ANÁLISE DA TAXA DE PRODUÇÃO DE ENTROPIA GERADA PELA REGULAÇÃO
DA EXPRESSÃO GÊNICA
Cauê Augusto Boneto Gonçalves¹*; Alexandre Ferreira Ramos¹
¹Escola de Artes, Ciências e Humanidades, Universidade de São Paulo, Av. Arlindo Béttio, 1000, São Paulo, SP, Brasil
*caue.boneto@usp.br
INTRODUÇÃO
Os fenótipos celulares podem ser determinados por meio das quantidades de
produtos gênicos [1], portanto, pode-se estimar seus custos energéticos e se
estes encontram-se em equilíbrio, esta ideia pode ser útil na análise de
patologias como no câncer. Por exemplo, as células cancerígenas podem
apresentar uma mudança metabólica que geralmente é denotada como efeito
Warburg que influencia diretamente no gasto energético [2]. Espera-se que esta
abordagem ajude os pesquisadores a entender melhor como as células
cancerígenas mantêm sua viabilidade apesar de tal mudança. Para isso, em
trabalhos futuros espera-se investigar os regimes diferenciados de expressão
gênica de células cancerígenas e suas demandas energéticas relacionadas.
Modelos e Métodos
O modelo mais simples de regulação da expressão gênica considera um gene
com apenas dois estados: ON, quando ocorre a expressão, e OFF, quando a
expressão é bloqueada. No desenho da Fig. 1, representamos os modelos para
um gene autorregulador à esquerda e, à direita, mostramos o modelo de um
gene regulador externo.
Figura 1: Modelo da regulação da expressão gênica binária
Para simplificar, a Fig. 1 indica um modelo no qual a transcrição e a tradução
são acopladas e, portanto, os produtos gênicos são proteínas. Essa
simplificação é útil para construir um modelo matemático solucionável, mas a
interpretação é limitada, pois consideramos apenas o caso em que há uma
proporcionalidade direta entre o número de transcritos e proteínas. No
desenho, os círculos indicam os promotores dos genes sendo ON ou OFF, (𝐟
e 𝐡) são as taxas de transição do estado OFF para ON (e vice-versa), 𝐧
denota o número de proteínas, enquanto 𝐤 e 𝛒 são as taxas de síntese e
degradação de proteínas, respectivamente, considera-se neste modelo, que
mesmo em OFF 𝐤 possui uma taxa residual, denominada 𝛘𝐤. Aqui discutimos
apenas o modelo para um gene regulador externo. As variáveis aleatórias do
modelo são a proteína número 𝐧, com 𝐧 = 0, 1, ..., e o estado do promotor
sendo ON ou OFF. A probabilidade de encontrar o promotor ON (ou OFF)
quando as 𝐧 proteínas estão dentro da célula são indicadas por 𝛂ₙ (ou 𝛃ₙ).
A síntese e a degradação são modeladas em termos de um processo de
nascimento e morte, enquanto um processo telégrafo aleatório é usado para
modelar a mudança entre os estados ON e OFF. A equação mestra é vista
nas equações 1 e 2.
(1)
(2)
Em ambas as equações, os termos proporcionais indicam a degradação das
proteínas enquanto a síntese é reconhecida nos termos proporcionais a k ou
k. A comutação de OFF para ON é indicada pelo termo proporcional a h
enquanto o termo com f denota a transição oposta. As equações mestras
possuem sua resolução em outro trabalho [3].
A taxa de produção de entropia no regime estacionário e no regime
dependente do tempo (eq. 3 e 4, respectivamente), no caso trabalhado,
foi trabalhada em cima das equações mestras e é escrita como:
(3)
(4)
Resultados
Os resultados obtidos, podem ser descritos pelos gráficos obtidos a
partir da análise dos resultados das fórmulas apresentadas
anteriormente. Assim, obtém-se para seis cenários três gráficos, onde
cada situação irá haver mais ou menos taxa de produção de entropia.
figura 2: Gráficos obtidos a partir da análise dos ruídos e da
probabilidade de sintetizar n genes, 1 correspondente a cada cenário
A taxa de produção de entropia para cada gráfico é, respectivamente
da esquerda para direita, de cima para baixo os seguintes valores: Π =
0, 9397, Π = 31, 9482, Π = 45.9136, Π = 1, 9257, Π = 3, 8320, Π =
0.8364
Conclusões
A partir dos resultados obtidos, pode-se concluir alguns fatores
relevantes, o principal aspecto percebido é a baixa taxa de produção de
entropia do cenário conhecido como “burst”, o qual é representado pelos
3 gráficos inferiores da figura 6. Nisto, conclui-se que o gasto de energia
está diretamente ligada à quantidade de vezes que o gene passa de um
estado ligado para desligado e vice-versa. Este fato, sugere uma
explicação para o ambiente de baixa energia em que a célula
cancerígena cresce, mesmo exigindo uma energia extremamente alta,
sendo assim, a expressão do gene cancerígeno deve trabalhar em um
modelo de “burst”. O que pode-se afirmar é que a taxa de produção de
entropia está diretamente ligada à taxa de síntese de proteína.
Referências Bibliográficas
[1] David L Nelson and Michael M Cox. Lehninger Principles of
Biochemistry, Fourth Edition. Fourth edition edition, 2004.
[2] Douglas Hanahan and Robert A. Weinberg. Hallmarks of cancer: the
next generation. Cell, 144(5):646–674, March 2011
[3] A. F. Rand J. E. M. Hornos. Symmetry in biology: from genetic
code to stochastic gene regulation. IET Syst. Biol., 4(5):311–329,
2010.