Slide 04 - Introdução A Bioinformática - Bioinformática - Visão Geral - Pt. 02

Universidade Federal Rural da Amazônia
Campus Paragominas
INTRODUÇÃO A BIOINFORMÁTICA
Prof. Marcus Braga
Bacharelado em Sistemas de informação

BIOINFORMÁTICA
VISÃO GERAL
continuação
Introdução a Bioinformática
BIOINFORMÁTICA - VISÃO GERAL
Sequenciamento NGS (pra finalizar)
Sequenciamento NGS (pra finalizar)
Quais são as finalidades de sequenciamento?
Para citar algumas:

• Descoberta de genes, transcritos e proteínas;
• Identificação de taxa - espécies, gêneros...;
• Genotipagem de populações;
• Identificação de diferenças genéticas que implicam no fenótipo de determinado
organismo.
Bioinformática: Aplicações
O que está envolvido ?
O que está envolvido ?
O que se deseja ?
Ciências Ômicas
Ciências Ômicas
Ciências Ômicas
Ciências Ômicas (Trans-Ômicas)
Onde tudo começa:
SEQUÊNCIA BIOLÓGICA
Alinhamento de Sequências
Importante pra avaliar diferenças
Como avaliar as diferenças ?
Alinhamento de Sequência do DNA - HOMOLOGIA
O que é Homologia ?
• Conceito básico para estudos de genômica comparativa;

• Passo inicial para estudos de filogenia (ômica);
• Importante para pipelines de anotação funcional;
• Utilizado em processos de modelagem estrutural;
Alinhamento de Sequência do DNA
É o compartilhamento de uma estrutura com origem comum.
Essa origem é comum porque foi herdada a partir de um ancestral comum.
• O conceito de homologia é oposto ao de analogia.

• Os caracteres análogos não possuem origem comum,
mesmo possuindo funções semelhantes.
Homologia na Biologia Molecular
• Genes de organismos distintos herdados a partir do mesmo ancestral são

homólogos.
• Homologia não significa igualdade, mas simplesmente origem comum.
• Homologia tem um caráter booleano: Verdadeiro ou Falso.
• Afirmações como:
. 30% de homologia;
. 78% homólogos;
. Forte homologia.
. 30% de homologia; das !

erra
estão
. 78% homólogos;
. Forte homologia.
. 30% similares; eto!

co rr
. 78% de similaridade;
. Divergiram recentemente.
• Ou a origem é comum ou não é Introdução a Bioinformática

Tipos de Homologia
• Diferentes maneiras de divergir levam a diferentes tipos de homologia:

. Ortólogos
. Parálogos
. Xenólogos
Tipos de Homologia

.
. Parálogos
. Xenólogos
Tipos de Homologia

. Ortólogos
. Parálogos
. Xenólogos
Tipos de Homologia

. Ortólogos
. Parálogos
. Xenólogos
Tipos de Homologia - Ortólogos
• Genes que divergiram por especiação

. cada descendente possui uma cópia do gene
. tendência à conservar função:
- ambas instâncias continuam sendo necessárias




Tipos de Homologia - Parálogos
• Genes que divergiram por uma duplicação

. genes parálogos estão presentes em mais de uma cópia
. após a divergência a função tende a mudar




Tipos de Homologia - Xenólogos
• Divergiram por Transferência Horizontal de Genes (HGT)

• Aquisição de novas funções


• Induzir a fusão de células é um mecanismo utilizado por vírus para expandir

• Ex.: formação de um sincício;
Identidade, Similaridade e Homologia
• Se duas (ou mais) sequências são parecidas:
elas podem ser homólogas

elas podem ter funções similares
elas podem ter a mesma estrutura
Busca pela Similaridade
Predição de genes
Predição de função
Predição de estrutura
Inferência de árvores filogenéticas
Segundo Lesk (2005), consiste na determinação da correspondência entre pares de

resíduos.
Em Bioinformática, um alinhamento de sequências é uma forma de organizar

estruturas primárias de DNA, RNA ou proteína para identificar regiões similares que
possam ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolucionárias entre
elas.
Uma das técnicas mais usadas na Bioinformática !
Um bom alinhamento (Mishra et al., 2016)
“A true alignment of nucleotide or amino acid sequences is one that reflects the
evolutionary relationship between two or more homologous sequences that
share a common ancestor (...) Homologous sequences may have different length,
though, which is nearly explained through insertions or deletions in sequences.”
Por que alinhar ? Montagem de genomas e transcriptomas
Por que alinhar ? Desenho de primers
Por que alinhar ? Predição de transcritos
Identificação de introns e exons

Overview of the SFA-align algorithm (Jammali et al., 2019)
(CDS-to-gene), domínios, regiões conservadas.
Por que alinhar ?

