Bioinformática 1

Prof. Dr. Walter F. de Azevedo Jr.

Laboratório de Sistemas BioMoleculares.
Departamento de Física. UNESP
São José do Rio Preto. SP.

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Ementa
Introdução e definição;
Algoritmos e complexidade;
Busca exaustiva;
Algoritmos avarentos;
Programação dinâmica;
Algoritmos divida-e-conquiste;
Algoritmos gráficos;
Padrão combinatório.

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Programação do curso
Aula Data Conteúdo
1 17-3 Introdução e apresentação do curso
2 24-3 Algoritmos e complexidade (1)
3 31-3 Algoritmos e complexidade (2)
4 7-4 Algoritmos de busca exaustiva
5 28-4 Algoritmos avarentos
6 5-5 Programação dinâmica (1)
7 12-5 Programação dinâmica (2)
8 19-5 Algoritmos divida-e-conquiste
9 2-6 Algoritmos gráficos (1)
10 9-6 Algoritmos gráficos (2)
11 16-6 Padrão combinatorial
12 23-6 Seminários convidados
13 30-6 Prova
14 7-7 Entrega de trabalhos

Horário das aulas: 10:00-12:00 hs (quinta)

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Critérios de avaliação

Prova 60 % da nota (data 30/06/2005)

Trabalho 40 % (data da entrega 7/07/2005)

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Temas para os trabalhos
1) Programação dinâmica
2) Matrizes de alinhamento
3) Montagem da home-page do curso de bioinformática
4) Bases de dados para bioinformática
5) Algoritmos de busca exaustiva
6) Algoritmos avarentos
7) Algoritmos divida-e-conquiste
8) Algoritmos gráficos
9) Algoritmos de padrões combinatoriais

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Roteiro para confecção dos trabalhos
Capa. Contendo título, nome da disciplina, do professor,
componentes do grupo e data.

Resumo. Uma breve apresentação do projeto desenvolvido.

Introdução. Uma apresentação do projeto.

Métodos. Uma descrição dos métodos.

Aplicação. Pelo menos uma aplicação do(s) algoritmo(s) discutido

Referências bibliográficas. Todos artigo citados, seguindo-se

as normas da UNESP.

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Roteiro para confecção dos trabalhos
Entregar versão impressa. Espaço duplo, times new roman, tamanho 12

Entregar em CD versão em pdf.

Data da entrega: 7/07/2005.

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Bibliografia principal
JONES, N. C. & PEVZNER, P. A. Introduction to Bioinformatics
algorithms. The MIT Press,Cambridge, MA (2004).

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Bibliografia complementar
AUGEN, J. Bioinformatics in the Post-Genomic Era.
Addison-Wesley, Boston, MA (2005)

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Bibliografia complementar
LESK, A. M. Introduction to Bioinformatics.
Oxford University Press, New York, USA (2002)

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Bibliografia complementar
ALBERTS et al., Biologia Molecular da Célula. Editora
ArtMed, Porto Alegre (2004).

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Overview

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Introdução

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Introdução

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Física↔Biologia

Max Delbrück Erwin Schrödinger

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Física↔Biologia

What is life ? (1944)

Erwin Schrödinger

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Física↔Biologia

<>

Francis Crick James Watson

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Referências bibliográficas

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Afinal, o que é bioinformática ?

Baseado na literatura científica recente podemos definir

bioinformática como o estudo de dois fluxos de informações em
biologia molecular. Um envolve o fluxo da informação descrito
no dogma central da biologia molecular. O segundo envolve o fluxo
baseado no método científico, da hipótese e desenho de experimentos
à análise dos resultados.

Altman, R.B. A curriculum for bioinformatics: the time is ripe.

Bioinformatics, 14, 549-550, 1998.The requirements for a graduate program in bioinformatics.

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