmento 3.2 Mb de Trichoplax scaffold 2, com HMG-box) famlia envolvida na regulao do desenvolvimento embrionrio
mudanas gene ordem substanciais (Fig. 3 e Fig. Complementar. 8.1).
mento, a famlia T-box Brachyury incluindo (cuja expresso
A observao de blocos de sintenia conservada consistente com um
define o blastporo em eumetazoan gastrulation33), e o-opistho
taxa relativamente baixa de rearranjo local Trichoplax.
Fox (forkhead / alado-hlice) famlia kont (animal e fungos)-especfica.
Os fatores de transcrio que regulam a especificao do tipo de clula e diferenciao em bilaterians tambm so abundantes em Trichoplax, incluindo
genes mltiplos LIM homeobox-tipicamente associados com o subtipo escalcificao em neurnios, mltiplos genes bsicos famlia hlice-ala-hlice
Putativos fatores de transcrio de desenvolvimento
associado com neurais e clulas musculares destino, um (ligado) par de POUCom apenas quatro (ou possivelmente five28) morfologicamente identificveis
genes da famlia homeobox implicados no desenvolvimento neuroendcrino,
soe um par de elementos zinc-finger de transcrio GATA-famlia que
tipos de clulas matic, poderia ser esperado Trichoplax possuir poucos
participar na especificao de endodermal, cardaco e de glbulos
fatores de transcrio associados com a regulao complexa da clula
destinos. Assim, o Trichoplax genoma codifica para uma variedade de
nominalmente
marcadores de clulas especficas para o tipo-apesar de ter apenas algumas
1
clulas reconhecvel
2
3
4

Tabela 1 | Desenvolvimento fatores de transcrio na Trichoplax genoma

Fator de transcrio
famlia

Nmero de genes em
Trichoplax

Homeobox
35
ndice de Gene
Classe ANTP
14
em segmentos
cromossmicos
humanos
Classe PRD (emparelhado
9

Classe POU 4(Brn-3), uma outra

ilhota, apterous, Lhx1 / 5, uma outra

Six3 / 6, uma outra

3
1

PBX / Ex, IRX, Meis

HNF

6
7

10

11

12
13
14

caixa e homeobox)
Classe POU
(Domnio POU e
homeobox)
Classe LIM (LIM
e domnio
homeobox)
SEIS-class (oculis sine
homeobox)
Classe TALE
Classe HNF

Hlice-ala-hlice
Grupo A
Grupo B

15

Grupo C
Grupo D
Grupo Atonal

16

Dedo de zinco
GATA
Receptor nuclear
C2H2

27
6
10
4
2
5
56
2
4
50

17

Subfamlias representadas

8 9 10 12 14 1619 22
11 13 15 17 21 28

ndice de Gene em Trichoplax andaimes

Figura 3 | caractersticas genmicas conservadas entre o Trichoplax e humano

genomas. Os pontos azuis representam ortlogos no 21 mais gene-rico

Sox (relacionado-SRY
HMG-box)

Fox (forkhead/wingedhlice)

18

Trox-2 (Hox / ParaHox-like) 28, No31, Dlx30,

MNX30, Hmx30, Hex, Dbx, sete pessoas
PaxB29, Pitx, OTP, SGC, outros cinco

Ptf, outros cinco

SREBP, Myc, Max, Bigmax, Usf, AP4, quatro
outros
Ahr, Arnt, dois Hif / Sim
Dois Ele / Hey
Cinco categorias

Gata-1/2/3, Gata-4/5/6
HNF4, receptor de retinide X, Nr2, uma outra
Zic, trs familiar SP, cinco Klf famlia, caracol,
zero, Ovo, Egr, Dpf, a GFI, MizF, Fez, Zfp277,
Zfp143, WT1, Protena de ligao AE, vinte e
outros nove
Sox8/10/E, Sox2 / 3, outros trs Sox, Tcf / Lef
FOXA, B, D, F, J, K, P, Q, dois FoxN, dois FoxG,
outros seis

Trichoplax andaimes e o genoma humano. Cromossmica humana

brachyury33, Tbx2 / 3, outros trs
T-box
segmentos foram agrupados por ancestral chromosome27 cordados
5
(Informaes complementares). As linhas horizontais dividir grupos de humanosbZIP
ATF2, Atf6, Creb, Crem, Jun, a HLF, MafB, nfIL3,
15
segmentos descendente de cada um dos 17 cromossomas cordados ancestrais;
sete pessoas
linhas verticais dividem Trichoplax andaimes; alternando bares fora do dotplot
Ets, Pea3, outros cinco
representam segmentos humanos individuais (vertical) ou Trichoplax andaimes ETS
7
(Horizontal). As barras vermelhas e linhas pontilhadas destacar as regies genmicas
Os membros da subfamlia de genes listados aqui foi determinada por anlises filogenticas
em comparao suplementar fig. 8.1.
usando neighbor-joining e parcimnia com bootstrap para todas as famlias da transcrio
fatores, exceto bZIP e C2H2 dedos de zinco. Estes dois grupos foram caracterizados pelo BLAST.

