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VEGA ZZ tutorial - encaixe Molecular com VEGA ZZ e Fred

Acoplagem molecular com VEGA ZZ e Fred

1 Introduo 2 O que voc precisa 3 FTase de download 4 preparao Protein 5 Criao dos arquivos de entrada para NAMD 6 Execute o NAMD minimizao 7 Protein refinamento 8 Ligand construir e busca conformacional 9 Definio do encaixe regio 10 Molecular encaixe 11 Anlise dos resultados de ancoragem 12 Dicas & Carrapatos

1 Introduo VEGA ZZ, Fred e NAMD so ferramentas muito eficientes para realizar uma anlise de acoplamento molecular completa. Este tutorial explica em detalhes como foi realizado o encaixe entre a enzima farnesiltransferase (FTase) e um conjunto de inibidores conforme publicado no jornal: Bolchi C., Pallavicini M., C. Rusconi, Diomede L., Ferri N., Corsini A ., Fumagalli L., Pedretti A., Vistoli G., Valoti E., "inibidores peptidomimtico de farnesiltransferase com alta atividade in vitro e potncia celular significativa", Bioorg. Med. Chem. Chem. Lett., 17 (22), 6192-6 (2007).

2 O que que voc precisa VEGA ZZ verso 2.2.0 ou superior ( clique aqui para a configurao do software). ISIS / Draw (gratuito para download para uso sem fins lucrativos acadmico Elsevier MDL site). Fred (livre disponvel para uso sem fins lucrativos acadmico openeye Softwares cientficos ). NAMD para Windows ( clique aqui para baix-lo, clique aqui para instal-lo). A estrutura de cristal da FTase humana complexada com o difosfato de farnesilo (FPP) e o inibidor peptidomimtico L739, 750. disponvel em Protein Data Bank (PDB ID 1JCQ).

3. FTase de download Voc pode baixar o complexo FTase ( 1JCQ estrutura) usando a interface Web PDB ou a ferramenta integrada no VEGA ZZ: Comece VEGA ZZ e selecionar o File -> PDB Download item de menu. Coloque 1JCQ no Id PDB campo e clique em download . No final de download, a estrutura da protena ser mostrado na rea de trabalho (para mais informaes, clique aqui ). Normalizar as coordenadas, a fim de converter a protena na origem do eixo cartesiano ( Edit -> Coordenadas -> Normalizar ). Salve a molcula ( File -> Save As ), com o 1JCQ nome do arquivo. fortemente recomendado o uso do formato de arquivo IFF / RIFF porque capaz de manter o nmero mximo de informao (por exemplo, tipos de tomos, os encargos, as ordens de obrigaes, etc.)

