UNIVERSIDADE ESTADUAL DA PARAÍBA - CAMPUS I

CENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E DA SAÚDE - CCBS

DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA
CURSO DE BACHARELADO EM CIÊNCIAS BIOLÓGICAS - DIURNO
DOCENTE: CARLOS HENRIQUE SALVINO GADELHA MENESES
DISCENTE: MARIA RENALY ARAÚJO VIANA

16/03/24

Exercício 2

Vamos descobrir mais informações sobre as proteínas abaixo, para isso iremos usar os
bancos de dados referente a análise de domínios.

>sequencia1
MKIVTYNVNGLRQRVSQFDSLLKLLDSFDADIICFQETKLRRQELTADLAIADGYESFFS
CTRTSEKGRTGYSGVATFCRVKSASSSCETALPVTAEEGITGLVNSNSRGGKSETSTVAE
GLEEYEKEELLMIDQEGRCVITDHGHFVVFNVYGPRAVADDADRIEFKHRFYGVLERRWE
CLLRQGRRVFVVGDLNIAPFAMDRCEAGPDFEKNEFRKWFRSLLVERGGSFSDVFRSKHP
ERKDAFTCWSSSSGAEQFNYGSRIDHILVAGSCLHQDEDKQGHSFLACHVKECDILTEYK
RFKNENMPTRWKGGLVTKFKGSDHVPVFISFDDLPDIPEHSTPPLASRYLPMIYGFQQTL
VSVFKKRRANEEAKAIEVSCSSSTQSNTSSICGDISTGPLRNCGSMGISLEKSCSFENKS
TSGVTEAETVAATGSIDNLSDGIRASSVRALNISRDGDRKKARKIQSSQLSLKSFFTTNS
KVNNVEDSSSSYVSSSPSSQVESITEPNVSGKEDSEPTTSTQEQDQTGSSAKQKNDAALM
EWQRIQNLMQNSIPLCKGHKEACVARVVKKPGPTFGRRFYVCSRAEKQTVVISNGLHQNS
ETSKRVMRSK

>sequencia2
MRLRVLTWNINGLRRVVAVFGGLQRLLEALAPADVVCFQETKLTRVDLQRELALADGWES
FFAFTRGKVGYSGVATFCRRDRALPLHAEEGFTGVLHLTSEGLHPRWQAAGCSPEQLRNL
DGEGRVVITDHGGFVLVNVYGPAITSEERAEERMSYKLQFYRALQLRLDGFLAEGRRVLL
VGDLNIAPDYMDVCGATPRDFNACRADRAWLRGLLRRGEDCGGAGRPGATGRGLWDRRQQ
QQQQQPQRAETAAEHRWLRRHSGSSGATAQVRAGGEVAKMEEEEGEEVGEGEGSDAGLPP
FVDAFRAFHPKRQHAYTCWNTSSGARVNNYGSRIDHVLVADGTRSYSTGCGGFPSDAAGG
AAPTAPSHAAADPAATLRAAAAPPNGATAAAAAAYGAVTDSTHVAVDVAALPAGSPRTGP
PGVLCPPWVVMADIIPEFQGSDHAPAWVELELPDDLLMARGSADGGPPPPPLLLSSRNLF
DTSRQATLHAILARRPPVSQSTSAPLLGEKKACTASEAAAPSHQPRSQPSPVPGFFTGFS
SDTTQHQGSVATAIAVEEVATGAMTGVHRPPGCLAPRSRNPCTAGAGGAGAGAGAGAGGA
GAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGGAGAGAGAGGAGAGGAGAGAGAGAGR
IGGIGRKWGSSAGGRGTSQKKLTAFMKPTAPPPGPPPPPSLAGASPDLGTGQQQSHQSLA
TEMLIIDPAEEVEGATAAAAAATTVVEAAAAAAVEMGLRTAAAAVEVQVAAAAESPGPSQ
AALAWRQIQDQMKPPRCSGHKEPCAVRTVKKRGDNNGRQFWCCARPDGLPPNGRCDFFQW
ARCRNPPTTTAPGSEPGSESGMAGRSSSASGASGRRQPGTGVVGRSEGKGGSGDAGTGGQ
HAALGNMPRKRPRL

1.Primeiro iremos utilizar o InterPro, site "https://www.ebi.ac.uk/interpro/". Analise cada

sequência por vez. Para isso copie e cole a sequência a ser analisada no local apropriado
na plataforma (indicado na figura abaixo) e depois aperte o botão “search”.

a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em

comum? sim não

sim porque as sequências de aminoácidos fazem parte da mesma família de

proteínas as endonucleases
2.Agora vamos testar outra plataforma: o CDD (site
"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi"). Como na questão anterior, analise
cada sequência. Lembrar de colocar a sequência em formato fasta no local apropriado
(indicado na figura abaixo). Depois aperte o botão “submit” para dar início ao processo de
busca por domínios conservados.
a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em
comum? sim não
b.O "output" (resultado exibido) do CDD é semelhante ao que foi encontrado no
InterPro?

sim não
 SIM

3.Última plataforma a ser analisada: Prosite (site "https://prosite.expasy.org/"). Como na

questão anterior, analise cada sequência. Lembrar de colocar a sequência em formato fasta
no local apropriado (indicado na figura abaixo). Depois aperte o botão “Scan” para dar início
ao processo de busca por domínios conservados.
a.Compare os resultados obtidos. As sequências 1 e 2 possuem domínios conservados em
comum? sim não
b.O "output" (resultado exibido) do Prosite é semelhante ao que foi encontrado
no InterPro e CDD?

sim não
4.Qual é a sua conclusão em relação a comparação entre esses bancos de dados?
A ferramenta Interpro faz uma análise das duas sequências de proteínas e as
classificou em família das proteínas, as famílias de proteínas foram
encontradas em vários bancos de dados diferentes, os quais foram utilizados
na pesquisa.
A ferramenta de análise de proteínas CDD analisou, duas sequências de
proteínas e encontrou em seus bancos de dados de domínio conservado duas
famílias, e encontrou duas famílias de proteínas as quais são sequencias
idênticas as famílias encontradas na plataforma interpor.

A Plataforma prosite encontrou dois perfis de famílias de proteínas correspondentes as

duas sequencias de proteínas. Essas famílias de proteínas são idênticas as famílias
encontradas na outras duas ferramentas CDD e Interpro