INTRODUÇÃO À

BIOINFORMÁTICA
 3

CAPÍTULO 1
Uma visão global da bioinformática

Iniciando nossa Interação

Nesta primeiro capítulo apresentaremos uma visão geral da bioinformática,

vamos conversar sobre as necessidades e oportunidades de capacitação para quem
deseja atuar nessa área.

1.1. O que é a bioinformática?

Podemos considerar a bioinformática como uma linha de pesquisa que envolve

aspectos multidisciplinares e que surgiu a partir do momento em que se iniciou a
utilização de ferramentas computacionais para a análise de dados genéticos,
bioquímicos e de biologia molecular. A bioinformática envolve a união de diversas
linhas de conhecimento – a ciência da computação, a engenharia de softwares, a
matemática, a estatística e a biologia molecular – e tem como finalidade principal
desvendar a grande quantidade de dados que vem sendo obtida através de seqüências
de DNA e proteínas. Para o desenvolvimento de genomas completos, a informática é
imprescindível e a biologia molecular moderna não estaria tão avançada hoje, não
fossem os recursos computacionais existentes.

1.2. O surgimento da bioinformática

A bioinformática, apesar de ser uma ciência nova e em desenvolvimento, já

apresenta uma figura clássica que freqüentemente é mostrada em qualquer palestra
ou curso que se vá sobre a área. Essa figura, mostrando o crescimento exponencial do
GenBank nos últimos anos, tenta mostrar que, mais do que uma abstração possível, a
bioinformática é hoje uma necessidade para a análise de dados em biologia molecular.
Desde que os seqüenciadores capilares de DNA em larga escala surgiram, no
fim da década de 90, a quantidade de dados biológicos produzidas simplesmente
alcançou níveis que fizeram com que análises manuais de seqüências de DNA se
tornassem simplesmente alternativas absurdas para o estudo de dados de genoma e
transcriptoma.
Dois desenvolvimentos foram importantes para permitir tanto o surgimento da
bionformática quanto o rápido desenvolvimento da produção de seqüências de DNA. O
primeiro deles foi o sequenciamento capilar. Enquanto no passado as seqüências eram
produzidas em placas enormes que deveriam ser corridas de forma uniforme e com um
grande cuidado, com o desenvolvimento da tecnologia de sequenciamento capilar, a
eletroforese ocorria dentro de tubos com a espessura de um cabelo humano, contendo
uma solução polimérica por onde o DNA deveria passar guiado por uma corrente
elétrica, como uma eletroforese normal. O outro grande desenvolvimento foi a
marcação dos didesoxinucleotídeos necessários para o sequenciamento do DNA com
moléculas fluorescentes. Enquanto as reações tradicionais eram realizadas com
marcadores radioativos, que tornavam a metodologia um tanto quanto trabalhosa e

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 4

até mesmo perigosa, os marcadores fluorescentes permitiam maior segurança e ainda

um novo avanço. Enquanto era preciso correr diferentes reações para cada nucleotídeo
na marcação radioativa, a técnica de marcação fluorescente permitia que cada base
fosse marcada com um diferente fluorocromo que era capaz de emitir luz em um
diferente comprimento de onda se excitado por um laser. Essa luz, lida por um
detector, informava ao sistema qual nucleotídeo passava em diferentes momentos da
eletroforese. E foi exatamente a reunião desses dois desenvolvimentos num só
aparelho que produziu o equipamento que posteriormente ficaria conhecido como “o
seqüenciador que criou a bioinformática”. O primeiro desses aparelhos foi produzido
pela empresa Applied Biosystems e foi chamado de ABI Prism 3700. Apresentava 96
colunas (ou capilares para a eletroforese) e permitia o sequenciamento de cerca de
550 bases em cada coluna, sendo oito vezes mais rápida do que a melhor concorrente
da época e possibilitando o sequenciamento de até 1 milhão de pares de bases por dia.
Além de permitir o rápido desenvolvimento da bioinformática, esse seqüenciador ainda
geraria brigas políticas sobre quem é que deveria sequenciar todo o genoma humano,
uma empresa particular ou o consórcio público, mas isso é outra história.

