Faculdade de Farmcia UFRJ

Ps-Graduao em Cincias Farmacuticas

Curso de Cristalografia de Protenas FFF-757

RAPIDO Tutorial para uso do PyMol e do Coot

O programa COOT, para refinamento e visualizao de estruturas cristalogrficas no espao real ,pode ser obtido
separadamente nos endereos
Linux: http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/
Windows: http://www.ysbl.york.ac.uk/~lohkamp/coot/wincoot-download.html

O programa PyMol (diversas plataformas) pode ser obtido nos endereos http://pymol.org/educational.html ,
http://pymol.sourceforge.net/ , http://pymol.org/ . Ou ainda, diretamente aqui: http://delsci.com/rel/099/

OBS: atualmente esses programas possuem tutoriais, manuais, WIKIs detalhados online. Basta busca-los nos respectivos sites
e/ou no Google ou outro buscador da internet.

#1) Introduo: buscando uma estrutura cristalogrfica depositada.

Muitos esto habituados a ver estruturas de protenas assim

(http://www.google.com/search?q=protein , selecione a Wikipedia a titulo de
curiosidade...)

Essa representao em fitas (ribbons) muito graciosa, informativa

quanto a estrutura secundria, mas no traz informaes importantes sobre interaes
intramolecular, detalhes atmicos da estrutura. Mais importante, ess representao
NO o dado experimental. Em cristalografia, a estrutura (*.pdb) apenas um
modelo. O dado experimental propriamente dito o MAPA DE DENSIDADE
ELETRNICA. Deste modo, interessa-nos ver o mapa.

Estrutura cristalogrficas publicadas so depositadas em banco de dados (http://www.pdb.org/ , http://www.rcsb.org/ ,

http://ndbserver.rutgers.edu/). Entretanto, no passado (aprox. ano 200 para traz) apenas o depsito do modelo (usualmente
chamada de estrutura), ou seja, o *.pdb, era necessrio para publicaes. Ficava, por vezes, a dvida sobre o que de fato havia
sido medido, pois os fatores de estrutura, que so usados para o clculo do mapa de densidade eletrnico, no estavam
disponveis. Atualmente, OBRIGATRIO o depsito tanto do modelo (pdb) quando os fatores de estrutura (mtz / cif) nesses
bancos de dados. Ou seja, estruturas mais recentes podem ser encontradas com os dois dados.
Como podemos VER esses dados ?! Com alguns programas.... Vamos passo-a-passo. Vamos para http://www.pdb.org/ e
procurar por lisozima (LYSOZYME).

Vocs vero isso como resultado, ou algo tipo isso:

 Note que as duas primeiras estrutuas (1GXV.pdb e 1GXX.pdb) so de ressonncia magntica nuclear (Exp. Method:
solution NMR), e a terceira foi obtida por difrao de cristal (2W1L.pdb) e depositada em 28-Oct-2008, resoluo de
1.51 . Clique em 2W1L (http://www.pdb.org/pdb/explore.do?structureId=2W1L).

Na parte superior vocs encontraro atalhos para diversas opes,

Summary | Derived Data | Sequence Seq |. Similarity | Literature Biol. & Chem. | Methods | Geometry | Links

Dentre diversas informaes e links e opes, no meio da janela encontraro o link para Pubmed. Eis o atalho j
facilitado para o artigo: http://www3.interscience.wiley.com/iucr/10.1107/S0907444908030503/pdf

A partir do ttulo possvel avaliar o que eles significam. Mas no nos ateremos a isto no momento. Vamos estrutura....
Notem as opes no canto superior direito. Clique em Download Files. Vocs percebero as opes:

FASTA formato texto com a seqncia

PDB file (text) arquivo texto com as coordenadas do modelo
PDB file (gz) arquivo texto anterior zipado (compactado)
mmCIF file Fatores de estrutura
mmCIF file (gz) Fatores de estrutura, arquivo compactado
Cliquem em PDB FILE (TEXT) e salvem o arquivo em lugar preferido (ex: Desktop / rea de trabalho)

Agora abram o arquivo com um editor de texto (Wordpad, MSOffice, OOffice, etc):

Vero que o *.pdb nada mais que um arquivo texto, eis o incio:

Indo um pouco mais adiante....

