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Tutorial Chemsketch
6.1 - instalação
A instalação é muito simples, você deve preencher os campos obrigatórios de cadastro, e efetuar o
download. Vale lembrar que este tutorial é feito da versão mais antiga do programa (8.0), mais salvo
algumas alterações estéticas e de funcionalidade (muito poucas) a parte operacional padrão
continua a mesma e após aprender a usar todos estes recursos descobrir os novos será bem mais
simples e fácil.
Veremos agora após você tê-lo baixado o procedimento, simples, necessário para instalá-lo em seu
computador:
Essa é a primeira tela que aparecerá após a execução do aplicativo de instalação. Para seguir a
instalação, clique no botão: “Next”.
Com o cursor role até o final da licença. Marque a opção “I accept ...” e clique em “Next”.
Esta tela mostra em que diretório o programa será instalado. Por padrão, utiliza-se o seguinte
diretório: C:\ACDFREE8. Todas as caixas de seleção correspondentes aos componentes que serão
instalados já estão marcadas, e como faremos uso de todos esses componentes não desmarcaremos
nenhuma caixa. Pressione o botão “Next”.
Clique em “Next”.
Clique em “Install” para iniciar a instalação do ChemSketch 8.0. Se desejar trocar alguma
especificação determinada anteriormente, clique em “Back” e faça a alteração. Para não realizar a
instalação, clique em “Cancel”.
Esta opção informa que os programas foram instalados com sucesso. Basta então, pressionar o
botão “Finish”.
Iremos ver agora os modos de trabalho do programa ChemSketch 8.0 e suas principais
características. Para alternar entre os modos de trabalho, basta utilizar o par de botões abaixo, localizados
no canto superior esquerdo da tela.
O Modo Estrutura permite que o usuário desenhe as estruturas e reações além dos diversos sinais
taquigráficos próprios da linguagem química. Abaixo, analisamos as barras que compõem o modo estrutura.
Barra de ChemBasic: Localizada abaixo da Barra Geral é uma barra opcional e contém diversas
outras aplicações muito úteis para o trabalho no modo estrutura. Porém, essa barra de ferramenta só irá
aparecer caso o módulo ChemBasic tenha sido instalado.
Barra estrutura: A barra contém ferramentas para desenhar e manipular estruturas químicas.
Barra de átomos: Exibida verticalmente à esquerda da tela, contém botões que representam
átomos, como também ferramentas para propriedades variáveis de átomos (valência, radicais, etc.).
Barra de Radicais: Colocada à direita da janela, contém a relação de radicais já utilizados além do
botão para acessar a tabela de radicais.
Área de Trabalho: Grande área branca localizada no meio da tela, local onde as estruturas são
desenhadas.
Paleta de Cores: Permitem colorir átomos e ligações rapidamente.
Barra de Status: Esta barra contém informações que podem ser úteis para o momento atual: nome
do arquivo SK2 que você está trabalhando, número de página no arquivo de SK2, número de fragmentos na
área de trabalho e fórmula molecular das estruturas selecionadas.
6.2.2 - Desenho
O modo “desenho” permite ao usuário trabalhar com as diversas ferramentas de desenho para
auxiliar nos diagramas e reações que se deseja fazer com o Chemsketch.
Abaixo, analisamos as barras que compõem o modo desenho.
Barra de Desenhos: Localizada a esquerda da tela, possui diversas ferramentas para desenho,
desde círculos, quadrados, setas, além de diversas outras possibilidades.
Barra de Edição: A barra de Edição permite manipular e alterar os desenhos no que diz respeito à
posição, tamanho, ordem, etc.
Para guardarmos os trabalhos feitos devemos salvar o arquivo em alguma unidade de gravação
(disquete ou disco rígido). Para salvar um arquivo: utilize o botão na barra geral ou clique no menu
“File” e após na opção “Save as...” ou “Save” ou tecle F2.
No campo “Salvar em” determine o local onde o arquivo será gravado, em “Nome do arquivo” digite
um nome para o arquivo. Após isso, pressione o botão “Salvar”.
Obs: O formato padrão do ChemSketch é “sk2”. Para salvar o arquivo em outro formato, devemos
proceder com uma exportação de arquivo.
Também podemos salvar o arquivo com outro formato (exportar), para isso devemos clicar no menu
“File” e após na opção “Export...”.
As opções para esse procedimento são as mesmas do salvamento, no entanto na janela “Salvar
com o tipo” podemos escolher o formato desejado.
Os formatos que o ChemSketch suporta exportar são: imagens: .bmp, .gif, .dib,.tif e .wmf; e
formatos de outros programas: .pcx, .mol, .skc, .chm, .rxn, .cdx, .cml e .pdf.
O ChemSketch possui uma interface com outros programas como ISISDraw, MDL entre outros.
Essa característica permite que sejam abertos arquivos gerados com formatos de outros programas. Para
isso devemos clicar no menu “File” e após na opção “Import...”.
Os formatos que o ChemSketch suporta importar são: imagens: wmf e formatos de outros
programas: .mol, .skc, .chm, .rxn, .cdx, .mst e .rpt.
Para copiar uma ou mais moléculas desenhadas, clicar no menu “Edit” e na opção “Select All”.
Clicar novamente em “Edit” e finalmente na opção “Copy” ou utilize o botão “Copy” . Para colar a(s)
molécula(s) no editor de texto (Word ou outro semelhante), com o mouse selecione a posição onde será
colocada a molécula e clique em “Editar” e “Colar” ou diretamente no botão “Colar” do editor.