Figura 1.1. Crescimento do Genbank. Crescimento exponencial do número de

seqüências contidas no GenBank ao longo das duas últimas décadas. Obtido em
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genbankstats.html.

O que importa é que, desde 1998, quando o ABI Prism foi lançado, outras
empresas desenvolveram também seus seqüenciadores capilares de larga escala e o
custo dessas máquinas – que antes chegava a trezentos mil dólares – foi aos poucos
caindo e permitindo que mais e mais laboratórios pudessem ter seus próprios
seqüenciadores. Cada vez mais dessas máquinas são vendidas ainda hoje e o número
de seqüências de DNA produzidas vem aumentando exponencialmente até o presente
momento.

Leitura complementar:
http://nextisnowbr.blogspot.com/2009/12/next-generation-sequencing-estado-da.html

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 5

1.3. O que preciso saber para ser um bom bioinformata?

O profissional em bioinformática é raro no mercado, já que ele necessita saber

e ser familiar a, pelo menos, três áreas distintas do conhecimento: a biologia
molecular, a ciência da computação e a bioinformática per se. Além disso,
conhecimentos em estatística e matemática são altamente recomendáveis. Imagine
um biólogo que não tenha conhecimento de computação: ele será capaz de bolar uma
infinidade de possíveis experimentos em bioinformática que gostaria que fossem
gerados, mas será incapaz de colocá-los em prática. Do outro lado, um cientista da
computação sem conhecimento em biologia e com sua característica ânsia de analisar
dados, será capaz de pegar uma infinidade de dados biológicos e fazer uma grande
quantidade de análises computacionais sem qualquer propósito, gerando resultados de
difícil interpretação, por vezes ininterpretáveis ou sem qualquer sentido biológico. O
trabalho em equipe, para a produção de projetos em bioinformática, pode ser
interessante, desde que os profissionais trabalhem juntos todo o tempo. Reuniões
apenas esporádicas normalmente fazem com que as idéias do trabalho do biólogo e do
cientista da computação se afastem dos ideais iniciais da pesquisa. Isso no caso
médio. É claro que é possível conseguir bons resultados em casos isolados.
Considerando isso, torna-se necessário o desenvolvimento de um novo
profissional, o bioinformata. Um biólogo que tenha tido uma formação parcial como
cientista da computação ou vice-versa. Além disso, é preciso que tal profissional tenha
ainda uma formação em bioinformática e que conheça profundamente as diferenças e
as boas e más qualidades dos principais bancos de dados públicos sobre seqüências e
estruturas de biomoléculas. Como não temos a intenção de ensinar biologia molecular
ou ciência da computação, no presente curso daremos ênfase exatamente a esta
última parte, que consiste na formação do bioinformata per si, que deve conhecer pelo
menos o básico com relação à análise de genomas e as ferramentas e bancos de dados
disponíveis na internet para o estudo dessa nova ciência.
Com relação aos requisitos computacionais que serão apresentados apenas de
passagem no presente curso, um profissional em bioinformática deve ter um bom
conhecimento algum sistema operacional baseado em UNIX, sem qualquer sombra de
dúvida. Quase todos os algoritmos utilizados para a pesquisa em bioinformática
apresentam código aberto e são, freqüentemente, disponíveis apenas para sistema
operacionais como o LINUX e o Solaris. Os programas de código aberto são aqueles
nos quais os programadores disponibilizam todo o código fonte do programa para o
usuário, que pode alterá-lo de acordo com a sua aplicação de interesse. E esse é
também um dos motivos pelos quais os bioinformatas devem ser familiarizados com
linguagens de programação. Um bioinformata que não sabe programar em uma
linguagem qualquer tem dificuldades para se desenvolver e, portanto, o profissional
deve estar ao menos apto a aprender alguma linguagem de programação.
Outro conhecimento que gera um salto qualitativo na atividade do bioinformata
é o conhecimento de bancos de dados e linguagem SQL. A linguagem SQL é a mais
comumente utilizada em uma diversidade de bancos de dados e muitos sites
disponibilizam informações armazenas em tabelas e bancos de dados inteiros. Devido à
sua gratuidade e eficiência, o banco de dados mais utilizado em bioinformática é o
MySQL, mas quaisquer outros podem ser utilizados sem demais inconvenientes. Mas
mais importante ainda do que ser capaz de obter os bancos de dados públicos é o
bioinformata ser capaz de criar seus próprios bancos de dados, organizando as
informações de seu projeto e permitindo tanto um bom armazenamento quanto
organização e fácil acesso aos dados. Além disso, o conhecimento de plataformas para
disponibilizar dados para os pesquisadores é interessante e o bioinformata deve ter
algum conhecimento de linguagem HTML e, de preferência alguma linguagem de

