Universidade Federal do Oeste da Bahia

Curso de Engenharia de Biotecnologia

BIOINFORMÁTICA
LISTA 4

Discente: Beatriz Paiva dos Santos

Docente: Samuel Mazzinghy Alvarenga

Luís Eduardo Magalhães

2021
Utilize a ferramenta BLAST do NCBI para realizar as atividades a seguir:

1- Qual programa BLAST você utilizaria para realizar uma busca no banco de
dados...:

a) Se você tivesse uma sequência de nucleotídeos e desejasse encontrar uma

sequência de nucleotídeos similar?

Usaria o BLASTn

b) Se você tivesse uma sequência de aminoácidos e desejasse encontrar uma

sequência de aminoácidos similar?

Blastp

2- Você está com uma sequência de nucleotídeos, entretanto, você desconhece a

origem da mesma. Você utiliza o programa “nucleotide blast” na tentativa de
identificar esta sequência. Quais as opções de “Choose Search Set” e “Program
Selection” você irá utilizar e por quê?

Utilizaria o Blastn, os parâmetros em default. Olharia o valor do E-value para

identificar quais das sequências é a que estou procurando (a sequência com maior
afinidade) , diante disto, encontraria o link com o relatório contendo todas as
informações que preciso.

3- A sequência de nucleotídeos a seguir foi obtida após análise de um a célula

neoplásica humana. Sua expressão foi observada aumentada quando comparada
com uma célula saudável do mesmo tecido. A que gene pertence a sequência a
seguir. O que permite você afirmar isto?

Pertence ao gene CD44 (grupo sanguíneo indiano), um gene que codifica a proteína
glicoproteína de superfície celular. Está proteína participa de uma ampla variedade
de funções celulares, como por exemplo, metástase tumoral.

>Seq02

CGGCCCCTGCCCCGCGCCCAGGGATCCTCCAGCTCCTTTCGCCCGCGCCCTC
CGTTCGCTCCGGACACCATGGACAAGTTTTGGTGGCACGCAGCCTGGGGACTC
TGCCTCGTGCCGCTGAGCCTGGCGCAGATCGATTTGAATATAACCTGCCGCTTT
GCAGGTGTATTCCACGTGGAGAAAAATGGTCGCTACAGCATCTCTCGGACGGA
GGCCGCTGACCTCTGCAAGGCTTTCAATAGCACCTTGCCCACAATGGCCCAGAT
GGAGAAAGCTCTGAGCATCGGATTTGAGACCTGCAGGTATGGGTTCATAGAAG
GGCACGTGGTGATTCCCCGGATCCACCCCAACTCCATCTGTGCAGCAAACAAC
ACAGGGGTGTACATCCTCACATCCAACACCTCCCAGTATGACACATATTGCTTC
AATGCTTCAGCTCCACCTGAAGAAGATTGTACATCAGTCACAGACCTGCCCAAT
GCCTTTGATGGACCAATTACCATAACTATTGTTAACCGTGATGGCACCCGCTATG
TCCAGAAAGGAGAATACAGAACGAATCCTGAAGACATCTACCCCAGCAACCCTA
CTGATGATGACGTGAGCAGCGGCTCCTCCAGTGAAAGGAGCAGCACTTCAGGA
GGTTACATCTTTTACACCTTTTCTACTGTACACCCCATCCCAGACGAAGACAGTC
CCTGGATCACCGACAGCACAGACAGAATCCCTGCTACCAGAGACCAAGACACA
TTCCACCCCAGTGGGGGGTCCCATACCACTCATGGATCTGAATCAGATGGACAC
TCACATGGGAGTCAAGAAGGTGGAGCAAACACAACCTCTGGTCCTATAAGGACA
CCCCAAATTCCAGAATGGCTGATCATCTTGGCATCCCTCTTGGCCTTGGCTTTG
ATTCTTGCAGTTTGCATTGCAGTCAACAGTCGAAGAAGTTGAAGAGATTCAGGTT
ATAGCATAAGAAGAGCACTGTTTCATCGTCTTCTTGCTGTTAGGAGGTCTATGAA
GCAGAGAAGAACTTTCCTTTGGAAAACAACTAAATGAAGACAGTCACCTCGCTA
GAACTGACACATGGGCTGTTTTTATATTCTTGAAGGCCACTCTCTCCCTACCTGA
ACCAAGACCTATAGGTTTACATGTTATTTACATTTTATATATAATATATATATATAT
ATATACACATACATTATATATACACAATAGTAATTCTAGCAACAGAGGAAATGACC
TTTAACAGGGGTATAAATCTAAATTTATAAAAGTATAAATCTAAATTTCTTACCCA
AGACACTTTAAAGATACATTATTTTTCTCCAGGACGTAATTCATAGGAATATTAAG
CCTTTTGTAAATGTCCCTTTAGATGGTTTCTCATAAGGTAAAAGAAACTTATTTCC
AAGCAGGACCACCTTTATTGTGTCCCCAGATCACCTCACAGGGCAGAAAAATGC
CCCTCAGTCTGGGAGAAGAC

4 – Qual organismo a sequência a seguir apresenta melhor score?

Mus musculus

>seq1

gcagcccaggcaggtttcaacgcaggtgatgggcaccgctacttcaacatccccgggtcgcgcacagcag

acatggctgaggtggagaccaccaccaacgtgggcgtgcccggccgctgggcgtttagaatcgatgatgc

ccaggtgcgcgtggggggctgcggccatacaacctctgtgtgcctggtcctgcgtccatgcctcaatggt
ggcaagtgcattgatgactgtgtcacgggcaatccctcttacacctgttcctgtctcgctggcttcacag

gccggagatgccacctggatgtgaacgagtgtgcttcccacccctgtcagaatggtgggacctgcaccca

tggtgtcaacagcttcagctgccagtgcccagccggcttcaagggacccacctgtgaatcggcccaatct

5 – A sequência de aminoácidos informada a seguir foi obtida a partir de fígado de

rato. Qual a proteína relacionada?

Piruvato carboxilase

>seq 01

MLKFRTVHGGLRLLGIRRTSTAPAASPNVRRLEYKPIKKVMVANRGEIAIRVFRACTE
LGIRTVAIYSEQDTGQMHRQKADEAYLIGRGLAPVQAYLHIPDIIKVAKENNVDAVHP
GYGFLSERADFAQACQDAGVRFIGPSPEVVRKMGDKVEARAIAIAAGVPVVPGTDA
PITSLHEAHEFSNTYGFPIIFKAAYGGGGRGMRVVHSYEELEENYTRAYSEALAAFG
NGALFVEKFIEKPRHIEVQILGDQYGNILHLYERDCSIQRRHQKVVEIAPAAHLDPQL
RTRLTSDSVKLAKQVGYENAGTVEFLVDRHGKHYFIEVNSRLQVEHTVTEEITDVDL
VHAQIHVAEGRSLPDLGLRQENIRINGCAIQCRVTTEDPARSFQPDTGRIEVFRSGE
GMGIRLDNASAFQGAVISPHYDSLLVKVIAHGKDHPTAATKMSRALAEFRVRGVKTN
IAFLQNVLNNQQFLAGTVDTQFIDENPELFQLRPAQNRAQKLLHYLGHVMVNGPTT
PIPVKASPSPTDPVVPAVPIGPPPAGFRDILLREGPEGFARAVRNHPGLLLMDTTFR
DAHQSLLATRVRTHDLKKIAPYVAHNFSKLFSMENWGGATFDVAMRFLYECPWRR
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