Slide 03 - Introdução A Bioinformática - Bioinformática - Visão Geral - Pt. 01

Universidade Federal Rural da Amazônia
Campus Paragominas
INTRODUÇÃO A BIOINFORMÁTICA
Prof. Marcus Braga
Bacharelado em Sistemas de informação

BIOINFORMÁTICA
VISÃO GERAL
Introdução a Bioinformática
BIOINFORMÁTICA - VISÃO GERAL
Bioinformática: O que é ?
• A Bioinformática consiste em todo tipo de estudo ou de ferramenta computacional

que se pode realizar e/ou produzir de forma a organizar ou obter informação
biológica a partir de sequências de biomoléculas.
• A Bioinformática é uma nova disciplina científica com raízes nas Ciências da

Computação, Estatística, Genética, Bioquímica e Biologia Molecular (dentre
outras).
Bioinformática: Pra que serve ?
Bioinformática: Contexto histórico
• A história começa na década de 1940 com a invenção do moderno computador

digital.
• Ele se chama digital, pois os dados são armazenados

com um alfabeto binário.
• Dígitos binários – 0 e 1 (Liga/desliga).
• Foi possível graças aos transístores.
• Em 1944, Avery e colaboradores descobriram que o
DNA era a substância que carregava a informação genética.
• Ele se chama digital, pois os dados são armazenados

com um alfabeto binário.
• Dígitos binários – 0 e 1 (Liga/desliga).
• Foi possível graças aos transístores.
• Em 1944, Avery e colaboradores descobriram que o
DNA era a substância que carregava a informação genética.
Usando a descoberta de Avery como

referência, vemos que o nascimento do
moderno computador digital e da moderna
biologia molecular se deram mais ou menos
ao mesmo tempo
• A descoberta da dupla hélice, em 1953, mostrou que a informação genética

também é armazenada de forma digital.
• Mas, diferente do alfabeto binário dos computadores, os dados genéticos são

armazenados com um alfabeto quaternário (A, C, G e T).
• Mais tarde se descobriu que a forma dos genes operarem também é digital, os
genes podem ser “ligados” ou “desligados”.
• Estas observações já seriam suficientes para imaginar ainda na década de 1950,

que um dia informática e biologia molecular iriam juntas fazer nascer uma nova
área de conhecimento.
• O nascimento da área, entretanto, teve de esperar muito tempo para acontecer.
• Essa é a razão da Bioinformática ser uma aparente novidade.
• Algumas pessoas consideram que a Bioinformática passou a ser reconhecida como

importante pelo mundo científico por volta de 1995, ano que o primeiro genoma
de uma bactéria foi publicado.
• Mas, por que essa demora tão longa ?
Do lado da biologia molecular o motivo é simples:
• Apesar da estrutura do DNA ter sido desvendada em 1953, a informação nela

contida não podia ser “lida”.
• É como se tivéssemos descoberto o alfabeto utilizado para escrever “o livro da
vida”, mas as “palavras” desse livro estivessem com letrinhas tão pequenas que
não conseguíamos ler.
• Foi preciso esperar até o fim da década de 1980 para que aparecesse uma “lente
de aumento” suficientemente boa que permitisse a leitura dessas letrinhas em
grande quantidade.

grande quantidade.
UMA MÁQUINA AUTOMÁTICA

grande quantidade.
UMA MÁQUINA AUTOMÁTICA
Em 1995, uma única máquina dessas já
conseguia ler milhares de letrinhas por dia
Do lado da computação foi também foi preciso um amadurecimento:
• Computadores sendo capazes de armazenar cada vez mais informação, de

processá-la de modo cada vez mais rápido, a um custo cada vez menor.
• Se o sequenciamento automático do DNA tivesse amadurecido mais rapidamente,

não haveria computadores com poder suficiente para dar conta dos dados
gerados.
• Na década de 1970 a unidade básica de armazenamento de informação era o

kilobyte (1024 bytes), aproximadamente 1000 letras.
• Então, através de uma evolução que parece mais ou menos sincronizada,

desembocamos em 1995.
• Os computadores já estavam suficientemente poderosos para poder processar os

milhões e milhões de letrinhas que passaram a vir à luz.
E assim nasceu a Bioinformática !