Descritor # tomo Tipo AA cadeia #aa X Y Z Occ Bf tomo

Marcada, est a Cistena 6, da cadeia A. Vejam as coordenadas espaciais XYZ de cada tomo que a compe.
Notem que NO H hidrognios. Isto devido resoluo. Hidrognios so apenas passveis de serem modelados em
resoluo melhor que 1 .

O mapa de densidade eletrnica calculado a partir dos fatores de estruturas encontrados no arquivo mmCIF.
Existe ainda uma outra opo, que obt-lo j calculado no Electron Density Server (http://eds.bmc.uu.se/eds/) e abrir
em algum outro programa.

Abaixo, esto os dados para a lisozima 2W1L.pdb (http://eds.bmc.uu.se/cgi-bin/eds/uusfs?pdbCode=2W1L).
No canto inferior esquerdo encontraro um atalho para o MAPA (http://eds.bmc.uu.se/cgi-
bin/eds/gen_maps_zip.pl?pdbCode=2w1l).
 Selecionem o formato CCP4 (formatos O, CNS e EZD so para os programas de mesmo nome)

Agora, desempacote o arquivo (ele est compactado, *.gz) com WinZip. NO tente abrir com editor de texto,
um arquivo binrio....

TXT editor

#2) PyMol: Abrindo o programa ele mostrar DUAS janelas, uma GUI (Graphic Unit Interface, interface grfica) e um
visualizador (Viewer). Tudo o que for feito no Viewer ser mostrado na GUI.
Vamos abrir o pdb !

Cruzes vermelhas gua (s o oxignio, no se v o hidrognio.)

Cores podem ser alteradas no item |C| do Menu (default: verde para C, Vermelho O, Azul para N, Amarelo S)

Menu rpido ao lado: |ALL |A|S|H|L|C|

|2W1L |A|S|H|L|C|
A - Action
S - Show
H - Hide
L Label
C Color
Clicando em ALL / 2W1L, faz mostrar / esconder da tela

Os botes do mouse servem para: DIREITO
Zoom (segurando), Menu (1 clique no background)
ESQUERDO
Girar (segurando), Selecionar (1 clique na estrutura)
Girar Bolinha
Plano focal
Clicar-e-segurar Bolinha
Move a estrutura
Clicar com bolinha em cima de tomo
centraliza nele
Shift-Esquerdo
seleo de grande rea do modelo
Tecla insert
aperte e tenha uma surpresa... !
Usem e abusem do Menu, so intuitivas as funes nele apresentadas. Aqui mostraremos algumas.
 Mudando a cor Criando outro objeto (duplicando o pdb):

Mudando a respresentao Renomeando o novo objeto

Gerando mapa eletrosttico de superfcie (Action) Os dois ao mesmo tempo e mudando a cor:

Renderizando a figura para fazer bonito... escreva Canto inferior direito, boto |S| - sequence:
PyMol> ray 3000, 2000
(resoluo x, y maior x/y, maior a figura, o arquivo, ...).
Ao ficar pronta, sem clicar nela, v em
FILE > SAVE IMAGE > name.png
 As figures tero jogo de luz e sombra. Selecione alguns aminocidos como acima, e no menu rpido
em <SELE> clique |A|
Create Object

Transparncia:
Agora, pode-se ter dois objetos com menus independentes !

Algumas opes interessantes da GUI:

- FILE

SAVE SESSION salvar o trabalho feito em cima do pdb, para abrir e continuar depois (arquivo *.pse)
SAVE IMAGE salvar imagem para usar em apresentaes, artigos, etc MELHOR se renderizada antes !
SAVE MOLECULE salva o objeto criado como mostrado acima na forma de um pdb.
- DISPLAY
Background
- SETTING
Transparency
- SCENE
Recall / Store : para armazenar posies e qualidade de figures que tenham gostado, e reabrindo a sesso (*.pse)
poder voltar nela a qualquer momento.

MAPA de densidade eletrnica: FILE > OPEN > 2W1L.ccp4

!!! Agora, exerccio de fazer figura bonitinha.... e informativa !

