Redes biolgicas: Entendendo a organizao funcional da clula

A.L. Barabasi, Z.N. Oltvai: Network biology: understanding the cells functional organization. Nat. Rev. Genet., 5 (2004), pp. 101113.

1.

Viso geral

Objetivo-chave da pesquisa biomdica postgenomica catalogar sistematicamente todas as molculas e suas interaes dentro de uma clula viva. H uma clara necessidade de entender como essas molculas e essas interaes determinam a funo desta mquina extremamente complexa, tanto isoladamente e quando rodeado por outras clulas. Os rpidos avanos na biologia da rede indicam que redes celulares so regidas por leis universais e oferecem um novo quadro conceptual que poderia potencialmente revolucionar nossa viso da biologia de doena patologias no sculo XXI.

2.

Medidas de redes

A Rede Biolgica oferece uma descrio quantificvel das redes que caracterizam vrios sistemas biolgicos. Aqui definimos as medidas de rede mais bsicas que nos permitem comparar e caracterizar diferentes tipos de redes complexas: Grau de distribuio (Degree distribution): O grau de distribuio, P(k), d a probabilidade de que um n selecionado tenha exatamente k ligaes. P(k) obtido atravs do somatrio do grau dos os nodos N(k) (com k = 1,2...) da rede, dividido pelo nmero total de nodos N. O grau de distribuio nos permite distinguir entre diferentes classes de redes. Rede de livre escala e grau expoente (Scale-free networks and the degree expoent): A maioria das redes biolgicas de livre escala, o que significa que o seu grau de distribuio se aproxima de uma lei de potncia P(k) k-, onde indica o grau expoente. O valor de determina muitas propriedades do sistema. Quanto menor o valor de mais importante o papel dos hubs1 na rede. Em geral as propriedades da rede de livre escala so vlidas apenas para < 3, quando a disperso da distribuio P(k), que definida como 2 = <k2> - <k>2, aumenta com o nmero de nodos (ou seja, diverge), isso resulta em uma srie de caractersticas inesperadas, tais como um elevado grau de robustez contra falhas de n acidentais. Para > 3, no entanto, as caractersticas mais incomuns esto ausentes, e em muitos aspectos, a rede de livre escala se comporta como um acaso. Coeficiente de agrupamento (Clustering coefficient): Em muitas redes, se o n A est ligado a B e B est ligado a C, ento altamente provvel que A tambm tem um ligao direta para C. Este fenmeno pode ser quantificado atravs do coeficiente de agrupamento Ci = 2Ni / k (k-1), em que Ni o nmero de ligaes entre os vizinhos Ki do nodo i. Em outras palavras, a Ci fornece o nmero de "tringulos" (ver BOX3) que passam pelo nodo i, enquanto ki (Ki-1) / 2 o nmero total de tringulos que poderia passar atravs do nodo i, caso o nodo i e todos seus vizinhos fossem ligados uns aos outros. Por exemplo, apenas um par de nodos dos cinco vizinhos de A esto ligados entre si (B e C), o que d NA = 1 e CA = 2/20. Em contraste, nenhum dos vizinhos do nodo F apresenta ligao com o outro, dando CF = 0. O coeficiente de agrupamento mdio, <C>, caracteriza a tendncia geral de nodos formar

Hubs : So nodos altamente conectados dentro de uma rede.

aglomerados ou grupos. Uma medida importante da estrutura da rede a funo C(k), que definida como o coeficiente de agrupamento mdio de todos os ns com ligaes k. Para muitas redes reais C (k) k-1, que uma indicao do carter hierrquico de uma rede (ver BOX 2). O grau mdio <k>, o comprimento mdio caminho < > e a mdia do coeficiente de agrupamento <C>, dependem do nmero de nodos e ligaes (N e L) da rede. Em contraste, as funes p(k) e C(k) so independentes do tamanho da rede e, portanto, elas capturam caractersticas genricas de uma rede, o que permite que elas sejam utilizadas para a classificao de vrios tipos de redes.

3.