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 6

programação para a internet, como o CGI ou o PHP, sendo que esse último ainda
apresenta a vantagem de permitir fácil conexão com bancos de dados.
É claro que a gama de conhecimento necessária para exercer bem uma
profissão qualquer tende a ser infinita, mas é indispensável ao menos que o
bioinformata seja proficiente em uma linguagem de programação e tenha bons
conhecimentos de biologia molecular, dos bancos de dados e das ferramentas a serem
utilizadas em cada caso. Aqui, iremos passar apenas de leve em programação e
biologia molecular na próxima aula e depois passaremos direto para a parte que
explica e mostra quais são as principais ferramentas utilizadas em análises genômicas
e os principais bancos de dados que devem ser consultados em diferentes aplicações.

1.4. Cursos de pós-graduação em bioinformática no Brasil

Até o presente momento parecem existir apenas três cursos de pós-graduação

em bioinformática no Brasil. O primeiro e mais tradicional deles é o curso de pós-
graduação Lato Sensu em Bioinformática do LNCC, cuja página oficial pode ser vista
em http://www.lncc.br/~biologia/. Três turmas de alunos já graduados de todo o país
já foram formadas por esta pós-graduação, inclusive o presente autor desse curso on-
line, quem vos escreve. Consiste num ótimo curso de especialização, no qual os
maiores expoentes do país na área são chamados para ministrar diferentes aulas nos
campos da genômica, transcriptômica e proteômica. Além desse curso de pós-
graduação, que dura cerca de três meses e meio, o LNCC também oferece cursos
esporádicos com duração entre duas semanas e um mês e recomenda-se visitar a
página do LNCC para mais informações (http://www.lncc.br).
Logo a CAPES percebeu a importância de se abrirem cursos nessa área
estratégica e propôs um edital para a formação de cursos de doutorado em
bioinformática. A partir daí dois novos cursos de doutorado em bioinformática foram
criados, um na USP (setembro de 2002) e outro na UFMG (abril de 2003). Para mais
informações, visite o site dos programas http://www.ime.usp.br/posbioinfo/ e
http://www.bioinfo.dout.ufmg.br/.

1.5. Conversando sobre bioinformática – BIOCHAT

A revista biotecnologia promove esporadicamente o chamado biochat, que

consiste em uma conversa com um pesquisador experimente de uma determinada
área do conhecimento. Abaixo transcrevo um dos biochats realizado com o autor do
presente curso, onde várias dúvidas básicas sobre o assunto podem ser sanadas.

Assunto do Biochat: Conceitos e Paradigmas em Bioinformática

Pesquisador entrevistado: Francisco Prosdocimi
Há uma grande confusão com relação ao que seja a bioinformática, sendo que
muitos ainda acreditam que qualquer aplicação da computação à biologia possa ser
referenciada como "bioinformática". Ao observarmos os trabalhos recentemente
publicados na área, podemos dividí-los em três correntes básicas ou princípios
paradigmáticos, chamados metaforicamente de "o tijolo", "a peneira" e "a lupa". Tais
princípios serão apresentados e discutidos durante o BIOCHAT. Além disso, é
interessante discutirmos quais seriam os pré-requisitos básicos para formar um
bioinformata, tanto na área computacional quanto na área biológica. Do que, afinal, é
feito um bioinformata e o que ele precisa conhecer é tema recorrente entre os curiosos
sobre a área.O conceito da bioinformática, seus princípios paradigmáticos e a formação
do bioinformata serão, portanto, os temas a serem discutidos neste BIOCHAT.

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 7

Boa noite a todos! Está aberto nosso biochat sobre bioinformática. Por
Dr. Francisco
favor, enviem suas dúvidas para que possamos discutir e trocar idéias
Prosdocimi
a respeito do assunto.
Grande Francisco... Afinal, qual o conceito mais aceito para
Vanderson:
Bioinformática?
Olá Vanderson. Fico agradecido pela sua presença. Na verdade existem
vários conceitos para bioinformática e muita confusão é feita sobre o
Dr. Francisco
tema. Na minha opinião a bioinformática surgiu com o boom dos
Prosdocimi
sequenciadores automáticos de DNA e ainda hoje está ligada a análises
de seqüências de biomoléculas.
Biologia computadorizada? Ouvi este termo e queria saber qual é a
Adonis:
diferença disso para Bioinformática?
Pois é, meu prezado Adonis. A biologia computacional diz respeito a
qualquer aplicação da computação na área biológica, enquanto a
Dr. Francisco
bioinformática está freqüentemente associada a analise de seqüências
Prosdocimi
de genoma, transcriptoma e proteoma. Esses conceitos entretanto são
bastante maleáveis e modificam-se todos os anos.
Boa noite Dr. Francisco. Sou estudante do curso Bacharelado em
Pedro: Bioquímica, na Universidade Federal de Viçosa e tenho direcionado a
minha formação acadêmica para me tornar...
Com relação aos cursos específicos para bioinformática, eles existem
no Brasil apenas em nível de pós-graduação. Sendo que um deles é o
curso de especialização lato sensu do LNCC, no qual acontece a
Dr. Francisco
formação de especialistas em bioinformática. Na USP e na UFMG
Prosdocimi
existem cursos de doutorado em bioinformática, onde tais profissionais
são formados. Eu, a propósito, fui aluno do LNCC e fui também o
primeiro aluno a defender o doutorado em bioinformática na UFMG.
Gostaria que vc respondesse o Pedro Marcus pq eu tenho a mesma
Francisco:
dúvida...
Com relação a cursos de graduação, meu prezado xará, ainda não
Dr. Francisco
existem na área e recomendo que vc faça um curso de biologia ou de
Prosdocimi
computação, se pretende seguir carreira em bioinfo.
Adonis: então bioinfo está dentro da biologia computacional?
Concordo, Adonis. Na minha opinião a bioinformática é, sim, uma parte
da biologia computacional, sendo essa última uma área bastante ampla
Dr. Francisco
e não necessariamente relacionada com biologia molecular. Embora,
Prosdocimi
repito, esses conceitos são maleáveis e modificam-se com o
desenvolver das ciências.
Qual a sua experiência com a Bioinformática? O senhor trabalha mais
Pedro: no meio acadêmico ou se relaciona diretamente com o mercado de
trabalho?
Trabalho com bioinformática desde 2000, tendo tido anteriormente
uma formação como biólogo molecular em bancada. Fiz minha
monografia de bacharelado, minha dissertação de mestrado (em
genética) com análises de transcriptomas do verme Schistosoma
Dr. Francisco mansoni e fui o primeiro aluno a defender o doutorado em
Prosdocimi bioinformática na UFMG trabalhando com análises de qualidade de
seqüências de DNA e genômica comparativa. Sempre trabalhei mais
voltado para o meio acadêmico, mas já fiz também alguns trabalhos
em parceria com uma empresa de Belo Horizonte na área de
bioinformática. A empresa se chama vetta technologies.

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 8

Pegando a deixa do Pedro, você acha que há mercado de trabalho para

Vanderson:
bioinformatas no Brasil... além das instituições públicas e da Alellyx?
Infelizmente, meu amigo Vanderson, não acredito que haja ainda
mercado de trabalho para bioinformática fora das universidades,
embora o campo na área de biotecnologia tenha crescido e venha
Dr. Francisco crescendo. A existência de algumas empresas trabalhando em
Prosdocimi biotecnologia é muito pequena ainda no Brasil e apenas a Alellyx e a
Scylla têm alguma representatividade no mercado. Ou seja, a
bioinformática ainda é matéria para cientistas financiados pelo
governo.
Qual seria a dica para trabalhar com bioinfo em um lugar onde não se
Adonis:
faça molecular?
A dica é estar em parceria com pesquisadores que tenham perguntas
que só possam ser respondidas através de análise computacional. Eu
mesmo tenho várias colaborações com diferentes laboratórios e produzi
um software recentemente, o TGFinder, que surgiu como uma
necessidade de um pesquisador de encontrar genes controlados por
Dr. Francisco
fatores de transcrição. Além disso, o GenBank possui tantas seqüências
Prosdocimi
depositadas e tanta informação a ser mineirada que nem todos os
cientistas do mundo seriam capazes de tudo analisar. É claro que a
pesquisa de ponta é normalmente aquele onde se produz e se analisa
um novo dado em biologia molecular, mas há muito ouro a ser
peneirado nos bancos de dados públicos.
Olá Dr. mas como é aplicada a computação ou informática, na
Paulo:
biologia,neste sequenciadores automáticos de DNA?
A computação é aplicada, principalmente, na análise e identificação das
seqüências de DNA que saem dos sequenciadores automáticos. A
seqüência sai de lá como um monte de A, C, T e G... que não querem
Dr. Francisco dizer nada. O que significa para você isso aqui:
Prosdocimi ACATAGGGACATTACAGAGCATTCAGA? Somente com a bioinformática
conseguimos atrelar a informação codificada em informação biológica,
associando A, C, T e G a algum nome de gene com alguma função
especifica...
Aprofundando mais a discussão, a iniciativa privada na bioinformática
Pedro:
está...
O grande problema, Pedro, é que acredito que dificilmente a
bioinformática per se pode dar algum lucro. Por exemplo, a empresa
Alellyx tem, além de um grande know how em bioinfo, um grande
know how em biologia molecular e em genômica. A descoberta de
Dr. Francisco
novos genes 'apenas' por bioinfo é muito difícil e é preciso estar
Prosdocimi
sempre sequenciando novos organismos. E um sequenciador de DNA é
muito caro para que pequenos empresários possam comprar, o capital
inicial de uma empresa de biotecnologia apresentando bioinformática é
muito alto.
Marx: E fora do Brasil, como estão as perspectivas?
Fora do Brasil eu acredito que haja bastante espaço, sim, para
bioinformatas. Assino uma lista de jobs em bioinformática e
Dr. Francisco
freqüentemente vejo pedidos para profissionais da área... o único
Prosdocimi
problema é que normalmente exige-se grande experiência prévia, o
que não temos ainda no Brasil -- profissionais qualificados.
Dr. Francisco Prosdocimi, fale um pouco sobre mineração de dados já
Adonis:
que esta é o etapa seguinte depois da geração das seqs.