H
O
H
O
H
H
6.3.5 – Abrindo um Arquivo
Para abrir um arquivo do ChemSketch já salvo em alguma unidade de disco, utilize o botão
na barra geral, ou pressione a tecla de atalho F3 ou utilize o menu “File” e em seguida “Open...”. Na caixa
de diálogo “Open Document” procure o arquivo a ser aberto.
O ChemSketch abre somente arquivos no formato “.sk2”, arquivos de formatos diferentes devem
ser importados.
Caso você deseja criar um arquivo novo no ChemSketch, siga os passos abaixo: utilize o botão
na barra geral ou clique no menu “File” e após na opção “New” ou utilize as teclas de atalhos do teclado
<Ctrl>+F3.
Para imprimir um arquivo no ChemSketch, siga os passos abaixo: utilize o botão na barra
geral ou clique no menu “File” e após na opção “Print...” ou utilize as teclas de atalhos do teclado <Ctrl>+P.
Na caixa de diálogo Imprimir, mude para as opções desejadas e pressione o botão “Ok”.
Obs: Antes de imprimir um arquivo, verifique as configurações da página, para isso, clique no menu
“File” e após na opção “Page Setup”.
6. 4 - Desenhando Moléculas
1 – Select/Move: Este botão permite selecionar ou mover qualquer objeto presente na área de
trabalho. Clique em um ponto e arraste o mouse sobre o que se quer selecionar.
O objeto será rotacionado em torno do círculo vermelho que aparece ao ser posicionado o mouse
sobre um dos quadrados pretos (note que o círculo aparece na extremidade oposta do quadrado
selecionado).
Também temos o recurso de aumentar ou diminuir o tamanho da molécula, em nosso exemplo,
aumentamos o tamanho da molécula em 31;08% (compare com a molécula acima).
CH3
H3C
3 – 3D Rotation: Este botão permite dar rotação em um ambiente 3D.(x, y, z). Clique em “Edit” e
“Select All” para selecionar a molécula ou use uma das ferramentas de seleção (botões 1 e 4 dessa barra).
A seguir vemos uma mesma molécula rotacionada em várias direções.
OH HO
CH3 CH3
H3C H3C HO
H3C
CH3 H3C HO CH3
4 – Lasso On/Off: ou Este botão permite a seleção específica de algo na área de trabalho
“laçando“ o objeto desenhando-se ao redor do mesmo. Para alternar as formas do botão clique sobre o
mesmo.
5 – Draw Normal: Este botão permite o desenho de uma estrutura orgânica simples como o exemplo
abaixo:
CH3
H3C
Obs: não esqueça que antes de desenhar a molécula você deve selecionar um átomo na barra de
átomos.
6 – Draw Continuous: Este botão permite o desenho de uma estrutura orgânica contínua, onde as
posições dos átomos vão sendo determinadas pelo clique do mouse, sendo que a molécula vai se
completando automaticamente, conforme o exemplo abaixo:
7 – Draw Chains: Este botão permite o desenho de uma estrutura orgânica contínua, de modo que
os átomos assumem uma posição em relação ao outro em forma de “v” (cadeia em zigue-zague), conforme
o exemplo abaixo:
Obs: Esse botão é muito útil para cadeias muito extensas. Para saber o número de átomos de
carbono na cadeia basta olhar o número logo acima do ponteiro do mouse. Este número só é visível
enquanto o mouse estiver pressionado.
8 – Up Stereo Bonds: Este botão permite que seja aplicada à ligação entre átomos uma
representação que significa que o átomo que possui a ponta mais grossa da cunha cheia está para fora do
plano da área de trabalho. Veja o exemplo abaixo:
Obs: Uma forma de desfazer a aplicação deste tipo de propriedade é clicando no meu “Edit” e após
na opção “Undo Change Bond” ou então pressionar as teclas de atalho <alt> + <backspace> ou clicar no
9 – Down Stereo Bonds: Este botão permite que seja aplicada a ligação entre átomos uma
representação que o átomo que possui a ponta mais grossa da cunha tracejada estaria para dentro do
plano da área de trabalho. Veja o exemplo abaixo:
Obs: Uma forma de desfazer a aplicação deste tipo de propriedade é clicando no meu “Edit” e após
na opção “Undo Change Bond” ou então pressionar as teclas de atalho <alt> + <backspace> ou clicar no
10 – Coordinating Bonds: Este botão permite que se consiga representar uma ligação coordenada
ou dativa. Veja o exemplo abaixo:
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do botão permite a escolha dentre as
diversas formas de setas.
11 – Undefined Stereo Bonds: Este botão permite representar uma ligação com orientação espacial
indefinida. Veja o exemplo abaixo:
H3C CH3
CH3
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do botão permite a escolha dentre as
diversas formas.
12 – Solid Delocalization Curve: Este botão permite representar uma deslocalização de carga
utilizando um traço contínuo ou pontilhado.
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do botão permite a escolha entre as
formas contínua e pontilhada.
13 – Markush Bond: Este botão permite utilizar a representação para estruturas Markush. A
representação indica que o radical metila pode ocupar as posições orto, meta e para em relação à hidroxila
ou seja cada um desses compostos está representado pela estrutura abaixo.
OH
CH3
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do botão permite a escolha entre as
formas abaixo.
14 – Reaction Plus: Este botão permite a inserção do sinal de mais (+) muito comum em reações
orgânicas. Veja exemplo abaixo:
15 – Reaction Arrow: Este botão permite escolher dentre as diversas setas que as reações possam
a necessitar.
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do botão permite a escolha dentre as
diversas formas de setas.