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NATUREZA

bSinalizao TGF-

umaSinalizao Wnt
Extracelular

Extracelular

Intracelular

Intracelular
Tipo II R

TGF-

co-Smad

Degradao
R--P Smad

Wnt

Frz

GSK3
Axin
Dsh

Tcf

Regulao gnica

Chordin
+
Caneca pequena
Famlia DAN

Regulao gnica

Tipo I R
R-Smad
I-Smad

dA adeso celular

cProcessos neurais
Clula pr-sinptica

Sy
nd
pt

Amina vesicular
transportador

Vescula

Clula ps-sinptica

em

ot
ag
m

Extracelular

Sintaxina
SNAP-25

Sinaptobrevina

Intracelular

Oscilo-retificador
K canal
K dependentes da voltagem,
Na, canal de Ca
Glutamato R

Colgeno
A laminina
A fibronectina
Fibrina
Elastina
Nidog io
Vitronectina

Paxillin
Talin FAK
Vinculina
Cadherin

Sinalizao MAPK

Selectina
Na symporter
Imunoglobulina

Monooxygenase DBH-like

Figura 4 | via de sinalizao Metazoan e genes processo biolgico no

Trichoplax genoma. uma-d, Sinalizao conhecido e processos biolgicos em

bilaterians so mostradas de forma esquemtica, com as cores da protena

nomes que indicam sua presena (verde) ou ausncia (vermelho) na Trichoplax

genoma. Wnt / b-catenina sinalizao (uma), A sinalizao TGF-b (b), Sinapse

formao e conduo do impulso nervoso (c) E adeso celular e
componentes da matriz extracelular (d) Esto indicados.

tipos, sugerindo redundncia macia de funo, funo-alternativa

es no diretamente anlogas s de outros animais, ou crpticos
complexidade celular ou de desenvolvimento.