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 9

Bem, caro Adonis, isso me remete aos princípios paradigmáticos da

bioinformática que apresentei no texto introdutório. Acredito que os
trabalhos atuais em bioinformática podem ser divididos em três
correntes principais, os trabalhos de tijolo -- onde ferramentas de
bioinformática são produzidas para construir os edifícios genômicos, os
Dr. Francisco
trabalhos de peneira -- onde a mineração da grande massa de dados
Prosdocimi
em genômica são analisados mais especificamente em vários contextos
-- e os trabalhos de lupa, onde a genômica encontra a ciência e o
método científico de observação, hipótese, experimentação e
resultados são novamente retomados. Escrevi um trabalho sobre isso
para a revista ciência hoje que foi publicado em 2004.
Trabalho atualmente no BIOAGRO-UFV (Instituto de Biotecnologia
Aplicada à Agropecuária) no Laboratório de Bioinformática,
desenvolvendo softwares de análise populacionais (genética de
Pedro:
populações). Você considera válido esse tipo de iniciativa ou seria
melhor eu estar trabalhando mais especificamente com a biologia
molecular?
Considero muito válido seu trabalho. Mas também já tentei produzir
Dr. Francisco algo relacionado a genética de populações e acho muito difícil produzir
Prosdocimi algo melhor do que os já conhecidos programas PAUP, PHYLIP, MEGA,
dentre outros. Boa sorte!
Poderíamos ou podemos, descobrir qual a seqüência para uma
Paulo: determinada proteína ou característica. Ou para identificar estes pares,
para saber qual proteína ela vai produzir, seria isto?
Podemos sim, saber qual a seqüência de DNA é relativa a uma
determinada proteína e, muitas vezes, uma característica. Existe até
mesmo um projeto conhecido como FENOMA, que tenta identificar os
Dr. Francisco
genes responsáveis por algum fenótipo (característica). O que
Prosdocimi
acontece, entretanto, é que grande parte das características são
geradas através de um grande número de genes que interagem entre
si e fazem da análise algo complicadíssimo!
Tenho uma opinião a expressar... Um grande problema que eu percebo
Vanderson: na maioria dessas ferramentas de bioinformática é o total descaso com
usuários
Concordo plenamente, Vanderson. Biólogos não estão interessados em
utilizar sistemas linux, linhas de comando e outros artifícios
computacionais de start-up razoavelmente complexo. Interfaces
Dr. Francisco
gráficas e fáceis, de preferência via web e bastante user-friendly são
Prosdocimi
altamente recomendáveis. Mas é preciso dizer que há também
programas com manuais completos e simples, mas o usuário parece ter
preguiça de lê-los, o que definitivamente é preciso fazer.
Carla: Por acaso já se pode analisar um gene pelo computador?
É claro, Carla, os genes são formados por seqüências de nucleotídeos
Dr. Francisco que são representadas por A, C, G e T, transformando as seqüências
Prosdocimi dos genes em letrinhas que são analisadas e comparadas entre
diferentes espécies animais.
É real a migração de perl para java? ou isso só tá ocorrendo no meio
Adonis: privado? Essa migração seria um preocupação com uma interface mais
amigável?
Caro Adonis, acredito que a migração de PERL para JAVA está
Dr. Francisco relacionada ao fato de que a linguagem JAVA é multiplataforma, além
Prosdocimi de ser nativamente orientada a objetos, o que facilita a criação de
programas mais complexos e de grande porte. Acredito que os scripts

