MAPEAMENTO GENÉTICO EM CRUZAMENTOS CONTROLADOS

WINQTL-CARTOGRAPHER

Análise de QTL's com apoio do WinQtlCart:

Cartographer (for Windows)
homepage: http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm
download: ftp://statgen.ncsu.edu/pub/qtlcart/WQtlSetup.exe

01) Abra o WinQTLCart.exe

02) Clique em File > Open ou Open [ou ainda no botão Import]

03) Procure na pasta onde está instalado o WinQtlCart, o arquivo Maize.mcd

04) Verifique como está construída a entrada dos dados de Marcadores, do

cruzamento experimental e fenótipos

05) Clique em VSum para obter algumas estatísticas descritivas → abra o arquivo
maize­qstats.txt
06) Clique em Method

07) Clique em Method > Single Marker Analysis

08) No campo Statistical Summary clique em Result

09) No campo Single Marker Analysis clique em Result;

10) No campo Trait Selection, clicando em Graphic File:

11) Uma janela contendo o gráfico se abrirá:

12) Explore o menu Effects e Setting:

13) A tela passa a apresentar os dados do gráfico;

14) Clique em Method > Interval Mapping ou em IM

15) A parte superior muda para configurar o Interval Mapping:

16) No campo Precision Selection ajuste o Walk speed (cM) para 1.0

17) Clique em START

18) Explore o gráfico do Interval Mapping, pelo menu Setting

Entenda: as escalas LOD e LR, as hipóteses de interesse, os efeitos aditivo e de
dominância, o nome dos marcadores, o nome do cromossomo, gridlines etc.

19) Explore o Result Files > maize-i.qrt

20) Na tela do IM realize Testes de Permutação para obtenção do valor crítico da

estatística (correção para múltiplos testes)
21) Clique em Method > Composite Interval Mapping ou em CIM

22) No campo Precision Selection ajuste o Walk speed (cM) para 1.0

23) Clique em Control

24) Aparecerá o CIM Control Dialog

25) Clique em OK e em START

26) Explore o gráfico do Composite Interval Mapping pelo menu Effects e Setting

27) Dê dois cliques (selecione), no canto superior esquerdo, em Text Files

28) Procure na pasta onde está instalado o WinQtlCart, o arquivo Cofactor.txt e

clique em abrir. O programa apresenta os marcadores selecionados como
background no Composite Interval Mapping

29) Execute o CIM novamente utilizando a opção Forward & Backward Method
na seleção do conjunto de marcadores do Background
30) Compare os gráficos gerados pelo Interval Mapping e as duas alternativas do
Composite Interval Mapping

31) Tente agora executar o CIM selecionando manualmente os marcadores para o

Background.