UNIVERSIDADE ESTADUAL DA PARAÍBA

CENTRO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E SAÚDE

DISCIPLINA: BIOLOGIA MOLECULAR
PROF. DRA. SIMONE LOPES
ESTÁGIÁRIO ME. YORRAN MONTENEGRO

ALUNO(A):

QUESTÃO 1

A CURVA DE TITULAÇÃO DA ALANINA MOSTRA A IONIZAÇÃO DE DOIS GRUPOS FUNCIONAIS COM

VALORES DE PKA DE 2,34 E 9,69, CORRESPONDENDO À IONIZAÇÃO DO GRUPO CARBOXILA E O
GRUPO AMINO PROTONADOS, RESPECTIVAMENTE. A TITULAÇÃO DE DI E TRI PEPTÍDEOS MAIORES
QUE ALANINA TAMBÉM MOSTRA A IONIZAÇÃO DE SOMENTE DOIS GRUPOS FUNCIONAIS, EMBORA
OS VALORES EXPERIMENTAIS DE PKA SEJAM DIFERENTES. A TENDÊNCIA DOS VALORES DE PKA ESTÁ
RESUMIDA NA TABELA 1. COM BASE NELA, FAÇA O QUE SE PEDE.

Aminoácido ou peptídeo pK1 pK2

Ala 2,34 9,69

Ala-Ala 3,12 8,30

Ala-Ala-Ala 3,39 8,03

Tabela 1: Valores de pK para o oligopeptídeo de Alanina Figura 1: Estrutura Plana Alanina

a) desenhe a curva de titulação da Alanina (Figura 1) em suas três formas mostradas na

tabela (cada uma com uma forma de traço, ex: ===, ------ e ……) , não esquecendo de
identificar: i) os pontos pKa, ii) as formas correspondentes presentes em cada ponto em
sua estrutura linear, iii) o ponto isoeletrônico.

b) Por que o valor de pK1 aumenta com cada resíduo de Ala que é adicionado ao
oligopeptídeo?

c) Por que o valor de pK2 diminui com cada resíduo Ala a mais no oligopeptídeo?

QUESTÃO 2

No planeta Rama, o DNA é de seis tipos de nucleotídeos: A, B, C, D, E e F. Os tipos A e B são

denominados marzines, C e D são orsines, E e F são pirines. As regras a seguir são válidas
em todos os DNA de Rama: i) Total de Marzines = Total de Orsines = Total de Pirines; ii) A =
C = E e B = D = F. Em Rama, a mitose produz três células-filhas. Tendo esse fato em mente,
proponha um padrão de replicação para o modelo de DNA de Rama.

QUESTÃO 3

Quais as diferenças entre uma PCR convencional e uma RT-qPCR? Em que situações
distintas você empregaria estas metodologias?

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QUESTÃO 4

LEIA O RESUMO DO ARTIGO INTITULADO “DEMOGRAPHIC, CLINICAL, AND ANCESTRY

CHARACTERIZATION OF A LARGE CLUSTER OF MUCOPOLYSACCHARIDOSIS IV A IN THE BRAZILIAN
NORTHEAST REGION” DA PROFESSORA SIMONE SILVA DOS SANTOS-LOPES E COLABORADORES E,
POSTERIORMENTE, RESPONDA O QUE SE PEDE.