17 – Reaction Arrow Labeling: Este botão permite a inserção das condições da reação acima e/ou
abaixo da seta. Para abrir a caixa de diálogo “Edit Reaction Conditions”, clique no tipo de seta desejado
(botão 15) e aplique a seta no local escolhido; em seguida, clique no botão “Reaction Arrow Labeling” (botão
17) e finalmente clique sobre a seta já inserida. Escreva os dados desejados, podendo utilizar os símbolos à
direita e clique em OK.
19 – Chance Position: Este botão permite mudar a posição dos átomos ligados ao átomo principal.
Veja o exemplo com o gás metano.
H4
CH4 H4C C C
H4
forma 1 forma 2 forma 3 forma 4
20 – Set Bond Horizontally: Este botão permite alinhar uma ligação na horizontal. Clique no botão
“Set Bond Horizontally” e em seguida clique na ligação que deverá ficar na horizontal. Veja o exemplo
abaixo:
H3C
CH3
CH3
H3C CH3
H3C
H3C
CH3
antes depois antes depois
21 – Set Bond Vertically: Este botão permite alinhar uma ligação na vertical. Clique no botão “Set
Bond Vertically” e em seguida clique na ligação que deverá ficar na vertical. Veja o exemplo abaixo:
CH3 CH3 CH3
H3C
H3C CH3
CH3 H3C
22 – Flip on bond: Este botão permite giramos a molécula a partir de uma ligação. Clique sobre o
botão e em seguida clique sobre a ligação que servirá de referência. Veja exemplo abaixo:
23 – Flip Top to Bottom: Este botão permite girar a molécula sobre o eixo horizontal.
Br OH
Cl CH3 Cl CH3
OH Br
antes depois
24 – Flip Left to Right: Este botão permite girar a molécula sobre o eixo vertical.
Br Br
Cl CH3 H3C Cl
OH OH
antes depois
26 – Clean Structure: Este botão permite que a estrutura desenhada possua uma melhor
proporcionalidade entre as ligações. Veja o exemplo abaixo:
27 – Check for Tautomerics Forms: Este botão permite visualizar as formas tautoméricas
(provenientes da isomeria de tautomeria) do composto. Veja exemplo abaixo.
Obs: Clicando no botão “Replace” podemos substituir a estrutura analisada pelo tautômero indicado.
28 – 3D Optimization: Este botão possibilita a adequação da formula estrutural plana para uma
conformação 3D. A visualização 3D mostra todos os átomos de hidrogênio. Para aplica-la basta clicar sobre
o botão “3D optimization’ após o desenho da molécula. Veja exemplo abaixo:
Obs: Com o botão “Rotação 3D” (botão 3 desta barra) você pode girar a molécula e comprovar que
ela está na conformação correta dos átomos pelo efeito da repulsão de cargas.
01 – Periodic Table of Elements: Este botão permite que seja escolhido o elemento com o qual se
deseja trabalhar. Outra forma de acessar a Tabela Periódica é pressionando a tecla de atalho “F7” do seu
teclado ou clicando-se em “Templates” e em “Periodic Table ...” da barra de menu.
Além dos dados mostrados na janela inferior, temos os dados de RMN (clique no botão NMR) e as
(Any Atom without Hydrogen) indicação de que pode ser qualquer átomo, exceto o hidrogênio.
03 – Any Bond: Permite assinalar uma ligação com um dos símbolos abaixo.
(Any Bond) indica que pode ser qualquer tipo de ligação (simples, dupla, tripla ou aromática).
(Single or Double Bond) indica que somente pode possuir ligações simples e duplas.
(Chain Bond) indica que a ligação faz parte de uma cadeia aberta.
04 – Atoms: Estes botões são colocados automaticamente em função do seu uso. Os mais usados
permanecem listados.
05 – Edit Atom Label: Permite inclusões de textos em qualquer lugar na Área de Trabalho do
Chemsketch. Clique no botão “Edit Atom Label”, clique no local onde se deseja inserir o texto, digite o texto
na janela e finalmente clique em “Insert”.
06 – Pseudo Atom: Permite substituir um átomo ou criar um átomo com o rótulo de radical. O
pseudo atom elimina o símbolo do átomo deixando apenas a ligação. Observe o exemplo a seguir.
R1 pseudo átomo
R2
R3
07 – Increment (+) Charge: Atribui a um átomo cargas positiva ou negativa ou representa um radical.
Veja as opções.
atribui ao átomo uma carga negativa retirando um átomo ligado ao átomo principal.
Cl
+
H2C CH3 H3C OH2 H3C CH3
Exemplo:
13 +(III)
NH4
09 – Manual Numbering: Permite a numeração manual dos carbonos ou de qualquer átomo. Para
aplicar marcação (numeração, designição alfabética, etc.) clique no botão “Manual Numbering”, preencha a
caixa de diálogo “Manual Numbering” (pode-se adicionar texto antes ou depois da numeração), clique em
OK e finalmente clique sobre os átomos a serem numerados.
Exemplo:
Cl
H3C 3 7 CH3
4 6 8 isotopo 14
A barra geral, além dos botões que gerenciam a criação, salvamento e abertura de arquivos, possui
botões que auxiliam no processo de desenho das moléculas.
03 – Open File: Abre um arquivo anteriormente salvo pelo ChemSketch (arquivo com
extensão .sk2).
04 – Save File: Salva um arquivo, em disco rígido ou disquete, com a extensão .sk2. Para
salvar com outra extensão, use o recurso de exportar arquivos.
06 – Export to PDF: Permite a exportação do arquivo com a extensão .pdf, para ser aberto
pelo programa Acrobat Reader.
