PALESTRA

O projeto genoma humano e a contribuição do projeto genoma do câncer brasileiro. 33

O PROJETO GENOMA HUMANO E A CONTRIBUIÇÃO DO

PROJETO GENOMA DO CÂNCER BRASILEIRO

Emmanuel Dias Neto

Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer
São Paulo - SP
E-mail: emmanueldias@hotmail.com

Genomas, seqüenciamento e o estado atual do Brasil.
Os genomas carregam em si os genes, que contém as
informações necessárias para produzir as proteínas, os
agentes efetivos do genoma. Há poucos anos atrás as
tecnologias disponíveis permitiam que apenas peque-
nas porções de um genoma fossem decifradas a cada
vez. Hoje estas tecnologias avançaram e genomas sim-
ples podem ser totalmente decifrados em poucos dias.
A capacidade de ler o livro da vida alterou a maneira de
fazermos ciência. Alterou também a nossa maneira de
pensar e de enxergar o mundo da biologia.
O avanço alcançado na área de genomas encon-
tra-se em um ritmo frenético. Há cerca de 1,5 anos
atrás, apenas um único organismo multicelular
havia sido seqüenciado, o verme C. elegans. Hoje já
temos o genoma completo da mosca de frutas, do
primeiro vegetal e também o genoma humano. O
ritmo no Brasil também encontra-se acelerado. Fomos
o primeiro país do mundo a obter a seqüência com-
pleta de um patógeno de plantas (Xylella fastidiosa),
terminamos o seqüenciamento da variedade de Xylella
que infecta as uvas, terminamos o genoma de duas
espécies de Xanthomonas, temos o maior conjunto de
dados relativos a genes expressos em um vegetal
(Cana-de-açúcar) e o segundo maior conjunto de
dados mundiais sobre genes expressos em tumores
humanos.
Estratégias de geração de seqüências no genoma
humano
Estimativas atuais indicam que o genoma humano
deva ter algo entre 3 a 3,5 bilhões de nucleotídeos com
algo entre 30 e 150 mil genes expressos. As seqüências
de DNA geradas para o conhecimento do genoma
humano foram obtidas por maneiras distintas e
‘montadas’ com o auxílio de poderosos computa-
dores e programas de bioinformática. As estratégias
básicas usadas para decifrar o foram: a) O
seqüenciamento ordenado de grandes porções
genômicas definidas – estratégia adotada por grupos
como Sanger Centre e Washington University. Esta
abordagem foi usada pela iniciativa pública do
genoma humano e permitiu o término do seqüencia-
mento do primeiro cromossomo 22 humano. b) O
seqüenciamento completo do genoma por "shot-gun".
Estratégia ainda polêmica, aplicada com sucesso
em genomas bacterianos que consiste na quebra do
genoma humano em fragmentos pequenos que são
seqüenciados ao acaso até fecharem o genoma com o
auxílio de um pesado sistema computacional. Vem
sendo adotada pela Celera, uma empresa norte-
americana comandada pelos maiores especialistas em
genomas bacterianos. Em organismos simples, como
bactérias estes genes encontram-se inteiros, enquanto
que em organismos complexos estes genes são divi-
didos, como se dividem as sílabas de uma palavra,
tornando complexa a tarefa de identificar um gene
completo.
Uma abordagem alternativa foi usada com o obje-
tivo prioritário de identificar os genes expressos. Tal
abordagem emprega a estratégia de geração de "eti-
quetas de seqüências expressas" ou ESTs. Esta estra-
tégia trabalha inicialmente com as moléculas de
mRNA, que são convertidas em cDNA e clonadas em
vetores de seqüenciamento. As ESTs são geradas a
partir do seqüenciamento das extremidades de
moléculas destas moléculas de cDNA. Por definição
temos que as ESTs são derivadas diretamente dos
genes ativos e seu seqüenciamento vem sendo feito
em larga escala para a identificação dos genes. Os
dados de ESTs são muito valiosos pois se concentram
nos 3% do genoma que representam os genes expressos,
permitindo uma grande redução dos custos e uma
maior eficiência na identificação dos genes. A princi-
pal limitação desta técnica é o seqüenciamento
apenas das extremidades dos genes, o que reduz de
sobremaneira as informações que podem ser obtidas
por elas e impede a obtenção da seqüência comple-
ta dos genes.
A participação brasileira
Graças ao esforço feito pela diretoria científica da
FAPESP, que pela rede ONSA (Organisation for
Nucleotide Sequence and Analysis) tem financiado
projetos científicos de larga escala na área de genomics,
o Brasil ainda pode surgir como um centro de exce-
lência para a execução de trabalhos arrojados nesta
área. O programa brasileiro de genomas nasceu com
a iniciativa extremamente bem sucedida de seqüenciar

