Os contaminantes gerados no refino do petróleo são, em geral, compostos orgânicos
voláteis (COV), monóxido de carbono (CO), dióxido de carbono (CO2), óxidos de enxofre (SOx), óxidos de nitrogênio (NOx), entre outros. Também são encontrados vários compostos tóxicos, como os BTEX (benzeno, tolueno, etilbenzeno e xileno), e outros menos tóxicos, como metano e outros combustíveis leves. Podem estar presentes em efluentes sólidos, líquidos e gasosos, mas estão presentes em maior número nos gasosos, por conta da dificuldade para tratar. Tais emissões são controladas por leis ambientais, as quais regem o lançamento dessas substâncias no meio ambiente exigem o controle de substâncias danosas ao meio ambiente. O custo para tal controle é de aproximadamente 15 a 20% do investimento total de uma refinaria nova. Esse controle é fundamental para o próprio meio ambiente e para a empresa, por conta da imagem pública dessa empresa e a consequente valorização no mercado. Por isso, os rejeitos da indústria estão declinando em número a cada ano. Em geral, as emissões gasosas estão relacionadas a uma das seguintes classes: queima de combustíveis, processos específicos (como, por exemplo, queima de coque no gerador do FCC), queima de efluentes para tochas e emissões fugitivas. Por conta da alta demanda energética nos processos de refino, mais de 60% das emissões atmosféricas estão relacionadas à produção de energia. Os geradores de energia elétrica, os fornos, as caldeiras e os regeneradores de catalisador são as principais fontes de emissões gasosas de CO, CO2, NOx e SOx (que também são emitidas pelas unidades de recuperação de enxofre e tochas) e materiais particulados (que também são emitidos pelas trocas de inventário de catalisadores e pelo descoqueamento de tambores de coque). Além desses, há outras substâncias que são liberadas, como os COVs e outros gases tóxicos e não tóxicos. Os métodos de abatimento do NOx podem ser classificados em de pré-combustão (preventivos) ou pós-combustão (corretivos). As técnicas de abatimento de emissões de particulados se dividem em técnicas secas, a exemplo dos ciclones, filtros e eletrofiltros, técnicas úmidas, entre elas os coletores úmidos e os lavradores e combinações dos dois tipos. As emissões de SOx podem ser reduzidas por tratamento com aminas do gás combustível para redução de H2S e aumento da eficiência da unidade de recuperação de enxofre. Também podem ser aplicadas técnicas de abatimento para dessulfurizar os gases de combustão. O controle das emissões fugitivas de COV envolve a minimização de vazamentos, a adoção de boas práticas de operação e manutenção, a cobertura de áreas contendo óleo e o controle de emissões através dos respiros de tanques. A água é intensamente utilizada em uma refinaria, gerando efluentes com substâncias contaminantes, o que aumenta a demanda de oxigênio no tratamento. Essas águas são tratadas em instalações de tratamento e depois descartadas em corpos d'água. O tratamento consiste em alterar a composição física e/ou química da água para o descarte ou reuso de acordo com a legislação ambiental. As águas residuais podem se originar de águas de processo, purga da água de resfriamento, água de lastro e água de lavagem de equipamentos e de áreas de processo e água de chuva. O objetivo do tratamento de águas residuais é remover óleo livre e hidrocarbonetos dispersos ou dissolvidos, sólidos suspensos, BTEX, fenol e outros compostos específicos. A purificação da água residual é baseada em técnicas dedicadas à separação do óleo e dos sólidos suspensos e na remoção dos compostos dissolvidos. Os tratamentos de água podem ser classificados como primários, secundários ou terciários. O tratamento primário tem como objetivo principal a remoção de sólidos suspensos e óleos, assim como equalizar e neutralizar o efluente, que segue depois para o tratamento biológico. O tratamento secundário tem como objetivo principal a degradação microbiológica da matéria orgânica solúvel e amônia pela ação de micro-organismos. A degradação da matéria orgânica gera CO2, enquanto a degradação da amônia produz nitritos e nitratos, que podem ser convertidos em nitrogênio no próprio tratamento secundário, se houver uma etapa de desnitrificação. O tratamento terciário é realizado, se necessário, após o tratamento secundário e tem por objetivo a adequação final do efluente, removendo contaminantes ainda presentes. Esse tratamento pode ser físico, químico, físico-químico ou biológico. Os resíduos sólidos são definidos como resíduos no estado sólido e semissólido, e são classificados como perigosos (classe I), não perigosos (classe II), não inertes (classe II A) e inertes (classe II B).