07 – Undo Delete: O botão “undo” quando pressionado, volta uma ação realizada no
ChemSketch. Outra opção para usa-lo, é clicar em “Edit” e em “Undo Draw”.
08 – Redo: O botão “redo” quando pressionado avança uma ação anteriormente realizada,
que foi retornada pelo botão anterior. Outra opção para usa-lo, é clicar em “Edit” e em “Redo”.
09 – Delete: O botão “delete” permite você apagar átomos ou conjunto de átomos específicos
nas moléculas. Clique no botão “Delete” e em seguida clique sobre o átomo que se deseja apagar.
CH3 deletar o grupo metila
antes depois
13 – Zoom In: A ferramenta “zoom in” permite dobrar a visualização do tamanho da molécula
ou desenho na área de trabalho. Clique no botão e em seguida em qualquer parte da área de trabalho e a
resolução passa para 200%. Repetindo-se a operação podemos atingir 400%.
18 – Fit All: Exibe a molécula e/ou desenho selecionado em toda a área de trabalho exibida
na tela.
19 – Fit Selected: Exibe todas as moléculas e/ou desenhos selecionados na área de trabalho
exibida na tela.
5º - Mova o cursor até o local da área de trabalho onde se deseja colar a estrutura e clique
uma vez.
22 – Generate Name for Structure: Desenhe uma única estrutura e clique no botão
“Generate Name for Structure” e o nome aparecerá automaticamente. Nome de estruturas com mais de 50
átomos ou 3 ciclos somente na versão comercial.
NH2
N N
N N
H
adenine
24 – Send Stucture to PDA: Este botão é valido somente para a versão comercial.
Menu Pages – pode ser utilizado quando o documento (arquivo) possuir mais de uma página.
Menu Tools
H3C CH3
CH3 CH3
15.0235 Da 15.0235 Da
H H H H
H H H H H
H3C H H H
CH3 H
H H H
antes depois
H3C OH
7
6 8
5 1
4 2
3
- Clear Numbering: reverte os efeitos do botão anterior.
H3C OH
1-methylcyclohexa-2,5-dien-1-ol
SMILES Notation – descreve a molécula utilizando o sistema SMILES (Simplified Molecular Input
Line Entry Specification).
OH
H3C
CH3
CC[C@H](O)CCC
HO CH3
Cc1ccccc1O
antes depois
Todas esses cálculos podem ser copiados para a área de trabalho, clicando-se em “Copy to Editor”.
Menu Templates
- Template Window ...: Abre a caixa de diálogo Template Window (página 109).
- Template Organizer ...: Utilizando-se esta caixa de diálogo podemos remover ou introduzir uma
nova categoria. Para se introduzir uma nova categoria é necessário criar-se um arquivo com extensão .sk2
e colocá-lo no diretório c:\acdfree8\template.
Menu Options
- Set Structure Drawing Style: Se marcada a posição normal são mostrados os átomos de
carbonos das extremidades, em qualquer outra marcação os átomos de carbono da extremidade não são
escritos.
H3C CH3
- Apply Structure Drawing Style: Se acionado faz com que o tamanho das ligações desenhadas
se ajustem a um padrão predeterminado.
Menu Documents
Menu I-Lab
Serviço com base de dados de Química e programas de predição de propriedades. Você pode
utilizar o I-Lab Público (grátis) e a Edição INTRANET I-Lab (comercial).
Menu ACD/Labs
- 3D Viewer: possibilita uma visão tridimensional da molécula (ver tópico 6.6 – Moléculas em 3D).
Menu Help
Clique no 2º botão (para uma cadeia melhor desenhada) e clique sobre o átomo de carbono à
esquerda da tela. Clique sobre a área de trabalho e arraste o mouse até o comprimento de cadeia desejado.
Solte o mouse.
Clique no botão “Table of Radicals” à direita da tela (página 107) Escolha o radical e clique sobre o
mesmo. Clique sobre a área de trabalho.
Clique sobre o botão “Open Template Window” (página 109). Escolha a molécula desejada e clique
sobre ela. Clique sobre a área de trabalho.
Clique sobre uma ligação simples que ela passa a ser dupla, clique sobre a dupla que se transforma
em tripla. Clicando na ligação tripla ela retorna a ligação simples. O número de átomos de hidrogênio se
ajusta automaticamente à nova ligação.
III - Ramificações
Para inserir uma ramificação, clique sobre o átomo de carbono da cadeia principal onde deverá
estar a ramificação e arraste o mouse. Para uma ramificação com 2 ou mais átomos de carbono, clique no
H3C CH3
H3C CH3 H3C
CH3
antes
depois
IV - Heteroátomos
Clique sobre o átomo a ser inserido (lado esquerdo da tela). Se o átomo não constar dessa lista,
abra a tabela periódica, clicando no botão . Para eliminar o heteroátomo, clique sobre o átomo de
carbono e clique sobre o heteroátomo.
V – Grupos funcionais
Para grupos menores (Cl, OH, etc.), clique sobre o átomo (lado esquerdo da tela), clique sobre o
átomo de carbono e arraste o mouse. Para grupos maiores (COOH, NO2, etc.) use a tabela de radicais.
Cl
H3C H3C
CH3 O
HO
HO
antes depois
VI – Deletando átomos
Para deletar um único átomo, clique no botão e depois clique sobre o átomo a ser deletado.
Para deletar um grupo de átomos, clique no botão e arraste o mouse sobre os átomos a serem
deletados (para marca-los) e finalmente clique em “Edit” e em “Delete” ou utilize a tecla “Delete”.