Caractersticas Arquiteturais das redes celulares

De redes randmicas at redes de livre escala, provavelmente, a descoberta mais importante da teoria de redes foi a constatao de que, apesar da notvel diversidade de redes na natureza, sua arquitetura regida por alguns princpios simples que so comuns a maioria das redes de grande interesse cientfico e tecnolgico. Por dcadas, a teoria dos grafos modelou redes complexas tanto como objetos regulares, como um quadrado, uma estrutura de um diamante, ou mesmo com uma rede completamente aleatria. Um dos tipos de modelagem que chamou ateno foi as das redes aleatrias. O conceito bsico um nmero fixo de nodos conectados entre si com mesma probabilidade. Mas apesar de sua elegncia, uma srie de descobertas indicou que o modelo de redes aleatrias no consegue explicar as propriedades topolgicas de redes reais. Um dos pontos notveis a constatao de que, em contraste com a distribuio de Poisson que se aplica a disposio dos graus dos nodos das redes aleatrias, para muitas redes sociais e tecnolgicas o nmero de nodos com um dado grau segue uma lei de potncia. Redes que so caracterizadas por um grau de distribuio em lei de potncia so altamente no uniformes, a maioria dos nodos tem somente algumas ligaes. H poucos nodos com um nmero muito grande de ligaes

4.

Modelos de redes 4.1. Redes Aleatrias (Randon networks)

O modelo de redes aleatrias assume que um nmero fixo de nodos que so conectados aleatoriamente entre si. A mais notvel propriedade deste modelo a sua democracia ou caracterstica uniforme, pois neste modelo as ligaes so colocadas randomicamente entre os nodos. esperado que enquanto alguns nodos tenham poucas ligaes, outros venham a ter muitas. Nas redes aleatrias os graus dos nodos seguem uma distribuio de Poisson (figura parte Ab), que indica que alguns nodos tem aproximadamente o mesmo nmero de ligaes, algo em torno da mdia <k> de graus da rede. O grau da distribuio P(k) decresce exponencialmente, indicando que so muito raros os nodos que desviam da mdia. O modelo comea com N nodos, cada par de nodos se conecta entre si com uma probabilidade p, que cria um grafo de aproximadamente PN (N-1)/ 2 arestas aleatoriamente distribudas. (Ver figura Aa Box2). O coeficiente de agrupamento independente do grau de um nodo, de modo C(k) e aparece como uma linha horizontal representada graficamente como uma funo de k (ver figura, parte Ac). O comprimento do trajeto mdio proporcional ao logaritmo do tamanho da rede, l log N, o que indica que ele caracterizado pela propriedade small-world.

4.2.

Redes de livre escala (Scale-free networks)

Redes de livre escala (ver figura a parte B,) so caracterizadas por terem seu grau de distribuio regido por uma lei de potncia. A probabilidade de que um nodo tenha k ligaes segue P(k) k-. A probabilidade de que um nodo esteja altamente ligado estatisticamente mais significativa do que em um grfico de uma rede aleatria. As propriedades da rede frequentemente so determinadas por um nmero relativamente pequeno de ns altamente ligados que so conhecidos como hubs (ver figura, Ba; ns azuis). No modelo Barabsi-Albert de uma rede de livre escala, em cada ponto do tempo, um nodo com M ligaes adicionado a uma rede, que liga a um nodo j existente, com uma probabilidade i = ki / JkJ, onde ki o grau do nodo i (FIG. 3), e J o ndice que denota a soma sobre os ns da rede. A rede, que gerado por este processo de crescimento tem uma lei de potncia, que caracterizado por o grau do expoente = 3.

4.3.

Redes hierrquicas (Hierarcjical networks)

Para explicar a coexistncia de modularidade entre agrupamento local e topologia de livre escala em muitos sistemas reais, tm de ser assumido que ambos os agrupamentos combinam de forma iterativa gerando uma rede hierarquizada (ver figura, parte C). O ponto de partida desta construo um pequeno grupo de quatro ns densamente ligados (ver os quatro ns centrais da figura, da parte Ca). Em seguida, trs rplicas deste mdulo so geradas e os trs nodos externos dos grupos replicados so ligados ao nodo central do agrupamento mais antigo, o que produz um grande mdulo de 16-nodo. Trs rplicas deste mdulo 16-nodo so ento geradas e os 16 nodos perifricos ligados ao nodo central do mdulo mais antigo, o que produz um novo agrupamento de 64 nodos. O modelo de rede hierrquico integra uma topologia de livre escala com uma estrutura modular inerente, gerando uma rede que tem um grau de distribuio em lei de potncia com grau expoente = 1+ N4 / N3 = 2,26 (ver figura, parte Cb), o tamanho do sistema no depende da mdia do coeficiente de agrupamento <C> 0,6. A mais importante assinatura da modularidade hierrquica a escala do coeficiente de agrupamento, que segue C(k) k-1 uma linha reta de inclinao de -1 em um grfico log C(k) - log k (veja figura, parte Cc). Uma arquitetura hierrquica implica que nodos escassamente conectados so parte de reas altamente agrupadas, com a comunicao entre diferentes densos agrupamentos vizinhos sendo feita atravs de poucos hubs (veja a figura, parte Ca)

5.

