Exercício 2

Vamos descobrir mais informações sobre as proteínas abaixo, para isso iremos usar os
bancos de dados referente a análise de domínios.

>sequencia1
MKIVTYNVNGLRQRVSQFDSLLKLLDSFDADIICFQETKLRRQELTADLAIADGYESFFS
CTRTSEKGRTGYSGVATFCRVKSASSSCETALPVTAEEGITGLVNSNSRGGKSETSTVAE
GLEEYEKEELLMIDQEGRCVITDHGHFVVFNVYGPRAVADDADRIEFKHRFYGVLERRWE
CLLRQGRRVFVVGDLNIAPFAMDRCEAGPDFEKNEFRKWFRSLLVERGGSFSDVFRSKHP
ERKDAFTCWSSSSGAEQFNYGSRIDHILVAGSCLHQDEDKQGHSFLACHVKECDILTEYK
RFKNENMPTRWKGGLVTKFKGSDHVPVFISFDDLPDIPEHSTPPLASRYLPMIYGFQQTL
VSVFKKRRANEEAKAIEVSCSSSTQSNTSSICGDISTGPLRNCGSMGISLEKSCSFENKS
TSGVTEAETVAATGSIDNLSDGIRASSVRALNISRDGDRKKARKIQSSQLSLKSFFTTNS
KVNNVEDSSSSYVSSSPSSQVESITEPNVSGKEDSEPTTSTQEQDQTGSSAKQKNDAALM
EWQRIQNLMQNSIPLCKGHKEACVARVVKKPGPTFGRRFYVCSRAEKQTVVISNGLHQNS
ETSKRVMRSK

>sequencia2
MRLRVLTWNINGLRRVVAVFGGLQRLLEALAPADVVCFQETKLTRVDLQRELALADGWES
FFAFTRGKVGYSGVATFCRRDRALPLHAEEGFTGVLHLTSEGLHPRWQAAGCSPEQLRNL
DGEGRVVITDHGGFVLVNVYGPAITSEERAEERMSYKLQFYRALQLRLDGFLAEGRRVLL
VGDLNIAPDYMDVCGATPRDFNACRADRAWLRGLLRRGEDCGGAGRPGATGRGLWDRRQQ
QQQQQPQRAETAAEHRWLRRHSGSSGATAQVRAGGEVAKMEEEEGEEVGEGEGSDAGLPP
FVDAFRAFHPKRQHAYTCWNTSSGARVNNYGSRIDHVLVADGTRSYSTGCGGFPSDAAGG
AAPTAPSHAAADPAATLRAAAAPPNGATAAAAAAYGAVTDSTHVAVDVAALPAGSPRTGP
PGVLCPPWVVMADIIPEFQGSDHAPAWVELELPDDLLMARGSADGGPPPPPLLLSSRNLF
DTSRQATLHAILARRPPVSQSTSAPLLGEKKACTASEAAAPSHQPRSQPSPVPGFFTGFS
SDTTQHQGSVATAIAVEEVATGAMTGVHRPPGCLAPRSRNPCTAGAGGAGAGAGAGAGGA
GAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGAGAGAGAGGAGAGGAGAGAGAGAGR
IGGIGRKWGSSAGGRGTSQKKLTAFMKPTAPPPGPPPPPSLAGASPDLGTGQQQSHQSLA
TEMLIIDPAEEVEGATAAAAAATTVVEAAAAAAVEMGLRTAAAAVEVQVAAAAESPGPSQ
AALAWRQIQDQMKPPRCSGHKEPCAVRTVKKRGDNNGRQFWCCARPDGLPPNGRCDFFQW
ARCRNPPTTTAPGSEPGSESGMAGRSSSASGASGRRQPGTGVVGRSEGKGGSGDAGTGGQ
HAALGNMPRKRPRL

1.Primeiro iremos utilizar o InterPro, site "https://www.ebi.ac.uk/interpro/". Analise cada

sequência por vez. Para isso copie e cole a sequência a ser analisada no local apropriado
na plataforma (indicado na figura abaixo) e depois aperte o botão “search”.

a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em

comum?
sim
não

2.Agora vamos testar outra plataforma: o CDD (site

"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi"). Como na questão anterior, analise
cada sequência. Lembrar de colocar a sequência em formato fasta no local apropriado
(indicado na figura abaixo). Depois aperte o botão “submit” para dar início ao processo de
busca por domínios conservados.

a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em

comum?
sim
não
b.O "output" (resultado exibido) do CDD é semelhante ao que foi encontrado no InterPro?
sim
não

3.Última plataforma a ser analisada: Prosite (site "https://prosite.expasy.org/"). Como na

questão anterior, analise cada sequência. Lembrar de colocar a sequência em formato fasta
no local apropriado (indicado na figura abaixo). Depois aperte o botão “Scan” para dar início
ao processo de busca por domínios conservados.

a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em

comum?
sim
não
b.O "output" (resultado exibido) do Prosite é semelhante ao que foi encontrado no InterPro e
CDD?
sim
não

4.Qual é a sua conclusão em relação a comparação entre esses bancos de dados?