Clique no botão , clique no local onde deseja inserir o texto e aparecerá a caixa de diálogo
“Edit Label”. Utilize uma das opções preestabelecidas ou digite um texto (uma única linha) na janela
correspondente. Para texto maiores podemos utilizar o recurso de copiar e colar.
Para inserir uma figura podemos utilizar o recurso de copiar e colar a partir de uma figura colada em
um processador de texto (Word, por exemplo).
Pode-se utilizar o recurso “Import ...” do menu File. A importação coloca a figura numa página nova
no modo “Draw”, havendo a necessidade de copia-la e cola-la na página original.
H3C CH3
Para a inserção exclusiva de arquivos bitmap (extensão .bmp ou .dib), no modo “Draw” podemos
IX – Deslocalizando cargas
1º - Desenhe a molécula.
Br
H3C CH3
+
2º ´Adicione o H . Dê um clique sobre a ligação para eliminar a dupla ligação.
Br H
H3C CH3
+
botão .
Br H
H3C CH3
+
X – Alterando Propriedades
Para alterarmos qualquer formato (cor, tamanho, etc.) poderemos utilizar a opção propriedades das
estruturas.
Clique no menu “Tools” e na opção “Structure Properties” e será aberta a caixa de diálogo
“Properties” com as guias “COMMON”, “ATOM” e “BOND”.
Outra maneira de abrir essa caixa de diálogo é selecionar a entidade química e dar um clique duplo
sobre a mesma.
Guia Common
A opção “All”, se marcada, escreve o símbolo de todos os átomos de carbono da cadeia, juntamente
com os átomos de hidrogênio.
A opção “Terminal”, se marcada, escreve apenas o símbolo dos átomos de carbono e hidrogênio
terminais.
A opção “Hide Zero Charge”, se marcada, não permite a visualização de carga zero; se
desmarcada, permite essa visualização em todos os átomos.
A opção “Cross Out Invalid Atom”, se marcada, risca com uma cruz qualquer inválido, isto é, com
um número de ligações não permitido, se desmarcada, possibilita que um átomo tenha um número de
ligações diferente da sua valência.
Veja os exemplos abaixo:
0 0 0 0 H3C -
CH3 H3C CH3
-
H3C 0CH2 0CH2 0CH3 H3C C CH3 H3C C CH3
CH2 CH2 CH2
CH3 CH3
hide (desmarcada) cross (marcada) Cross (desmarcada)
A opção “Atom Symbol Size” permite determinarmos o tamanho da fonte que será usada para
desenhar os átomos.
A opção “Bond Length” permite determinarmos o comprimento da ligação química entre os átomos.
Obs: Deixando a opção “Auto” marcada, deixamos por conta do programa calcular a proporção do
comprimento da ligação em função da fonte utilizada.
CH 3
CH 3 CH 3
CH 3 CH 3
tamanho 10 CH 3 tamanho 16
A opção Atom Style permite determinarmos a fonte utilizada, a sua cor e os efeitos de negrito e
itálico.
A opção Bond Style permite determinarmos a largura e a cor das ligações entre os átomos.
CH 3 CH 3 CH 3 CH 3
H 2C H 2 C H 2C H 2C
CH 2 CH 2 CH 2 CH 2
H 2C H 2 C H 2C H 2C
CH 3 CH 3 CH 3 CH 3
fonte arial fonte holiday ligação mais larga átomos azuis e ligações vermelhas
O botão “Apply” aplica as alterações feitas em alguma entidade química previamente selecionada.
O botão “Set Default” grava as alterações feitas de modo que as modificações sejam aplicadas nas
próximas entidades químicas a serem desenhadas.
O botão “Update From” permite copiar a formatação de uma entidade química e aplica-la em outra.
Guia Atom
Clicando-se em pode-se escolher o átomo principal de sua entidade química. A seleção padrão
é o átomo de carbono e o seu acionamento seleciona somente os átomos de carbono.
Clicando-se em indica-se a carga da entidade química desenhada, bem como a sua posição,
na vertical.
Clicando-se em permite explicitar qual isótopo estamos usando na entidade química, bem
como a sua posição, na vertical.
Clicando-se em permite determinar a numeração dos átomos de carbono e sua posição nos
eixos X e Y da entidade química selecionada.
Guia Bond
Iremos a partir de agora ver as ferramentas de desenho que o ChemSketch proporciona mo módulo Draw.
A barra de desenhos trás consigo uma série de ferramentas para criarmos os desenhos mais
variados.
3 – Curve: Este botão permite criar uma linha utilizando curvas, no formato especificado no
botão.
Se você apenas clicar sobre um ponto obterá sempre uma linha reta (2º e 3º exemplos), se você
clicar e arrastar o mouse obterá linhas curvas (1º e 4º exemplos).
5 – Draw Arrow: Este botão permite o desenho de setas com varias configurações. Ao clicar,
pela primeira vez, na ferramenta “Draw Arrow”, abre-se automaticamente a caixa de diálogo “Arrow”. Use o
botão para mostrar todas as opções da caixa “Arrow”.
A janela “Arrow body style” permite determinar a distância entre as 2 linhas da seta dupla.
A ferramenta “Arrowhead size” permite definirmos a largura (width) e a altura (height) da ponta da
seta. Estes parâmetros podem ser especificados em pontos pela simples alteração nas caixas de formulário
correspondentes ou então manualmente.
8 – Elipse: Permite desenharmos uma elipse na área de trabalho. Para fazermos um círculo,
ao desenhar o objeto, deixe pressionada a tecla “shift” do seu teclado.
Se você apenas clicar sobre um ponto obterá sempre uma linha reta, se você clicar e arrastar o mouse obterá
linhas curvas.
