I NSTITUTO F EDERAL DE E DUCAÇÃO , C IÊNCIA E T ECNOLOGIA DA PARAÍBA

P RÓ -R EITORIA DE P ESQUISA I NOVAÇÃO E P ÓS -G RADUAÇÃO

P ROGRAMA I NSTITUCIONAL DE B OLSAS DE I NICIAÇÃO C IENTIFICA – PIBIC

P ROJETO DE P ESQUISA

A NÁLISE SOBRE O I MPACTO DE

T OPOLOGIA R EGULAR DE A STRÓCITOS
EM UM S ISTEMA DE C OMUNICAÇÃO
M OLECULAR BASEADO EM S INALIZAÇÃO
DE S ÓDIO

J OÃO P ESSOA
– 2018 –
1 Formulação do Problema
O astrócito consiste em uma célula da glia responsável por uma ampla gama de fun-
ções complexas e importantes, relacionadas à manutenção da saúde do sistema nervoso central.
Essas funções incluem as funções primárias na transmissão sináptica e o processamento de
informações por circuitos neurais [4].
Os astrócitos são conhecidos por desempenhar papéis relevantes em numerosos proces-
sos de desenvolvimento e fisiologia do sistema nervoso central, como suporte trófico e metabó-
lico para neurônios, sobrevivência, diferenciação neuronal e orientação neuronal. Eles também
são elementos-chave na homeostase cerebral, regulando as concentrações locais de íons e neu-
rotransmissores [14, 11, 15, 19].
A interação de células biológicas pode ser modelada como um sistema de comunica-
ções, favorecendo, dessa forma, novas aplicações em nanotecnologia e nanomedicina [9]. A
comunicação molecular, inclusive, tem sido recentemente estudada de forma intensa na área de
biologia sintética para projetar e desenvolver aplicações de Bio-TIC (tecnologias de informação
e comunicação) [21, 6, 20].
Os astrócitos são acoplados, uns aos outros, por meio das junções comunicantes. Po-
rém, diferentemente do que se considerava há alguns anos, os astrócitos não são acoplados com
apenas uma organização espacial rudimentar. Existe uma crescente evidência experimental de
que os astrócitos se organizam como uma rede com diferentes topologias de acoplamento das
junções comunicantes com propriedades mais dependentes da região. Por esse motivo existem
alguns estudos que sugerem que a variabilidade da topologia de acoplamento das junção comu-
nicantes podem desempenhar um papel importante na variabilidade na propagação das ondas
de cálcio intracelular [12].
Como a função neuronal se baseia, principalmente, nos sinais elétricos e os astrócitos
não são células eletricamente excitáveis, eles foram largamente negligenciados como células de
sinalização ao considerar a função da rede neuronal. No entanto, o uso de corantes fluorescentes
sensíveis ao Na+ , que monitora os níveis intracelulares de íons em células vivas, demonstrou
que os astrócitos podem funcionar como uma rede para acoplamento neurometabólico combi-
nado através de gerações de ondas intercelular de Na+ e ondas metabólicas [7].

2 Justificativa
Com o estudo da comunicação molecular, tem sido desenvolvido um novo paradigma
para a engenharia de comunicação e a engenharia de redes, a Internet das Bio-Nano Coisas
(do inglês, Internet of Bio-NanoThings, IoBNT), que faz uma analogia entre as operações e os
elementos de uma célula biológica (execução de instruções baseadas em DNA, o processamento
bioquímico de dados, a energia química provida pelas proteínas e a troca de informações através
da transmissão e recepção de moléculas) e um dispositivo de Internet das Coisas (execução de
instruções feitas pelo processador, o processamento dos dados feito pelo software, a fonte de
alimentação dos circuitos eletrônicos e os transceptores, que permitem o envio ou recepção de
informação) [1].
Sendo assim, a compreensão e análise completa do comportamento da sinalização Na+
como um sistema de comunicação sendo avaliado pela topologia de acoplamento de junções
comunicantes regular em rede de astrócitos, é um passo essencial para permitir uma variedade
de aplicações, tais como, comunicação de nanomáquinas, modelagem de doenças e desenvolvi-
mento de sistemas inteligentes de administração de medicamentos. Com esse conceito, espera-
se um considerável impacto na nanomedicina e assistência médica, uma vez que possibilitaria
o monitoramento e a atuação em nível molecular, tornando-se mais eficiente que os sistemas
atuais da nanomedicina [5].
As deficiências na sinalização dinâmica espaço-temporal de Na+ podem ser um indica-
tivo de numerosas doenças, o que inclui o câncer, a Alzheimer, a doença de Parkinson, dentre
outras. Portanto, a compreensão das características da comunicação entre astrócitos pode levar
a novas metodologias para a detecção precoce de doenças;
Outro exemplo na qual a comunicação molecular pode contribui é com as novas aborda-
gens de administração de medicamentos, que podem ser otimizadas através da compreensão do
desempenho da sinalização de Na+ e das propriedades das junções comunicantes, de modo que
quantidades ótimas de moléculas de medicamentos, para difundir em locais específicos (células
doentes), possam ser determinadas para o tratamento de doenças.

