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7ª Aula:

TAXONOMIA E IDENTIFICAÇÃO DE
MICRORGANISMOS

Sónia Mendo
Qual das seguintes moléculas
surgiu primeiro?

Sónia Mendo
Hipótese do “Mundo do RNA”

Quebra de ligações fosfodiéster


e catalisa reacções bioquímicas

Molécula autoreplicativa

Lipossomas contendo RNA

Probionte: RNA encerrado


numa vesícula lipídica

Sónia Mendo
Relações evolutivas entre os diferentes organismos só foi possível por comparação
de seq. nt e de aa.

Só 1% dos MO são cultiváveis Sónia Mendo


OS TRÊS DOMÍNIOS
Bacteria Eukarya

1 RNase simples, DNA dependente 3 RNases complexas, DNA-dependentes


mRNA policistrónico mRNA policistrónico
Lípidos da memb.
com ligações
éster

Componentes de
fluxo de informação
Genes comuns
Genes em comun
Hi
p. ATPase
da
fu
sã Paredes sem peptidoglucano
o
de Lípidos da memb. com ligações éter
ge
no
m tRNA sem timina
as
RNA pol. diferentes
Ribossomas de composição e forma
diferentes
1 RNase simples, DNA dependente
mRNA policistrónico Ramo Bacteria

Archae

Sónia Mendo
Divergência evolutiva

RNA ribossomal como


cronómetro evolutivo

RNA ribossomal 16S


Molécula ubíqua em todos os organismos
Funcionalmente homóloga Norman Pace
Moderadamente conservada
* Análise da sequência nucletídica dos genes do rRNA 18S eSónia
16S Mendo
PROCARIOTAS

16S 5S 23S

V6

EUCARIOTAS
18S 5.8S 25/28S

ITS2 D2

Sónia Mendo
TAXONOMIA MICROBIANA
S. Flexneri serotipo 2a estirpe 2457T

S. flexneri S. dysenteriae

Enterobacter Escherichia Klebsiella Proteus Salmonella Serratia Shigella

Enterobacteriaceae

Legionellales, Pseudomonadales, Vibrionales, Enterobacteriales

, β, γ, δ, ε -Proteobacteria

Proteobacteria

Bacteria

Sónia Mendo
TAXONOMIA

Classificação Nomenclatura Identificação

Sónia Mendo
CLASSIFICAÇÃO/Identificação
DE
MICRORGANISMOS

FENÉTICA FILOGENÉTICA

GENOTÍPICA
Genomas >70% homologia: mesma espécie

» 97%: mesma espécie

Sónia Mendo
MÉTODOS FENOTÍPICOS (características expressas pelos
microrganismos) ?
Morfologia
?

Biotipagem (perfis enzimáticos, fenótipos bioquímicos e fisiológicos, antibiogramas,


fagotipagem, análise de proteínas)

Sónia Mendo
Sónia Mendo
Sónia Mendo
VITEK® 2

Sónia Mendo
MÉTODOS GENOTÍPICOS (envolvem a análise de
ácidos nucleícos)
Permitem um elevado índice de descriminação e fiabilidade na diferenciação de
estirpes
Análise de plamídeos
Perfil de restrição de DNA genómico
Análise por hibridação

Sónia Mendo
TAXONOMIA CONVENCIONAL DE MO

Conteúdo G+C
• G+C/A+T+C+G x100%
– Varia entre 20-80% entre procariotas

Hibridação DNA:DNA

Sónia Mendo
OUTRAS METODOLOGIAS: DNA “fingerprinting”

Ribotipagem

PFGE

Outros métodos baseados na técnica de PCR


Sónia Mendo
O QUE É A PCR ? Qual a sua aplicação?

Sónia Mendo
Análise de ácidos gordos

Identificação do MO
Derivatizar para formar
Ésteres de metilo

Comparar o padrão
Gromatografia dos picos com padrões
gasosa das bases de dados

Sónia Mendo
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Sónia Mendo
Análise molecular de comunidades
METAGENÓMICA

Comunidade
microbiana
Extracção de DNA

DNA da comunidade total

PCR genes 16S rRNA

Clones de DNA ribossomal

Determinação da sequência nucleotídica e


construção da árvore filogenética/dendrograma

Sónia Mendo
Identificação de microrganismos

PCR genes 16S rRNA

Determinação da sequência nucleotídica

Comparação com sequências depositadas


Nas bases de dados

Identificação do MO

Sónia Mendo
Sónia Mendo
MANUAL BERGEY´S DE BACTERIOLOGIA
1ª ed.1984 ...9ª ed.

CLASSIFICAÇÃO FENÉTICA CLASSIFICAÇÃO FILOGENÉTICA

Sónia Mendo