Redes celulares e o modelo de livre escala

Um desenvolvimento importante na nossa compreenso da arquitetura de rede celular foi a constatao de que a maioria das redes dentro da clula se aproximam de uma topologia livre escala. A primeira evidncia veio a partir da anlise do metabolismo, em que os nodos so metabolitos e as ligaes representam enzimas catalisadoras de reaes bioqumicas (FIG. 1). Dado que muitas das reaes so irreversveis, redes metablicas so representadas por um grafo dirigido. Assim, cada metablito tem um grau 'in' e um 'out' que indica o nmero de reaes que produzem ou que consomem, respectivamente. Para interaes fsicas diretas, vrias publicaes indicam que as interaes protena-protena em diversas espcies eucariticas tambm tm as caractersticas de uma rede de livre escala (Isto evidente na FIG. 2, que mostra o mapa de interao protena da levedura accharomyces cerevisiae). Vale frisar que, nem todas as redes dentro da clula so de livre escala. Por exemplo, as redes de transcrio reguladoras de S. cerevisiae e de Escherichia coli oferecem um exemplo interessante de caractersticas mistas, livre escala e exponencial. Na verdade, a distribuio, que captura quantos genes diferentes um fator de transcrio interage segue uma lei de potncia, que uma assinatura de uma rede de livre escala.

Isto indica que a maioria dos fatores de transcrio regulam apenas poucos genes, mas alguns fatores de transcrio gerais interagem com muitos genes. No entanto, o grau de distribuio de entrada, o que nos diz quantos fatores de transcrio diferentes interagem com um determinado gene, melhor aproximado por uma distribuio exponencial, o que indica que a maioria dos genes so regulados por um a trs fatores de transcrio. Ento, a mensagem principal o reconhecimento de que as redes celulares tm um nmero desproporcional de nodos altamente conectados. Embora a definio matemtica de uma rede livre escala obriga-nos a estabelecer que o grau de distribuio segue uma lei de potncia, o que difcil em redes com poucos nodos, a presena de hubs parece ser uma caracterstica geral de todas as redes celulares. Estes hubs fundamentalmente determinam o comportamento da rede.

6.

Efeito small-word

Uma caracterstica comum de todas as redes complexas que quaisquer dois ns podem ser conectados com um caminho de apenas algumas ligaes. Este efeito smallworld, que foi originalmente observado em um estudo social, foi posteriormente mostrado em vrios sistemas, de redes neurais at a internet. Embora o efeito do smallworld uma propriedade de redes aleatrias, redes de livre escala so ultra small - seu comprimento do caminho muito mais curto do que o previsto pelo efeito smallworld (BOX 2). Dentro da clula, esse efeito ultra small word foi observado pela primeira vez no metabolismo, onde os caminhos de apenas trs a quatro reaes podem vincular a maioria dos pares de metablitos. Este comprimento curto do caminho indica que as perturbaes locais em concentraes do metabolito podem chegar a toda a rede muito rapidamente. Curiosamente, a evolucionria reduo metablica da rede de uma bactria parasita tem o mesmo comprimento do trajeto mdio da rede altamente desenvolvida de um grande organismo multicelular, o que indica que existem mecanismos evolutivos que mantiveram o comprimento do percurso mdio durante a evoluo. Embora a pequena propriedade e ultra small word das redes complexas seja matematicamente bem entendido, a origem em redes celulares permanece inexplicado.

7.