4 preparao Protena O on de zinco deve ser no aderente a todos os tomos, a fim de atribuir os tipos de tomos corretas. Isso resulta ligado ao grupo tiolato da L739, 750, para o ASP 297 B carboxilato, CYS 299 tiolato grupo B, ao nitrognio do anel NE2 da HIS 362 B. Para remover os ttulos errados, siga estes passos: Para facilitar esta operao, voc deve selecionar os resduos ao redor do on zinco: selecione o zinco ( View -> Selecionar ->
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Custom ), clicando ZN * no Atom coluna eo + boto. Escolha o Proximity tab, clique no zinco na janela principal, seleccione Resduos no que box, Atom da Cerca de caixa e normal na Seleo caixa. Coloque 3 como Radius e clique no boto + boto. Os resduos num 3 esfera centrada na concentrao de zinco ser mostrado. No menu principal, selecione Editar -> Excluir -> Bonds e escolher uma ligao no qu? caixa. Na janela principal, clique nos pares de tomos de cada ttulo para apagar (quatro pares). Finalmente, feche a caixa de dilogo. Adicione os hidrognios ( Edit -> Add -> hidrognios ), a seleo de protena no tipo de molcula caixa para permitir uma verificao extra para a hibridizao, tomo de Resduos final na posio de hidrognios caixa e verifique Use IUPAC tomo de nomenclatura . Finalmente, clique em Adicionar para colocar os hidrognios. As mensagens de advertncia ser exibida no console de informar que alguns tomos tm uma geometria incomum ea verificao extra corrigiu os tipos de tomos. Adicionando os hidrognios, os grupos tiolato de L739, 750 e o CIS 299 B ser protonado, mas elas devem ser sem hidrognios: Mostrar os resduos em torno do zinco tal como explicado acima. No menu principal, selecione Editar -> Excluir -> Atom e clique na janela principal nos hidrognios ligados aos dois enxofre. Eles sero removidos. O grupo amnico secundria da L739, 750 protonado, e assim por clique sobre um hidrognio ligado a ele. Clique em OK para fechar a janela de dilogo. A carbonila de ambos os resduos C-terminais ( HIS 367 A e 424 B GLU ) so em forma aldedo e deve ser editado para carboxilato: Selecione Exibir -> Selecionar -> Custom , escolha o Atoms guia, clique no reset boto para esvaziar a Seleo string, clique em HIS, 367 e A nos resduos, nmero e Cadeia colunas, escolha normal na Seleo de caixa e, finalmente, clique no + boto. A HIS 367 A sero mostradas. No menu principal, escolha Editar -> Alterar -> Atom / resduos / cadeia , clique sobre a hidrognio aldedico. No Elemento campo da edio janela, mudar H para e pressione o Aplicar boto. Repita a mesma operao para o GLU 424 B. Feche a Editar janela. A sacarose e o etilo so zoom para o local de ligao e por isso podem ser eliminados: Editar -> Excluir -> Resduos , clique em ACY 3002 e pressione o Remover boto. Repita o mesmo procedimento para a SUC 3010 resduo. Selecionar todos os tomos ( View -> Selecionar -> Todos ) e remova as etiquetas ( View -> tomo Etiqueta -> Off .) A fim de otimizar a estrutura de cristal do complexo, ser realizada uma minimizao de energia, usando a CHARMM22_LIG campo de fora e mantendo o esqueleto da protena fixada. O CHARMM22_LIG contm mais parmetros do que o padro CHARMM22_PROT para protenas. Corrigir os tipos de tomos e os encargos ( Calcular -.> Carga & Pot ), verificao do campo de fora e Encargos e selecionando CHARMM22_LIG e Gasteiger . Clique no Fix boto. A carga total de -25. Antes da minimizao de energia, os constrangimentos tomo deve ser aplicada. Queremos corrigir a coluna vertebral proteica e o io de zinco, de modo a evitar demasiadas modificaes na estrutura experimental. Selecione o backbone protena ( View -> Selecionar -> Backbone ). Selecione o on zinco, mostrando a janela de seleo ( View -> Selecionar -> Custom ), clicar no reset boto, selecionar ZN * no Atom coluna, a escolha de aditivos na seleo caixa e clicando no + boto. No menu principal, escolha Editar -> Coordenadas -> Restries , selecione Fix no modo de caixa e visveis tomos na Seleo caixa. Finalmente, clique em Apply boto. Os tomos fixos sero pintadas em azul e os tomos livres no verde. Feche a opo Restries janela e substituir a molcula como 1JCQ.iff em formato IFF.