Com a missão de nos ajudar a entender a
história que está escrita nesse livro da vida.
Bioinformática: Surgimento
• Em 1988 É fundada a Human Genome Oganization (HUGO), uma organização

internacional de cientistas para sequenciar e anotar o genoma humano.
http://www.hugo-international.org/
• Em 1988 foi criado o National Center for Biotechnology Information (NCBI), como
um repositório de diversas bases de dados biológicas (como o GenBank).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• Em 1988 foi criado o National Center for Biotechnology Information (NCBI), como
um repositório de diversas bases de dados biológicas (como o GenBank).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• Em 1995 o primeiro mapa de genoma bacteriano completo é publicado:

Haemophilus influenzae (1,8 mi pb) e termina a primeira fase do Projeto Genoma
Humano, com o mapeamento genético pela Genethon.
https://www.genethon.fr/en/
• Em 1997 foi feito o sequenciamento do DNA da Escherichia coli (5,5 mi pb).
• Em 2000 foi feito o sequenciamento do DNA da Drosophila melanogaster (122 mi

pb).
• Em 2001 foi feito o sequenciamento do genoma do Homo sapiens (3,3 bi pb).
• Em 2008 foi feito o sequenciamento do genoma do Mammuthus primigenius (4 bi

pb).
• Em 2010 foi feito o sequenciamento do genoma do Homo neanderthalensis (4 bi

pb).
• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

sociedade e no meio científico.







• Em 2021 a Revolução Genômica está estabelecida.
• Com o surgimento dos sequenciadores de DNA em larga escala, gerou-se uma

enorme quantidade de informação biológica, de modo que seria impossível de se
analisar manualmente. GenBank and WGS Statistics
Crescimento do GenBank.
Crescimento exponencial
do número de bases
contidas nesse banco de
dados ao longo de décadas.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics/
• Com o surgimento dos sequenciadores capilares de DNA em larga escala, gerou-se

uma enorme quantidade de informação biológica, de modo que seria impossível
de se analisar manualmente. GenBank and WGS Statistics
Crescimento do GenBank.
Crescimento exponencial
do número de sequências
contidas nesse banco de
dados ao longo de décadas.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics/
Sequenciamento do DNA
Sequenciamento do DNA
• É a identificação da ordem exata dos pares de bases (A, T, C, G) em um segmento

de DNA.
• Importância: O conhecimento da sequência de

bases de um gene fornece informações sobre sua
estrutura, sua função e sua relação evolutiva com
outros genes (de um mesmo organismo ou de
organismos diferentes).
Sequenciamento do DNA - Tecnologias
1ª Geração
• Método de Maxam & Gilbert

. Método de degradação química.
. Produtos tóxicos, perigosos à saúde, além da
dificuldade de automatização, essencial para um
sequenciamento completo.
• Método de Sanger
. Método enzimático, dideoxi, ou término de cadeia.
. Síntese enzimática de uma fita complementar de DNA, cujo crescimento é
interrompido pela adição de um dideoxinucleotídeo (ddNTP).
1ª Geração
• Método de Maxam & Gilbert

. Método de degradação química.
. Produtos tóxicos, perigosos à saúde, além da
dificuldade de automatização, essencial para um
sequenciamento completo.
• Método de Sanger
. Método enzimático, dideoxi, ou término de cadeia.
. Síntese enzimática de uma fita complementar de DNA, cujo crescimento é
interrompido pela adição de um dideoxinucleotídeo (ddNTP).
1ª Geração
Sanger & Gilbert

Prêmio Nobel de Química
1980
1ª Geração
Leroy Hood
Sequenciamento
Automático
Vídeo: “O Sequenciamento de Sanger”
Sequenciamento do DNA - Tecnologias https://www.youtube.com/watch?v=Uma54mKcR40&t=3s
Sequenciamento do DNA - Etapas
Quando houver a adição de ddNTPs
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Eletroforese
Sequenciamento do DNA - Next-Generation Sequecing (NGS)
Transição da 1ª geração para a NGS
• De uma pequena quantidade de sequências maiores para muitas sequências

pequenas (Massively Parallel Sequencing).
• Maior capacidade geral de sequenciamento.
• Aumento da complexidade computacional.
• Sequências curtas.
• Resulta em bilhões de bases sequenciadas em centenas de milhões de fragmentos.