Origem evolutiva das redes de livre escala

A onipresena das redes de livre escala e hubs em sistemas tecnolgicos, sociais, e biolgicos, requer uma explicao. Verificou-se que dois processos fundamentais tm um papel essencial no desenvolvimento de redes reais. Primeiro, a maioria das redes so o resultado de um processo de crescimento, durante o qual os novos nodos juntam-se ao sistema ao longo de um perodo de tempo prolongado. Este o caso da internet, que cresceu de 1 para mais de 3 bilhes de pginas na web ao longo de um perodo de 10 anos. Segundo, os nodos preferem outros nodos que j possuem muitas ligaes, um processo que conhecido como fixao preferencial. Por exemplo, na internet ns somos mais familiarizados com as pginas da web mais acessadas, e, portanto, estas pginas so mais provveis de serem linkadas. Crescimento e fixao preferencial so solidariamente responsveis pelo surgimento da propriedade de livre escala em redes complexas (Figura 3A). Na verdade, se um nodo tem muitas ligaes, novos nodos tendem a se conectar a ele com maior probabilidade. Este nodo, portanto, adquiri novas ligaes a uma taxa maior do que seus colegas menos conectados e vai se transformar em um Hub. Crescimento e fixao preferencial tm uma origem comum em redes de protena que , provavelmente, enraizada na duplicao de genes. Genes duplicados produzem protenas idnticas que interagem com os mesmos parceiros de protena (FIG. 3). Por conseguinte, cada uma das protenas que se encontra em contato com a protena duplicada ganha uma ligao extra. Protenas altamente conectadas tm uma vantagem natural: no que elas so mais (ou menos) provveis de se duplicar,

mas elas so mais propensas a ter uma ligao com uma protena duplicada do que seus primos fracamente ligados e, portanto, eles so mais propensos a ganhar novas ligaes se uma protena selecionada aleatoriamente duplicada. Esse vis representa uma verso sutil de fixao preferencial. A caracterstica mais importante desta explicao que traa a origem da topologia livre de escala de volta para um conhecido mecanismo biolgico - uma duplicao do gene. Embora o papel da duplicao de genes tenha sido mostrado apenas para redes de interao de protenas, provavelmente explica, com ajustes adequados, o surgimento das caractersticas de livre escala nas redes regulatrias e metablicas. Deve-se notar que, embora os modelos mostrem indubitavelmente que a duplicao de genes pode levar a uma topologia de livre escala, no h qualquer prova direta de que este mecanismo a nica, ou aquele que gera as leis de potncia observadas em redes celulares. No entanto, provvel que eles sejam um mecanismo fundamental para a gerao da topologia de livre escala. Dois novos resultados oferecem evidncias diretas de que o crescimento da rede responsvel pelas caractersticas topolgicas observadas. O modelo em livre escala (caixa 2) prev que os nodos que apareceram no incio da histria da rede so os mais conectados. De fato, uma inspeo dos hubs metablicos indica que o remanescente mundo do RNA, tais como a coenzima A, NAD e GTP, esto entre os substratos mais conectados da rede metablica, assim como os elementos de uma das vias metablicas mais antigas, tais como a gliclise e o ciclo de cido tricarboxlico. No contexto das redes de interao de protenas, comparaes cross-genoma descobriram que, em mdia, as protenas evolutivamente mais velhas tm mais ligaes a outras protenas do que os seus homlogos mais jovens. Isto oferece evidncia emprica direta para fixao preferencial.

8.

Motifs, mdulos e as redes hierrquicas

Funes celulares so susceptveis a serem realizadas de uma maneira altamente modular. Em geral, a modularidade se refere a um grupo de molculas fisicamente ou funcionalmente ligadas (nodos) que trabalham em conjunto para atingir (relativamente) uma funo distinta. Mdulos so vistos em muitos sistemas, por exemplo, os crculos de amigos, redes sociais, ou sites que so dedicados a temas semelhantes sobre a internet. Da mesma forma, em muitos sistemas complexos de engenharia, a partir de uma aeronave moderna at um chip de computador, uma estrutura altamente modular um atributo de design fundamental. Biologia cheia de exemplos de modularidade. Relativamente, complexos invariantes de protena-protena e protena-RNA (mdulos fsicos) esto no cerne de muitas funes biolgicas bsicas, de sntese de cido nucleico para a degradao de protenas. Da mesma forma, os grupos de molculas temporalmente co-regulamentados so conhecidos por governar vrias fases do ciclo celular. De fato, a maioria das molculas de uma clula ou so parte de um complexo intracelular com atividade modular, tal como o ribossomo, ou participam em um mdulo estendido (funcional) como um elemento temporalmente regulado de um processo relativamente distinto (por exemplo, a amplificao de sinal numa via de sinalizao). Para lidar com a modularidade de redes, ferramentas e medidas precisam ser desenvolvidos para que nos permitam no s estabelecer se uma rede modular, mas tambm para identificar explicitamente os mdulos e suas relaes em uma determinada rede.