3 Fundamentação Teórica
Os conceitos utilizados para a elaboração desse trabalho serão apresentados como uma
síntese sobre o Astrócito, Conceito biológico da Sinalização de Na+ em astrócito, Topologia de
acoplamento de junções comunicantes em Redes de Astrócitos.

3.1 Astrócito
O cérebro é uma montagem de células organizadas em uma estrutura altamente refinada.
Sua função no organismo animal é processar a informação recebida do meio ambiente através
dos órgãos sensoriais, bem como de sua própria atividade, e elaborar diferentes respostas bio-
lógicas que são executadas pelos órgãos efetores (músculos e células da glândula). O sistema
nervoso é formado por dois grandes tipos celulares, os neurônios e as células gliais – ou células
da glia [2].
As células da glia estão presentes no sistema nervoso em um número de 10 a 50 vezes
maior em relação aos neurônios. No sistema nervoso periférico existem dois tipos de células da
glia, as células de Schwann e as células de satélite; enquanto no sistema nervoso central (SNC)
existem quatro tipos diferentes: oligodendrócitos, microglia, astrócitos e células ependimárias,
como é possível observar na Figura 1 [16].

Figura 1: Células glia do sistema nervoso central [16].

Os astrócitos são conhecidos por desempenhar papéis relevantes em numerosos proces-

sos de desenvolvimento e fisiologia do sistema nervoso central, como suporte trófico e metabó-
lico para neurônios, sobrevivência, diferenciação neuronal e orientação neuronal. Eles também
são elementos-chave na homeostase cerebral, regulando as concentrações locais de íons e neu-
rotransmissores [2] e no controle do fluxo sanguíneo cerebral [8].
Como a função neuronal se baseia, principalmente, nos sinais elétricos e os astrócitos
não são células eletricamente excitáveis, eles foram largamente negligenciados como células de
sinalização ao considerar a função da rede neuronal. No entanto, o uso de corantes fluorescentes
sensíveis ao Na+ , que monitora os níveis intracelulares de íons em células vivas, demonstrou
que os astrócitos podem funcionar como uma rede para acoplamento neurometabólico combi-
nado através de gerações de ondas intercelular de Na+ e ondas metabólicas [7].

3.2 Conceito biológico da Sinalização de Na+ em astrócito

Um processo particular de sinalização biológica proposto como base para a comunicação
molecular, que é encontrado na maioria dos sistemas multicelulares, é a sinalização de sódio
(Na+ ). A sinalização de Na+ é um processo de comunicação de curto alcance comumente usado
por células dentro de um tecido.
A sinalização intracelular resulta da estimulação interna que leva à geração, amplifica-
ção ou remoção das concentrações de Na+ citosólicas. A sinalização intercelular envolve a
propagação do Na+ citosólico em todo o tecido celular, por meio da difusão. A difusão de
íons Na+ é mediada por portas que ligam duas áreas citosólicas das células; essas portas são
denominadas junções comunicantes [13].
A sinalização intercelular de Na+ é central para vários fins fisiológicos e regulatórios
(por exemplo, crescimento e proliferação celular, fertilização, contração muscular, transmissão
neuronal, motilidade celular e diferenciação) [13].
3.3 Topologia de acoplamento de junções comunicantes em Redes de As-
trócitos
Assim como os neurônios, as interações de sinalização de astrócito-astrócito através do
acoplamento mediados por junções comunicantes podem ser modeladas como uma rede, onde
cada nó representa um astrócito (célula inteira) e as arestas representam as conexões mediadas
por junções comunicantes (os acoplamentos) existentes entre dois astrócitos [10].
Existe uma crescente evidência experimental de que os astrócitos se organizam como
uma rede com diferentes topologias de acoplamento das junções comunicantes com proprieda-
des mais dependentes da região. Portanto, para abordar a propagação de ondas de Na+ inter-
celular em condições realistas, pode-se aproximar as topologias de acoplamento das junções
comunicantes, existentes entre os astrócitos, iremos aproximar para uma de grau regular.
As redes de grau regular (do inglês,Regular Degree networks) são construídas acoplando
cada vértice da rede aos seus k vizinhos, espacialmente, mais próximos. Em geral, esses k
vértices mais próximos podem ser definidos pelo cálculo da distância euclidiana ou podem ser
definidos, simplesmente, mediante à geometria da rede. Cada vértice nessa rede é, portanto,
acoplado exatamente ao mesmo número de vértices (k). Na Figura 2 é apresentado um esquema
de acoplamento utilizado essa topologia para o caso em que k= 4 [18]

Figura 2: Ilustração dos acoplamentos em uma rede de grau regular [18].