RESUMO: A MUCOPOLISSACARIDOSE (MPS) IVA É UMA DOENÇA AUTOSSÔMICA RECESSIVA RARA

COM DISTRIBUIÇÃO ALTAMENTE VARIÁVEL EM TODO O MUNDO. AS DISCREPÂNCIAS NA
INCIDÊNCIA DE MPS IVA ENTRE POPULAÇÕES DE DIFERENTES ETNIAS SÃO ATRIBUÍDAS
PRINCIPALMENTE AOS EFEITOS FUNDADORES. FORAM ANALISADOS DADOS DEMOGRÁFICOS E
CLÍNICOS DE 28 PACIENTES COM MPS IVA, ACOMPANHADOS EM UM ÚNICO CENTRO, E
ANCESTRALIDADE (CROMOSSOMO Y E MARCADORES MITOCONDRIAIS) DE UMA SUBAMOSTRA DE
17 PACIENTES, A MAIORIA COM A MUTAÇÃO P.SER341ARG (C.1023C>G). A CONSANGUINIDADE
PARENTAL FOI OBSERVADA EM 15/20 CASAIS; UMA RARA MUTAÇÃO HOMOZIGÓTICA DA N-
ACETILGALACTOSAMINA6-SULFATASE (GALNS) FOI ENCONTRADA EM 7/16 FAMÍLIAS COM
HETEROGENEIDADE FENOTÍPICA INTRAFAMILIAR. A ASCENDÊNCIA PATERNA ERA 94,2% (16/17)
EUROPEIA, 5,8% (1/17) AFRICANO E 0% AMERÍNDIO. OS HAPLOGRUPOS PATERNOS EUROPEUS R1A,
R1B E R* REPRESENTARAM 94,2% (16/17) DOS PACIENTES. O HAPLOGRUPO R1B, IDENTIFICADO EM
59% (10/17) DOS PACIENTES, É FREQUENTEMENTE ENCONTRADO EM POPULAÇÕES DA PENÍNSULA
IBÉRICA. ASCENDÊNCIA MATERNA EUROPEIA, AMERÍNDIA E AFRICANA FOI OBSERVADA EM 46,9%
(8/17), 35,4% (6/17) E 17,7% (3/17) DOS PACIENTES, RESPECTIVAMENTE. O ESTUDO DE UM GRUPO
DE PACIENTES COM MPS IVA DO NORDESTE DO BRASIL, COM ALTA CONSANGUINIDADE PARENTAL
E HETEROGENEIDADE FENOTÍPICA, MOSTROU ASCENDÊNCIA PARENTAL PREDOMINANTEMENTE
EUROPEIA. ESTE ACHADO ANCESTRAL CORROBORA DADOS HISTÓRICOS SOBRE O POVOAMENTO
LOCAL, FORMADO PREDOMINANTEMENTE POR HOMENS EUROPEUS.

PARA IDENTIFICAR A ANCESTRALIDADE MATERNA DOS INDIVÍDUOS, A PROFESSORA SIMONE

UTILIZOU COMO METODOLOGIA A IDENTIFICAÇÃO DE UM TRECHO DE DNA MITOCONDRIAL
RESPONSÁVEL POR INDICAR AS POSSÍVEIS CONTRIBUIÇÕES ÉTNICAS. PARA ISTO, UTILIZOU-SE A
SEGUINTE METODOLOGIA:

METODOLOGIA: PARA AMPLIFICAÇÃO DE TODA A REGIÃO CONTROLE DO MTDNA, FORAM

EMPREGADOS OS SEGUINTES PARES DE PRIMERS: L15997 (5'-CACCATTAGCACCCAAAGCT3') E H17
(5'-CCCGTGAGTGGTTAATAGGGT-3'), AMPLIFICANDO A REGIÃO ENTRE AS POSIÇÕES 16.024 E
16.599, COM PRODUTO DE 588 PB, E O PAR DE PRIMERS L16555 (5'-CCCACACGTTCCCCTTAAAT-
30) E H599 (5'-TTGAGGAGGTAAGCTACATA-3'), POSSIBILITANDO A AMPLIFICAÇÃO DA REGIÃO
ENTRE AS POSIÇÕES 1 E 576, COM UM PRODUTO DE 590 PB.

PERGUNTA: OS PRIMERS ANALISADOS ESTÃO DE ACORDO COM OS PARÂMETROS ÓTIMOS

RECOMENDADOS, INCLUINDO-SE A TEMPERATURA DE MELTING? A PARTIR DESTES PARÂMETROS
ÓTIMOS INDICADOS POR VOCÊ, QUAIS RECOMENDAÇÕES VOCÊ DARIA A EQUIPE DE
PESQUISADORES?

FÓRMULAS:

PARA SEQUÊNCIAS MENORES DO QUE 14 NUCLEOTÍDEOS:

TM= (WA+XT) * 2 + (YG+ZC) * 4

ONDEW,X,Y,ZSÃO O NÚMERO DE BASES A,T,G,C NASEQUÊNCIA, RESPECTIVAMENTE

PARA SEQUÊNCIAS MAIORES DO QUE 13 NUCLEOTÍDEOS:

TM= 64.9 +41*(YG+ZC-16.4)/(WA+XT+YG+ZC)

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QUESTÃO 5

OS ELETROFEROGRAMAS ABAIXO MOSTRAM O RESULTADO DO SEQUENCIAMENTO AUTOMATIZADO

(MÉTODO DE SANGER) DE UM PRODUTO DE PCR OBTIDO A PARTIR DA AMPLIFICAÇÃO DO DNA
GENÔMICO HUMANO DE 3 INDIVÍDUOS. A SETA APONTA UM SNP (POLIMORFISMO DE ÚNICO
NUCLEOTÍDEO). NOTE QUE A POSIÇÃO INDICADA PELA SETA APRESENTA UM PICO ÚNICO OU DOIS
PICOS SUPERPOSTOS, DEPENDENDO DO INDIVÍDUO. DISCUTA ESTE RESULTADO.

