Disc.: BIOINFORMÁTICA 2022.

2 - F (G) / EX
Prezado (a) Aluno(a),

Você fará agora seu TESTE DE CONHECIMENTO! Lembre-se que este exercício é opcional,
mas não valerá ponto para sua avaliação. O mesmo será composto de questões de
múltipla escolha.

Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à
explicação da mesma. Aproveite para se familiarizar com este modelo de questões que
será usado na sua AV e AVS.

03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA

1.
As proteínas são biomoléculas construídas a partir de ligações peptídicas formadas
no ribossomo, com a sua sequência dada pela ordem dos códons de RNAm, que foram
transcritos do DNA. A forma que as proteínas se consolidam depende dos resíduos de
aminoácidos que as compõem. Dentre os aminoácidos existem quatro classes: com carga
(positivo ou negativo), polares (sem carga), apolares e os casos especiais (que se
comportam de forma única). Sobre esse assunto analise as afirmativas a seguir:

I. Os aminoácidos são classificados em dois grandes grupos, são eles polares ou

apolares.

II. O conjunto total das interações entre os resíduos forma a conformação final da
proteína (basicamente a forma tridimensional que ela assume) e esta é fundamental
para sua função.

III. A interação entre os aminoácidos ligações de hidrogênio formando α-hélices ou

dobrando sua estrutura.

É correto o que se afirma em:

Errado
II e III, apenas.

I e II, apenas.

Errado
I e III, apenas.

I, apenas.

II, apenas.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:14

Explicação:
Existem quatro classes que os aminoácidos podem se incluir são eles: com carga
polares (positivo ou negativo), polares sem carga, apolares e os casos especiais
(que se comportam de forma única). Dependendo da carga dos aminoácidos que compõem
uma sequência de peptídeos pode ocorrer uma interação do tipo ligação de hidrogênio
e assim formar uma α-hélice ou dobrar a sua estrutura, ou uma repulsão. Essas
interações podem irão fornecer a estrutura de cada proteína. Cada conformação
tridimensional é de extrema importância para o funcionamento da proteína, pois irá
possibilitar interação com enzimas, cofatores, funcionar como um canal para a
passagem seletiva de alguma substância, entre outras funções.

2.
O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o
desenvolvimento de um novo alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser
realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a alternativa correta:

Errado
É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou
gene com função em comum.

É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma

simulação, dentro de um ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade.

Errado
O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o
DNA em RNAm.

O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em

diversas outras técnicas de bioinformática.

É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que
possamos identificar qual é a correta.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:23

Explicação:
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA
ou proteínas, a partir de um algoritmo de pontuação. Assim podemos identificar
genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o
alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem
molecular. O alinhamento não armazenar informações que serão usadas para
transcrever o DNA em RNAm, não compara sequencias para dizer qual é a correta, não
realiza o modelamento de proteínas e não realiza a modelagem molecular, etapa
posterior ao alinhamento e não tem a finalidade de alinhar proteínas o mais próximo
da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já
cadastradas no banco de dados.

3.
(adaptada de IBADE - 2018 - Prefeitura de Presidente Kennedy - ES - Biólogo ) As
informações genéticas nos seres vivos são codificadas por bases nitrogenadas que
constituem os ácidos nucléicos. Analise as sequências de nucleotídeos a seguir.
Fita 1 - CCCTATACGCTAGCATGACTT

Fita 2 - GGGATATGCGATCGTACTGAA

A seguir são listadas algumas características sobre as fitas de nucleotídeo 1 e 2.

Assinale a alternativa correta:

Errado
As fitas 1 e 2 são complementares, formando juntas um segmento do DNA.

As fitas analisadas constituem um segmento de uma molécula de RNA.

Errado
Na fita 1 e 2 existem 21 códons e 07 nucleotídeos

Na fita 1 existem 30 códons e 15 nucleotídeos.

Se considerarmos a fita 1 como a fila molde, o RNAm formado por esta sequência
apresentará as mesmas bases nitrogenadas da fita 2.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:33

Explicação:
Tanto a sequência de nucleotídeos 1 e 2 apresentam 21 nucleotídeos e 7 códons (um
códon equivale a 3 nucleotídeos). Como ambas as fitas apresentam as bases C, G, A e
T elas são representativas do DNA e não do RNA. Para ser uma fita de RNA deveria
apresentar as bases C, G, A e U. Além disso, se observarmos as fitas vemos que 1 e
2 são complementares, ou seja, no lugar que temos uma base C na outra fita equivale
a G, e no lugar que temos uma base A na outra fita equivale a t e vice-versa,
representando as duas fitas de DNA, que são complementares entre si.

02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS

4.
Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de
várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era
encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para
solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de
primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a
especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um
comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?

Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.

Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers.

Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do
genoma.

Certo
Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.

Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do

genoma.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:44

Explicação:
A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que
você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias
sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário
aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer,
mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente
ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais
nucleotídeos, você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado
apenas na região desejada.

5.
(PR4 - UFRJ - Biólogo -UFRJ - Biologia Molecular - 2016)

Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene

de camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar
está presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de
bioinformática:

Errado
BLAST.

Multialignm.

Mega.

Errado
GenBank.

Velvet.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:52

Explicação:
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas.
Essas sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer
descobrir se a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes
desconhecido está presente no genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada,
pois ele vai comparar sequências simples. O Mega é um software para análises
filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento múltiplo de sequências.
Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um banco de dados.

