UNIVERSIDADE FEDERAL DO PIAUÍ

CAMPUS DE PARNAÍBA
CURSO DE BIOMEDICINA
Disciplina: BIOINFORMÁTICA
Prof. Jefferson Soares de Oliveira

Resumo aula: Bancos de Dados – Parte I

O desenvolvimento dos bancos de dados Biológicos teve por objetivo armazenar,

concentrar e disponibilizar a grande quantidade de informações (Ex. sequências de proteínas e
nucleotídeos) obtidas por laboratórios de pesquisa e institutos de ensino em todo mundo. Os
três maiores bancos de dados de arquivamento mundial são o National Center for
Biotechnology Information (NCBI), o European Bioinformatics Institute (EBI) e o DNA Data Bank
of Japan (DDBJ). O NCBI é um banco de dados americano e foi criado 1988, incorporando o
GenBank, um banco de dados de sequências de nucleotídeos criado 1982 que armazenava
resultados de pesquisas realizadas por institutos americanos. Os japoneses criaram o DDBJ no
ano de 1986 enquanto que o EBI foi tornado público no ano de 1997 pela comunidade
europeia. Atualmente, todos os dados relacionados à sequências de nucleotídeos são
compartilhados entre os três bancos de dados através de um acordo de colaboração
internacional (International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Assim, um
pesquisador pode recorrer a qualquer um dos três bancos de dados para depósito ou obtenção
de sequências.
Em nossa disciplina será dado ênfase ao banco de dados americano. No entanto, em
alguns momentos iremos recorre a ferramentas disponíveis nos demais bancos de dados. O
NBCI é um banco de dados de arquivamento mundial que tem por missão armazenar
informações relacionadas ao entendimento da natureza através da elegante linguagem
molecular das células vivas. O NCBI gerencia outros bancos de dados que armazenam as mais
diversas informações, como por, o PubMed que é um banco de dados de literatura científica na
área médica; RefSeqGene, que é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de
referência; o SNP, um banco de dados de variações polimórficas, dentre outros. Em nossas
aulas, iremos explorar estes e outros bancos de dados, analisando de que maneira estes
poderiam solucionar questões comumente enfrentadas por pesquisadores, profissionais e
estudantes da área da saúde.
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CAMPUS DE PARNAÍBA
CURSO DE BIOMEDICINA
Disciplina: BIOINFORMÁTICA
Prof. Jefferson Soares de Oliveira

Roteiro de atividades da Aula Pratica: Bancos de Dados – Parte I

Acesse o National Center for Biotecnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) e

responda as questões a seguir:

1- Realize uma busca pelo termo “topoisomerase” utilizando a opção “All Databases” e indique
quantos resultados são apresentados para os bancos de dados:
a) PubMed
b) Nucleotide
c) Protein
d) SNP
e) Gene
f) OMIM

2 – Cite, de forma completa, os cinco artigos publicados sobre o tema “topoisomerase” que se
encontram presentes no Banco de dados PubMed. Informe também seus respectivos números
de acessos.

3 – Cite 05 (cinco) espécies diferentes em que foi identificada a presença do Gene da

topoisomerase.

4 – Na página inicial do NCBI acesse os links indicados e presentes na barra lateral esquerda e
apresente as informações resumidas contidas em cada banco de dados solicitado:
a) DNA & RNA
1 – GenBank:
2 – RefSeqGene:

b) Gene & Expression

1 – Gene:
2 – Genes e Disease:
3 – OMIM:

c) Genetics & Medicine

1 – Genetic Testing Registry:
2 – PubMed: