INTRODUÇÃO

A
BIOINFORMATICA
persentation by
NATHALIA MAÍRA
 QUEM SOU EU?
Graduada em Ciências Biológicas
(licenciatura e bacharelado)
Mestrado e Doutorado em Bioquímica -
com ênfase na Biologia Molecular.
Graduanda em Letras Inglês.
QUEM SOU EU?
Linha de pesquisa:
Genética vegetal
Filogenia
Evolução
Bioinformática
Biologia molecular vegetal
Melhoramento vegetal
COMO ESSA AULA IRÁ SE
ORGANIZAR?
O que é bioinformática?

Como a bioinformática surgiu?

Aplicação da bioinformática na
biotecnologia
 COMO SERÃO AVALIADOS

Atividades práticas!
A serem entregues... Whatsapp ou
email.
O QUE É BIOINFORMÁTICA?
 Bio + informática

Bio - biologia -> moléculas. Informática - Organizar a informação

associado as moléculas, em larga escala.
bioinformática como uma linha de pesquisa que envolve
aspectos multidisciplinares e que surgiu a partir do momento
em que se iniciou a utilização de ferramentas computacionais
para a análise de dados genéticos, bioquímicos e de biologia
molecular.
Possui a finalidade principal desvendar a grande quantidade
de dados que vem sendo obtida através de sequências de
DNA e proteínas.
Multidiciplinar!
Uso de ferramentas computacionais.
Quais problemas normalmente lidados com a Bioinformática:
Análises de sequências biológicas para extrair novas informações das mesmas;
Anotações de sequências genômicas
Identificação de linhagens filogenéticas
Modelação dos via biológicas
Predição de estruturas tridimensionais e funções de moléculas biológicas
Simulações de moléculas biológicas sob diferentes condições fisiológicas
Fazer repositórios da informação biológica recolhida
COMO A BIOINFORMÁTICA
SURGIU?
 1940s - Invenção do moderno computador digital.
Digital - os dados são armazenados com um alfabeto
binário.
Dígitos binários - 0 e 1
A operação também é digital, baseada na lógica
liga/desliga.

O primeiro computador digital do mundo foi colocado

novamente em funcionamento na terça-feira (20), no
Reino Unido. Batizado como Harwell, a máquina não
lembra em nada nossos computadores atuais. Com o
peso de 2,5 toneladas, o gigante começou a ser
construído em 1949 para ser utilizado no programa
britânico de Pesquisa de Energia Atômica.
1944 - Avery e colaboradores descobriram que o DNA
era a substância que carregava a informação genética.
1953 - a revista Nature publicou o trabalho clássico
sobre a estrutura em hélice da molécula de DNA por
James Watson e Francis Crick.

A informação genética também é armazenada de forma

digital.
Diferente do alfabeto binário (0 e 1), os dados genéticos
são armazenados em alfabeto quaternário = A, C, G e T.

Os genes também operam de forma digita -

até certo ponto, os genes podem ser "ligados"
ou "desligados".
Por que vocês acham que esse poderia ser o ponto
de partida da bioinformática?

Rosalind Franklin Maurice Wilkins

1960 - Gráfico de Ramachandran (Ramachandran plot,
Rama plot, a Ramachandran diagram or a [φ,ψ] plot).
G.N. Ramachandran, Chandrasekaran Ramakrishnan e
V. Sasisekharan
Por que tal gráfico é importante?

Ofereceram as bases para a

compreensão da estrutura
tridimensional de proteínas.
1966 - Levinthal, C. Molecular model-building by
computer. Scientific american, v. 214, n. 6, p. 42-53,
1966.

Primeira vez que uma molécula biológica é

visualizada usando programas de computadores.
 1965 - tentativa de sistematização do conhecimento
acerca da estrutura tridimensional referente a
informação genéticas e protéica.

Professora Margaret Dayhoff

https://ntrs.nasa.gov/
citations/1966001453
0
Dra. Dayhoff - Foi uma das pioneiras
no uso de computadores para o estudo
de biomoléculas, incluindo tanto ácidos
nucleicos quanto proteínas.
Desenvolvimento de melhores
computadores.
1970 - Simulação de dinâmica
molecular - Michael Levitt e Arieh
Warshel. Nobel de química em
2013.
E a tecnologia continua avançando.
E a tecnologia continua avançando.
 O que isso resulta?

Aumento do número de dados disponíveis.

BIOINFORMÁTICA
APLICADA À
BIOINFORMÁTICA
O QUE É BIOTECNOLOGIA?

A BIOTECNOLOGIA É O CAMPO INTERDISCIPLINAR QUE UNE

A BIOLOGIA, A QUÍMICA, A FÍSICA E A ENGENHARIA PARA
CRIAR INOVAÇÕES QUE PROMOVEM O BEM-ESTAR HUMANO
E PROTEGEM O MEIO AMBIENTE.
ESTA CIÊNCIA REVOLUCIONÁRIA ESTÁ POR TRÁS DE MUITAS
DAS CONQUISTAS MODERNAS EM SAÚDE, AGRICULTURA,
INDÚSTRIA E CONSERVAÇÃO AMBIENTAL.
O QUE É BIOTECNOLOGIA?

EXEMPLOS NOTÁVEIS INCLUEM A PRODUÇÃO DE INSULINA

RECOMBINANTE PARA O TRATAMENTO DO DIABETES,
CULTURAS GENETICAMENTE MODIFICADAS PARA MAIOR
RENDIMENTO E RESISTÊNCIA A PRAGAS,
BIOPLÁSTICOS SUSTENTÁVEIS E
TÉCNICAS DE BIOREMEDIAÇÃO PARA LIMPAR AMBIENTES
CONTAMINADOS.
 APLICAÇÕES DA BIOINFORMÁTICA NA
SAÚDE
1. IDENTIFICAÇÃO DE ALVOS MOLECULARES
EXEMPLO: USO DO BLAST PARA COMPARAR SEQUÊNCIAS DE DNA, IDENTIFICANDO POTENCIAIS ALVOS PARA
MEDICAMENTOS.
2. ENTENDIMENTO DA GENÉTICA DAS DOENÇAS
EXEMPLO: APLICAÇÃO DO GWAS (ESTUDO DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA) PARA DESCOBRIR VARIANTES
GENÉTICAS ASSOCIADAS A DOENÇAS.
3. DESENVOLVIMENTO DE TERAPIAS PERSONALIZADAS
EXEMPLO: UTILIZAÇÃO DE SOFTWARE DE MODELAGEM DE PROTEÍNAS COMO O PYMOL PARA VISUALIZAR
ESTRUTURAS TRIDIMENSIONAIS E PREVER INTERAÇÕES MEDICAMENTO-ALVO.
4. MAPEAMENTO GENÉTICO
EXEMPLO: EMPREGO DO SOFTWARE PLINK PARA ANÁLISE DE DADOS DE SNP, AUXILIANDO NO MAPEAMENTO DE
GENES RELACIONADOS A DOENÇAS.
5. ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS DE DNA E RNA
EXEMPLO: USO DE FERRAMENTAS COMO O RNA-SEQ PARA ANALISAR A EXPRESSÃO GÊNICA E ENTENDER OS
MECANISMOS DE DOENÇAS EM NÍVEL MOLECULAR.
6. MODELAGEM DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS
EXEMPLO: IMPLEMENTAÇÃO DO SWISS-MODEL PARA A MODELAGEM HOMOLOGIA DE PROTEÍNAS, IMPORTANTE NA
IDENTIFICAÇÃO DE ESTRUTURAS FUNCIONAIS E NA PESQUISA DE NOVOS FÁRMACOS.
 AVANÇOS NA AGRICULTURA ATRAVÉS
DA BIOINFORMÁTICA
MELHORIA DA QUALIDADE NUTRICIONAL DOS ALIMENTOS
EXEMPLO: APLICAÇÃO DO CRISPR-CAS9 PARA EDIÇÃO GENÉTICA, VISANDO AUMENTAR O VALOR NUTRICIONAL DE CULTURAS COMO
ARROZ E TRIGO.

OTIMIZAÇÃO DO CRESCIMENTO DAS PLANTAS

EXEMPLO: UTILIZAÇÃO DE ALGORITMOS DE ANÁLISE DE EXPRESSÃO GÊNICA, COMO O RNA-SEQ, PARA ESTUDAR A RESPOSTA DAS
PLANTAS A DIFERENTES CONDIÇÕES AMBIENTAIS.

SEQUENCIAMENTO GENÔMICO

EXEMPLO: EMPREGO DO ILLUMINA SEQUENCING PARA OBTER SEQUÊNCIAS GENÔMICAS COMPLETAS DE CULTURAS, ACELERANDO A
IDENTIFICAÇÃO DE GENES DE INTERESSE.