Elementos associados funo neuroendcrina

Embora Trichoplax no tem sistema nervoso, tem res-comportamentais
ponses a estmulos ambientais e sensibilidade ao neuropeptdeo
RFamide foi reported40. No Trichoplax genoma, encontramos
vrios canais de ons que esto implicados na sinalizao neural em aniPutativos vias de sinalizao de desenvolvimento
mals. Por exemplo, os diferentes membros da famlia Kv de tenso
Trichoplax carece de direcionalidade consistente em seus movimentos, e poscanal de potssio dependente a-subunidades (O sha-eletricamente ativos
sesses eixos superior-inferior e centro-rim que no mostram evidente homoker e Shaw ea Kv9 eletricamente inativa) e b-subunidades
logy para anteroposterior bilaterian ou eixos dorsoventral. No entanto,
(KCNAB) esto presentes na Trichoplax do genoma, juntamente com para
componentes de uma completa sinalizao Wnt / b-catenina caminho utilizadodentro
para padronizao axial em bilaterians e cnidarians34 e demoscanais de retificador de potssio e homlogos de voltagem-dependentes
Ponge larvae35 esto presente em Trichoplax (Fig. 4a). Todos os com-essencial
canais de sdio e de canais de clcio do tipo L voltagem-dependentes a1 subponentes do TGF-b via de sinalizao tambm esto presentes no
unidades e sua regulao b-subunidade (Fig. 4c).
Trichoplax do genoma (Fig. 4b). Em bilaterians, a sinalizao de TGF-b
Componentes da biossntese de neurotransmissores e vescula trans(Mediada pela BMP, uma classe de ligantes da superfamlia de TGF-b),
sistemas porturios, bem como a secreo neuroendcrina-como putativo
responsvel pelo estabelecimento do eixo dorso-ventral embrionrio
aparelho, tambm so encontradas no genoma (Fig. 4c). DOPA decarboxdurante o desenvolvimento bilaterian com um eixo definindo papel semelhante
ylase e monooxygenase DBH-like (que esto envolvidos em dopaprmeu, noradrenalina e adrenalina sntese em clulas adrenrgicos),
colocada em cnidarian36 e demosponge larvae35.
e transportadores de aminas vesiculares putativos (que so utilizados para
Ns no encontrou evidncias para um caminho ourio em funcionamento,
neuroporque no h ligante ourio evidente, remendado ou alisado
captao transmissor) esto presentes. O Trichoplax codifica genoma
receptores, ou fator de transcrio Gli-like. Componentes de outro sigmembros do complexo ncleo sinptica (SNAP-25, sinaptobrevina
caminhos nalling como o Notch e caminhos JAK / STAT so
e sintaxina). Considerando sinaptobrevina e syntaxin so encontrados em
presentes, mas estas vias parecem ser incompleta no que lhes falta
diversos grupos eucariticas e esto geralmente envolvidos na vesicular
componentes moleculares crticos para a transduo de sinal (por exemplo, um
trfico, Trichoplax SNAP-25 tem um domnio distinto encontrado somente
Gene Notch-like com um domnio Notch verdadeiro na via Notch, ou um
em verses animais desta protena e no em outros eucariotas memJanus quinase na via JAK / STAT; Tabela Complementar 9.1).
bros desta famlia (por exemplo, Sec9 em leveduras) 41. O genoma tambm
Quatro fatores de transcrio da famlia de receptores nucleares esto
contm homlogos do neurossecretora animais vescula mempresentes, sugeprotenas brane-bound Sinaptofisina e sinaptotagmina, que
sugerindo que a sinalizao pelos ligandos lipossolveis ocorre (Tabela 1).
ajudar na dependente de clcio vescula ancoragem e fuso, interagindo
Elementos do animal resposta ao estresse NF-kB via so encontrados
com SNAP-25.
em Trichoplax, juntamente com um conjunto quase completo de ortlogos de
Receptores de neurotransmissores e neuropeptdeos putativos so tambm
genes tipicamente envolvido em eumetazoan apoptose (exceto para TNFR
Actualmente, incluindo abundante sete transmembranar de protena Ge Fasreceptor; Tabela Complementar 9.1).
receptores acoplados (GPCRs), que poderia ser candidato sensorial transduA ausncia de componentes de algumas vias de sinalizao em animais
RCEs. Quatro genes putativos opsinas, os quais possuem um resduo de lisina
Trichoplax em relao sua integridade inferido na cnidriosessencial
ancestor23 bilaterian sugere que Trichoplax ramificou-se a partir de um
no stimo domnio transmembranar e, assim, pensa-se que funcancestral que ou no possuem todas as vias de sinalizao animal ou
o na recepo de luz, esto presentes. Oitenta e cinco membros da classe 3
que estes genes foram perdidos na linhagem placozoan. Este ltimo inter
Famlia GPCR (sem relao com outras famlias GPCR por seqncia),
interpretao consistente com a presena de alguns destes "falta"
incluindo os receptores de glutamato metabotrpicos putativos, so tambm
componentes (hedgling, EGFR, notch) em sponges37-39.
encontrados.
Protenas transmembrana importantes na conduo do nervo (mltiplo
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NATUREZA