Figura 2: Eletroesferograma

QUESTÃO 6

NO ARTIGO INTITULADO “SERUM OF COVID-19 PATIENTS CHANGES NEUROINFLAMMATION AND

MITOCHONDRIAL HOMEOSTASIS MARKERS IN HIPPOCAMPUS OF AGED RATS” OS AUTORES
DECIDEM ANALISAR A EXPRESSÃO DE DIFERENTES GENES QUANDO TRATADOS COM UMA SOLUÇÃO
CONTENDO DIFERENTES VARIANTES DE SARS-COV-2. PARA REALIZAR ESTA ANÁLISE, OS
PESQUISADORES COLETARAM TECIDO CEREBRAL DE RATOS WISTAR E TRATARAM ESTES TECIDOS
COM O SORO DO SANGUE DE SERES HUMANOS.

OBSERVE ABAIXO UM DOS RESULTADOS DA EXPRESSÃO GÊNICA QUE OS PESQUISADORES

IDENTIFICARAM.

Figura 3: Figura: Expressão de mRNA de TLR2 (a), TLR3 (b), TLR4 (c) e ITFIM3 (d). Em preto, níveis de expressão em
amostras expostas ao soro controle (sem carga viral); em rosa, níveis de expressão em amostras expostas ao soro
de um paciente infectado anteriormente pela SARS-CoV-2 mas que testou negativo no momento da coleta da
amostra; em verde, níveis de expressão em amostras expostas a variante Zeta; e, em roxo, níveis de expressão em
amostras expostas a variante Gamma. Os dados representam médias ± DP de pelo menos quatro determinações
experimentais realizadas em triplicata.

PERGUNTA: QUAIS AS PRINCIPAIS CONCLUSÕES QUE VOCÊ PODE TIRAR A RESPEITO DESTES
DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA?
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QUESTÃO 7

NO ARTIGO INTITULADO “DIFFERENCES IN GENE EXPRESSION PATTERNS, REVEALED BY RNA-SEQ

ANALYSIS, BETWEEN VARIOUS SANFILIPPO AND MORQUIO DISEASE SUBTYPES”, OS AUTORES
ESTUDAM UMA DOENÇA GENÉTICA CHAMADA MUCOPOLISSACARIDOSE. NESTA DOENÇA, HÁ
MUTAÇÕES QUE CAUSAM OS SINTOMAS CLÍNICOS. ESTAS MUTAÇÕES, POR SUA VEZ, PODEM
AFETAR DIFERENTES GENES, O QUE LEVOU A DESENVOLVER UM SISTEMA DE CLASSIFICAÇÃO DE
MUTAÇÃO QUE CATEGORIZASSE O TIPO DE GENE AFETADO. ESTA CLASSIFICAÇÃO É DADA POR
ALGORITMO ROMANO, POR EXEMPLO, MPS I, MPS II, MPS III, ONDE CADA ALGORITMO REPRESENTA
UM GENE DIFERENTEMENTE AFETADO.

QUANDO UM DETERMINADO GENE É AFETADO POR UMA MUTAÇÃO, UM EFEITO CASCATA É

ESPERADO, UMA VEZ QUE CADA GENE POSSUI UMA FUNÇÃO ESPECÍFICA DENTRO DA CÉLULA.
LOGO, CADA GENE POSSUI DIFERENTES INTERAÇÕES MOLECULARES ESPECÍFICAS DE SI PRÓPRIO.

OS PESQUISADORES REALIZARAM UMA ANÁLISE DE RNASEQ EXPOSTA ABAIXO:

PERGUNTA: QUAIS AS PRINCIPAIS CONCLUSÕES QUE VOCÊ PODE TIRAR A RESPEITO DESTES
DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA?

QUESTÃO 8

UM CRIME FOI COMETIDO. OS PERITOS RECOLHERAM DA CENA DO CRIME UM FIO DE CABELO DO

POSSÍVEL CULPADO. DURANTE A ANÁLISE DO CORPO, OS PERITOS TAMBÉM RECOLHERAM O SANGUE
DA VÍTIMA PARA DESCARTA-LA COMO POSSÍVEL ORIGEM DO FIO DE CABELO.

ANALISANDO OS RESULTADOS DA PCR ABAIXO, QUAL A PROVÁVEL ORIGEM DO FIO DO CABELO?