EDIÇÃO DE GENES

EXEMPLO: USO DA TECNOLOGIA CRISPR-CAS9 PARA A EDIÇÃO PRECISA DE GENES EM CULTURAS AGRÍCOLAS, PERMITINDO
MODIFICAÇÕES ESPECÍFICAS PARA MELHORAR A RESISTÊNCIA E O RENDIMENTO.
 BIOINFORMÁTICA E MEIO AMBIENTE
ANÁLISE DA BIODIVERSIDADE

EXEMPLO: USO DO BARCODE OF LIFE DATA SYSTEM (BOLD) PARA IDENTIFICAR ESPÉCIES ATRAVÉS DO SEQUENCIAMENTO DE DNA, CONTRIBUINDO
PARA O CATÁLOGO GLOBAL DA BIODIVERSIDADE.

ESTUDO DE ECOSSISTEMAS

EXEMPLO: APLICAÇÃO DE SOFTWARES DE METAGENÔMICA, COMO O QIIME, PARA ANALISAR A COMPOSIÇÃO MICROBIANA DE DIFERENTES HABITATS,
AJUDANDO A ENTENDER AS FUNÇÕES ECOLÓGICAS.

BIOREMEDIAÇÃO

EXEMPLO: UTILIZAÇÃO DA ANÁLISE DE EXPRESSÃO GÊNICA PARA IDENTIFICAR MICRORGANISMOS CAPAZES DE DEGRADAR POLUENTES, FACILITANDO
O DESENVOLVIMENTO DE ESTRATÉGIAS DE LIMPEZA AMBIENTAL.

COMPREENSÃO DA FUNÇÃO GENÉTICA

EXEMPLO: EMPREGO DO GENE ONTOLOGY (GO) PARA ANOTAR FUNÇÕES DE GENES EM DIFERENTES ESPÉCIES, ELUCIDANDO SEUS PAPÉIS EM
PROCESSOS ECOLÓGICOS E AMBIENTAIS.

INTERPRETAÇÃO DE INTERAÇÕES GENE-AMBIENTE

EXEMPLO: USO DE MODELOS COMPUTACIONAIS E BASES DE DADOS DE INTERAÇÃO PROTEÍNA-PROTEÍNA, COMO O STRING, PARA EXPLORAR COMO
OS GENES INTERAGEM ENTRE SI E COM O AMBIENTE, INFLUENCIANDO A ADAPTABILIDADE E A SOBREVIVÊNCIA DAS ESPÉCIES.
 DESAFIOS E SOLUÇÕES NA
INTEGRAÇÃO DE DADOS
DESAFIOS
HETEROGENEIDADE DOS DADOS

DADOS BIOLÓGICOS VÊM EM MUITOS FORMATOS: SEQUÊNCIAS DE DNA/RNA, DADOS DE EXPRESSÃO

GÊNICA, ESTRUTURAS PROTEICAS, ETC. INTEGRAR ESSES FORMATOS VARIADOS É COMPLEXO.

VOLUME DE DADOS

A BIOINFORMÁTICA LIDA COM ENORMES VOLUMES DE DADOS ("BIG DATA"), TORNANDO DESAFIADOR O
SEU ARMAZENAMENTO, PROCESSAMENTO E ANÁLISE EFICIENTE.

INTEROPERABILIDADE

DIFERENTES BASES DE DADOS E FERRAMENTAS POSSUEM PADRÕES VARIADOS, COMPLICANDO A

COMPATIBILIDADE E A TROCA DE INFORMAÇÕES ENTRE ELAS.
 DESAFIOS E SOLUÇÕES NA
INTEGRAÇÃO DE DADOS
SOLUÇÕES
DESENVOLVIMENTO DE ALGORITMOS DE MACHINE LEARNING

ALGORITMOS AVANÇADOS PODEM APRENDER DE GRANDES VOLUMES DE DADOS, IDENTIFICANDO PADRÕES COMPLEXOS QUE
HUMANOS NÃO CONSEGUIRIAM, MELHORANDO A PRECISÃO DAS ANÁLISES.

INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL PARA ANÁLISE PREDATIVA E INTERPRETATIVA

A IA PODE PREVER COMPORTAMENTOS DE SISTEMAS BIOLÓGICOS COMPLEXOS E INTERPRETAR INTERAÇÕES GÊNICAS, AUXILIANDO
EM DESCOBERTAS BIOTECNOLÓGICAS.

