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Molculas Preparao para o
encaixe
Autor: P. Therese Lang
ltima atualizao 23 dez 2012 por Scott Brozell
Este tutorial descreve os passos necessrios para preparar molculas
receptoras e ligante como insumos para clculos DOCA que prevem
orientaes de um ligante em um stio ativo receptor. Ele estuda a
protena L-Arabinose de Ligao complexo ligado a L-arabinose
(cdigo PDB 1ABE ) como um sistema de exemplo. No entanto, essas
tcnicas devem ser transferidos para qualquer sistema protena-
ligante.
Este tutorial usa o programa Chimera (Foto Lanamento 1,2309), que
pode ser baixado da Computer Graphics Lab UCSF
em http://www.cgl.ucsf.edu/chimera .Chimera est disponvel
gratuitamente para os acadmicos e relativamente simples para
usurios iniciantes a aprender. No entanto, uma srie de outros
programas embalados e bibliotecas de script esto disponveis para
executar estes tipos de modificaes nos arquivos de estrutura
(ver DOCA Links relacionados para obter mais informaes).
Para um receptor, uma vista geral do processo geral consiste em
visualizar o ficheiro fonte do alvo, para remover tomos estranhos, tais
como conformaes alternativas, ligandos, ies, molculas de
solvente, cofactores, etc, para adicionar tomos ausentes, tais como,
hidrognios, cadeias laterais incompletos, etc, para atribuir tipos de
tomos e as cargas parciais, para criar um arquivo mol2 final, e para
criar um PDB final sem hidrognios. Durante todos estes passos,
deve-se ter em mente modelo cientfico de ningum. Para a atribuio
de tipos de tomos e as cargas parciais, Dock usa SYBYL rtulos tipo
tomo mas os parmetros de campo de fora Amber. Para um
ligando, o procedimento geral simples, mas semelhante.
PASSO 0: Examine o PDB.
Um passo fundamental em qualquer projecto de ancoragem a
seleco do ficheiro que vai ser utilizado para a estrutura do
alvo. Neste caso, o arquivo que deve ser usado 1ABE.pdb . A
visualizao deste arquivo pode ser visto abaixo:

Imagem gerada usando quimera ( http://www.cgl.ucsf.edu/chimera )
Este arquivo contm as coordenadas cartesianas para o vinculativo
arabinose L protena (fita vermelha), as guas cristalogrficas (roxo), e
duas conformaes do ligante L-arabinose (verde e laranja). Cada um
desses componentes deve ser tratada durante a preparao para o
encaixe.
PASSO 1: Prepare o arquivo de receptor.
1a) Abra o arquivo 1ABE.pdb em Chimera

1b) Selecione e exclua os ligantes (L-arabinose) do complexo

1c) Use a ferramenta da Doca Prep para completar a preparao
receptor. Para mais informaes sobre o mdulo Doca Prep, consulte
adocumentao Chimera . Note-se que as verses recentes do
Chimera fornecer recursos adicionais em comparao com aqueles na
captura de tela abaixo. Em particular, 'Mutate resduos com cadeias
laterais incompletos at ALA (se CB presente) ou GLI' uma
caracterstica popular. As capturas de tela ser atualizado em breve.

1d) Selecione o mtodo para adicionar hidrognios, neste caso vamos
permitir que o hidrognio para ser otimizado pela rede de pontes de
hidrognio, e vai permitir que o mtodo para determinar o estado de
protonao

1e) Examine advertncias do procedimento Doca Prep

1-F) Resolver problemas que esto causando avisos no procedimento
Doca Prep
Como voc pode ver, existem algumas advertncias sobre os tomos
no-padro para este receptor. Voc pode usar o Chimera para dar
uma olhada mais de perto os resduos de problema com a linha de
comando.

