Química Computacional

Burke, K. J. Chem. Phys. 136, 150901 (2012)

Química computacional
• A modelagem molecular, ou química computacional, se refere a
uma série de técnicas utilizadas na investigação de problemas
químicos em um computador (LEWARS, 2011), e é um
importante método para estudos da estrutura da matéria
relacionados à investigação das estruturas eletrônicas dos
compostos (HASE, 2003). Dentre os trabalhos encontrados na
literatura podemos destacar:

1- cálculos de geometrias moleculares

2- reatividade química
3- espectros IV e UV
4- RMN
5- além de estudos das propriedades físicas de substâncias
 Cálculos computacionais:

• cálculos das propriedades moleculares

podem ser realizadas por computador,
como: energia de formação, energia de
ativação, momento de dipolo,
características de orbitais moleculares,
eletrônicas, atômicas, de ligações,
polarizabilidade, caráter hidrofóbico, e
outras como coeficiente de partição (logP)
e refratividade molar (MR).
www.uv.es/quimica
Adaptado de: CAMPOS, A. F. C.; Introdução à modelagem molecular, 2013
Métodos Clássicos:
• Mecânica molecular: métodos de aproximação de Born-
Oppenheimer para um oscilador harmônico
Métodos Quânticos:
• Mecânica Quântica – método Hartree-Fock (HF).
Métodos Quânticos:
Métodos Quânticos:
O emprego da Química Computacional no
desenvolvimento de fármacos:
• (i) visualização tridimensional e a análise
conformacional de fármacos;
• (ii) analisar o tamanho e formato do grupo
farmacofórico;
• (iii) verificar a importância da natureza e grau de
substituição de grupos funcionais;
• (iv) observar os aspectos estereoquímicos dos
fármacos e sua relação com a atividade biológica;
• (v) relacionar a estrutura e as propriedades físicas de
uma mesma série de fármacos;
• (vi) predizer os mecanismos moleculares envolvidos www.uv.es/quimica
na ação dos fármacos.
Principais métodos teóricos para cálculos
computacionais:

• Os principais métodos teóricos para cálculos computacionais

podem ser classificados em métodos empíricos (mecânica
molecular), métodos semiempíricos e cálculos ab initio.
Softwares importantes.
Bioinformática

Verli, H. - 1. ed. SBBq, 2014

Origens e Classificação.

Artigo de Cyrus Levinthal sobre o trabalho James Watson e Francis Crick (em frente a
de John Ward e Robert Stotz no MIT uma estrutura em hélice da molécula de DNA)
 Origens e Classificação.
• i) bioinformática tradicional, ou
clássica, que aborda principalmente
problemas relacionados a sequências
de nucleotídeos e aminoácidos, e

• ii) a bioinformática estrutural, que

aborda questões biológicas de um
ponto de vista tridimensional,
abrangendo a maior parte das
técnicas compreendidas pela química
computacional ou modelagem
molecular.
Principais objetos de estudos em bioinformática

Bioinformática Tradicional

Bioinformática Estrutural

Verli, H. - 1. ed. SBBq, 2014

Conceito de Bioinformática

Matemática
• Estatística
Bioquímica
Biologia Fisicoquímica
• Molecular
• Genética
• Evolução

BIOINFORMATICA
Informática
Química • Banco de
• molécula dados
• Propriedades • computação

Farmácia
Drug Design

Olğaç A., et al. LNICS, v. 11400.

DFT
No nosso estudo...
Softwares importantes.
Softwares importantes.
Bancos de dados
Instalação de Softwares importantes:
PyMOL
Pymol.org
PyMOL
PyMOL
PyMOL
PyMOL
PyMOL
Discovery Studio
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Discovery Studio
Discovery Studio
IQMol
iqmol.org
IQMol
 OBRIGADO!
@Prof.franciscoandrade
Francisco Andrade
Prof. Francisco Andrade
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