9.

Alto agrupamento nas redes celulares

Numa representao da rede, um mdulo (ou agrupamento) aparece como um grupo altamente interligado de nodos. Cada mdulo pode ser reduzido a um conjunto de tringulos (BOX 1), uma alta densidade de tringulos refletida na assinatura de uma rede com potencial de modularidade pelo coeficiente de agrupamento, C, (BOX1). Na falta de modularidade, os coeficientes de agrupamento da rede real e da rede aleatria so comparados. A mdia do coeficiente de agrupamento, <C>, da maior

parte das redes reais significativamente maior do que a de uma rede aleatria de tamanho e grau de distribuio equivalente. A rede metablica oferece evidncia notvel para isso: <C> no dependente do tamanho da rede, em contraste com um mdulo da rede de livre de escala, para o qual <C> diminui. As redes celulares que tm sido estudadas, at agora, incluindo a interao protena e redes de domnio proteico, tm um alto <C>, o que indica que o agrupamento elevado uma caracterstica genrica de redes biolgicas.

10.

Motifs so unidades elementares da rede celular

O agrupamento alto indica que as redes so localmente "polvilhadas com vrios subgrafos que tem alto grau de ligao entre grupos de nodos, o que uma condio para o surgimento de mdulos funcionais isolados. Subgrafos capturam padres especficos de interconexes que caracterizam uma determinada rede em nvel local (BOX 3). No entanto, nem todos os subgrafos so igualmente importantes em redes reais, como indicado por uma srie de observaes recentes. Para entender isso, considere a estrutura quadrada altamente regular: uma inspeo em seus subgrafos iria encontrar muitos quadrados e no tringulos (BOX 3). Poderia (corretamente) se concluir que a prevalncia de quadrados e ausncia de tringulos nos diz algo fundamental sobre a arquitetura de uma rede quadrada. Em uma rede complexa, com um esquema de ligao aparentemente aleatrio, difcil encontrar essas bvias assinaturas de ordem: todos os subgrafos, a partir de, tringulos, quadrados ou pentgonos esto provavelmente presentes. No entanto, alguns subgrafos, que so conhecidos como motifs, esto sobrerepresentados quando comparados com uma verso randomizada da mesma rede. Por exemplo, os motifs de tringulo, que so referidos como feed forward loops (BOX 3) em redes dirigidas, surgem em ambas as redes (de transcrio-regulao e neural), enquanto four-node feedback loops representam motifs caractersticos em circuitos eltricos, mas no em sistemas biolgicos. Cada rede real caracterizada por o seu prprio conjunto de diferentes motifs, a identificao da qual fornece informaes sobre os padres tpicos de interconexo local na rede. Como os componentes moleculares de um motif especfico, muitas vezes interagem com os nodos que estejam fora do motif. Observaes empricas indicam que tipos especficos de motifs agregam-se para formar grupos de motifs de grande porte. Como motifs esto presentes em todas as redes reais que foram examinadas at agora, provvel que a agregao de motifs em clusters motifs uma propriedade geral da maior parte das redes reais.

11.

Organizao hierrquica de mdulos topolgicos

Como o nmero de subgrafos distintos cresce exponencialmente com o nmero de nodos que esto no subgrafo, o estudo dos grandes motifs combinatoriamente invivel. Uma alternativa envolve identificar grupos de nodos altamente interligados, ou mdulos, diretamente da topologia do grafo e correlacionar a estas entidades topolgicas o papel potencial funcional. A identificao modular complicada pelo fato do valor de face da propriedade de livre escala e a modularidade parecem ser contraditrios. Mdulos por definio significa que h grupos de nodos que esto relativamente isolados do resto do sistema. No entanto, em uma rede de livre escala, hubs esto em contacto com uma frao elevada de nodos, o que torna a existncia de mdulos relativamente isolados improvveis. Nesta organizao, agrupamentos e hubs coexistem naturalmente, no entanto, indica que os mdulos topolgicos no so independentes, mas combinam-se para formar uma rede hierrquica. Um exemplo de tal rede hierrquica apresentado no BOX 2; esta rede , simultaneamente, de livre escala e tem um alto coeficiente de agrupamento que independente do tamanho do sistema. A rede feita de muitos pequenos e altamente integrados mdulos 4-nodos que so montados em grandes mdulos 16-nodos, cada um que combinado adquiri uma forma hierrquica ainda maior em mdulo 64-