candidato receptores ionotrpicos de glutamato) e em neurotransmissor (, 100 MB) genomas metazorios tem (por exemplo, as seqncias de
liberao e absoro (por exemplo, neurotransmissor sdio sympormoscas e nematides do solo). Isto sugere que muitos aspectos estruturais
ter) so codificadas pelo genoma (Fig. 4c). Protenas formao de sinapses(ntrons, ordem gene local e ligaes de maior escala) da pequena
elementos (tais como neuroxinas e neuroligin) e estruturais do
Trichoplax genoma poderiam ser caractersticas eumetazoan primitivas.
andaime ps-sinptico conhecido por estar presente em sponges42 (tais como
Trichoplax de primitiveness genmico aparente, no entanto, est separado
discos
da questo de saber se a morfologia placozoan ou histria de vida
grande) tambm so encontrados em Trichoplax, incluindo os receptores euma relquia do ancestral eumetazoan. Por exemplo, a forma plana e
chanalimentao covarde poderia ser uma caracterstica ancestral "primitivo", com a
Nels ausentes do genoma da esponja. Os genes associados com neural cnimigrao e orientao do axnio em bilaterians (fenda, netrin, NCAM,
gut darian-bilaterian decorrentes secundariamente pela inveno de um desensemaforina (tambm conhecido como CD100) e espondina) tambm esto opmental processo para a produo de uma cavidade corporal interna (como na
presentes.
Theory44 do Butschli 'plakula', 45), ou poderia ser um "derivado",
Apesar de todos estes elementos nominalmente neurais podem estar
exclusivamente
funcionando
caracterstica placozoan que resultou da perda de um Eume-ancestral
em papis no-neuronais, o Trichoplax genoma no codificar a base
tazoan intestino. Infelizmente, a seqncia do genoma sozinho no pode
maquinaria necessria para a sntese, liberao e absoro de neuroresponder a estas perguntas, mas fornece uma plataforma para posterior
transmissores, para a formao de sinapses, e para a conduo de
estudos.
A
matriz extracelular
e de adeso celular
impulsos
eltricos e fotorrecepo.
Embora o Trichoplax plano corporal simples, seu genoma codifica uma
Trichoplax tem junes clula-clula regulares entre as clulas epiteliais, mas
rica variedade de fatores de transcrio e vias de sinalizao que so
relatado que carecem de uma lmina basal subjacente, ou de facto, qualquer
tipicamente associada com eumetazoan padronizao de desenvolvimento e
matriz extracelular descrito (ECM) 2. O seu genoma, no entanto, conespecificao do tipo de clula. A questo permanece: qual o papel que esses
tm um conjunto diversificado de genes que codificam protenas de ECM genes
putativos
tm em Placozoans? Morfologia celular pode ser enganoso, e
(Fig. 4d). Estes incluem o colagnio IV, laminina-a,-b e-c, e-nido
padres de expresso gnica complexas podem definir funcionalmente distinta
gen; no entanto, a fibronectina, fibrina, elastina e vitronectina so todos
mas subtypes28 celular morfologicamente enigmtica, 31,33. Este seria
aparentemente ausente. Proteoglicanos heparam sulfato (incluindo dois consistente com modelos em que os fatores de transcrio associados
glypicans) e um gene Matrilin-2-como tambm so encontradas. Porque muitos
padres de expresso de genes para as funes das clulas diferenciadas
dos
especficas em
estes genes tambm foram representados em ESTs provenientes de animais
em
o ancestral
eumetazoan foram cooptados em cnidrios e bilaterians
cultura,
para padronizao roles46. Especulamos que a sinalizao e transcrio
possvel que uma ECM est presente de um modo que foge tradicional genes do factor podem ser envolvidos em eventos de regulao complexos
manchas histolgico.
requeridos
O Trichoplax genoma codifica tambm a adeso da superfcie celular prpara os processos conhecidos de crescimento, de fisso e / ou enxame, ou
protenas (a-e b-integrinas, caderinas, selectinas e imunoglobulina
como o
membros da superfamlia) que interagem uns com os outros e no ECM em processos ainda no descritas de reproduo sexual e embrionrias
bilaterians e codifica as protenas do citoesqueleto vinculador (paxilina, vincudesenvolvimento (. Fig. Complementar 9.1).
lin, Talin e um e b-catenina) que ajudam a organizar a actina cytoskeTem sido sugerido que Trichoplax um "fssil vivo" relquia de um
letn e / ou a transduo de sinais em outros eumetazoans (Fig. 4d).
fase inicial de evolution9 animal, 44. Pelo menos a partir de uma perspectiva
Da mesma forma, os componentes proteicos (quinase de adeso focal (FAK),
genmico
paxilina
Trichoplax mantm muitas caractersticas ancestrais de seu ltimo ancestral
e talina) que permitiria a dupla funo de b-catenina e integrina
comum
receptores na adeso e transduo de sinal (atravs de Wnt e
com cnidrios e bilaterians, que viveu no Pr-Cambriano. O
Sinalizao FAK, respectivamente) so codificados pelo genoma. Enzima medida em que a fisiologia, comportamento e histria de vida de placozofamlias conhecidas para modificar componentes da MEC e / ou sinalizaoans mantm caractersticas primitivas ainda no est claro. Com o genoma
toupeiralado, um interesse renovado este animal "simples" com um genoma complexo
lculas na matriz, tais como lisil-oxidases, a ADAM-metallopro
vai acrescentar nossa apreciao da diversidade animal e talvez rendimento
teases (incluindo a famlia de TACE) e a metaloprotease TIMP
conhecimentos
fundamentais sobre evoluo inicial dos animais.
MTODOS RESUMO
inibidor tambm esto presentes.
Mtodos detalhados esto descritos na Informao Complementar. O genoma
Clulas sexuais e germinativas
montagem, seqncias modelo gene, protenas previstos e clusters de ESTs e
Dadas as antigas origens eucariticas de meiosis43, a produo de
sequncias podem ser baixados do site da JGI http://www.jgi.doe.gov/triocitos por putativos Trichoplax2, e inferncia de recombinao em
choplax. Exibio do navegador da seqncia do genoma, incluindo previses de genes
populaes14 selvagem, no surpreendente que a meiose-assoce EST e alinhamentos de protenas homlogas, tambm esto disponveis neste site. O
iated genes so encontrados no genoma (Tabela Complementar 9,1).
dados da seqncia foram depositados em DDBJ / EMBL / GenBank como adeso nber ABGP00000000.
Trichoplax tem um ortlogo da nanos protena zinc-finger e
um membro da famlia vasa/PL10 de helicases de DEAD-box, como tambm
homlogos de nashi mago, PAR-1, pumilio e Tudor, que so todos
Mtodos completa e quaisquer referncias associadas esto disponveis na verso on-line de
implicada no desenvolvimento de clulas germinativas primrio em
o papel em www.nature.com / nature.
eumetazoans.
Embora estes resultados indicam que Trichoplax tem o mesmo gentico
ferramentas que cnidrios e bilaterians usar para separar a linha germinal, Recebido 04 de dezembro; aceito 23 de junho de 2008.
mais estudos para documentar a expresso e as funes destes
1. Schulze, F. E. Adhaerens Trichoplax, novembro gen., novembro spec. Zool. Anz. 6, 92-97
genes so necessrios para verificar a formao germinal em Placozoans. 2. (1883).