5 Criao dos arquivos de entrada para NAMD NAMD requer alguns arquivos: o PDB eo arquivo PSF da molcula, um ou mais arquivos de parmetros e um arquivo de comando que define a condio do clculo. Salve a molcula em PDB 2.2 formato ( Arquivo -> Salvar Como ... ) com o 1JCQ.pdb nome do arquivo, desmarcando Conectividade e verificar restries na Opes caixa. Desta forma, a ligao no ser guardado e os constrangimentos tomo sero includos na coluna B do PDB. Criar a matriz topolgica salvar a molcula no PSF X-PLOR formato ( 1JCQ.psf nome do arquivo). Opcionalmente, possvel
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verificar se todos os parmetros de campo de fora esto disponveis, selecionar o nome do campo de fora no campo param Force. caixa. O CHARMM22_LIG campo de fora foi utilizada no tipo de atribuio tomo e por isso voc deve selecionar o mesmo campo de fora. Cpia no diretrio onde so colocados os 1JCQ.pdb e 1JCQ.psf arquivos, os par_all22_na.inp , par_all22_prot.inp e par_all22_vega.inp arquivos de parmetros que esto no ... \ VEGA ZZ \ Data \ Parameters diretrio. O par_all22_na.inp e par_all22_vega.inp so necessrios, pois contm os parmetros para os ligantes. Com um editor de texto (ex. bloco de notas) criar o arquivo de entrada com os seguintes comandos (copiar e col-los):
n u m s t e p s5 0 0 0 0 m i n i m i z a oe m d i e l t r i c o1 . 0 C o o r d e n a d a s1 J C Q . p d b o u t p u t n a m e1 J C Q o u t p u t E n e r g i e s5 0 0 0 b i n a r y o u t p u tn o D C D F r e q5 0 0 0 r e s t a r t F r e q5 0 0 0 e s t r u t u r a1 J C Q . p s f p a r a T y p e C h a r m me m p a r m e t r o sp a r _ a l l 2 2 _ n a . i n p p a r m e t r o sp a r _ a l l 2 2 _ p r o t . i n p p a r m e t r o sp a r _ a l l 2 2 _ v e g a . i n p e x c l u i rs c a l e d 1 4 1 1 . 04 s c a l i n g l i g a r s w i t c h d i s t8 . 0 c o r t ed e1 2 , 0 p a i r l i s t d i s t1 3 , 5 m a r g e md e0 , 0 s t e p s p e r c y c l e2 0 f i x e d A t o m ss o b r e f i x e d A t o m s C o lB

Salve o arquivo com o 1JCQ_min.namd nome. Esse arquivo permite realizar um 50000 passos conjugado gradientes de minimizao, salvando a sada (coordenadas e reinicie arquivos) a cada 5000 iteraes. Para mais informaes sobre os parmetros, consulte o Guia do Usurio NAMD .

6 Execute a minimizao NAMD Abra o console VEGA ( Iniciar -> VEGA ZZ -> VEGA consola ). V para dentro do seu diretrio de trabalho com o cd de comando. No tipo de console:
n a m d 21 J C Q _ m i n . n a m d >1 J C Q _ m i n . o u t

Se voc tiver mais de um processador instalado, voc pode acelerar o clculo especificando o nmero total de CPUs:
n a m d 2+p 21 J C Q _ m i n . n a m d >1 J C Q _ m i n . o u t

Neste caso, o PC tem duas CPUs e ambos so utilizados para o clculo ( + p2 opo). O dual core (por exemplo, Athlon X2, Pentium D, Core 2 Duo, etc) eo Pentium 4 com hyperthreading deve utilizar a opo p2 +. No final do clculo dois processos foram produzidos: o 1JCQ.dcd (ficheiro trajectria) eo 1JCQ.out . O primeiro um arquivo binrio que no pode ser aberto com um editor de texto. Ele contm as coordenadas tomo de cada quadro salvos (10 frames, porque um quadro a cada 5000 foi salvo). O segundo um arquivos de texto contendo as mensagens de sada gerados por NAMD e as informaes de energia. Precisamos salvar a estrutura de energia mais baixo: Abra o 1JCQ.dcd arquivo com VEGA ZZ ( File -> Open ). Para abrir uma trajetria DCD um arquivo molcula necessria (por exemplo, em formato PDB ou IFF), com o mesmo nome. Voc no deve ter nenhum problema porque voc tem a 1JCQ.dcd eo 1JCQ.iff arquivo no mesmo diretrio. A molcula ser mostrada ea anlise da trajetria de dilogo ser aberta. Se voc salvou o 1JCQ.out arquivo, o grfico da energia boto estar ativo. Clicando nele, voc pode ver o comportamento de energia durante o clculo. A energia vai para baixo como voc deve esperar por uma minimizao. Clicando no ltimo boto na anlise Trajetria janela, o menor conformao de energia selecionada (veja a rea de trabalho).
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Salve o melhor conformao ( File -> Save As ) em formato IFF ( 1JCQ_min.iff ).

