Minicurso: Bioinformática e Dockagem molecular no

desenvolvimento de novos fármacos.

Prof. Francisco de Andrade

Predições in silico de ADMET

Acesse: www.swissadme.ch

Barra de
Ferramentas do
SwissGrugDesing Barra de
Ferramentas do
SweissADME

Ferramenta para Lista de SMILE,

desenhar e/ou escrever uma
modificar a estru- molécula por
tura molecular linha

Ferramenta para
conversão da es-
trutura para o Botão de start,
formato SMILE inicia os cálculos
Na caixa de ferramenta desenhos vamos desenhar a estrutura da molécula do
ácido acetilsalicílico (AAS), um anti-inflamatório de uso bastante comum.

Depois obtenha a estrutura SMILE da molécula.

(Obs.: você também pode obter o SMILE da molécula no site:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/2244#section=InChI-Key).
Devemos salvar o arquivo da estrutura em que estamos interessados, uma vez
que podemos precisar dela para futuras análise, para tal vamos salvar o
arquivo nos formatos MOL. e SMILE.
Clique em export > extructure e escolha o formato MDL Molfile e solve os
arquivos no formatol Mol. ou copie os dados e salve como um arquivo do bloco
de notas.
Você pode salvar também o SMILE da estrutura, ou um arquivo de imagem nos
formatos PNG ou JPEG.

Para obtenção dos dados click em Run, e seremos redirecionados para a

seguinte tela:

Clicando em SwissSimilarity se pode comparar a molécula em estudos com

outras já presentes no mercado ou em estudo através de diferentes bancos de
dados.
Clicando em Target, o site será direcionado para uma nova tela, cujo
arquivo se pode baixar nos formatos JPEG ou PDF. onde o site retorna os
possíveis alvos biomoleculares para a droga em estudo, tais dados são
importantes para a escolha dos alvos para a dockagem.
Para a análise dos dados se pode utilizar o link dos artigos presentes no
próprio site do Swiss.
 Dockagem

1- Vamos procurar a estrutura da enzima de interesse no PDB

(https://www.rcsb.org/), digitando no campo de busca, COX-1:

2- Selecione a estrutura 3N8V - Crystal Structure of Unoccupied Cyclooxygenase-

1. (As demais estruturas necessitam passar por uma etapa de pre-docking para
a ‘limpeza’ dos ligantes, íons e/ou solventes presentes no arquivo).

3- Click em Dowload Files e em seguida em PDB files para baixar o arquivo no

formato PDB, formato mais utilizados por diversos programas e ferramentas
online para estudos de docking.
4- Acesse http://www.swissdock.ch/ e click em Submit Docking

5- No campo Target Selection digite o código PBD da COX (3n8v), click em

Search e selecione a cadeia de interesse; depois, no campo Ligand Selection,
digite o nome do ligante (aspirin, no nosso estudo) e selecione a estrutura de
interesse na base de dados do ZINC.

6- No campo Description digite um nome para o seu trabalho e o seu endereço

de e-mail. Depois click em Start Docking. (Obs. a depender do número de
cálculos que o sistema necessite rodar o trabalho pode demorar horas ou
dias).

7- Depois de terminados os cálculos você receberá um link no seu email para

acessar os arquivos (Atenção, faça o dowload dos arquivos, pois estes
permanecerão no sistema por apenas uma semana).
Análise do Docking no PyMol.

1- Abra o PyMol clicando duas vezes no ícone do programa, será aberta a

seguinte janela:

2- Selecione os arquivos PDB a serem analisados clicando em File.

3- Clicando no C referente ao objeto

target, selecione spectrum e em
seguida o primeiro padrão de cores
(rainbow).
4- Clique no botão S no canto inferior direito da
tela principal. Isso fará com que a lista de
aminoácidos e heteroátomos do arquivo
PDB seja listado na parte superior da janela,
facilitando a seleção de elementos. Rolando
a barra para a direita, o grupo heme será o
primeiro a aparecer logo após o fim da
cadeia polipeptídica:

5- Vamos ver com mais detalhes como é a ligação

entre o ligante e a proteína. Para fazer isso,
clicamos no 'A' de (sele) e depois 'modify +
around + residues witin 4 A'. Com o que nós
teremos selecionado os aminoácidos
encontrados em 4 angstroms ou menos do
ligante. Para vê-los, clicamos no 'S' de (sele) e
em sticks.

6- Em seguida vamos recolorir os átomos dos resíduos como fizemos antes:

'C' de (sele) e 'by element + CHNOS ...

7- Nós também podemos encontrar os

contatos polares facilmente no PyMol.
Por exemplo, vamos encontrar as
pontes de hidrogênio entre a proteína e
o ligante. Selecionamos os aminoácidos
clicando sobre eles (você pode
selecionar um e, pressionando o botão
do mouse, arraste para selecionar
outros): Em (sele) damos 'find + polar
contacts + within selection':

8- Agora vamos medir, por exemplo, a

distância entre os átomos do
aminoácido 374 ('R', arginina) e o
ligante. Podemos medir a distância entre
átomos através do menú 'wizard +
Measurement'. Clicamos primeiro no
ligantes e depois no resíduo de
interesse. Para terminar as medidas
clicamos em 'Done' no quadro da direita.
 9- Para identificarmos um resíduo fazemos a sua
seleção de interesse clicamos sobre ele e depois
em L (sele) em ‘residue name’ ou ‘residue
indentifier’.

10- Para salvamos o nosso trabalho

podemos alterar a cor de fundo clicando em
‘Display’, ‘Background’ e depois
escolhendo uma das opções, para um
fundo brando click em ‘White’.

11- Para salvar um arquivo de imagem de alta

qualidade, click em ‘Drow/Ray’ no canto superior
direito e depois click em ‘Ray (slow)’.

Observe a diferença na qualidade das imagens acima, a esquerda temos a imagem não renderizada, e a
direita a imagem renderizada.

12- Para salvar o trabalho no formato de imagem (PNG)

click em ‘File’, ‘Export Image As’ depois em ‘PNG’.

13- Você também pode salvar um arquivo no formato do

PyMol (.pse) caso queira, posteriormente, alterar o
arquivo; para tal click em ‘File’, ‘Save Session As...’
Exercício. Cavidade do sítio ativo

Abra '3n8v' e o ligante ‘seed 48’

Mude a coloração da proteína
Mude a coloração do ligante
Encontre os resíduos envolta do lingante (4 A)
Mude a coloração dos resíduos
Show 'surface' da molécula
Show 'surface' do ligante
Hide Show 'surface' do ligante
Show 'ligante' como 'spheres'
Hide/Show 'target'
Hide/Show 'seed 48'