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QUESTÃO 9

OS CUPINS ESTÃO ORGANIZADOS EM UM SISTEMA DE CASTAS, ONDE CADA INDIVÍDUO

DESENVOLVE UMA CARACTERÍSTICA FENOTÍPICA QUE ESTEJA ATRELADA A FUNÇÃO
DESEMPENHADA POR ESTE DENTRO DO NINHO. EM UM ARTIGO INTITULADO “EXPRESSION PROFILES
OF NEOTROPICAL TERMITES REVEAL MICROBIOTA-ASSOCIATED, CASTE-BIASED GENES AND
BIOTECHNOLOGICAL TARGETS” OS AUTORES QUERIAM ESTUDAR AS DIFERENTES
CARACTERÍSTICAS DE EXPRESSÃO GÊNICA ENTRE DUAS CASTAS DE CUPINS (SOLDADOS E
TRABALHADORES) E ENTRE TRÊS ESPÉCIES DE CUPINS.

O OBJETIVO DESTE TRABALHO ESTAVA EM ANALISAR OS GENES EXPRESSOS EM CADA CASTA, BEM
COMO EM CADA ESPÉCIE E COMPARÁ-LAS ENTRE SI, ESTIPULANDO SE HAVIA UMA CORRELAÇÃO
DE PARENTESCO ENTRE AS ESPÉCIES. OS AUTORES, PARA CUMPRIR ESTE OBJETIVO SELECIONARAM
DUAS ESPÉCIES DE PARENTESCO PRÓXIMO E UMA ESPÉCIE DE PARENTESCO DISTANTE. ABAIXO
ESTÃO REPRESENTADOS OS RESULTADOS OBTIDOS PELA ANÁLISE.

META-TRANSCRIPTOMA

Soldado

Operário EXPRESSÃO DIFERENCIAL

S. T

Soldado + REGULADO
Operário POSITIVAMENTE

TRABALHADOR = 367
SOLDADO 767

META-TRANSCRIPTOMA

Soldado

Operário
EXPRESSÃO DIFERENCIAL

S. T
Soldado + REGULADO
Operário POSITIVAMENTE

TRABALHADOR = 65
SOLDADO = 332

META-TRANSCRIPTOMA

Soldado

Operário
EXPRESSÃO DIFERENCIAL

S. T
Soldado REGULADO
POSITIVAMENTE
+Operário
TRABALHADOR = 4821
SOLDADO = 1447

OS OBJETIVOS DO TRABALHO FORAM ALCANÇADOS? QUAIS OUTRAS INFERÊNCIAS FILOGENÉTICAS

VOCÊ É CAPAZ DE OBSERVAR A PARTIR DOS DADOS OBTIDOS? JUSTIFICAR.

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QUESTÃO 10

EM UM ESTUDO INTITULADO “NEONATAL HYPERGLYCEMIA INDUCES CELL DEATH IN THE RAT

BRAIN”, ROSA E COLABORADORES OBSERVARAM OS EFEITOS DA DIABETES NEONATAL E O
DESENVOLVIMENTO DO CÉREBRO EM MODELOS ANIMAIS DE RATOS. SEGUNDO OS AUTORES:
“VÁRIOS ESTUDOS EXAMINARAM O DIABETES NEONATAL, UMA DOENÇA RARA CARACTERIZADA
POR HIPERGLICEMIA E BAIXOS NÍVEIS DE INSULINA QUE GERALMENTE É DIAGNOSTICADA NOS
PRIMEIROS 6 MESES DE VIDA. RECENTEMENTE, OS EFEITOS DO DIABETES NO CÉREBRO TÊM
RECEBIDO ATENÇÃO CONSIDERÁVEL. ALÉM DISSO, A HIPERGLICEMIA PODE PERTURBAR A FUNÇÃO
CEREBRAL E ESTAR ASSOCIADA À MORTE NEURONAL EM RATOS ADULTOS. NO ENTANTO, POUCOS
ESTUDOS INVESTIGARAM OS EFEITOS PREJUDICIAIS DA HIPERGLICEMIA NEONATAL NO CÉREBRO
DE RATOS DURANTE O DESENVOLVIMENTO DO SISTEMA NERVOSO CENTRAL (SNC),
PARTICULARMENTE OS MECANISMOS ENVOLVIDOS NA DOENÇA”.