nodos. A assinatura quantificvel de modularidade hierrquica a dependncia do coeficiente de agrupamento do grau de um nodo, que se segue C(k) k-1. Isso indica que nodos com apenas algumas ligaes tm um alto C e pertencem a pequenos mdulos altamente interligados. Em contraste, os hubs altamente ligados tem um baixo C, com um comportamento indiferente para ligaes, e de outra forma no exercendo comunicao aos mdulos. Deve-se notar que os modelos aleatrios e de livre escala que so mostrados no BOX 2 no tem uma topologia hierrquica, porque C(k) independente de k no seu caso. Isto no surpreendente, j que sua construo no contm elementos que favorecem o surgimento de mdulos.

12.

Identificando os mdulos topolgicos e funcionais

Assinaturas de modularidade hierrquica esto presentes em todas as redes celulares que foram investigados at agora, que passam entre interao metablica para protena-protena e redes reguladoras. Mas podem os mdulos que esto presentes numa rede celular serem determinados de uma forma automatizada e objetiva? Isto obrigaria um colapso singular da rede celular dentro de um conjunto de mdulos funcionais biologicamente relevantes. A boa notcia que, se h mdulos claramente separados no sistema, a maioria dos mtodos de agrupamento pode identific-los. De fato, vrios mtodos tm sido recentemente introduzidos para identificar os mdulos em diferentes redes, usando descrio topolgica da rede ou combinando com a topologia de dados genomicos funcionais integrados. Deve-se ter em mente, no entanto, que mtodos diferentes preveem diferentes fronteiras entre os mdulos que no so nitidamente separados. Esta ambiguidade no s uma limitao dos mtodos de agrupamentos presentes, mas uma consequncia da modularidade hierrquica da rede. A modularidade hierrquica indica que os mdulos no tm um tamanho caracterstico. At agora no h critrios matemticos objetivos para decidir que uma partio melhor do que outra. De fato, na maior parte dos algoritmos de agrupamentos presente algum parmetro interno controla o tamanho tpico dos mdulos descobertos, e alterar os parmetros resulta em um conjunto diferente de mdulos maiores ou menores. Ser que isso significa que inerentemente impossvel para identificar os mdulos em uma rede biolgica? Do ponto de vista matemtico, isto de fato, indica que se olharmos para o conjunto de mdulos nicos um problema mal definido. Uma fcil soluo, no entanto, o de evitar um colapso em busca de um conjunto de mdulos absoluto, e sim visualizar a relao hierrquica entre mdulos de diferentes tamanhos. A identificao dos grupos de molculas de diversos tamanhos que juntos realizam uma funo celular especfica uma questo essencial na biologia de rede, e provvel que se possa testemunhar muitos progressos no futuro prximo.

13.

Subgrafos, motifs and motif clusters

Subgrafos: Um subgrafo conectado representa um subconjunto de ns que esto ligados uns aos outros num esquema de ligao especfico. Por exemplo, em uma parte da figura quatro ns que formam um quadrado pequeno (amarelo) representam um subgrafo de uma rede quadrada. Redes com um diagrama de rede mais complexo pode ter vrios Subgrafos diferentes. Por exemplo, na parte A da figura no BOX 1, os ns A, B e C formam um subgrafo tringulo, enquanto que A, B, F e G formam um subgrafo quadrado. Exemplos de diferentes subgrafos potenciais que esto presentes em redes no dirigidos so mostradas na parte b da figura (uma rede orientada mostrada na parte c). Deve notar-se que o nmero de subgrafos distintos cresce exponencialmente com o aumento do nmero de nodos. Motifs: Nem todos os subgrafos ocorrem com igual frequncia. Com efeito, a rede quadrada (consulte a figura, parte a), contm muitos quadrados, mas no contm tringulos. Em uma rede complexa com um diagrama de ligao aparentemente aleatrio, todos os subgrafos - de