FERRAMENTAS DE INTEGRAÇÃO DE DADOS

SOLUÇÕES COMO PLATAFORMAS DE INTEGRAÇÃO DE DADOS E PADRÕES DE METADADOS UNIFORMIZADOS FACILITAM A

COMBINAÇÃO DE INFORMAÇÕES DE DIVERSAS FONTES.
AVANÇOS EM COMPUTAÇÃO

A ADOÇÃO DE COMPUTAÇÃO EM NUVEM E TÉCNICAS DE PROCESSAMENTO PARALELO PERMITE O MANEJO EFICAZ DE GRANDES
CONJUNTOS DE DADOS, SUPERANDO LIMITAÇÕES DE HARDWARE.
 TOMATE ROXO: ENRIQUECIMENTO
NUTRICIONAL ATRAVÉS DA
ENGENHARIA GENÉTICA

O DESENVOLVIMENTO DO TOMATE ROXO É UM EXEMPLO EMBLEMÁTICO DE COMO A

BIOINFORMÁTICA E A BIOTECNOLOGIA PODEM SER COMBINADAS PARA CRIAR
CULTURAS COM PROPRIEDADES MELHORADAS. O TOMATE ROXO FOI DESENVOLVIDO
INTRODUZINDO GENES DE SNAPDRAGON (ANTIRRHINUM MAJUS) NO GENOMA DO
TOMATE COMUM, RESULTANDO EM FRUTOS QUE EXPRESSAM ALTOS NÍVEIS DE
ANTOCIANINAS, COMPOSTOS COM PROPRIEDADES ANTIOXIDANTES, QUE LHES
CONFEREM A COR ROXA.
 TOMATE ROXO: ENRIQUECIMENTO
NUTRICIONAL ATRAVÉS DA
ENGENHARIA GENÉTICA
ESTE PROJETO EXIGIU UMA ABORDAGEM MULTIFACETADA, NA QUAL A BIOINFORMÁTICA
FOI CRUCIAL PARA:

IDENTIFICAR E SELECIONAR OS GENES ESPECÍFICOS RESPONSÁVEIS PELA BIOSSÍNTESE DE

ANTOCIANINAS EM A. MAJUS.
ANALISAR SEQUÊNCIAS GENÉTICAS PARA PLANEJAR A INSERÇÃO PRECISA DOS GENES
ALVO NO GENOMA DO TOMATE.
PREVER E AVALIAR OS EFEITOS DA EXPRESSÃO GÊNICA MODIFICADA SOBRE O
METABOLISMO DO TOMATE E AS CARACTERÍSTICAS FENOTÍPICAS RESULTANTES.
 VACAS TRANSGÊNICAS: PRODUÇÃO DE
MEDICAMENTOS EM LEITE

AS VACAS TRANSGÊNICAS REPRESENTAM OUTRO AVANÇO SIGNIFICATIVO FACILITADO

PELA BIOINFORMÁTICA, ONDE GENES HUMANOS SÃO INSERIDOS NO DNA DE VACAS
PARA QUE PRODUZAM LEITE CONTENDO PROTEÍNAS TERAPÊUTICAS HUMANAS. ESTE
AVANÇO OFERECE UMA PLATAFORMA INOVADORA PARA A PRODUÇÃO DE
BIOFÁRMACOS.
 VACAS TRANSGÊNICAS: PRODUÇÃO DE
MEDICAMENTOS EM LEITE

A BIOINFORMÁTICA DESEMPENHOU PAPÉIS CHAVE, INCLUINDO:

MAPEAMENTO E ANÁLISE GENÔMICA PARA IDENTIFICAR LOCAIS ÓTIMOS NO GENOMA

BOVINO PARA A INSERÇÃO DE GENES HUMANOS SEM AFETAR ADVERSAMENTE A SAÚDE
OU A PRODUTIVIDADE DO ANIMAL.
DESENHO DE CONSTRUÇÕES GENÉTICAS PARA ASSEGURAR QUE AS PROTEÍNAS
HUMANAS SEJAM EXPRESSAS DE FORMA EFICIENTE NO LEITE DAS VACAS TRANSGÊNICAS.
SIMULAÇÃO E MODELAGEM DE EXPRESSÃO GÊNICA PARA PREVER OS NÍVEIS DE
PRODUÇÃO DAS PROTEÍNAS TERAPÊUTICAS E OTIMIZAR A EXPRESSÃO GÊNICA.