4 Objetivos

Objetivo Geral
Desenvolver um algoritmo, na linguagem de Python, capaz de simular o processo de
sinalização de Na+ em um tecido celular tridimensional de astrócitos com topologia regular de
acoplamento das junções comunicantes em uma rede de astrócitos.

Objetivos Específicos
X Entender as características da comunicação baseada na sinalização de Na+ para fornecer
orientações na concepção de nanomáquinas que são capazes de controlar e estimular o
processo de sinalização intracelular para a comunicação.
 X Avaliar como é a comunicação entres os astrócitos.

X Buscar entender quais causas da falta de comunicação entre os astrócitos e o que pode
acarretar.

X Avaliar como é a propagação da informação nesse sistema proposto.

5 Metodologia

5.1 Algoritmo de Simulação da Sinalização de Na+

O algoritmo que será desenvolvido neste trabalho é baseado no algoritmo proposto em
Barros et al. 2015. O fluxograma do algoritmo desenvolvido está ilustrado na Figura 3.

Figura 3: Fluxograma do algoritmo de simulação de sinalização de Na+ .

Fonte: Elaborada pelo autor.

Inicialmente, são definidos os valores dos parâmetros que serão utilizados na simula-
ção. A próxima etapa consiste em definir a estrutura do tecido de acordo com a topologia de
acoplamento das junções comunicantes que será aplicada na rede (no tecido) de astrócitos. O
tecido é representado como uma matriz e as conexões entre os seus elementos será estabelecida
de acordo com os critérios da topologia da rede. A estrutura do tecido, bem como os esquemas
de conexões para cada uma das topologias analisadas.
A próxima etapa consiste no cálculo da probabilidade de cada reação ocorrer, em um
determinado astrócito do tecido, o qual é realizado por meio de um resolvedor estocástico que
se baseia no algoritmo de Gillespie [17]. A reação escolhida será executada no respectivo
astrócito, podendo ser uma reação intracelular – no interior do próprio astrócito – ou uma reação
intercelular – ocorrendo uma difusão entre o astrócito selecionado e um dos astrócitos com os
quais ele está conectado. O tempo de execução da reação selecionada será incrementado ao
tempo atual da simulação.
Enquanto o tempo atual da simulação não exceder o tempo total de simulação, o algo-
ritmo continuará escolhendo e executando uma nova reação, e incrementando o tempo da reação
ao tempo atual da simulação, conforme pode ser observado no fluxograma da Figura 3.
O tempo total de simulação é definido na inicialização dos parâmetros, podendo ser
alterado ao longo da execução. O algoritmo é encerrado quando o tempo atual da simulação
ultrapassa o tempo total de simulação.

5.2 Modelagem 3D da Estrutura do Tecido Celular

O tecido celular consiste no canal de propagação do Na+ . Será considerado um tecido
celular composto por I × J × K células (c), em que ci,j,k (i = 1, ...I; j = 1, ...J e k =
1, ...K) representa uma célula (astrócito) aleatória no tecido. O tecido celular será definido
com dimensões de 3 × (3 × l) × (20 × l), em que l é o comprimento de cada astrócito, o
qual apresenta as dimensões apresentadas na Figura 4. Cada astrócito estará conectado com,
no máximo, seis outros astrócitos. A organização do tecido celular dependerá da topologia do
acoplamento das junções comunicantes. Portanto, como uma extensão do trabalho desenvolvido
por [3], será analisado o comportamento da comunicação molecular em redes de astrócitos para
uma topologia de acoplamento das junções comunicantes.

Figura 4: Comprimento de um astrócito [3].