tringulos para quadrados, pentgonos e assim por diante - esto presentes. No entanto, alguns subgrafos, que so conhecidos como motifs, esto sobre-representados em comparao com uma verso randomizada da mesma rede. Por exemplo, o tringulo direto motifs que conhecido como o feed-forward loop (ver figura superior, da parte c) emerge em ambas as redes de transcrioregulao e neural, enquanto four-node feedback loops (veja a figura, o meio da parte c) representam caractersticas dos motifs em circuitos eltricos, mas no em sistemas biolgicos. Para identificar os motifs que caracterizam uma determinada rede, todos os subgrafos de n ns na rede so determinados. Em seguida, a rede randomizada, mantendo o nmero de ns, ligaes e grau de distribuio inalterados. Subgrafos que ocorrem significativamente com maior frequncia na rede real, quando comparado com um randomizado, so designadas como motifs. Motif clusters: Os motifs e subgrafos que ocorrem numa dada rede no so independentes uns dos outros. Na parte d da figura, todos os 209 bi-fans motifs (um motifs com 4 nodos) que so encontrados na rede de transcrio reguladora Escherichia coli, so mostrados simultaneamente. Como mostra a figura, 208 dos 209 bi- fans motifs formam dois grupos motifs estendidos (R.Dobrin et al., Manuscrito em preparao) e apenas um motifs permanece isolado (canto inferior esquerdo). Tal agrupamento de motifs em clusters motifs parece ser uma propriedade geral de todas as redes reais. Na parte d da figura os motifs que compartilham ligaes com outros motifs so mostrados em azul, caso contrrio, eles so os vermelhos. As cores e formas diferentes de nodos ilustram a sua classificao funcional.

14.

Robustez da rede

Uma caracterstica fundamental de muitos sistemas complexos a sua robustez, que se refere capacidade do sistema de responder s mudanas nas condies externas ou organizao interna, mantendo um comportamento relativamente normal. Para compreender a organizao funcional da clula, descobertas sobre a interao entre a estrutura da rede e robustez, bem como suas origens evolutivas comuns, so necessrias. Robustez topolgica. A Intuio nos diz que a desativao de um nmero substancial de nodos ir resultar numa desintegrao inevitvel funcional de uma rede. Isto certamente ser verdade para uma rede aleatria: se uma frao importante dos nodos removida, uma transio de fase observada, quebrando a rede em pequenas e no comunicantes ilhas de nodos. Sistemas complexos, a partir da clula para a Internet, podem ser surpreendentemente resiliente contra a falha de um componente, resistindo at mesmo a incapacidade de muitos de seus componentes individuais e muitas mudanas de condies externas. Temos recentemente aprendido que a topologia tem um papel importante na gerao desta robustez topolgica. Redes de livre escala no tem um limiar crtico para a desintegrao - so surpreendentemente robustas contra falhas acidentais: mesmo que 80% dos nodos selecionados aleatoriamente falhem, os 20% restantes ainda formam um agrupamento compacto, com um caminho que pode conectar dois nodos quaisquer. Isto , porque a falha aleatria afeta principalmente os numerosos nodos de grau pequeno, a ausncia deles no impede a integridade da rede. Esta dependncia de hubs, por outro lado, induz uma vulnerabilidade de ataque - assim chamado - a remoo de poucos hubs importantes fragmenta o sistema em pequenos cachos de nodos isolados. Esta caracterstica de dois gumes das redes de livre escala indica que existe uma forte relao entre o estado do hub de uma molcula (por exemplo, o seu nmero de ligaes) e do seu papel na manuteno da viabilidade e / ou crescimento de uma clula. As anlises de deleo indicam que em S. cerevisiae apenas ~ 10% das protenas com menos de 5 ligaes so essenciais, mas desta frao aumenta para mais de 60% de protenas com mais de 15 interaes, que indica um grau de ligao da protena com um importante papel na determinao de seu efeito fentipo. Alm disso, apenas 18,7%