7 Protein requinte A protena no est pronto para o encaixe, pois os ligantes (FPP e L739, 750), j est dentro e deve ser removido para criar espao suficiente no stio ativo para encaixar os novos ligantes. A fim de ampliar um pouco a cavidade, as molculas de gua co-cristalizao includos em uma esfera de 8 de raio centrada nas coordenadas de ons de zinco, ser removido (1006, 1165, 1252, 1425, 1674, 1676, 1677,1678 , 1680, 1684, 1686), porque num ambiente biolgico, um ligando poderia substituir uma molcula de gua e, a acoplagem molecular impossvel simular. Cor da molcula por tomo ( View -> Color -> por tomo ) Seleccionar os resduos dentro de uma esfera de 8 raio centrado no io de zinco ( ver acima ). Editar -> Excluir -> Resduo , verifique Mantenha a janela aberta , clique duas vezes sobre FPP e 739 na lista de resduos. Remova todas as molculas de gua visveis clicando sobre eles na janela principal. Exibir todos os tomos ( View -> Selecionar -> Todos ) Salve a molcula ( 1QBQ_dock ) em IFF / RIFF e PDB 2,2 formatos. O arquivo PDB exigido por Fred para realizar o encaixe. A protena est agora pronta para o encaixe.

8 Ligand construo e busca conformacional Nesta seo ser explicado como um ligante ( composto 4 ) relatou no jornal foi construdo e como foi realizada a anlise conformacional. Esta etapa necessria para o software de ancoragem de considerar a flexibilidade porque ambos ligando ligando e de protena so mantidos rgida. Criar um espao de trabalho vazio em VEGA ZZ ( File -> New ). Comece ISIS / Draw, selecionando Edit -> ISIS / sorteio . Desenhe o seguinte molcula:

No menu principal do ISIS / Draw, selecionar VEGA ZZ -> Enviar a VEGA . A molcula ser enviado a Vega ZZ e automaticamente convertido de 2D para 3D. Verificar ambos os centros quirais, porque a converso no capaz de fixar-los: a primeira, no interior do anel pyridodioxane, deve ser de R , a qual (de carbono alfa do grupo metionina) deve ser S . Se os dois centros esto errados ( S, R ), voc pode alter-los invertendo a Z coordenadas tomo ( Edit -> Coordenadas -> Invert Z ). Este procedimento permite obter o enantimero. Se apenas um centro quiral errado, trocar dois ttulos selecionando Editar -> Alterar -> troca de ttulos e clique dois tomos ligados ao centro quiral. A anlise conformacional subseqente ser realizada pela AMMP aplicao das SP4 parmetros de campo de fora que so atribudos dinamicamente a partir dos tipos de ligao (simples, parcial duplo, duplos e triplos). Por esta razo, a ordem de ligao deve ser corretamente atribudo, mas olhando a estrutura do ligando voc pode ver que o grupo carboxilato metionina tem dois tomos de oxignio ligados por ligaes simples e duplas em vez de duas ligaes duplas parciais. No menu principal, selecione Editar -> Alterar -> James Bond Tipo, escolha uma ligao e duplo parcial em ? Wath e tipo de Bond caixas. Clique no carboxilato de carbono e um de oxignio. Repita a operao para a segunda oxignio. Clique na Feito boto no Bonds janela. Nesta etapa, a estrutura ligante precisa de uma minimizao de energia, a fim de refinar a estrutura 3D. A atribuio de custos e
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potenciais no necessria porque foi feito automaticamente durante a converso em 3D. Selecione Calcular -> AMMP -> Minimizao , na minimizao AMMP janela, clique no padro boto, mudar Toler para 0,01 e Conjugado gradientes como algoritmo de minimizao. Para iniciar o clculo, pressione o boto Run boto. A minimizao iro convergir na poucos passos porque a estrutura anteriormente foi optimizado pela converso 3D. Remova as etiquetas de tomos ( View -> tomo Etiqueta -> Off ). Salve a molcula em IFF / RIFF formato ligand4.iff . Agora vamos fazer a busca conformacional baseado no algoritmo de salto Boltzman porque a pesquisa sistemtica muito caro em termos de tempo, devido aos nove tores flexveis da molcula. Abra a busca conformacional AMMP janela de dilogo ( Calculate -> AMMP -> busca conformacional ) e pressione o padro boto. Na parmetros Pesquisa caixa, selecione Boltzman salto como mtodo , coloque 5000 Passos , 60 graus como toro RMSD e 2000 K como temperatura ( Temp. ). Verifique Minimizar todas as conformaes , coloque 300 degraus e 0,01 Toler . Voc deve definir os ngulos de toro que sero alterados durante a anlise conformacional: Pressione o boto Editar toro no boto parmetros Pesquisa caixa: as ferramentas de seleo ser mostrada. Nessa janela de dilogo, selecione Editar -> Todos os tores flexveis : os ngulos de toro flexveis so automaticamente detectados e mostrados na janela principal. Clique em Concludo para confirmar as tores. Verifique Trajetria e Energia para salvar todas as 5.000 conformaes no compound4.dcd arquivo ea energia de cada conformao no compound4.ene arquivo. Para iniciar o clculo, clique em Executar boto. A abordagem salto Boltzmann gera as conformaes aleatoriamente sem verificar se eles so semelhantes. Por esta razo, a anlise de cluster deve ser realizada: No menu principal, selecione Calcular -> Anlise . Na anlise da trajetria da janela, clique no boto Abrir, selecione e abra o compound4.dcd arquivo. Selecione o Cluster aba, escolha Torsion RMSD no Mtodo caixa, verifique Poupe energia , desmarque tomos ativos apenas e colocar 90 graus no RMSD campo. Pressione o boto OK boto e salvar a nova trajetria como compound4_clust em Mol2 vrios modelo de formato (este formato exigido por Fred). O novo arquivo trajetria ir conter cerca de 50 conformaes, o melhor um para cada cluster. V para o diretrio que contm o arquivo e renome-se de compound4_clust.ml2 para compound4_clust.mol2 . ATENO: Devido natureza estocstica da abordagem salto de Boltzmann, executando dois tipos de anlise conformacional da mesma molcula, pode-se obter resultados diferentes (por exemplo, nmero de plos diferente).

9 Definio da regio de encaixe Como explicado acima, o estudo de encaixe sero realizadas por Fred OpenEye. Este software requer um arquivo especial chamado caixa definindo a regio do espao FTase em que o ligante ser encaixado. Assumimos que o ligando, desenvolvido como antagonista, pode ocupar a bolsa cataltica na qual o FPP e L739, 750 so colocados na estrutura de cristal. Por esta razo, a caixa pode ser definido por FPP, L739, 750 tomos e os ies de zinco (conhecida por desempenhar um papel importante na catlise). Para incrementar as possibilidades de encaixe, a caixa ser ampliada de 8 em todos X, Y, Z dimenses (veja a prxima seo). Limpar o espao de trabalho atual, selecionando Arquivo -> Novo . Abra o 1JCQ_min.iff arquivo ( File -> Open ). Usando a seleo Atom ferramenta ( View -> Selecionar -> Custom ), selecione o on zinco, escolhendo o Atoms guia, pressionando o reset boto, clicando ZN * no Atom coluna, escolhendo normal na Seleo caixa e, finalmente, clique no + boto . Pressione o boto reset boto, selecione 739 na Resduo coluna, escolha de aditivos na seleo caixa e clique no boto + boto. Repetir o passo anterior seleccionando FPP no resduo da coluna. Remova os tomos invisveis ( Edit -> Remover -> tomos invisveis ). Salve a molcula como caixa em Mol2 formato de arquivo.
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V para o diretrio que contm o arquivo e renome-se de box.ml2 para box.mol2 .