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 10

freqüentemente utilizados em trabalhos de bioinformática devem

continuar sendo produzidos em PERL, que é uma linguagem onde a
expressão regular é nativa e rápida, sendo mais apropriada para tais
trabalhos. Sim, a migração também pode estar relaciona com uma
interface mais amigável, já pronta em vários objetos JAVA.
Como o Brasil está em relação a outros paises, nesse desenvolvimento?
Carla:
O nosso país valoriza a bioinformática?
O Brasil anda atrás dos países desenvolvidos quando o assunto é
Dr. Francisco bioinformática e, apesar de que recentes iniciativas da CAPES e do
Prosdocimi CNPq vêm tentando buscar equiparação internacional, a bioinformática
brasileira ainda está em seu berço (esplêndido).
Boa noite Dr. Gostaria de saber sobre o cenário de Software Livre x
Software Proprietário em bioinformática. O Sr. acredita que a adoção
do software livre pode ajudar na redução de gastos em pesquisa e
Macedo:
desenvolvimento e que isso possibilitará o estudo de doenças
negligenciadas? Ou o segmento acadêmico enxerga o software livre
apenas como ª...
No caso da bioinformática posso assegurar que mais de 95% dos
softwares são livres ou de livre acesso (pelo menos para o meio
acadêmico) e cerca de 50% são de livre acesso para todos. Por isso, a
Dr. Francisco
bioinformática exige um custo inicial para pesquisa bem baixo e esse é
Prosdocimi
mais um dos motivos pelos quais essa ciência deveria ser mais
incentivada em nosso país. Com um computador razoável e boas idéias
é possível fazer boa bioinformática!!!
Uma empresa privada que prestasse suporte em bioinformática
(desenvolvendo softwares sequenciadores para organismos específicos
Pedro:
ou que atendessem alguma demanda de determinada pesquisa, com
uma interface mais amigável com o usuário final) poderia dar certo?
Não estou bem certo, Pedro. O problema é que a idéia para elaboração
de softwares teria de vir da academia e não sei o pessoal das
universidades estaria disposto a dar a idéia para que vc fizesse o
software para eles comprarem, entende? Eles prefeririam pedir no
Dr. Francisco
departamento de computação para ver se algum outro aluno faria o
Prosdocimi
mesmo software de graça, gerando um trabalho publicável em
conjunto. A menos que vcs produzissem um pacote grande, para uma
ampla gama de aplicações... aí vc poderia dar certo com sua
empresa...
Um profissional em bioinformática deve saber tanto trabalhar com os
softwares de análises de seqüências quanto desenvolver novos
Dani:
programas? Quais são as linguagens de programação mais utilizadas
para este fim?
Ótima pergunta, Dani. É imprescindível para o profissional de
bioinformática, na minha opinião, ter quatro conhecimentos básicos:
(1) Ele deve entender bem biologia molecular, (2) saber trabalhar com
Dr. Francisco
os bancos de dados disponíveis na internet, (3) saber BEM uma
Prosdocimi
linguagem de programação e (4) saber manipular bancos de dados.
Estes, na minha opinião, são os principais requisitos para formar um
bioinformata.
Você contrataria uma empresa dessa natureza para dar suporte às suas
Pedro: pesquisas ou prefere, você mesmo, desenvolver os aplicativos com que
trabalha?
Dr. Francisco Depende do quanto de trabalho fosse necessário. Se fosse pouco
Prosdocimi trabalho, eu mesmo desenvolveria. Se necessitasse de um software

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 11

amplo, talvez preferisse pagar... mas dependeria de financiamento

governamental para isso... e o governo não gosta muito do assunto
'comprar softwares de empresas privadas para trabalhos científicos'. No
último edital do CNPq para bioinfo, enviamos um projeto tentando
comprar um software e o projeto não foi aprovado... possivelmente por
este único motivo.
Boa Noite Dr. Francisco, participei da primeira turma de especialização
em bioinformática do LNCC, atualmente estou fazendo doutorado em
Fabio: microbiologia na UFRJ. Gostaria de saber na sua opinião quais são as
principais diferenças dos cursos de doutorado em Bioinformatica da
USP e da UFMG?
Fala, Fábio. É com receber companheiros por aqui... fui seu sucessor no
LNCC, participando da segunda turma. Não posso dizer muito do curso
de doutorado na USP, o qual conheço pouco. Mas ao que me parece o
Dr. Francisco
curso da USP é muito voltado para as ciências exatas, tendo uma alta
Prosdocimi
carga de disciplinas de matemática e estatística. Aqui na UFMG a carga
de disciplinas é bem balanceada e leve, de forma que o aluno possa se
preocupar mais com seu projeto de tese.
A quantas anda o desenvolvimento das pesquisas em bioinformática
Pedro:
aqui no estado de Minas Gerais?
Aqui em Minas temos alguns grupos de bioinformática montados. Não
posso dizer que conheço todos eles, mas aqui na UFMG temos ao
Dr. Francisco menos uns três grupos de bioinformática, trabalhando com genoma de
Prosdocimi 'Schistosoma mansoni', genômica comparativa e genômica evolutiva,
mas as coisas ainda são um pouco precárias e a infra-estrutura não é
das melhores.
Sou bióloga, especialista em biotecnologia - trabalho com saneamento
- área ambiental - - mas tenho grande interesse em bioinformática.
Dani:
Quais são os conhecimentos básicos de informática que um biólogo
deve ter para iniciar um mestrado em bioinformática?
Bem, não conheço nenhum mestrado em bioinformática e acho que --
se houvesse algum -- o aluno deveria conhecer o básico de sistemas
linux e linguagens de programação. Mas dependendo, se o mestrado
Dr. Francisco
for para biólogos ou para “computólogos”, os conhecimentos a serem
Prosdocimi
exigidos são diferentes. Se for um mestrado para biólogos é possível
que não seja necessário nenhum conhecimento de informática e todo o
conhecimento pode ser adquirido quando da realização do curso.
Qual é campo de trabalho para um pós-graduado em bioinformática,
Dani: além do desenvolvimento de pesquisas em universidades, fundações de
pesquisa Federais,Estaduais e a Licenciatura?
Bem, essa pergunta é um tanto quanto capciosa. Se uma pessoa
formou em bioinformática, imagino que ela queira fazer pesquisa ou
Dr. Francisco
dar aulas. É claro que ela pode também trabalhar em alguma empresa
Prosdocimi
de biotecnologia ou de bioinformática per si... mas acredito que aí ela
teria que ir pra fora do Brasil...
Ricardo: Quais são os trabalhos que vc está fazendo ultimamente na área?
Olá, Ricardo. Ultimamente tenho trabalhado com análises do software
PHRED, com a montagem de um programa para simular a evolução em
Dr. Francisco locos de microsatélites, trabalho também com a diferença na utilização
Prosdocimi de aminoácidos por proteínas de diferentes organismos, com a origem
do código genético, com famílias de proteínas dedos de zinco, dentre
diversas outras coisas.