Esta ao ir abrir a interface de linha de comando. Digite os
seguintes comandos na linha de comando para isolar o primeiro
resduo no aviso - LYS 306.
~ Exibio
display: 306
foco
cor byelement
linewidth 3
rlabel
Esta srie de comandos 1) undisplay todo o receptor, 2) exibio
resduo 306 apenas, 3) reorientar a tela no resduo 306, 4) colorir os
tomos com base no elemento, 5) aumentar o tamanho dos ttulos a
visualizao mais fcil e 6) etiquetar o resduo. Para mais informaes
sobre outras opes de linha de comando, consulte a documentao
Chimera para a funo bsica: Comando.
Deve ser agora evidente que h um problema com este resduo lisina,
em comparao com uma lisina normais - LYS 300.

Muito provavelmente, a cristalgrafo sabia o resduo final foi um LYS,
mas no vi nenhuma densidade de eltrons para a cadeia lateral LYS
306.Como resultado, apenas a espinha dorsal foi construdo dentro da
estrutura. Porque Chimera est sendo contada este resduo um
LYS, os encargos para o modelo LYS esto sendo carregados,
resultando em despesas no-integrais para o resduo e fazendo com
que a mensagem de aviso.
A melhor maneira de corrigir esta situao a mutao do resduo
LYS incompleta a um resduo de GLI. GLY resduos possuem o
nmero adequado de tomos, o que ir resultar num conjunto
integrado de cargas para o resduo, e a estrutura continua a cumprir
com os dados experimentais. Para se transformar o resduo LYS,
digite o seguinte comando na linha de comando:
swapaa gli: 306
Este comando ir alterar a LYS 306 para um GLY na mesma
orientao.

Voc precisa repetir esse procedimento para o ASN 2 resduo, que a
fonte dos avisos restantes.
swapaa gli: 2
1g) Salve o receptor em formato mol2
Uma vez que todos os avisos foram resolvidos, o receptor pode ser
salvo no formato mol2. O procedimento Doca Prep deve ser
executado novamente para incorporar os resduos mutados (veja o
passo 1c). Verifique se a caixa Mol2 a gravao est marcada neste
momento. A molcula final pode ento ser escrito em um arquivo,
neste caso, como rec_charged.mol2 .


NOTA: Ao salvar, verifique se todas as caixas na caixa de dilogo
Salvar Como so verificados!
1h) hidrognios tira da receptor mutado e salvar em formato PDB (este
passo necessrio para a gerao de superfcie molecular no Tutorial
Sphere Gerao e Seleo )
Para executar essa etapa, primeiro selecione todos os hidrognios da
molcula e, em seguida, exclu-los.

O receptor deve agora ser salvo no formato PDB: rec_noH.pdb .

NOTA: Ao salvar, verifique se a caixa "Use coordenadas no
transformadas" est marcada na caixa de dilogo Salvar Como!
PASSO 2: Prepare o arquivo de ligante.
Ns s ir preparar a L-arabinose A conformao do PDB para a
simplicidade. Seleo da conformao A sobre a conformao B foi
arbitrria.
2a) Abra o arquivo 1ABE.pdb em Chimera

2b) Selecione e exclua tudo, mas o ligante do complexo

2c) Retirar a conformao do ligando B

2d) Faa a molcula mais fcil de ver, usar esses linha de comando
(ver PASSO 1-F ) comandos ou caar e beijinho para realizar o
equivalente com o mouse
foco
cor byelement
linewidth 3
2e) Adicionar hidrognios

2f) Neste ponto, recomendamos uma das duas opes para completar
a preparao do ligante de acordo com suas necessidades e
aplicao:
OPO 1: Calcule encargos usando o Chimera Adicionar ferramenta
de carga.
A ferramenta de adicionar taxa uma chamada para o programa de
antecmara. Antecmara um conjunto de programas auxiliares para
mecnico molecular (MM) estudos. Este pacote de software aborda os
seguintes problemas em clculos MM:
(1) o reconhecimento do tipo de tomo
(2) reconhecer o tipo de vnculo
(3) avaliar a equivalncia atmica
(4) gerar o arquivo de topologia de resduo
(5) encontrar parmetros do campo de fora que faltava e
fornecimento de substitutos razoveis e similares
Antecmara pode gerar entrada automaticamente para a maioria das
molculas orgnicas em um banco de dados.
(A) Para completar esta opo, primeiro ativar a ferramenta Adicionar
Carga

(B) Para semear o clculo de carga, Chimera precisa da acusao
formal da molcula. Chimera ir estimar o valor com base nos tipos de
tomos e ligaes. Aqui, Chimera estimou com preciso, por isso
vamos calcular as taxas AM1BCC.