5.2.1 Estrutura do Tecido na Topologia Regular

Nesta topologia, define-se um raio para as conexões de um astrócito aos outros, que
estarão no interior do círculo formado pelo raio definido. Tendo em vista que o tecido celular
foi construído em um formato de paralelepípedo, aplicar esse conceito da rede levaria a uma
simulação de alta complexidade, não apenas devido ao número de conexões – que poderia ser
muito elevado – como também, pelo número de cálculos que deveriam ser realizados a fim de
definir os astrócitos que estariam em uma distância inferior ao raio.
A Figura 5 ilustra o esquema de conexões entre os astrócitos. Para simplificar a visuali-
zação, cada astrócito é apresentado em um formato retangular, e os astrócitos destacados na cor
verde são aqueles que estão conectados ao astrócito destacado na cor vermelha. Além disso, o
tecido possui as dimensões 3 × (3 × l) × (9 × l), sendo possível observar os três cortes, de z = 1
a z = 3.

Figura 5: Esquema de conexões entre os astrócitos na topologia de Raio de Ligação, em que

radius = 1.

Fonte: Elaborada pelo autor.

Na Figura 5 é possível verificar que o astrócito central (vermelho) está acoplado apenas
aos seis astrócitos (vizinhos) mais próximos, ou seja, ele se comunica apenas aos astrócitos que
estão no primeiro nível de vizinhança, o que se configura como uma topologia de grau regular.
O mesmo esquema de conexões se repetirá para cada um dos outros astrócitos presentes no
tecido celular.

5.3 Parâmetros de Desempenho do Sistema de Comunicação entre os As-

trócitos
Esse processo biológico é mapeado em um sistema de comunicação com a intenção de
proporcionar uma maior compreensão das redes de astrócitos utilizando ferramentas de comu-
nicação e teoria da informação. Nas próximas subseções serão apresentados os parâmetros de
comunicação que serão avaliados nessas redes.

5.3.1 Dinâmica de Concentração Espaço-Temporal de Na+

Os níveis de concentração de Na+ no tecido celular serão analisados por meio de mapas
de calor, visto que são capazes de fornecer informações sobre padrões de propagação molecular,
ao longo do tempo. Dessa forma, a dinâmica de concentração de Na+ foi analisada para cada
uma das topologias de acoplamento das junções comunicantes.
Como o interesse dessa análise é verificar a forma como o Na+ é difundido no tecido ao
longo do tempo, as reações intracelulares foram desconsideradas, deixando apenas as reações
intercelulares (difusões). No início da simulação, o transmissor será estimulado com um nível
de Na+ correspondente a 0,5 µM.

5.3.2 Atraso (Delay) na Comunicação entre os Astrócitos

Uma das principais características da comunicação molecular em comparação com a

comunicação eletromagnética é que as moléculas são transmitidas espacialmente a taxas muito
mais lentas. Sendo assim, é compreensível que o atraso do Tx ao Rx seja uma consideração
crítica. Para medir com precisão a quantidade de moléculas que são transmitidas, bem como
o tempo que elas levam para atingir uma certa distância de um tecido celular, foi mensurada
a quantidade de Na+ transmitida em comparação com a quantidade Na+ recebido ao longo do
tempo. O método proposto é modelado pela Equação 1.
Z TR Z TT
CR (x, t)dt = CT (t)dt (1)
0 0

Em que CR é uma função que retorna a concentração de Na+ no receptor, no tempo

t; CT retorna a concentração de Na+ no transmissor, no tempo t; TT é o intervalo de tempo
do transmissor e TR é o intervalo de tempo do receptor. Logo, o atraso de propagação do
transmissor ao receptor é TR [3].

6 Cronograma
X Etapa I: Realizar revisão bibliográfica;

X Etapa II: A partir da revisão bibliográfica planejar os passos para a implementação do

algortimo;

X Etapa III: Implementar o algoritmo para sinalização de Na+ ;

X Etapa IV: Analisar propagação de Na+ através da topologia de acoplamento regular em

astrócitos;

X Etapa V: Analise os resultados e elaboração do relatório final.

 Tabela 1: Cronograma de Execução
Etapa Ago a Out 18 Nov a Jan 19 Fev a Abr 19 Mai a Jul 19
I X X X
II X X
III X
IV X X
V X

Referências
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grammed population control by cell–cell communication and regulated killing. Nature,
428(6985):868, 2004.
 Planos de Atividades

Coordenador do projeto
Terá a função de orientar o estudante no desenvolvimento do referencial teórico e da
programação e na lógica para o desenvolvimento do sistema. Além disso, revisará o algoritmo
desenvolvido e auxiliará no desenvolvimento do relatório parcial e final.
Discente bolsista
Responsável por desenvolver o algoritmo para simular o sistema de comunicação por
astrócitos e gerar as curvas dos resultados apresentados. Também trabalhará na elaboração do
relatório final.