OBS: Um clique duplo sobre qualquer objeto desenhado com os botões 1 a 9 permite definir a
formatação, abrindo a caixa de diálogo “Objects Panel” com as guias “Pen” e “Arrows”.
Guia Pen
Guia Arrow
A janela “Body style” permite escolher o tipo de linha (simples, dupla, etc), bem como a distância
entre as linhas duplas..
As janelas “Arrowheads shape” permitem definir as configurações de cada ponta da linha,
transformando-a em setas por exemplo.
As janelas “Arrowheads size” permitem definirmos a densidade das pontas das setas.
10 – Insert Bitmap: Este botão permite a inserção de bitmaps (extensões .bmp e .dib).
(página 120).
O botão “Greek Font” permite que o texto seja escrito em grego (fonte Symbol).
Obs: Com um clique duplo sobre o texto já escrito abriremos a caixa de diálogo “Objects Panel –
Text”.
A guia Attr permite a rotação do texto em qualquer ângulo, é especialmente útil para a utilização em
gráficos (giro de 90º).
Energia
Energia
12 – Table: Este botão permite a inserção de tabelas. Clique sobre o botão e em seguida
sobre a área de trabalho e será inserida uma tabela em tamanho padrão (2x2). Para aumentarmos o
tamanho da célula e/ou número de linhas e de colunas, basta clicar e arrastar o mouse.
O número de linhas e/ou colunas pode ser definido na caixa de diálogo “Insert Table” e o tamanho
da tabela é definido pelo arraste do mouse.
O acionamento do botão “Table” adiciona na barra de edição (acima da área de trabalho) os seguintes
botões para a formatação da tabela.
Um clique duplo sobre uma célula abre a caixa de diálogo “Objectos Panel – Table”, proporcionando
a formatação das células.
14 – Rounded Callout: : Este botão é utilizado para alguma descrição no estilo “balões de
texto”.
15 – Report Template: Este botão permite a abertura de janelas de dados criadas , de por
exemplo, 1D RMN, 2D RMN, MASS, UV, IV, etc.
3 – Edit Nodes: Este botão permite a edição dos nós de um objeto. As ferramentas que criam
4 – Edit Text: Este botão habilita a opção de editarmos alguma caixa de texto (para criar uma
caixa de texto veja página 127) presente na área de trabalho.
5 – Bring to front: Este botão faz com que o objeto selecionado fique na frente dos demais
objetos.
6 – Send to back: Este botão faz com que o objeto selecionado fique atrás dos demais
objetos.
7 – Group: Permite agruparmos dois ou mais objetos selecionados fazendo-os agir como um
só objeto.
8 – Flip left to right: Este botão permite girar o objeto na horizontal, girando da esquerda
para a direita.
9 – Flip top to bottom: Este botão permite girar o objeto no sentido vertical, girando do topo
para o rodapé.
10 – Rotate 90°: Este botão permite rotacionar o objeto em ângulos fixos de 90°.
O botão “Edit Nodes” permite a manipulação de qualquer figura desenhada através da barra
de desenho.(exceto circunferências ou elipses). Os nós de cada uma das figuras abaixo estão
representados por pequenos quadrados, sendo que cada quadrado corresponde a um nó.
Antes de prosseguirmos, necessário se faz estabelecer a distinção entre nós e pontos de controle.
Nó é um ponto da curva ou desenho que pode ser arrastado, isto é, deslocado em qualquer direção e
ponto de controle é representado por um quadrado preto pequeno que ao ser arrastado muda a forma de
uma linha curva.
Os nós das extremidades têm apenas um ponto de controle por nó e os nós intermediários têm 2
pontos de controle por nó.
Barra Node
O acionamento do botão “Edit Nodes” adiciona na barra de edição (acima da área de trabalho) os seguintes
botões para a formatação dos nós.
1 – Connect Vertices: Esse botão conecta, através de uma linha reta, os dois nós da
extremidade, fechando a curva.
Para selecionar os dois nós, clique no primeiro e mantendo pressionada a tecla “Shift” clique sobre
o segundo nó. Para desconectar clique sobre o botão.
3 – Add Node: Este botão adiciona um novo nó entre dois nós selecionados consecutivos.
4 – Delete Nodes: Este botão permite a eliminação de um nó. Clique sobre o nó a ser
eliminado e em seguida clique sobre este botão.
5 – Convert to Line: Este botão converte uma linha curva em linha reta, entre dois nós
selecionados.
6 – Convert to Curve: Este botão converte uma linha reta em linha curva, entre dois nós
selecionados. Para converter uma reta em curva, clique no botão “Edit Nodes” e selecione os dois nós.
Clique no botão “Convert to Curve” e em seguida clique sobre um dos nós selecionados que aparecerão os
pontos de controle. Mova os pontos de controle para fazer a curva e clique em qualquer ponto da área de
trabalho.
7 – Smooth: Este botão permite o alinhamento dos nós, com a conseqüente modificação
na curva.
8 – Symmet: Este botão faz com que a distância entre os pontos de controle e o nó seja
a mesma para os dois pontos, com a conseqüente modificação na curva.
1 - Sobre retas (Line) e setas (Arrow) : A edição dos nós permite a inclinação das retas e/ou
setas em qualquer ângulo, bem como a modificação do tamanho.
2 - Sobre arcos (Arc) : A edição dos nós permite o aumento ou a diminuição, em graus, dos arcos.
5 – Sobre colchetes, chaves e parênteses (Brackets) : Podemos aproximar ou afastar essas figuras.