*** Selecione alguns aminocidos e crie um objeto:

Mostrando distncia entre tomos #1 e #2:
control_direita (#1) seleciona primeiro tomo
control-bolinha (#2) seleciona segundo tomo

escreva: PyMol> distance

control-direita no background - desmarca

No menu rpido, |dist01| edite a configurao que

desejar !

Contornando densidade
eletrnica: PyMol> isomesh map1, 2w1l, 1, obj03, 1
onde:
isomesh comando
map1 arquivo mapa
contornado que ser gerado
2w1l o *.ccp4 que foi
aberto, criado no EDS
1 contorno de densidade
eletrnica
obj03 objeto criado
anteriormente que ser
contornado (e no toda a
ptn...)
0.5 at que distncia do
objeto (obj03), em , ser
mostrado o mapa

Renderizando a imagem
(faa com backgroun preto,
branco, escolha !):

PyMol> ray 3000, 2000

Mais ?! Google > PyMol ou wiki PyMol ou tutorial PyMol !

 #3) Coot

Abra o Coot. Tero duas janelas: a interface grfica e uma tela preta de command-shell, onde sero apresentadas
as funes que foram feitas.
Voc poder, no menu do coot, abrir o pdb (FILE > Open Coordinates)...

e o mapa (FILE > Open map)...

O grande legal que o COOT j tem o EDS implementado !!! FILE > Get PDB & MAP using EDS , poupando
trabalho de baixar o pdb do pdb.org e o mapa do EDS. Ele salva em algum diretrio COOT_DOWNLOAD que poder ser aberto
no futuro.
 Seguindo com a lisozima ! USEM E ABUSEM dos menus !

Menu > EDIT > Preferences: Mudem para ficar legal (os demais parmetros esto ok )
- General > Smooth recentering > Number of steps > 40
10 !!!
- Map > Map parameter > Map radius > 15 !!!
- Others > font > large

MOUSE: Direito
zoom in/out

Esquerdo
gira a estrutura
Bolinha-rodar
muda contorno de densidade eletrnica (USE 1.00 OU PRXIMO DISSO !)
Bolinha-clique
centraliza no tomo; observe que aparece na barra inferior informaes sobre o tomo:
aminocido, cadeia, ocupncia, Bfactor, coord espacial.
Control-direito
arrasta a estrutura

TECLADO:
Barra de espao
avana na cadeia, aminocido-a-aminocido
Shift-barra de espao
retorna na cadeia, aminocido-a-aminocido
Tecla I
gira a molcula

- O mapa dever ser contornado em 1.00, que significa que a densidade eletrnica mdia (1.0 ) de toda a estrutura,
independente de quanto isso significa em nmero de e-/3.

- Teclas de atalho de uso freqente (usem !):

F5 (ou Menu > Calculate > Model/Fit/Refine) -: abre o menu de refinamento deixem enconstada no cantinho da tela !
F6 (ou Menu > Draw > go to atom): abre o menu de seqncia (excelente para ir de um aminocido ao outro !) abra
quando necessrio
F7 (ou Menu > Draw > Display Manager): abre o menu de apresentao do mapa, pdb abra quando necessrio
- Outras funes:
- Menu > VALIDATE
siga seu instinto, comece pelo Ramachandran
OBS: passando o mouse / cursor em cima mostra o aminocido, clicando vai centralizar nele.

- Menu > Measures > distances and angles para medir distncia entre tomos, bom para validao de estrutura
Vejam por exemplo este tomo de sdio !

- Menu > Draw > Cell and Symmetry
selecione:

Symmetry YES !
By molecule > Display as CAs (carbonos alfa)
Show Unit Cells (clula unitria, em linha amarela)
 Agora passeie pela cadeia..... toda !
Apertem F7 e desmarquem PDB, deixem apenas o mapa ! Isso o dado experimental !
Adivinhem quais so esses aminocidos:

Mais ?!
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/docs.html
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/coot-manual.pdf
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/coot-keys-and-buttons.pdf
2 pginas ! imprimam e deixem ao lado do micro !