Com a rebelião os escravos passaram a se organizar e a lutar contra as tropas francesas
que estavam na região. A força desse movimento e os desdobramentos da Revolução Francesa resultaram na abolição da escravidão em todas as colônias francesas incluindo o São Domingos em 1794. Todo ódio guardado por anos levou os haitianos a cometerem atos violentos contra os franceses. Nesse período, os haitianos foram liderados por Toussaint. Em 1801 Napoleão Bonaparte comandou uma expedição para São Domingos para controlar a situação e restabelecer o sistema escravista que havia sido abolido. Além de controlar a situação as tropas francesas capturaram Toussaint, e o mantiveram preso na França até sua morte.