Grell, K. G. & Ruthmann, A. Placozoa, Porifera, Cnidaria e Ctenophora (Eds

Harrison, FW e Westfall, JA) 13-27 (Wiley-Liss, 1991).
Pearse, V. B. Crescimento e comportamento de Adhaerens Trichoplax: primeiro registro para o
Concluses
filo Placozoa no Hava. Pacif. Sci. 43, 117-121 (1989).
Nossas anlises de todo o genoma so consistentes com Placozoans sendo
4. o Maruyama, YK Ocorrncia no campo de um longo prazo, durante todo o ano, estvel
mais antiga filo eumetazoan divergentes, ou seja, o grupo da irm ao
populao de Placozoans. Biol. Touro. 206, 55-60 (2004).
clade cnidrios-bilaterian. Embora no possamos excluir formalmente um 5. Voigt, O. et ai. Placozoa-deixou de ser um filo de um. Curr. Biol. 14, R944-R945
(2004).
posio mais basal, a nossa anlise rejeita a derivao de Placozoans
Pearse, VB & Voigt, biologia O. Campo de Placozoans (Trichoplax): distribuio,
6. diversidade, interaes biticas. Integr. Comp. Biol. 47, 677-692 (2007).
a partir de dentro ou cnidrios bilaterians. Outros estudos (incluindo
seqncias extras, idealmente de genomas inteiros) sero necessrios para Signorovitch, AY, Dellaporta, SL & Buss, placozoan LW Caribe
7. filogeografia. Biol. Touro. 211, 149-156 (2006).
testar
Grell, K. G. Adhaerens Trichoplax, Und F.E. Schulze morrer Entstehung der Metazoen.
esta hiptese filogentica.
8. Naturwiss. Rundsch. 24, 160-161 (1971).
Embora Trichoplax tem um genoma compacto em relao aos vertebrados
Schierwater, B. Meu animal favorito, Adhaerens Trichoplax. BioEssays 27, 1294-1302
e muitos outros animais, ns achamos que ela no experimentou o mesmo
(2005).
9.
3.