(C) Salve a molcula em formato mol2

OPO 2: Prepare o seu ligante (s) usando o banco de dados de
zinco.
O zinco um banco de dados livre de compostos comercialmente
disponveis para a triagem virtual. Ele contm mais de 21 milhes de
compostos de ready-to-doca, formatos 3D (Irwin, Sterling, Mysinger,
Bolstad e Coleman, J. Chem Inf Modelo 2012 DOI:....
10.1021/ci3001277). Recomendamos este procedimento se voc tiver
uma grande biblioteca de ligantes para se preparar ou se voc
gostaria de um estado de protonao ou expanso de
conformao. Para utilizar esta opo, primeiro salvar o seu ligante
em formato mol2 Tripos (ver parte C da opo 1 da etapa 2f
acima). Em seguida, v para o site da ZINCO em blaster.docking.org /
zinco . Voc pode ento enviar o seu molcula para o servidor,
clicando no link Upload e seguindo as instrues.

Gerando Spheres
Autor: P. Therese Lang
ltima actualizao 27 dezembro de 2012 por Scott Brozell
Este tutorial descreve os passos necessrios para definir stios ativos
do receptor para clculos Dock. Ele estuda a protena L-Arabinose de
Ligao complexo ligado a L-arabinose (cdigo PDB 1ABE ) como um
sistema de exemplo. No entanto, essas tcnicas devem ser
transferidos para qualquer sistema protena-ligante.
Para iniciar este tutorial, obtenha o rec_noH.pdb e
os lig_charged.mol2 arquivos da " Estrutura Preparao
Tutorial ". UCSF Chimera 's Ferramenta Escrever DMS(verses 1.3 e
posteriores Chimera), bem como os programas sphgen,
sphere_selector e showsphere que so distribudos e instalados com
DOCA so obrigatrios; alternativamente, as dms do programa, que
pode ser baixado a partir de www.cgl.ucsf.edu / Resumo /
software.html # dms , pode ser usado em vez de gravao de Chimera
DMS Tool.
PASSO 1: Gere a superfcie molecular do receptor.
A superfcie molecular do alvo gerado, baseado no algoritmo
desenvolvido por Richards (Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 1.977. 6:151-
176) e adaptada por Connolly (M. Connolly, Ph.D. Thesis, University of
Califrnia, Berkeley, 1981), por uma bola rolar o tamanho de uma
molcula de gua sobre a superfcie de van der Waal do alvo.Alm
disso, o vector normal de superfcie em cada ponto da superfcie
calculada, o que vai ser usado mais tarde, para calcular o tamanho de
cada esfera.
NOTA: Para usurios do Windows, dms e sphgen no pode ler
arquivos que so criados sob o Disk Operating System. Se voc
encontrar problemas estranhos, ento esta pode ser a fonte. Veja
o <FAQ para mais detalhes.
Opo 1: Utilizar a ferramenta Write DMS em Chimera
Abra o rec_noH.pdb arquivo em Chimera, por exemplo, File -> Open -
> rec_noH.pdb. (Veja a Estrutura Preparao Tutorial para ajudar com
as operaes bsicas Quimera.) Gerar a superfcie: Aes ->
Superfcie -> Show. Salve a superfcie: Ferramentas -> Estrutura
Edio -> Escrever DMS. Note que isso no duplica exatamente a
sada dms devido densidade de vrtices e as diferenas raios
atmicos mencionados na gravao DMS documentao. No temos
recomendaes sobre as melhores configuraes. (O restante deste
tutorial e os outros tutoriais desta srie contam com as dms gerados
rec.ms como uma questo de convenincia para os desenvolvedores
Dock.) Para mais informaes sobre o contedo eo formato do arquivo
de sada, consulte o Chimera arquivo DMS formato de documentao.
Opo 2: Use o programa dms
As opes disponveis para o programa so dms
USO: dms input_file [-A-d-g densidade arquivo - i arquivo-n-w raio-v] -
O arquivo
-Um
utilizar todos os tomos, no apenas os
aminocidos
-D alterar a densidade de pontos
-G enviar mensagens para arquivo
- I
calcular apenas a superfcie para tomos
especificados
-N calcular as normais para pontos da superfcie
-W raio da sonda mudana
-V verboso
-O
especificar o nome do arquivo de sada
(obrigatrio)
Para gerar a superfcie, use o comando "dms-rec_noH.pdb-n w 1,4-v-
o rec.ms ". Para mais informaes sobre o contedo eo formato do
arquivo de sada, consulte a documentao includa na distribuio
dms. Para obter ajuda com a instalao dms, leia o FAQ dms DOCA
6entrada.
Uma representao grfica da superfcie molecular, mostrado em
verde, abaixo:

