24/04/2018 Cálculo da área de folhas com MATLAB

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Danilo R. Vieira | Oceanógrafo

Aqui estão algumas das coisas que eu aprendi, descobri ou fiz (por obrigação ou por diversão). Espero que encontre algo que seja útil para você.

MATLAB → Manipulação e análise de imagens

Cálculo da área de folhas com MATLAB

Neste exemplo você verá como obter a área de folhas de uma forma prática, sem a necessidade de contar quadradinhos em papel quadriculado (quem já cursou PPM sabe do que se trata…).

Conteúdo
Começando…
Falta algo…
Agora vamos trabalhar
Finalmente as áreas
Apresentação dos dados
Observações
Comentários e dúvidas dos visitantes

Começando…
Primeiro você precisa de uma foto das folhas e tem que haver uma escala na foto, senão não serve. Eu tenho aqui a foto de folhas de Laguncularia sp. e a escala é o papel milimetrado no fundo.

Começamos abrindo a foto, mas antes esvaziamos o ambiente de trabalho.

clear all; close all; clc;

folhas = imread('original.jpg');
imshow(folhas);

Warning: Image is too big to fit on screen; displaying at 25%

Falta algo…
Não dá para obter a área do jeito que a foto está, ele deve estar em preto e branco (só preto e branco, não confunda com escala de cinza) e com o mínimo possível de elementos a mais. Dá para
fazer tudo isso direto no MATLAB, mas eu tenho PhotoShop e preguiça, então editei lá mesmo.

Vou abrir a imagem certa.

folhas = imread('editada.png');
imshow(folhas);

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24/04/2018 Cálculo da área de folhas com MATLAB

esta está certa e eu já marquei um quadrado com 1cm de lado que será minha referência.

Ainda assim, o MATLAB abre a foto como uma matriz tridimensional (largura, altura e canal RGB), mas as funções que usaremos a seguir trabalham com preto e branco puro.

Então removeremos os canais RGB: primeiro juntamos tudo em escala de cinza.

I = rgb2gray(folhas);

e em seguida em preto e branco puro

threshold = graythresh(I);
bw = im2bw(I,threshold);

Agora vamos trabalhar

Agora que temos só o que interessa da imagem, podemos obter o contorno das folhas e de nosso quadrado de referência.

[B,L] = bwboundaries(bw);

Eu quero que cada folha apareça de uma cor, então escolhi o colormap jet e especifiquei que ele deve ser distribuido pelos objetos encontrados pela função bwboundaries (repare que o L aparece aí
de novo).

imshow(label2rgb(L, @jet, [.5 .5 .5]));

Agora basta plotar os contornos das folhas, um de cada vez. Repare que aqui usamos o B que a bwboundaries nos deu, ele representa o limite de cada objeto encontrado. Repare que B é um array de
cell, então acessa-se o conteúdo de seus elementos com chaves e não com parênteses.

hold on
for k = 1:length(B)
boundary = B{k};
plot(boundary(:,2), boundary(:,1), 'black', 'LineWidth', 2)
end

Finalmente as áreas
Um comando e pronto…

stats = regionprops(L,'Area');

Apresentação dos dados

Agora é só colocar os números sobre a figura e terminamos.

for k = 1:length(B)
% obtem (X,Y) do contorno k
boundary = B{k};
% A área do contorno k
area = stats(k).Area;
% o resto é óbvio, né?
area_string = sprintf('%.0f',area);
text(boundary(1,2)+5,boundary(1,1)+13,area_string,...

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24/04/2018 Cálculo da área de folhas com MATLAB
'Color','white',...
'FontSize',8,...
'FontWeight','bold',...
'BackgroundColor','black',...
'FontName','Times');
end

hold off

Observações
O mais importante é destacar que a área está em pixels, e, para converter de pixels para centímetros quadrados, basta usar a área em pixels da referência (no meu caso, 441). Como a minha
referência era um quadrado de um centímetro de lado, eu apenas dividi todos os valores em pixels por 441 e obtive áreas em centímetros quadrados.

Você pode reparar que o MATLAB obteve as áreas dos buracos também, mas você não precisa se preocupar com elas, a área da folha que aparece já desconta os buracos.

Danilo R. Vieira | Oceanógrafo

© 2011–2018

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