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br
 12

Então, estarei entrando em contato com o senhor (pois estou na

Pedro: organização do evento). Mais uma pergunta, ainda é muito cedo para
pensarmos em cursos de graduação em bioinformática no Brasil?
Ok. Acho que um curso de graduação em bioinformática poderia ser
bastante interessante sim, mas acho que é cedo para isso. Ainda não
há, só pra vc ter uma idéia, um conceito amplo do que seja
Dr. Francisco bioinformática e é preciso que esta disciplina fique mais madura ao
Prosdocimi longo dos anos para que esse conceito brote claramente. Acho que os
biólogos moleculares atualmente são os principais candidatos a se
tornarem bioinformatas e não há nem cursos de graduação em biologia
molecular... pelo menos desconheço...
A título de informação: foi criada na grade curricular do Bacharelado
Pedro: em Bioquímica-UFV a BQI460 (Bioinformática), onde serão abordados
os principais aspectos dessa nova área do conhecimento.
Bem, aqui na UFMG o prof. Miguel Ortega já ministra à mais de dois
anos uma matéria de tópicos em bioquímica e biologia molecular cujo
Dr. Francisco assunto é a bionformática. É bastante interessante que a universidade
Prosdocimi de Viçosa tenha proposto uma disciplina específica sobre o assunto e
mostra como está atualizada com relação aos novos avanços da
biologia molecular.
O que você considera como maior desafio para a consolidação da
Pedro:
Bioinformática no Brasil?
Considero o maior desafio a formação dos profissionais e a montagem
Dr. Francisco
de infra-estrutura adequada e de computadores de alto-desempenho
Prosdocimi
para as análises mais elaboradas na área.

1.6. Referências Bibliográficas e textos complementares

1 Davies, K. (2001). Decifrando o genoma. Companhia das letras.

2. NCBI: A Science Primer - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/index.html
3. NCBI: A Science Primer – Bioinformatics -
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html
4. Chico On Line – Bioinformática - http://www.icb.ufmg.br/~franc/cool
5. GenBank Stats - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genbankstats.html

1.7 Brainstorm

1. Dê sua opinião sobre o que entende por bioinformática e qual a importância da

área.
2. Vá ao site do NCBI (National Center for Biotechnology Information, o centro
americano para informação biotecnológica, http://www.ncbi.nlm.nih.gov), leia e
navegue um pouco. Encontre algum serviço interessante e reporte sua experiência.

© Francisco Prosdocimi, 2007. Todos os direitos reservados ao autor da obra.

Críticas, sugestões, comentários e apreciações são bem-vindos franc @ icb . ufmg . br