Imagem gerada usando quimera ( http://www.cgl.ucsf.edu/chimera )
PASSO 2: Gerar as esferas que envolvem o receptor.
Conjuntos de esferas que se sobrepem so usadas para criar uma
imagem negativa das invaginaes da superfcie do
alvo. O sphgen programa que distribudo como um acessrio com
DOCA (Kuntz et al J. Mol Biol 1982 161:.... 269-288) gera esferas da
superfcie molecular e os vetores normais.



(A) Cada esfera gerada tangente superfcie pontos i, j com o centro
sobre a superfcie normal do ponto i. (B) Representao esquemtica de
um pequeno stio de ligao formada por cinco tomos (roxos). As esferas
(azuis) so gerados usando os pontos da superfcie molecular (verde)
com seus centros de mentir ao longo das normais de superfcie (linha
fina).
Spheres so calculados sobre toda a superfcie, produzindo cerca de
uma esfera por ponto superfcie. Esta representao densa, em
seguida, filtrada para manter apenas o maior esfera associada com
cada tomo de superfcie. O conjunto , ento, filtrada agrupados
usando um algoritmo de ligao nico. Cada cluster resultante
representa uma evaginao no alvo. O arquivo de entrada deve ser
nomeado sphgen INSPH , e contm as seguintes informaes:
rec.ms # Arquivo superfcie molecular (no padro)
R # Esfera fora da superfcie (R) ou da superfcie interior (L) (sem defeito)
X
# Especifica subconjunto de pontos da superfcie a ser utilizado (X = todos os pontos)
(sem padro)
0,0 # Impede gerao de grandes esferas com estreitos contatos superficiais (default = 0.0)
4.0 Raio da esfera # mximo em Angstroms (default = 5.0)
1.4 # Raio mnimo esfera em Angstroms (sem padro)
rec.sph Arquivo esferas # cluster (no padro)
Note que os comentrios acima - marcado por # - so para o tutorial e
no deve existir no arquivo INSPH.
Para gerar as esferas, basta usar o comando "sphgen" na mesma
pasta que contm o INSPH e os arquivos rec.ms. A sada ser de dois
arquivos: rec.sph , que contm as esferas em clusters, e OUTSPH ,
que contm informaes gerais sobre o clculo.
Se sphgen tiver sido executado antes, ento certifique-se de remover
os arquivos de sada (OUTSPH e rec.sph) antes de sua prxima
execuo. Finalmente, por razes tcnicas, sphgen no pode lidar
com mais de 99.999 esferas. Para um grande alvo, recomendamos
seleccionando uma subseco de protena atravs de um programa
de visualizao e utilizando-se para gerar a superfcie molecular e as
esferas.
PASSO 3: Selecionar um subconjunto de esferas para representar o
stio de ligao do (s).
Um conjunto de esferas uma entrada necessria do programa de
gerao de grid. Trs opes esto descritas abaixo para selecionar
as esferas que iro representar o stio de ligao (s). Observe que um
arquivo esfera, xxx.sph, um texto simples e pode ser editado.
OPO 1: Usar o maior cluster gerado pelo sphgen
Os grupos contidos no arquivo rec.sph so classificados de acordo
com o tamanho (nmero de esferas do cluster). A maior aglomerado
tipicamente o local de ligao ao ligando do receptor. Para visualizar
as esferas, use o showsphere programa, distribudo como um
acessrio com dock. O arquivo de entrada showsphere pode ter
qualquer nome e contm as seguintes informaes:
rec.sph # Arquivo esfera aglomerado
1
# Nmero de cluster para processo (<0 =
all)
N # Gera superfcie, bem como PDB
selected_cluster.pdb # Nome para o arquivo de sada
Note que os comentrios acima - marcado por # - so para o tutorial e
no deve existir no arquivo de entrada showsphere.
Para converter a primeira e maior cluster no arquivo de esfera para o
formato PDB, use o
comando "showsphere < sphgen_cluster.in ".Abaixo est uma imagem
do maior cluster, onde a protena mostrado em roxo e as esferas so
mostrados em amarelo (sphgen_cluster.pdb ). Note-se que em
Chimera cada resduo SPH pode ser inicialmente apresentada como
um monte de pontinhos.Aes -> tomos / Obrigaes -> esfera
transforma os pontos em esferas de tamanho considervel.