10 encaixe Molecular Para executar o encaixe, voc deve ter os seguintes arquivos no mesmo diretrio: O nome do arquivo 1JCQ_dock.pdb box.mol2 Descrio FTase estrutura refinada sem os ligandos co-cristalizadas (FPP e L739, 750) e as molculas de gua no interior de uma esfera de 8 raio centrado no io zinco. tomos subconjunto definindo a regio de FTase no qual o ligando vai ser encaixada.

compound4_clust.mol2 Conformaes ligando usado para simular a sua flexibilidade. AVISO: Voc deve ter o diretrio de instalao OpenEye no caminho de procura de outra forma voc deve digitar o caminho completo para executar Fred. Abra o prompt de comando. Altere o diretrio atual para a pasta que contm os arquivos de encaixe ( cd de comando). Digite este comando e pressione Enter:
F r e d 2 p r o1 J C Q _ d o c k . p d b b o xb o x . m o l 2 a d d b o x8d b a s ec o m p o u n d 4 _ c l u s t . m o l 2 o f o r m a tm o l 2 C o n f t e s tn e n h u mp r e f i x o1 J C Q c o m p o u n d 4 r e f i n a rl i g _ m m f f

em que: Opo
P r o

Argumento
1 J C Q _ d o c k . p d b

Descrio O nome do arquivo da estrutura de destino no qual o ligante ser encaixado. O nome do arquivo do arquivo caixa que define a regio de destino no qual o ligante ser encaixado. Expandir o tamanho da caixa de 8 para cada dimenso. Banco de dados contendo todas as estruturas / conformaes que ser encaixado. Salvar as estruturas ancorados em mol2 arquivos de vrios modelos. Desativar a verificao de banco de dados para encontrar estruturas redundantes. Se voc no especificar esta opo, uma conformao s est encaixado. Prefixo usado nomear os arquivos de sada. Minimizar cada complexo utilizando o campo de fora MMFF.

B o x

b o x . m o l 2

A d d b o x

D b a s e

c o m p o u n d 4 _ c l u s t . m o l 2

O f o r m a t m o l 2

C o n f t e s tn e n h u m

P r e f i x

1 J C Q c o m p o u n d 4

R e f i n a r M M F F

Para uma descrio da teoria Fred e para uma descrio mais exaustiva dos parmetros de comando, consulte a documentao do software. Aguardar o fim do clculo. Fred gera um * _docked.mol2 e _scores.txt * arquivo para cada funo de pontuao: Arquivo
1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c h e m g a u s s 2 _ d o c k e d . m o l 2 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c h e m g a u s s 2 _ s c o r e s . t x t

Contagem ChemGauss 2 Texto original

The Threshold field allow to number of selected residues.
Sugira uma traduo melhor

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1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c h e m s c o r e _ d o c k e d . m o l 2 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c h e m s c o r e _ s c o r e s . t x t

ChemScore Consenso. Esta no uma funo de pontuao real, porque o resumo de todas as funes de pontuao. O Consenso de um composto / conformao calculada como a soma de posio de classificao de cada funo pontuao na lista de pontuao (ChemGauss 2 + ChemScore Plp + + + ScreenScore ShapeGauss). A primeira molcula na lista de consenso o melhor global ancorada considerando todos os mtodos de pontuao. Plp

1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c o n s e n s u s _ d o c k e d . m o l 2 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ c o n s e n s u s _ s c o r e s . t x t

1 J C Q c o m p o u n d 4 _ p l p _ d o c k e d . m o l 2 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ p l p _ s c o r e s . t x t

1 J C Q c o m p o u n d 4 _ s c r e e n s c o r e _ d o c k e d . m o l 2 ScreenScore 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ s c r e e n s c o r e _ s c o r e s . t x t

1 J C Q c o m p o u n d 4 _ s h a p e g a u s s _ d o c k e d . m o l 2 1 J C Q c o m p o u n d 4 _ s h a p e g a u s s _ s c o r e s . t x t

ShapeGauss

Os arquivos contm. Mol2 o ligante posa com a mesma ordem dos arquivos txt. Pontuao correspondente a partir do melhor para o pior complexa.