Biológico, São Paulo, v.63, n.1/2, p.33-35, jan./dez., 2001

34 E. Dias Neto
totalmente o genoma da bactéria Xylella fastidiosa.
Apesar dos resultados de seqüenciamento terem
demonstrado que o genoma desta bactéria é cerca de
30% maior que o esperado, o projeto chegou ao seu
final cerca de seis meses antes do prazo determinado.
O impacto do programa ONSA vai muito além do
fechamento do genoma de Xylella. Um dos principais
frutos da iniciativa na área de genomas foi a criação
de uma massa crítica respeitável com a capacitação
de dezenas de pesquisadores e laboratórios para
executar técnicas avançadas de biologia molecular.
O sucesso da fase inicial da rede ONSA permitiu o
início de projetos mais ambiciosos e mais ousados.
Desta maneira, a rede ONSA lançou em meados de
Abril de 1999 o chamado "Projeto Genoma do Câncer
Humano Ludwig/FAPESP" ou HCGP. O HCGP foi
um dos mais ambiciosos projetos da rede ONSA, pois
iniciou um projeto de larga escala centrado em uma
técnica totalmente nacional para a descoberta gênica
e anotação do genoma humano, sem dúvida a área de
pesquisa mais competitiva a nível mundial. Um
diferencial fundamental foi a parceria entre uma
instituição privada de pesquisas (o Instituto Ludwig
de Pesquisas sobre o Câncer – ILPC) e um órgão esta-
dual de financiamento à pesquisa (a FAPESP), que
financiaram em proporções iguais um projeto de cerca
de 20 milhões de dólares.
ORESTES: A técnica escolhida para o
Projeto Brasileiro
A estratégia de seqüenciamento prioritário dos
genes humanos foi escolhida pelo HCGP, adotando a
metodologia denominada ORESTES – do Inglês "Open
Reading frame ESTs". Nossos resultados mostram
que ORESTES permite a obtenção preferencial de
regiões codificadoras do genoma humano, favorecendo
uma normalização dos genes obtidos (genes raros são
seqüenciados preferencialmente). Estes dois fatores
são cruciais e determinaram o grande sucesso do
projeto. A obtenção de ESTs centradas na porção
interna dos genes facilita a descoberta gênica, pois as
seqüências de DNA podem ser traduzidas e simila-
ridades a nível de proteína são possíveis de serem
observadas. Esta característica torna as ORESTES
ainda muito mais úteis pois estas se mostram
complementares às centenas de milhares de ESTs
humanas, geradas por grupos como CGAP,
Universidade de Washington e outros. Esta
complementaridade se dá pois as ESTs destes grupos
são derivadas das extremidades 3’ e 5’ dos genes
permitindo, com o uso de ORESTES, a formação de
"contigs" e a eventual obtenção da seqüência
completa dos transcritos humanos. Por outro lado, a
capacidade de normalização faz com que genes raros
ou pouco expressos, normalmente um ponto fraco das
Biológico, São Paulo, v.63, n.1/2, p.33-35, jan./dez., 2001
bibliotecas de cDNA, estejam presentes nas bibliote-
cas e possam ser sequenciados.
Para a obtenção das ORESTES nos baseamos na
complementaridade parcial entre oligonucleotídeos e
seqüências de mRNAs/cDNAs. Sob condições de
baixo rigor de hibridização, uma complementaridade
parcial entre um oligonucleotídeo e algumas moléculas
de diferentes mRNAs já é suficiente para gerar uma
interação produtiva, capaz de permitir a síntese de
moléculas de cDNA. Estas moléculas de cDNA são
então amplificadas, tendo como base o mesmo princí-
pio de complementaridade parcial. Conforme esperado, o
uso de iniciadores nestas condições, favorece a
representação de porções centrais (codificadoras) dos
genes expressos, gerando dados de seqüência únicos,
não disponíveis com outras metodologias usuais.
Estrutura do HCGP e resultados do projeto
O projeto tem toda a sua coordenação no Instituto
Ludwig de Pesquisas sobre o Câncer em São Paulo.
Sob a coordenação geral de Andrew Simpson, traba-
lham as coordenações de RNA, de bibliotecas, de
bioinformática além de cinco centros de seqüencia-
mento. Ao redor de cada um dos centros temos os
laboratórios de seqüenciamento, totalizando cerca de
250 pessoas envolvidas com este projeto. Todos os
dados gerados são enviados pela INTERNET para a
coordenação de Bioinformática do projeto.
No HCGP optamos por utilizar, como a base
biológica de descoberta gênica, alguns tumores
epidemiologicamente importantes no Brasil. Sendo
assim, temos hoje um enfoque principal em tumores
de cabeça e pescoço, cólon, mama e estômago. Ao
mesmo tempo temos um enfoque secundário em
tumores mais raros, onde o potencial de descoberta
gênica deve ser maior. Dentre estes estudamos
tumores renais do tipo Wilm’s, leiomiosarcoma,
testículo, PNET (tumor neuroectodérmico primitivo),
tumores de sistema nervoso central (gliomas e
meningiomas), tumores de cólo de útero e
leucemias. Já contamos hoje com mais de 1.180.000
ESTs disponíveis no banco de dados do projeto.
Todos os dados são depositados em bancos de
dados públicos de modo que toda a comunidade
científica possa usufruir destas informações. Quando
comparado ao CGAP (Cancer Genome Anatomy
Project) americano, lançado em meados de 1997,
vemos que o HCGP possui um número mais de
15x maior de ESTs derivadas de tumores de cabeça e
pescoço. Também já superamos o CGAP americano
em termos de número de ESTs derivadas de tumores
de mama, estômago, Cólon, Próstata, Wilms,
leiomiosarcoma, testículo e outros.
Graças ao HCGP, atualmente o Brasil é um dos
países que mais contribuiu para a descoberta de
 O projeto genoma humano e a contribuição do projeto genoma do câncer brasileiro. 35

genes envolvidos com o câncer humano. Ao tér-
mino deste processo de anatomia molecular estes
dados serão usados para associar estes achados
com dados clínicos importantes nas neoplasias
humanas. As informações aqui obtidas certamente
serão a base de métodos diagnósticos mais precisos,
mais baratos e menos invasivos. Num futuro
próximo vislumbramos o desenvolvimento de no-
vas drogas mais efetivas e com menores efeitos
colaterais. Não há dúvidas de que em breve tere-
mos menos temor diante de um diagnóstico de
câncer.

Biológico, São Paulo, v.63, n.1/2, p.33-35, jan./dez., 2001