Imagem gerada usando quimera ( http://www.cgl.ucsf.edu/chimera )
Para usar o primeiro eo maior cluster no arquivo esfera como entrada
para o programa de gerao de grid, basta editar o arquivo esfera
cluster, rec.sph, para excluir os outros clusters.
Opo 2: Selecione as esferas dentro de algum raio de um local
desejado
Se o site ativo conhecido, ento pode-se selecionar as esferas
dentro de um raio de um conjunto de tomos que descreve o
site. Para fazer isso use o sphere_selector programa, que distribudo
como um acessrio com dock. A sintaxe para sphere_selector
Uso: sphere_selector sphgen_sphere_cluster_file.sph raio
set_of_atoms_file.mol2
Aqui, selecionamos todas as esferas dentro 10.0 Angstroms desvio
quadrtico mdio (RMSD) de cada tomo da estrutura cristalina
doligante, usando o comando "sphere_selector
rec.sph lig_charged.mol2 10.0". O arquivo de sada sempre tem o
nomeselected_spheres.sph .
Essas esferas podem ser visualizados atravs do
programa showsphere, mencionado na opo 1, com o
comando "showsphere <selected_spheres.in ". Abaixo est uma
imagem das esferas selecionadas (azul) ( selected_spheres.pdb ):

Imagem gerada usando quimera ( http://www.cgl.ucsf.edu/chimera )
Opo 3: Adicione esferas manualmente
Esta opo pode ser usada se uma regio do espao de interesse
pouco povoada por sphgen. Para fazer isso, comear com um arquivo
de esfera modelo e edit-lo para adicionar ou modificar os parmetros
de acordo com o formato abaixo:
FORMATO: (I5, 3F10.5, F8.3, I5, I2, I3) com valores correspondentes
a
Nmero do primeiro tomo com o qual o ponto
da superfcie est associada, isto , o tomo
cuja superfcie define normais centro da
esfera; i ponto na imagem acima
Coordenadas X, Y e Z do novo centro de
esfera
O raio da esfera
Nmero do segundo tomo com o qual o
ponto da superfcie est associada; alnea j na
imagem acima
Aglomerado Crtica para que essa esfera
pertence (utilizado apenas para o filtro de
pontos crticos)
Cor Sphere (utilizado apenas para
correspondncia qumico)