11 Anlise dos resultados de encaixe A anlise dos resultados de encaixe ser realizada pela VEGA ZZ. Como primeiro passo, voc precisa escolher o encaixe pose e montagem do complexo porque os mol2 arquivos contm o ligante s que sem a estrutura FTase. Como um exemplo, queremos analisar o melhor complexo classificado pela pontuao consenso. Em VEGA ZZ, abra o 1JCQ_dock.iff arquivo. Em uma nova rea de trabalho abrir o 1JCQ-compound4_consensus_docked.mol2 (clique em Novo espao de trabalho na molcula colocando janela). Na janela de anlise de trajetria, voc pode selecionar a pose movendo o controle deslizante ou digitando o nmero representar no nmero do quadro de campo. A melhor consenso pose o primeiro, e por isso voc deve selecion-lo. Para colocar o ligante dentro da estrutura FTase voc deve copiar e colar. No menu principal, selecione Editar -> Copiar . Alterar o espao de trabalho atual clicando no 1 JCQ_dock etiqueta na parte inferior da rea de exibio 3D. Escolha Editar -> Colar : o ligando vai ser inserido na estrutura da protena. A viso um pouco catico, porque todos os tomos so mostradas. Para simplificar, voc pode selecionar os resduos mais perto do ligante: Mostrar o ligante, selecionando View -> Selecionar -> Molecule , clique na ltima molcula na lista da Seleo molcula (s) janela, pressione o boto Select boto. Selecione Exibir -> Selecionar -> Custom , escolha a proximidade guia, clique em um tomo ligante na janela principal, seleccione Resduos no que box, Molecule no Cerca de caixa e normal na Seleo caixa. Coloque 4 como Radius e clique no boto + boto: os resduos com uma distncia inferior a 4 sero mostrados. Olhar e encontrar as melhores resduos interao. Outra possibilidade de anlise, a utilizao da Vega ZZ Avaliao da interaco de ferramenta, que exige que os encargos atmicas e o campo de fora CVFF atribudo correctamente: Corrigir as cargas atmicas ( Gasteiger ) e os tipos de tomos ( CVFF ), conforme explicado na preparao protena seo. Escolha do ligando, tal como explicado acima. No menu principal, selecione Calcular -> Interaes. Clique em um tomo de um ligante para colocar o que no Resduo / ligante de campo. Altere a constante dieltrica 20 , a fim de no superestimar as interaes eletrostticas. Lembre-se que a constante dentro de uma protena dieltrico desconhecido e por isso pode possvel que voc precisa de mais
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testes para ajustar o valor. O Limiar de campo permitem nmero de resduos selecionados. Um bom valor de 3 %, o que significa que os resduos que contribuem mais do que 3%, no clculo da energia de interaco so apresentados. No Visualization caixa, verifique Ligante , Melhores resduos , resduos Pior e gua . Na Cor caixa, verifique Ligand por tomo e energia por resduo . Pressionando o Evaluate boto, o melhor (atraente, ciano ) e os piores (repulsivo, vermelho resduos) so mostrados e no console, so relatadas as energias de interao para cada resduo (em primeiro lugar os atrativos).

12 Dicas & Truques Voc deve repetir a anlise da interao mais vezes ajustar os parmetros para obter uma viso bastante clara. Lembre-se que salvar o complexo no IFF / RIFF formato, a seleo tomo, as cores so mantidas e as transformaes mundiais (rotao, translao e escala). Isso til para salvar a viso atual. Repita a anlise por mais de uma pose (geralmente cerca de cinco) porque no certo que o primeiro classificado pose o melhor tambm. Repita a anlise de mais de uma funo de pontuao. Isso necessrio na primeira acoplagem, a fim de escolher a funo mais sensata para o seu problema especfico. Se voc tem um nmero razovel de ligantes), para minimizar os complexos com NAMD usando o mesmo procedimento explicado nos 5 e 6 sees deste tutorial. Voc poderia considerar a possibilidade de aplicar restries de tomos durante a minimizao de preservar parcialmente a estrutura de cristal, mas se voc quiser todos os tomos livres para se mover, lembre-se de apagar as duas ltimas linhas do arquivo de entrada NAMD.

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