grau de perda de intron e rearranjo genmico como outros pequenos

959
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ARTIGOS

NATUREZA

10. Ruthmann, A., Behrendt, G. & Wahl, R. O epitlio ventral Trichoplax

33. Martinelli, C. & Spring, J. padres de expresso distintos dos dois T-box
adhaerens (Placozoa): estruturas Citoesqueletal, contatos celulares e endocitose.
homlogos Brachyury e Tbx2 / 3 no placozoan Adhaerens Trichoplax. Dev.
Zoomorphology 106, 115-112 (1986).
Genes Evol. 213, 492-499 (2003).
11. Wenderoth, H. Transepitelial cytophagy pela Adhaerens Trichoplax F. E. Schulze
34. Lee, PN, Kumburegama, S., Marlow, HQ, Martindale, MQ & Wikramanayake,
(Placozoa) alimentando-se de fungos. Z. Naturforsch. 41C, 343-347 (1986).
AH potencial de desenvolvimento assimtrico ao longo do eixo animal vegetal na
12. Grell, K. G. Eibildung und Furchung von Adhaerens Trichoplax F. E. Schulze
anthozoan cnidrios, Nematostella vectensis, mediada por Dishevelled. Dev. Biol.
(Placozoa). Z. Morph. Tiere 73, 297-314 (1972).
310, 169-186 (2007).
13. Grell, KG & Benwitz, G. Erganzende zur Untersuchungen ultrastruktur
35. Adamska, M. et ai. Wnt e TGF-b expresso na esponja Amphimedon
von
queenslandica ea origem da modelagem embrionria metazoan. PLoS ONE 2,
Adhaerens Trichoplax F.E. Schulze (Placozoa). Zoomorphology 98, 47-67 (1981).
E1031 (2007).
14. Signorovitch, AY, Dellaporta, SL & Buss, assinaturas LW moleculares para o sexo em 36. Matus, DQ, Thomsen, GH & Martindale, MQ dorso / ventral genes so
o Placozoa. Proc. Natl Acad. Sci. EUA 102, 15.518-15.522 (2005).
assimetricamente expresso e envolvido em germe-layer demarcao durante
15. Ponte, D., Cunningham, CW, Desalle, R. & Buss, relaes de nvel de classe LW
gastrulao cnidrios. Curr. Biol. 16, 499-505 (2006).
no filo Cnidaria: evidncias moleculares e morfolgicas. Mol. Biol. Evol. 12,
37. Adamska, M. et ai. A origem evolutiva das protenas Hedgehog. Curr. Biol. 17,
679-689 (1995).
R836-R837 (2007).
16 Collins, AG Avaliando vrias hipteses alternativas para a origem da Bilateria.:
38. Nichols, SA, Dirks, W., Pearse, JS & King, N. evoluo precoce da clula animal
uma anlise da evidncia molecular de rRNA 18S. Proc. Natl Acad. Sci. EUA 95,
genes de sinalizao e de adeso. Proc. Natl Acad. Sci. EUA 103, 12451-12456 (2006).
15.458-15.463 (1998).
39. Muller WE & Schacke, H. Caracterizao do receptor de protena-tirosina
. 17 Ender, A. & Schierwater, B. Placozoa no so derivadas cnidrios: evidncias de
gene da quinase a partir da esponja marinha Cydonium Geodia. Prog. Mol. Subcell. Biol. 17,
morfologia molecular. Mol. Biol. Evol. 20, 130-134 (2003).
183-208 (1996).
18. Da Silva, FB, Muschner, VC & Bonatto, SL posio filogentica de Placozoa
40. Schuchert, P. Adhaerens Trichoplax (Filo Placozoa) tem clulas que reagem com
com base na grande subunidade (LSU) e pequena subunidade (SSU) rRNA genes. Genet. Mol.
anticorpos contra o RFamide neuropeptdeo. Acta Zool. 74, 115-117 (1993).
Biol. 30, 127-132 (2007).
41. Risinger, C. et ai. Conservao evolutiva da protena associada a sinaptossomas
19. Dellaporta, S. L. et ai. Genoma mitocondrial de Adhaerens Trichoplax suportes
25 kDa (SNAP-25), mostrado pela Drosophila e Torpedo Os clones de cDNA. J. Biol. Chem.
Placozoa como o basal inferior filo metazoan. Proc. Natl Acad. Sci. EUA 103,
268, 24.408-24.414 (1993).
8751-8756 (2006).
42. Sakarya, O. et ai. Um andaime de ps-sinptica na origem do reino animal.
20. Signorovitch, AY, Buss, LW & Dellaporta, SL genmica comparativa de grande
PLoS ONE 2, e506 (2007).