• Avaliar se duas sequências de resíduos
(nucleotídeos ou aminoácidos) são similares;
• Inferir (e justificar) homologia entre
sequências;
• Transferir informação funcional;
• Traçar possíveis caminhos de
desenvolvimento evolutivo entre genes
parálogos e ortólogos.
• Na base da evolução dos organismos está a evolução dos genes.

• Genes também tem “parentesco”.
• Podemos quantificar o parentesco entre genes fazendo alinhamento entre suas
sequências.
• Mas o alinhamento deve ser feito sempre entre genes homólogos.
GTGGTGGCCTACGAAGGT
GTAGTGCCTTCGAAGGGT
• Como avaliar um alinhamento ?

• Com um sistema de pontuação.
• Quando um caractere corresponder (match) haverá bonificação, quando não
corresponder (mismatch), haverá uma penalização.
• Ex.: . Match: +1
. Mismatch: –1
• Como avaliar um alinhamento ?

• Com um sistema de pontuação.
• Quando um caractere corresponder (match) haverá bonificação, quando não
corresponder (mismatch), haverá uma penalização.
• Ex.: . Match: +1
. Mismatch: –1
• É possível melhorar um alinhamento ?

• Sim, com a introdução de espaços.
• É possível melhorar um alinhamento ?

• Sim, com a introdução de espaços.
• Sistema de pontuação com espaços
. Match: +1
. Mismatch: –1
. Espaço: –2
. Buraco: sequência de espaços (Em inglês: gaps)
• Sistema de pontuação com espaços
. Match: +1
. Mismatch: –1
. Espaço: –2
. Buraco: sequência de espaços (Em inglês: gaps)
• Matches tem que ser recompensados (> 0).

• Mismatches e espaços tem que ser penalizados (< 0).
• Mismatches representam substituições.
. Mutações (ocorrem com frequência)
. Podem não trazer letalidade
• Espaços representam inserções ou remoções (indel).
. Mais prováveis de causarem letalidade
- Alteram quadro de leitura
. Ocorrem com muito menos frequência
Alinhamentos Ótimos
• São os alinhamentos de pontuação máxima.

• Mede a similaridade entre duas sequências
. É o valor da pontuação do alinhamento ótimo
• No exemplo anterior
. Similaridade = 9
Alinhamento de Sequências - Tipos de Algoritmos
Quanto à exaustão/exatidão da busca
• EXATOS (Exact Matching): Busca exaustiva entre sequências idênticas.

Ex.: Needleman-Wunsch (global, DP, sequências curtas), Smith-Waterman
(local, DP).
• HEURÍSTICOS (Approximate Matching): não exaustivos, abordagem aproximada
(busca por sequencias ou trechos similares). Tempo razoável de execução.
Exemplos: FASTA e BLAST.
Quanto à abrangência da comparação
• LOCAL: sequências que podem ser similares (ou não). Busca regiões com alto grau
de similaridade.
Ex. : BLAST, Smith-Waterman (SWAT), Water, Matcher (EMBOSS), LALIGN.
• GLOBAL: mais adequado para sequências próximas/similares de mesmo
comprimento. Alinhamento do começo ao fim das sequências para encontrar o
melhor alinhamento.
Ex.: Needleman-Wunsch, Needle, Stretcher (EMBOSS).
• SEMI-GLOBAL
Alinhamento de Sequências - Tipo Global
• Aplicação: comparar 2 sequências de aminoácidos

• Aminoácidos se dividem em famílias
• Aplicação: comparar 2 sequências de aminoácidos
• % de identidade é uma medida simples mas válida de similaridade de sequências

de proteínas.
• O objetivo de alinhamentos globais é sobrepor “sítios homólogos” das sequências

alinhadas.

alinhadas.
• Lacunas: são adicionadas quando há uma inserção/deleção, e portanto não há
equivalente na outra sequência

alinhadas.
• Pareamentos e não-pareamentos: essas posições vão ser sobrepostas de acordo
com a insersão das lacunas
• Algoritmo Needleman-Wunsch.
• Programas:
. needle (EMBOSS)
. stretcher (EMBOSS) (demora mais, mas economiza memória)
. FASTA
Alinhamento de Sequências - Tipo Local
• Aplicações:
. Encontrar um gene em um genoma

. Identificar éxons
. Identificar domínios proteicos
. Identificar possíveis homólogos em um banco de dados
• Algoritmo Smith-Waterman
• Programas
. water (EMBOSS)
. matcher (demora mais, mas economiza memória)
. cross_match (swat) – bom para mascaramento
. FASTA
. BLAST
. BLAT
Alinhamento de Sequências - Tipo Semi-Global
• Aplicação: Montagem de Genomas
• Aplicação: Alinhamento múltiplo de sequências
• Aplicação: Alinhamento múltiplo de sequências
Quanto ao número de sequências comparadas
• PAREADO (PAIRWISE): entre duas sequências.