6 – Sobre balões de texto (Rounded Callout) : De acordo com a numeração abaixo, os nós possuem
efeitos diferentes sobre o balão de texto: 1 – move a ponta do bico, podendo aumentar ou diminuir de
tamanho e movimenta-lo no espaço, 2 – move a base do bico, de modo que a bissetriz do ângulo do bico
passe sempre por cima desse nó e 3 – aumenta ou diminui o tamanho do balão de texto.
Veremos apenas os menus que sofreram mudanças quando da passagem do modo “Structure” para
o modo “Draw”.
Menu Tools
- Pen Style Panel: define o estilo (inteira ou pontilhada), a espessura e a cor da linha de contorno
dos objetos.
- Fill Style Panel: define a cor e a forma do preenchimento do interior dos desenhos, podendo ser
de cor uniforme, riscado ou dégradé.
- Arrow Style Panel: define as configurações de setas, conforme já visto na página 125.
- Font Panel: define as configurações de texto com os mesmos recursos já vistos na página 127.
- Paragraph Panel: define as configurações para a formatação de parágrafos.
- Table Panel: define as configurações de tabela com os mesmos recursos já vistos na página 128.
- Update Object Style Panel: além de conter as mesmas definições vista anteriormente em “Pen
Style Panel” e “Fill Style Panel”, com ela pode-se definir efeitos de sombreamento em objetos na guia
“Shadow”.
- Style Organizer Panel: mostra todos os estilos de “pen”, “fit”, “arrow””font”, “paragraph” e “table”
disponíveis, podendo serem criados novos estilos.
- Group até Align Vertically: apresentam correspondência com os botões da barra de edição vistos
na página 129.
- Fit Horizontally: ao ser acionado faz com que o desenho ocupe toda a largura da página.
antes
depois
- Fit Vertically: ao ser acionado faz com que o desenho ocupe toda a altura da página.
- Convert to Polyline: converte qualquer figura fechada para “polyline”.
- Connect Lines: ao ser acionado conecta as linhas selecionadas.
antes depois
25 °C
+
benzeno
1º - Clique sobre o botão “Open Template Window” , clique na guia “Aromatics”, clique
sobre o composto “anthracene” e finalmente clique na área de trabalho.
2º - Clique sobre o botão “Reaction Plus” para inserir o sinal de + após o antraceno.
4º - Clique sobre o botão “Reaction Arrow” na barra de estrutura e desenhe a seta com a
forma e o tamanho desejados. Clique no botão “Reaction Arrow Labeling” e em seguida sobre a seta
desenhada, preencha os dados acima e abaixo da seta (ver página 167) e clique em OK.
25 °C
+
benzeno
Clique no benzeno, posicionando a seta conforme a figura abaixo e dê um clique para a introdução
de mais um núcleo aromático.
H
H
H
H
H
H H
H
H
H H H
H
H
2º - Clique sobre o botão “Edit Nodes” e agindo sobre os nós e pontos de controle (ver
página 130 e seguintes) da figura, molde-a até conseguir o gráfico desejado. Se desejar, clique em
“Select/Move/Resize” para selecionar a figura e com um clique duplo abra a caixa de diálogo “Objects
Panel – Lines & Arrows” e formate a largura da linha em “Width”.
3º - Clique no botão “Line” e desenhe as linhas para a indicação do ∆H. Com um clique duplo
abra a caixa de diálogo “Objects Panel – Lines & Arrows” e formate o pontilhado da linha em “Style”.
5º - Clique no botão “Arrow” e desenhe as duas setas, uma na horizontal e outra na vertical.
6º - Clique no botão “Artistic Text” e digite todos os textos do gráfico. Antes de digitar o ∆,
clique em “Greek Font” . Após digitar entalpia, clique no botão “Rotate 90º”
ou com um clique duplo no texto abra a caixa de diálogo “Objects Panel – Text” e na guia “Attr”
registre a rotação de 90º.
2º - No modo “Draw”, clique no botão “Artistic Text” e digite os textos na formatação desejada.
Após digitar todos os textos, clique sobre cada um deles e arraste-os para as suas posições aproximadas.
Clique em “Copy to Editor” e o texto será transferido para a área de trabalho do ChemSketch.
Recorte o texto acima. cole-o no programa “Paint” e faça as alterações necessárias (utilizando o
botão “Artistic Text” também pode-se digitar o texto no próprio ChemSketch, porém teríamos dificuldade em
reproduzir o sinal de mais ou menos; por isso optamos pelo programa Paint onde podemos digitar apenas
os nomes das propriedades, aproveitando os valores calculados).
Recorte o texto alterado e cole-o na área de trabalho do ChemSketch.
Repita as operações para os outros compostos.
4º - Insira a tabela, clicando no botão “Table” e arrastando o mouse até cobrir todo o texto.
Aparecerá a caixa de diálogo “Insert Table” devendo ser definidos os números de linhas e colunas.
Back” para enviar a grade da tabela para trás. Posicionando o mouse sobre a linha, ele tomará a
forma de uma seta dupla ( ). Clique e arraste a linha até o local desejado. Se necessário centralize o
texto dentro de cada célula.
Para preencher as células superiores destacando-as, selecione-as, clicando sobre cada célula com
a tecla “Shift” pressionada. No modo “Draw”, clique em “Tools” e em “Fill Style Panel” que se abrirá a caixa
de diálogo “Fill”.
Nessa caixa selecione o tipo de preenchimento: None (nenhum), Solid (cor sólida), Pattern (riscado)
e Shade (dégradé) e a cor para esse preenchimento. Feito isto clique em “Apply”.
A tabela está pronta.
