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Ao avaliar um trecho do rio, a estrutura daquele habitat, pode-se replicar para toda
bacia hidrogrfica. Pode-se traar um perfil transversal desse trecho, dividindo-se em clulas
com medies de profundidade, velocidade, permetro molhado, nvel da gua e rea de cada
uma. Diante dessas informaes podemos calcular a vazo (profundidade x rugosidade x tipo
de substrato). Deve-se entender a variao que ocorre no trecho em relao ao nvel da gua
para saber as condies que a espcie passa na cheia e seca.
Para seleo de espcies que seriam um bom indicador devemos considerar alguns
requisitos como aqueles sugeridos por Bovee(1996): essa espcie deve ter importncia
ecolgica/econmica; deve ser nativo do local em estudo, adaptado s variaes sazonais que
sofre; deve-se ter informaes existentes sobre essa espcie. Entre outros, que podem ser pr
estabelecidos na metodologia, como: espcies devem ser distintas filogeneticamente para
que seu comportamento no se sobreponha; deve haver uma diversidade funcional: espcies
morfologicamente distintas/ comportamentos especficos; devem ser facilmente observadas
atravs de censo visual.
Os ndices de Aptido de Habitats (IAHs) para as espcies podem ser obtidos a partir de
3 diferentes categorias (Bovee et al. 1986): I- Critrios de especialistas; II-Anlises de
frequncia das caractersticas do microhabitat usado pelos indivduos; III- Baseia-se na aptido
da espcie ajustada pelo uso e disponibilidade de microhabitat.
Desse modo, para simular o habitat fsico devemos considerar os dados topogrficos e
as preferncias da espcie. Ou seja, diante da relao entre a rea do habitat e a vazo, isso
nos diz quanto cada espcies utiliza do trecho que foi pr selecionado, estimando assim o valor
de vazo ecolgica. A superfcie ponderada utilizvel (SPU) compreende o que a espcie usa
dentro do trecho que foi medido. 80% do SPU mxima para as espcies cumpre ou supera o
indicado para a obteno de um habitat timo para estas espcies.
De forma geral, podemos dizer que onde h menor degradao ambiental encontra-se
mais espcies nativas e txons especficos, os peixes nesse caso so especialistas trficos.
Enquanto que no ambiente que haja maior degradao, h maior concentrao de espcies
tolerantes e hbridas.
O princpio da assimetria flutuante nos diz que peixes mais simtricos sofrem menos
estresse do ambiente. Critrio para saber qual espcie seria uma boa sentinela em
determinado local devemos observar qual rea de criao, de desova e de populao adulta.
Na baa de Guanabara, por exemplo, a sardinha juvenil mais encontrada na rea de criao
enquanto que o adulto encontrado mais na rea ocenica. As espcies mudam sua
concentrao ao longo dos locais. O ndice de atividade reprodutiva (IAR) nos possibilita quais
locais so importantes como berrios, quais possuem mais indivduos adultos.
Algumas espcies so mais tolerantes e outras mais sensveis s reas perturbadas, mais
expostas com alto hidrodinamismo. Quanto aos indicadores da estrutura de comunidade, a
composio muitas vezes pode ser pelas mesmas espcies, no entanto a estrutura, a riqueza
de cada espcie pode ser diferente.