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AULA PRÁTICA 1
Os programas disponíveis para representação molecular variam em função da finalidade desejada. Por
exemplo, as ferramentas necessárias para estudos cristalográficos não serão necessariamente as
mesmas utilizadas para espectroscopia de RMN. Entretanto, as alternativas de representação molecular
se conservam tanto para micro quanto macromoléculas, existindo diversas alternativas (e.g., 1D, 2D e
3D).
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FFI0750 – BIOLOGIA MOLECULAR ESTRUTURAL
Prof. Dr. Rafael V. C. Guido / Prof. Dr. Andre L. B. Ambrosio
Tutorial Pymol
Nesta aula prática vamos utilizar o programa PyMOL para visualizar e analisar estruturas de proteínas.
PyMOL é uma ferramenta útil para estudar proteínas, DNA e outras moléculas biológicas.
O PyMOL é um programa escrito em linguagem de programação Python, que encontra grande aplicação
na visualização, interpretação e análise de dados estruturais. Além da elevada interatividade para
usuários iniciantes e avançados, o programa possui um processo de renderização robusto e de baixo
custo computacional que permite a criação de imagens e animações de alta qualidade.
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Representações Moleculares
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Renderização
Renderização é o processo pelo qual pode-se obter o produto final de um processamento digital
qualquer. Este processo aplica-se essencialmente em programas de modelagem 2D e 3D, bem como
áudio e vídeo. O processo de tratamento digital de imagens consome muitos recursos dos
processadores, e pode tornar-se bastante “pesado”. No PyMOL quando a representação e visualização
estão concluídas, ou em qualquer momento que se queira fazer uma aferição de qual será o resultado
final, pode-se realizar a "renderização" da imagem (Figura 5). Para tanto digite o comando:
RAY
Uma vez que o processo de renderização pode levar um longo período de tempo, é fortemente
recomendável que se exporte as imagens processadas ao final do processo. Para tanto, selecione:
Esse comando exportará a imagem no formato .png, o qual é reconhecido por praticamente todos os
programas de edição de texto ou apresentação disponíveis atualmente.
OBS: você deve exportar a imagem imediatamente após o processo de renderização, pois se houver
alteração das coordenadas de visualização a renderização será perdida. Você pode salvar imagens a
qualquer momento, sem a necessidade de renderização. Neste modo, o programa irá capturar a exibição
atual na janela do visualizador; no entanto, as imagens não renderizadas terão qualidade muito inferior.
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