Curso: Biomedicina Semestre:

Professor: Allan Cézar de Azevedo Martins Disciplina: Bioinformática

Estudante: Turma:

Relatório de Atividades
Para a elaboração do relatório, elabore textos contextualizando as atividades e as respostas às
questões. Não é necessário se estender muito, mas é preciso contextualizar sua resposta de
acordo com a atividade.

Atividade 1 - Apresentação
Colete os seguintes dados:
- Homo sapiens – Tamanho do genoma; Número de genes nos cromossomos X e Y.
- Tamanho do genoma de Escherichia coli; Drosophila melanogaster; e vírus
Influenza A. Salve os dados em sua pasta (identificar o caminho da pasta salva
no computador)
- Localize um fórum de Bioinformática.

Atividade 2 - Lógica
Resolver os exercícios de lógica:
3+5=8
3+8=5
3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5
3 + 5 = 8 \/ 3 + 8 = 5
¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5
¬(3 + 5) = 8 /\ 3 + 8 = 5
¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 > 5
(3 + 5) -> = 8
4 > 8 \/ 3< 6
(2*5<500 /\ 3+5=8)/\4>10
(2*5>500 /\ 3+5=8)\/4>10
(¬(3 + 5) = 8 /\ 3 + 8 = 5)\/(¬3 + 5 = 8 /\ 3 + 8 = 5)
(45,6<10\/5>1)/\(25-1!=4)->(3/2=1,5\/9>=9)/\(10+2<1)

Atividade 3 - Python
Atingir ao menos 60% do curso online - anexe o resultado ao relatório.

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 Bioinformática - professor Allan Cézar de Azevedo

Atividade 4 - Linux
Apresente o roteiro de comandos para:
- Criar pasta de trabalho;
- Criar 1 arquivo texto para cada dia de aula com: <dia> <disciplina> <professor>;
- Criar 1 arquivo contendo os anteriores;
- Obter o número de linhas, palavras e caracteres de cada arquivo.

Atividade 5 - Alinhamento
Acessar e responder:
- Acessar ‘\\10.23.0.7\d\Allan\Bioinfo\palavra1.txt’. O que é essa palavra?
- Acessar ‘\\10.23.0.7\d\Allan\Bioinfo\palavra2.txt’. O que é essa palavra?
- Acessar ‘\\10.23.0.7\d\Allan\Bioinfo\palavras.txt’. O que estas palavras têm em comum?

Atividade 6 - Sequenciamento e
montagem
- Recolher informações sobre os genomas: Haemophilus influenzae, Saccharomyces cerevisiae.
- Recolher informações sobre a montagem dos genomas: Drosophila melanogaster, Arabidopsis
thaliana.

Atividade 7 - Arquivos de dados

- Obtenha os arquivo GFF de:
Cromossomo 1 de Macaca
mulatta; Cromossomo X de Homo
sapiens.
- Qual a melhor forma de ver estes arquivos?
- Identifique as colunas;
- Importe os dados em 2 planilhas de Excel;
- Anexe os dados ao relatório.

Atividade 8 - Anotação
- Acessar o KEGG e
responda: O que é o
KEGG?
O que encontrar no KEGG?
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- Localize as seguintes vias metabólicas e anexe ao
relatório: Bicicleta de Krebs;
Metabolismo de lipídeos de membrana;

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Produção aeróbica de energia.

Atividade 9 - Modelagem 3D
Para a atividade 9, apenas colocar as respostas das questões no relatório.
- Acesse o PDB. Busque estruturas envolvidas no GO “Base excision repair”. Quantas estruturas
estão registradas? Quantos ligantes estão registrados? Quantas são humanas? Quantas
estruturas são complexos proteína-DNA?
- Acesse o PDB. Busque a sessão Molécula do mês. Busque Receptor de insulina. Que
informações pode-se obter nesta página?
- Acesse o PDB. Busque a sessão Molécula do mês. Busque Insulina. Abra a estrutura 4ins. A
estrutura de insulina é de qual organismo? Quais os autores do trabalho? Qual a identificação
da estrutura da insulina humana.
- Obtenha a sequência do produto do gene AAF51208 (GenBank). Que produto é esse? Salve
em um arquivo FASTA. Que sequências resultam de um BLAST? Abra o SWISS-MODEL. Faça no
browser a modelagem do produto obtido. Que tipo de predição é essa?

Atividade 10 - Dinâmica molecular

- Acesse o site physics.weber.edu. Na ferramenta de busca, digite “Interactive Molecular
Dynamics” e acesse o link de mesmo nome. O que é isso?
- Utilize o Interactive Molecular Dynamics para produzir os estados da natureza (registre os dados
para cada estado): Gás - ocupando todo o espaço e sem agrupamentos; Líquido - pouco
espaço entre os átomos, mas sem ordem; Sólido - átomos ordenados; Líquido cercado por gás;
Sólido cercado por gás. O que podemos observar de diferente?
- Utilize o Interactive Molecular Dynamics para observar expansão livre: Produza um gás ideal
(100 átomos em 5000 de área); Faça uma pausa e registre os dados; Duplique a área e tire
a pausa da simulação. Faça uma pausa e registre os dados; Observe T. Repita o experimento
com área inicial de 1000. Registre em área 1000, 2000, 5000 e 10000. O que aconteceu?
Por que?