mitocndrias nas Placozoans. PLoS Genet. 3, e13 (2007).
43. Ramesh, MA, Malik, SB & Logsdon, JM Jr. Um inventrio de filogenmica
21. Ruiz-Trillo, I., Roger, AJ, Burger, G., Gray, MW & Lang, BF A filogenmica
genes meiose; evidncia de sexo em Giardia e uma origem eucaritica incio da meiose.
investigao sobre a origem dos Metazoa. Mol. Biol. Evol. 25, 664-672 (2008).
Curr. Biol. 15, 185-191 (2005).
22. Weber, JL & Myers, EW Human todo o genoma espingarda seqenciamento. Genoma 44. Butschli, O. Bemerkungen zur Gastraeatheorie. Morph. Jahrb. 9, 415-427 (1884).
Res. 7, 401-409 (1997).
45 Syed, T. & Schierwater, B. A evoluo do Placozoa:. Uma nova morfolgica
23. Putnam, N.H. et ai. Genoma Anemone revela gene ancestral eumetazoan
modelo. Senckenbergiana Lethaea 82, 259-270 (2002).
repertrio e organizao genmica. Cincia 317, 86-94 (2007).
46. Erwin, DH & Davidson, EH O ltimo ancestral comum bilaterian. Desenvolvimento
24. Haen, KM, Lang, BF, Pomponi, SA & Lavrov, esponjas DV vidro e
129, 3021-3032 (2002).
animais bilaterian partilham caractersticas genmicas mitocondriais derivados: a comum
ascendncia ou evoluo paralela? Mol. Biol. Evol. 24, 1518-1527 (2007).
25. Lavrov, DV, esquea, L., Kelly, M. & Lang, BF mitocondriais genomas de dois
demosponges fornecer insights sobre um estgio inicial da evoluo animal. Mol. Biol.
Evol. 22, 1231-1239 (2005).
26. Renwick, JH O mapeamento dos cromossomos humanos. Anu. Rev. Genet. 5, 81-120 Informaes Complementares est ligado verso online do papel na
(1971).
www.nature.com / nature.
27. Putnam, N.H. et ai. O genoma do anfioxo e da evoluo do cordados
karyotope. Natureza 453, 1064-1071 (2008).
Agradecimentos Este trabalho foi realizado sob os auspcios dos EUA
28. Jakob, W. et ai. O Trox-2 Hox / ParaHox gene de Trichoplax (Placozoa) marca um
Departamento do Escritrio de Cincia, Investigao Biolgica e Ambiental da Energia
fronteira epitelial. Dev. Genes Evol. 214, 170-175 (2004).
Programa e pela Universidade da Califrnia, Lawrence Livermore National
29. Hadrys, T., DeSalle, R., Sagasser, S., Fisher, N. & Schierwater, B. Trichoplax
Laboratory, Laboratrio Nacional Lawrence Berkeley e Los Alamos National
PaxB gene: um gene putativo Proto-PaxA/B/C anterior origem do nervo e
Laboratory. O Centro de Genmica Integrativa apoiado por uma bolsa da
clulas sensoriais. Mol. Biol. Evol. 22, 1569-1578 (2005).
Fundao Gordon e Betty Moore. D.S.R. reconhece o apoio de
30. Monteiro, AS, Schierwater, B., Dellaporta, SL & Holland, PW A baixa diversidade de
R. A. Melmon. L.W.B., S.L.D. e M.A.M. foram apoiados pela National Science
Genes homeobox classe ANTP em Placozoa. Evol. Dev. 8, 174-182 (2006).
Fundao. B.S. reconhece o apoio da Fundao Alem de Cincia.
31. Martinelli, C. & Primavera, J. padro de expresso do gene homeobox No no
S.L.D. e B.S. tambm reconhecer o apoio do Programa Cincia Fronteiras humano de.
metazoan basal Adhaerens Trichoplax. Gene Expr. Padres 4, 443-447 (2004).
32. Schierwater, B. et ai. O ancestral repertrio gene Antp: Insights do
genoma placozoan. PLoS ONE (No prelo).
Informao sobre o autor Este documento distribudo sob os termos da Creative
Commons Atribuio-Uso No-Comercial-Compartilhamento pela mesma Licena, e est
disponvel gratuitamente
a todos os leitores em www.nature.com / nature. As sequncias geradas no presente estudo
Esto disponveis no GenBank com o nmero de adeso ABGP00000000.
Reprints e permisses de informao est disponvel em www.nature.com / reimpresses.
Correspondncia e pedidos de materiais devero ser dirigidas ao MS
(Msrivast@berkeley.edu) ou D.S.R. (Dsrokhsar@yahoo.com).