Ex.: BLAST.
• MÚLTIPLO: usado para identificar regiões de similaridade entre três ou mais

sequências de comprimento similar. Requisito para análises filogenéticas.
Ex,: BLAST, CLUSTAL, HMMs, MUSCLE.
Alinhamento de Sequências - Tipo PAIRWISE
• Objetivo de deixar duas sequências o mais parecidas possível.

• Como ? Ajustando as posições de suas letras, se necessário usando espaços:



Sistema de SCORES.
• Pontos para match (ex: +2)

• Penalidades para mismatch (ex: -1)
• Penalidades para gap
. abertura (ex: -3)
. extensão (ex: -1)
Sistema de SCORES.
• Pontos para match (ex: +2)

• Penalidades para mismatch (ex: -1)
• Penalidades para gap
. abertura (ex: -3)
. extensão (ex: -1)
Alinhamento de Sequências - Tipo MÚLTIPLO
Sempre usará o paradigma do ALINHAMENTO GLOBAL
Alinhamento de Sequências - Identidade, Similaridade e Homologia
Conceito Tipo de Métrica Sentido
Identidade Quantitativa quantos idênticos ?
Similaridade Quantitativa quantos parecidos ?
Homologia Qualitativa TEM ou NÃO TEM um

ancestral comum ?
Alinhamento de Sequências - Medidas de Distância (Comparação)
Distância HAMMING
• Quantidade de mal pareamentos.

• Aplicada a sequências do mesmo tamanho.
Distância HAMMING

• Ex.:
A A C T G G C C G T
| | | | | | | | | |
A A A T G G C C T T
Distância HAMMING

• Ex.:
A A C T G G C C G T
| | | | | | | | | |
A A A T G G C C T T
• H=2 Introdução a Bioinformática

Distância LEVENSHTEIN
• Quantidade de edições necessárias para transformar uma sequência na outra.

• Aplicada a sequências de tamanho variado.

• Ex.:
T G G A C T T
| | | | | | |
A A A T G G C C T T

• Ex.: 4 edições
- - - T G G - C T T
| | | | | | |
A A A T G G C C T T

• Ex.: 4 edições + 4 edições
A A A T G G C C T T
| | | | | | |
A A A T G G C C T T
• L=8 Introdução a Bioinformática

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Bacharelado em Sistemas de informação

Quais são as finalidades de sequenciamento?

Para citar algumas:

Importante pra avaliar diferenças

Como avaliar as diferenças ?

Alinhamento de Sequência do DNA - HOMOLOGIA

• Conceito básico para estudos de genômica comparativa;

Alinhamento de Sequência do DNA

Alinhamento de Sequência do DNA

Alinhamento de Sequência do DNA

• O conceito de homologia é oposto ao de analogia.

Alinhamento de Sequência do DNA

Homologia na Biologia Molecular

• Genes de organismos distintos herdados a partir do mesmo ancestral são

Alinhamento de Sequência do DNA

Homologia na Biologia Molecular

• Homologia não significa igualdade, mas simplesmente origem comum.

Alinhamento de Sequência do DNA

Homologia na Biologia Molecular

• Homologia tem um caráter booleano: Verdadeiro ou Falso.

Alinhamento de Sequência do DNA

Homologia na Biologia Molecular

• Homologia tem um caráter booleano: Verdadeiro ou Falso.

. 30% de homologia; das !

Alinhamento de Sequência do DNA

Homologia na Biologia Molecular

• Homologia tem um caráter booleano: Verdadeiro ou Falso.

. 30% similares; eto!

• Ou a origem é comum ou não é Introdução a Bioinformática

Alinhamento de Sequência do DNA

• Diferentes maneiras de divergir levam a diferentes tipos de homologia:

Alinhamento de Sequência do DNA

• Diferentes maneiras de divergir levam a diferentes tipos de homologia:

Alinhamento de Sequência do DNA

• Diferentes maneiras de divergir levam a diferentes tipos de homologia:

Alinhamento de Sequência do DNA

• Diferentes maneiras de divergir levam a diferentes tipos de homologia:

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Ortólogos

• Genes que divergiram por especiação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Ortólogos

• Genes que divergiram por especiação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Ortólogos

• Genes que divergiram por especiação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Ortólogos

• Genes que divergiram por especiação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Ortólogos

• Genes que divergiram por especiação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Parálogos

• Genes que divergiram por uma duplicação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Parálogos

• Genes que divergiram por uma duplicação

Alinhamento de Sequência do DNA

Tipos de Homologia - Parálogos

• Genes que divergiram por uma duplicação

Alinhamento de Sequência do DNA