6.
Escolha a opção que justifique por que é importante que o comprimento do produto
amplificado pela reação de PCR seja maior que 150 pares de bases (pb).

Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas
secundárias com maior facilidade.

A temperatura de anelamento para amplificar uma região menor que 150pb é maior que
72°C.

Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especificidade da

reação.Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas
secundárias com maior facilidade.

Errado
Produtos amplificados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers
que não se ligaram ao DNA e ficam no final da eletroforese.

Errado
A enzima Taq DNA polimerase não consegue amplificar seguimentos de DNA menores que
150pb.

Data Resp.: 19/10/2022 16:14:57

Explicação:
O tamanho do produto amplificado não interfere na especificidade, na formação de
estruturas secundárias ou na temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto
da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb). Fragmentos muito pequenos podem
ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e aparecem no
final do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região amplificada for muito
grande, a DNA polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos
necessários, e nesses casos a PCR não vai funcionar. A Taq tem dificuldade para
amplificar produtos maiores que 1000pb.

03015ANOTAÇÃO GÊNICA

7.
O aluno Pedro está começando agora uma nova iniciação científica. Sua orientadora
lhe disse que ele irá trabalhar com a enzima mieloperoxidase (MOP), mas ele ainda
não compreende a importância do seu projeto. Ele precisa acessar um banco de dados
biológico que reúna uma grande variedade de informações sobre essa proteína, como
vias metabólicas e doenças associadas a ela. Qual banco de dados você recomendaria
a ele?

Errado
GenBank.

PDB.

PubMed.

Swiss-Prot.

Errado
KEGG.

Data Resp.: 19/10/2022 16:15:06

Explicação:
O KEGG é banco de dados biológico que envolve diferentes tipos de dados biológicos,
possibilitando a compreensão da funcionalidade e utilidade de moléculas biológicas
em nível elevado de complexidade. Os demais bancos focam em um determinado tipo de
dados, como anotação de proteínas (Swiss-Prot), literatura científica (PubMed),
estrutura de proteínas (PDB) ou sequências de nucleotídeos (GenBank).

8.
Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados
computacionais. Em relação aos tipos de bancos de dados biológicos, relacione as
duas colunas.

1. Curado.

2. Acesso livre.

3. Especializado

4. Primário.

( ) Armazenam informações biológicas originais, resultados de experimentos

científicos.

( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa
experiência no assunto.

( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo,

sobre o HIV.

( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso.

Qual a sequência correta?

2-4-1-3.

Errado
4-1-3-2.

Errado
4-3-2-1.

1-3-2-4.

1-2-3-4.

Data Resp.: 19/10/2022 16:15:46

Explicação:
Os bancos de dados podem ser categorizados de acordo com a disponibilidade de
acesso, com o conteúdo dos dados armazenados e com a qualidade deles. O acesso pode
ser livre ou restrito; o conteúdo pode ser de dados brutos ou processados,
referindo-se a sequências biológicas, estruturas 3D, anotação funcional de
proteínas, dentre outros. No que diz respeito à qualidade, um banco curado é aquele
que passou pela análise de profissionais especialistas no assunto. Um banco
primário é aquele que armazena informações biológicas originais, resultados de
experimentos científicos, e um banco especializado reúne todo conteúdo que atende a
um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV.

02265ANÁLISE FILOGENÉTICA

9.
Observe o caldograma abaixo:

Imagem: Leandro Pederneiras

A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que,

segundo o cladograma, se refere a um grupo polifilético.

O conjunto de espécies A B C D

Errado
O conjunto de espécies N O P

O conjunto de espécies S T

Errado
O conjunto de espécies H I
O conjunto de espécies W X Y

Data Resp.: 19/10/2022 16:15:58

Explicação:
Gabarito: O conjunto de espécies H I

Justificativa: O grupo polifilético é um conjunto de táxons que não inclui o

ancestral comum de todos os seus membros. Ao analisar as alternativas, aquela que
representa um grupo prolifilético, é o conjunto de espécies H I porque possuem
origem em linhagens amplamente desconexas. Os conjuntos de espécies listados nas
outras alternativas (conjunto de espécies N, O, P; conjunto de espécies W X Y;
conjunto de espécies A B C D e o conjunto de espécies S T) apresentam um ancestral
comum.

10.
Analise a figura a seguir:

Imagens: Leandro Pederneiras

Analisando as árvores da esquerda e direita é possível afirmar que:

Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos.

Errado
São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos
giraram em seu próprio eixo.

Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita.

Errado
São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes.

O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da

esquerda do que na da direita.

Data Resp.: 19/10/2022 16:16:24

Explicação:
Gabarito: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e
alguns ramos giraram em seu próprio eixo.

Justificativa: As duas imagens correspondem a um cladograma, nesse tipo de árvore

não é possível saber a profundidade exata dos nós porque não possui uma escala de
tempo. As duas árvores são idênticas em seus relacionamentos (topologia), apenas
com ramos torcidos em seus próprios eixos, pela alteração da forma (retangular e
diagonal, respectivamente). Os grupos A B C D E e I J K L M estão na mesma posição
nas árvores, apenas com ramos torcidos, sendo assim não mudam a relação de
proximidade. Não houve corte nas árvores que justificaria a mudança de topografia
entre as árvores.