Plataformas NGS (2ª Geração)
ATIVIDADE ASSÍNCRONA
A atividade assíncrona dessa semana será:
1. Baixar e escolher um dos quatro artigos sobre plataformas NGS.
2. Fazer uma resenha crítica sobre este artigo.
3. Submeter via SIGAA, no módulo de tarefas a resenha em formato .PDF até o

próximo dia 23/06/2021.
4. A atividade pode ser feita em grupos de até 3 integrantes.

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Bacharelado em Sistemas de informação

• A Bioinformática consiste em todo tipo de estudo ou de ferramenta computacional

• A Bioinformática é uma nova disciplina científica com raízes nas Ciências da

• A história começa na década de 1940 com a invenção do moderno computador

• Ele se chama digital, pois os dados são armazenados

• Ele se chama digital, pois os dados são armazenados

Usando a descoberta de Avery como

• A descoberta da dupla hélice, em 1953, mostrou que a informação genética

• Mas, diferente do alfabeto binário dos computadores, os dados genéticos são

• Estas observações já seriam suficientes para imaginar ainda na década de 1950,

• O nascimento da área, entretanto, teve de esperar muito tempo para acontecer.

• Essa é a razão da Bioinformática ser uma aparente novidade.

• Algumas pessoas consideram que a Bioinformática passou a ser reconhecida como

• Mas, por que essa demora tão longa ?

Do lado da biologia molecular o motivo é simples:

• Apesar da estrutura do DNA ter sido desvendada em 1953, a informação nela

Do lado da biologia molecular o motivo é simples:

• Apesar da estrutura do DNA ter sido desvendada em 1953, a informação nela

Do lado da biologia molecular o motivo é simples:

• Apesar da estrutura do DNA ter sido desvendada em 1953, a informação nela

Do lado da computação foi também foi preciso um amadurecimento:

• Computadores sendo capazes de armazenar cada vez mais informação, de

• Se o sequenciamento automático do DNA tivesse amadurecido mais rapidamente,

• Na década de 1970 a unidade básica de armazenamento de informação era o

• Então, através de uma evolução que parece mais ou menos sincronizada,

• Os computadores já estavam suficientemente poderosos para poder processar os

E assim nasceu a Bioinformática !

• Em 1988 É fundada a Human Genome Oganization (HUGO), uma organização

• Em 1995 o primeiro mapa de genoma bacteriano completo é publicado:

• Em 1997 foi feito o sequenciamento do DNA da Escherichia coli (5,5 mi pb).

• Em 2000 foi feito o sequenciamento do DNA da Drosophila melanogaster (122 mi

• Em 2001 foi feito o sequenciamento do genoma do Homo sapiens (3,3 bi pb).

• Em 2008 foi feito o sequenciamento do genoma do Mammuthus primigenius (4 bi

• Em 2010 foi feito o sequenciamento do genoma do Homo neanderthalensis (4 bi

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2011 a Genômica Pessoal passou a ser um tema conhecido e ganhar espaço na

• Em 2021 a Revolução Genômica está estabelecida.

• Com o surgimento dos sequenciadores de DNA em larga escala, gerou-se uma

• Com o surgimento dos sequenciadores capilares de DNA em larga escala, gerou-se

• É a identificação da ordem exata dos pares de bases (A, T, C, G) em um segmento

• Importância: O conhecimento da sequência de

• Método de Maxam & Gilbert

• Método de Maxam & Gilbert

Sanger & Gilbert

Transição da 1ª geração para a NGS

• De uma pequena quantidade de sequências maiores para muitas sequências

• Maior capacidade geral de sequenciamento.

• Aumento da complexidade computacional.

• Resulta em bilhões de bases sequenciadas em centenas de milhões de fragmentos.

1. Baixar e escolher um dos quatro artigos sobre plataformas NGS.

2. Fazer uma resenha crítica sobre este artigo.

3. Submeter via SIGAA, no módulo de tarefas a resenha em formato .PDF até o

4. A atividade pode ser feita em grupos de até 3 integrantes.

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