Os fungos classificados como agentes efetivos de controle biológico são chamados de
entomopatogênicos e estão presentes em muitas culturas atacando preferencialmente pulgões, moscas brancas (homópteros), cigarrinhas, moscas em geral (dípteros), besouros, lagartas, tripes e ácaros pragas. Os fungos invadem os insetos penetrando as suas cutículas ou “pele”. Uma vez dentro eles se multiplicam rapidamente. A morte é causada por destruição e ocasionalmente por toxinas produzidas pelos fungos. Eles emergem, frequentemente, do corpo dos insetos para produzir os esporos, que quando esparramados pelo vento, chuva ou contato com outros insetos espalham a infecção pela área. A eficácia desses fungos contra insetos pragas depende da ocorrência da espécie certa do fungo por perto, ou até mesmo da raça específica, juntamente com os estágios da praga que lhe é susceptível e na umidade e temperatura apropriadas. Os esporos, que podem ser carreados pelo vento ou água, precisam entrar em contato com a praga para infectar. Alguns exemplos desses fungos são Beauveria bassiana, Metarhizium anisopliae, Sporothrix insectorum.