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doi: 10.1038/nature07191

MTODOS
Uma descrio detalhada dos mtodos utilizados neste estudo, pode ser encontrado na
Informaes Complementares.
Seqenciamento do genoma. O ADN genmico foi tosquiada e clonado em plasmdeo e
vetores fosmid para todo o genoma seqenciamento shotgun como described47. Os dados
foram montados usando liberao 2.10.6 de Jazz, um assembler47 WGS. O Trichoplax
83 montagem e anlise dos dados preliminares pode ser baixado a partir de http://
www.jgi.doe.gov / Trichoplax e foi depositado em DDBJ / EMBL / GenBank
sob nmero de acesso ABGP00000000.
Previso Gene e anotao. O gasoduto anotao JGI levou andaimes,
repeties e ESTs como entradas e modelos de genes produzidos e outros recursos que
so
armazenadas em um banco de dados relacional. Os dados podem ser acessados
publicamente atravs do JGI
genoma portal em http://www.jgi.doe.gov/trichoplax. Pr-gene de codificao de protenas
jurisdies so depositados em DDBJ / EMBL / GenBank como ABGP00000000 adeso.
Mtodos filogenticos. Cento e quatro de cpia nica genes ortlogos
de nove genomas foram alinhadas usando parmetros padro usando tanto
CLUSTALW48 e MUSCLE49 e regies mal alinhados foram excludos usando
Gblocks, rendendo 6,783 posies de aminocidos alinhadas. As anlises filogenticas
foram
realizados utilizando inferncia Bayesiana, mxima verossimilhana com inicializao e
mxima parcimnia com bootstrap utilizando MrBayes50, PHYML51 e PAUP52
respectivamente. Seqncias ribossomais (18S, 5.8S e 28S) foram adicionados ao nuclear
conjunto de dados e analisados de forma independente utilizando mxima parcimnia com
inicializao.
Topologias de probabilidade alternativas foram testadas e TREEPUZZLE53
CONSEL54.
Identificao de Trichoplax ortlogos de genes bilaterian especficos. Uma lista de
Trichoplax modelos de genes anotados com PANTHER escondido models55 Markov ou
Pfam domains56 foi analisado para genes envolvidos em vrios processos biolgicos
em bilaterians. Em muitos casos, Trichoplax ortlogos de genes bilaterian foram
identificado por BLAST contra a Trichoplax montagem. Os genes resultantes foram
analisada por BLAST contra a base de dados de protenas no redundante, PFAM
composio de domnio e rvores filogenticas para determinar ortologia ao verconsulta tebrate.

47. Aparicio, S. et ai. Montagem espingarda genoma inteiro e anlise do genoma

Fugu rubripes. Cincia 297, 1301-1310 (2002).
. 48 Thompson, JD, Higgins, DG & Gibson, TJ CLUSTAL W: melhorar a
sensibilidade do progressivo alinhamento de sequncias mltiplas atravs de seqncia
ponderao, as penalidades de gap e escolha matriz de pesos especficos de posio. Nucleic
Acids
Res. 22, 4673-4680 (1994).
49 Edgar, RC MSCULO:. Um mtodo de alinhamento de sequncias mltiplas com tempo
reduzido
e complexidade de espao. BMC Bioinformatics 5, 113 (2004).
. 50 Ronquist, F. & Huelsenbeck, JP MrBayes 3: inferncia filogentica Bayesiana
sob modelos mistos. Bioinformtica 19, 1572-1574 (2003).
51. Guindon, S. & Gascuel, O. Um algoritmo simples, rpido e preciso para estimar grande
filogenias por mxima verossimilhana. Syst. Biol. 52, 696-704 (2003).
52. Swofford, D. L. PAUP *. Anlise filogentica Usando Parcimnia (* e Outros
Mtodos), verso 4.0. (Sinauer Associates, 1999).
. 53 Schmidt, HA, Strimmer, K., Vingron, M. & von Haeseler, A. TREE-PUZZLE:
probabilidade anlise filogentica mximo usando quartetos e computao paralela.
Bioinformtica 18, 502-504 (2002).
. 54 Shimodaira, H. & Hasegawa, M. CONSEL: para avaliar a confiana dos
seleo rvore filogentica. Bioinformtica 17, 1246-1247 (2001).
55. Thomas, P. D. et ai. Panther: uma biblioteca de famlias de protenas e subfamlias
indexados por funo. Genome Res.. 13, 2129-2141 (2003).
56. Bateman, A. et ai. A base de dados Pfam famlias de protenas. Nucleic Acids Res. 32,
D138-D141 (2004).

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