A Bioinformática

E o Agronegócio

Braga

Computational Biology
Research Group
 Timeline

Início do séc. 20: Mendel e as leis da hereditariedade.

1944: DNA como elemento portador da

informação genética (Avery)

1953: Watson/Crick e a estrutura do DNA.

Anos 70 e 80: Biologia Molecular/Biotecnologia

Anos 90 e séc. 21: Genômica/Bioinformática

Sequenciamento do DNA
Sanger, Gilbert
(Nobel 1980)
 SequenciamentoAutomático
Sequenciamento Automático

Leroy Hood

30kb por corrida

A Era Genômica
Um modelo
genético
 Genoma Humano - 2001

International Consortium
• Grupos acadêmicos

Celera Genomics
• Companhia Privada
Next-Generation Sequencing
Plataformas NGS (2a Geração)

454-Roche

Solid 5500
 Plataformas NGS (2a Geração)

Illumina MiSeq

Illumina HiSeq
Plataformas NGS (2a Geração)

Ion Torrent PGM

Ion Proton
Plataformas NGS (3a Geração)

PacBio RS II
Plataformas NGS (4a Geração)
Biologia Computacional
Biologia Computacional
 Biologia Computacional
O que se deseja ?
 Aplicações
• Tecnologias Ômicas
– Genômica
– Transcriptômica
– Metagenômica
– Proteômica
– Metabolômica
 Aplicações
• Tecnologias Ômicas
Passos para a Montagem
 Bancos de Dados Públicos
 NCBI (National Center for Biotechnology Information)
www.ncbi.nlm.nih.gov/

 EBI (European Bioinformatics Institute)

www.ebi.ac.uk/

 Ensembl Genome Browser

www.genome.ucsc.edu/

 UniProt Knowledgebase (UniProtKB)

https://www.ebi.ac.uk/uniprot/

 PDB (The Protein Databank)

www.rcsb.org/pdb/
 Bancos de Dados Públicos
 GenBank (NIH Genetic Sequence Database)
www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

 EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

www.ebi.ac.uk/embl/

 DDBJ (DNA Data Bank of Japan)

www.ddbj.nig.ac.jp/

 Interpro
www.ebi.ac.uk/interpro/

 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)

www.genome.ad.jp/kegg/
Metagenômica Tá na Moda! (Microbioma)
Metagenômica Tá na Moda! (Microbioma)
Metagenômica Tá na Moda! (Microbioma)
Metagenômica Tá na Moda! (Microbioma)
 Projetos na Amazônia
Projeto: Micro-organismos e seu Papel na Biotransformação
do Mercúrio em Reservatórios Hidrelétricos na Amazônia

 Investigação do microbioma presente em reservatórios de

duas usinas hidrelétricas da Amazônia (Tucuruí e Curuá-Una)
 Metagenômica e Bioinformática.

 WMS (Whole Metagenome Sequencing) e responder:

- Quem está lá?

- O que estão fazendo?
- Quais suas diferenças?
 Metodologia:

 Coleta de amostras

 Isolamento e sequenciamento de DNA ambiental (NGS)

 Análise dos Dados.

 Projetos na Amazônia
Projeto: Micro-organismos e seu Papel na Biotransformação
do Mercúrio em Reservatórios Hidrelétricos na Amazônia

Diversidade taxonômica dos filos de maior abundância encontrados nas

camadas amostradas do reservatório Curuá-Una
 Projetos na Amazônia
Projeto: Micro-organismos e seu Papel na Biotransformação
do Mercúrio em Reservatórios Hidrelétricos na Amazônia

Filos mais abundantes encontrados na amostra do ponto MR da UHE-Tucuruí

 Projetos na Amazônia
Projeto: Avaliação do Potencial de Biorremediação da
Amazônia Atlântica pela Indústria de Petróleo

 O petróleo é constituído, predominantemente por

hidrocarbonetos, que podem chegar a 97% de sua
composição.
 São os compostos mais utilizados como indicadores deste tipo

de poluição.
 A biodegradação por microrganismos representa um dos

primeiros mecanismos de remoção de petróleo e

hidrocarbonetos do ambiente, além de ser o método mais
barato de biorremediação.
 Identificar vias metabólicas e micro-organismos envolvidos na

transformações biológicas pela degradação do petróleo em

ambientes amazônicos para fins de biorremediação.
 Projetos na Amazônia
Projeto: Avaliação do Potencial de Biorremediação da
Amazônia Atlântica pela Indústria de Petróleo

 Metodologia:
 Coleta e amostragem.

 Análise da biodiversidade.

 Cultivo de bactérias capazes de degradar hidrocarbonetos

 Quantificação de

microrganismos
com potencial de
degradação de
Petróleo.
Produções Científicas
Produções Científicas
Começar ?

Computational Biology
Research Group

PPGBAA
Começar ?

Laboratório de Genômica e Bioinformática

Começar ?

Laboratório de Genômica e Bioinformática

Começar ?

Laboratório de Genômica e Bioinformática

Começar ?

Laboratório de Genômica e Bioinformática

Começar ?

Laboratório de Genômica e Bioinformática

Começar ?

Computational Biology Laboratório de Engenharia Biológica

Research Group
Começar ?

Computational Biology Laboratório de Engenharia Biológica

Research Group
Começar ?

Computational Biology Laboratório de Engenharia Biológica

Research Group
Começar ?

Computational Biology Laboratório de Engenharia Biológica

Research Group
 Obrigado !

Marcus Braga
Bacharel em Ciência da Computação
Mestre em Computação Aplicada
Doutorando em Bioinformática (UFPA)
Docente - Sistemas de Informação (UFRA) marcus.braga@ufra.edu.b
r