6.6 - Moléculas em 3D
Além de toda parte de estrutura plana, o ChemSketch possui um módulo de geração e visualização
de moléculas em 3D. Para criar uma visualização em 3D a partir de uma estrutura plana criada na área de
trabalho, siga os passos abaixo:
1) Desenhe a estrutura plana da molécula a qual deseja-se obter a visualização em 3D.
3) Agora você deve clicar no menu “ACD/Labs” e após na opção “3D Viewer”. Todas as moléculas
desenhadas serão visualizadas em 3D, porém quanto mais moléculas contiver a página menor será o
tamanho delas em 3D.
Obs: Para alternar entre o modo 3D e a tela principal do ChemSketch, utilize os botões
2 – “Save File”: Este botão permite salvarmos o documento ativo no formato de visualização
em 3D do ChemSketch (extensão .s3d). Para salvar com extensões diferentes (.mol, .mop, .zmt, .dat, .mpc
e .cml) utilize o menu “File” e “Save as ...”.
3 – “3D Rotate”: Permite a rotação da molécula sobre qualquer eixo. Clique sobre o botão e
faça a rotação arrastando o mouse em qualquer direção.
9 – “Balls and Sticks”: Este tipo de representação 3D que mostra a molécula na forma
“paus e bolas”.
Este modelo tem o recurso de se aumentar ou diminuir o tamanho das bolas (botões 14 e 15).
14 – “Increase Atomic Radii”: Aumenta o tamanho dos átomos da molécula a uma taxa fixa
de 5% no modelo paus e bolas.
15 – “Decrease Atomic Radii”: Diminui o tamanho dos átomos da molécula a uma taxa fixa
de 5% no modelo paus e bolas.
A distância também é informada na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
O ângulo também é informado na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
O ângulo também é informado na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
21 – “Set Colors”: Este botão permite definirmos as cores tanto dos átomos e ligações,
como também do átomo selecionado e do plano de fundo.
22 – “Auto Rotate”: Este botão permite que a molécula adquira auto-rotação em todas as
direções..
23 – “Auto Rotate and Change Style”: Além da auto-rotação, este botão permite que o
programa troque automaticamente o modo de visualização da molécula entre as disponíveis.
24 – “3D Optimization”: Este botão permite otimizar a estrutura da molécula no formato 3D.
Raio atômico
O ChemSketch possui uma tabela de raios atômicos utilizada nos modelos em 3D. Para acessar
essa tabela, no módulo 3D Viewer, clique em “Options” e em “Radii ...”.
O ChemBasic é um programa que utiliza arquivos .bas, sendo uma ferramenta útil na organização das
páginas de um documento, na conversão de arquivos para formatos diferentes, nos cálculos de massas de
solutos para o preparo de soluções e no desenho de peptídios, carboidratos e ácidos nucleicos.
Pode ser iniciado pelo clique em “File” e em “Run ChemBasic ...” ou pelo simples acionar de um dos botões
da Barra ChemBasic.
Para essa barra estar disponível no Chem Sketch é necessário se fazer o download do ChemBasic (página
91) e a sua instalação.
1 – “Insert Page”: Insere uma página em branco no documento ativo do Chem Sketch.
2 – “Clone Page”: Cria uma ou mais páginas iguais à página aberta na tela, colocando-as ao final do
documento.
8 – “Annotate Document”: Nomeia as páginas com o texto inicial de cada uma. Para saber o nome
de cada página clique sobre a palavra “Page” na linha de status logo abaixo da área de trabalho.
13 – “Sketch-to-SDF Converter”: Exporta os dados das páginas criadas para arquivos criados com
o MDL’s SDfile.
14 – “Table Wizard”: Ordena todos os textos e/ou desenhos e/ou moléculas da página em colunas e
fileiras, com a opção de se utilizar ou não as linhas.
18 – “Label Printer”: O programa disponibiliza 45 tipos de tabelas pré-definidas nas quais pode-se
encaixar o composto desenhado.
Pode-se escolher qualquer seqüência de aminoácidos dentre os disponíveis na base de dados, para isso
devemos digitar a seqüência desejada na janela “Enter short-hand”.
H H H
O O
H H
H H
H H
O O H OH
H O H H
O H H
H O H
H O
H N H
H
H H H
O
Pode-se escolher qualquer seqüência de açúcares dentre os disponíveis na base de dados, para isso
devemos digitar a seqüência desejada na janela “Enter short-hand”.
21 – “Nucleic Acid Builder”: Cria uma estrutura em 3D de um ácido nucléico (DNA ou RNA), com
uma ou duas hélices, a partir de uma seqüência simplificada de bases.
Pode-se escolher qualquer seqüência de bases dentre as disponíveis na base de dados, para isso devemos
digitar a seqüência desejada na janela “Enter base sequence of short-hand”, utilizando os códigos
relacionados na janela acima.
5-ACTGGG-3
3-TGACCC-5
HO OH
N O H NH OH
P H
O O
H N N H N O
O N N H
NH H O O O
H P
HO O
N O H NH O OH
P H
O O
H N N H N O
O N N H
NH H O O
O H P
HO O
N O H NH O OH
P H
O O
H N N H N O
O N N H
NH H O O
O H P
HO O H3C O H NH N O OH
P H
O O
N H N N
H O
N N H
O
O O O
H P
HO O NH H O N O OH
P H
O O
N H N N
H O
N N H
O
O H NH O O
H P
HO O N NH H O CH3
O OH
P H
O O N N H N
H O
N N
O H
O
O O
H P
HO
HO OH
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Espero que este tutorial tenha se prestado útil, dúvidas, críticas e sugestões escrever para:
quimicanatural@gmail.com
Bons Estudos!