PARA INVESTIGAR OS EFEITOS DA DIABETES NO DESENVOLVIMENTO CEREBRAL, OS AUTORES

REALIZARAM A ANÁLISE DE WESTERN BLOTTING EM PROTEÍNAS SABIDAMENTE RELACIONADAS AO
CICLO DE VIDA CELULAR, EM ESPECIAL A ATIVAÇÃO OU INIBIÇÃO DE EVENTOS APOPTÓTICOS.
SOBRE AS PROTEÍNAS ANALISADAS, OS AUTORES DESCREVEM AS SEGUINTES CARACTERÍSTICAS:
MUITAS PROTEÍNAS RESPONDEM AO ESTADO DE DIABETES. A VIA DE SINALIZAÇÃO DA PROTEÍNA QUINASE ATIVADA
POR MITÓGENO (MAPK) TEM SIDO CORRELACIONADA COM LESÃO INDUZIDA POR HIPERGLICEMIA. AS PROTEÍNAS DA
FAMÍLIA MAPK SÃO IMPORTANTES MEDIADORES DE TRANSDUÇÃO DE SINAL E DESEMPENHAM PAPÉIS CRÍTICOS EM
PROCESSOS CELULARES, COMO CRESCIMENTO E PROLIFERAÇÃO CELULAR, DIFERENCIAÇÃO, SOBREVIVÊNCIA E APOPTOSE.
AS PROTEÍNAS P38 E JNK SÃO MEMBROS DA SUPERFAMÍLIA MAPK QUE SÃO ATIVADAS POR SINAIS DE ESTRESSE E
PROMOVEM MUITAS RESPOSTAS CELULARES, DEPENDENDO DO TIPO DE CÉLULA E DO ESTÍMULO. A VIA DE SINALIZAÇÃO P38
E JNK ESTÁ ENVOLVIDA NA APOPTOSE INDUZIDA POR ESTRESSE EM MUITAS LINHAGENS CELULARES. UM ESTUDO COM
RATOS DIABÉTICOS MOSTROU ATIVAÇÃO DE P38 E JNK. (...)
A FOSFORILAÇÃO DE PROTEÍNAS DESEMPENHA UM PAPEL IMPORTANTE NA TRANSDUÇÃO DE SINAL INTRACELULAR
ATIVADA POR VÁRIOS ESTÍMULOS EXTRACELULARES, INCLUINDO NÍVEIS DE INSULINA E GLICOSE PLASMÁTICA. A PROTEÍNA
QUINASE B (PKB/AKT) É UMA PROTEÍNA CHAVE NAS VIAS DE TRANSDUÇÃO DE SINAL E É ATIVADA EM RESPOSTA A
FATORES DE CRESCIMENTO OU INSULINA. ACREDITA-SE QUE A AKT CONTRIBUA PARA DIVERSAS FUNÇÕES CELULARES,
INCLUINDO METABOLISMO DE NUTRIENTES, CRESCIMENTO CELULAR E APOPTOSE. GSK3 É UMA SERINA/TREONINA QUINASE
QUE ESTÁ ENVOLVIDA NO DIABETES E EM DOENÇAS NEURODEGENERATIVAS. A REGULAÇÃO NEGATIVA DA SINALIZAÇÃO DA
INSULINA AUMENTA A ATIVIDADE E O NÍVEL DA PROTEÍNA GSK3 NO MÚSCULO ESQUELÉTICO DE CAMUNDONGOS COM
DIABETES TIPO 2 E NO TECIDO ADIPOSO DE CAMUNDONGOS DIABÉTICOS OBESOS, PROVAVELMENTE DEVIDO À
SINALIZAÇÃO ANORMAL DA INSULINA E À HIPERGLICEMIA. A GSK3Β TAMBÉM ESTÁ ENVOLVIDA NA SOBREVIVÊNCIA
CELULAR E NA APOPTOSE. NÍVEIS CRONICAMENTE AUMENTADOS DE GLICOSE REGULAM NEGATIVAMENTE
SIGNIFICATIVAMENTE A EXPRESSÃO DE AKT NAS CÉLULAS GLIAIS DA RETINA, CONTRIBUINDO POTENCIALMENTE PARA A
ALTA APOPTOSE INDUZIDA POR GLICOSE.

OS RESULTADOS OBTIDOS PELOS PESQUISADORES ESTÃO REPRESENTADO NA FIGURA ABAIXO.

COM BASE NOS DADOS E NO TEXTO-BASE, É POSSÍVEL DIZER QUAIS FORAM OS PRINCIPAIS
ACHADOS DOS PESQUISADORES? HÁ ATIVIDADE APOPTÓTICA NOS NEURÔNIOS DE RATOS
DIABÉTICOS? ESSA ATIVIDADE APOPTÓTICA PARECE ESTAR CRONICAMENTE ATIVADA? JUSTIFIQUE
COM BASE NAS INFORMAÇÕES DO TEXTO.

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