de genes de S. cerevisiae ( 14,4% em E. coli) so letais quando eliminados individualmente, e a eliminao simultnea de genes de E. coli muitas vezes sem efeito fenotpico. Estes resultados esto em linha com a expectativa de que muitos nodos levemente conectados em uma rede de livre escala no tem um grande efeito sobre a integridade da rede. A importncia dos hubs corroborada pela sua conservao evolutiva: alta interao proteica S. cerevisiae S. tm uma menor distncia evolutiva para seus ontlogos em Caenorhabditis elegans e so mais propensos a ter ontlogos em organismos mais desenvolvidos. Robustez funcional e dinmica. Uma compreenso completa da robustez da rede exige que as alteraes funcionais e dinmicas que so causadas por perturbaes sejam exploradas. Numa rede celular, cada nodo tem uma ligeira diferena em sua funo biolgica e, por conseguinte, o efeito de uma perturbao no pode depender do grau de um nico nodo. Isto bem ilustrado pela descoberta de que os complexos de protena experimentalmente identificados tendem a ser compostos de molculas uniformemente essenciais ou no essenciais. Isto indica que o papel funcional (dispensabilidade) de todo o complexo determina o fentipo da supresso das protenas individuais. Embora nossa compreenso da robustez da rede esteja longe de ser completa, alguns temas importantes surgiram. Primeiro, cada vez mais aceito que a adaptao e robustez so propriedades inerentes das redes, e no um resultado da sintonia fina de caractersticas de um componente. Segundo, robustez inevitavelmente acompanhada de vulnerabilidades: apesar de muitas redes celulares esto bem adaptadas para compensar as perturbaes mais comuns, elas entram em colapso quando os componentes de rede importantes so interrompidos. Em terceiro lugar, a capacidade de um mdulo de evoluir tambm tem um papel fundamental no desenvolvimento ou limitar da robustez. Com efeito, evolutivamente congelados mdulos que so responsveis por importantes funes celulares, tais como a sntese de cido nucleico, podem ser menos capazes de resistir a erros incomuns, tais como a inativao de duas molculas no interior do mesmo mdulo funcional. Finalmente, modularidade e robustez so presumivelmente consideravelmente bastante entrelaados, com a fraca comunicao entre os mdulos, provavelmente limitando os efeitos das perturbaes locais em redes celulares.

15.

Alm da topologia: caracterizando ligaes

Apesar de seus sucessos, as abordagens puramente baseada em topologia tem importantes limitaes intrnsecas. Por exemplo, a atividade de vrias reaes metablicas ou interaes reguladoras varia muito: algumas so altamente ativas na maioria das condies de crescimento, outras so ligadas apenas em raras circunstncias ambientais. Por conseguinte, uma descrio final de redes celulares requer que tanto a intensidade (isto , a fora) e os aspectos das interaes temporais sejam considerados. - Apesar de, at agora, pouco se sabe sobre os aspectos temporais das vrias interaes celulares, os resultados recentes lanaram luz sobre como a fora das interaes organizada em redes metablicas e genticas de regulao. Em redes metablicas, o fluxo de uma determinada reao metablica, o que representa a quantidade de substrato que est a ser convertido em um produto dentro de uma unidade de tempo, oferece a melhor medida da fora de interao. Abordagens metablicas de fluxo balanceado (FBA), que permitem o fluxo para cada uma das reaes seja calculado, melhoraram significativamente a capacidade de fazer previses quantificveis sobre a importncia relativa das vrias reaes, dando origem hiptese experimentalmente testveis. Uma caracterstica surpreendente da distribuio do fluxo de E. coli a sua heterogeneidade global: reaes com o fluxo que se estendem por vrias ordens de grandeza coexistem nas mesmas condies. Isto capturado por uma distribuio do fluxo para a E. coli, que segue uma lei de potncia. Isto indica que a maioria das reaes tm fluxos bastante pequenos, convivendo com algumas reaes com valores extremamente altos de fluxo.

Tomados em conjunto, resultados indicam que a atividade bioqumica em ambas as redes metablicas e genticas so dominadas por vrias "ligaes quentes" que representam as interaes de alta atividade que so incorporados em uma teia de interaes menos ativas. Este atributo no parece ser uma caracterstica nica de sistemas biolgicos: h ligaes quentes em muitas redes no-biolgicas, sua atividade segue uma ampla distribuio. A origem da propriedade aparentemente universal das ligaes provavelmente enraizada novamente na topologia da rede. Com efeito, parece que os fluxos metablicos e os pesos das ligaes em alguns sistemas no biolgicos so exclusivamente determinada pela natureza de livre escala da topologia da rede. No momento, um princpio mais geral que poderia explicar os dados de distribuio de co-expresso igualmente bem est faltando.

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Direes futuras

Apesar dos avanos significativos nos ltimos anos, as redes biolgica rede esto apenas em seu preldio. esperado um progresso futuro em muitas direes, que vo desde o desenvolvimento de novos mtodos tericos para caracterizar a topologia da rede para percepo sobre a dinmica dos agrupamento, motifs e suas funes biolgica. Mais importante ainda, para irmos de forma significativa alm do nosso nvel atual de conhecimento, precisamos melhorar nossas habilidades de coleta de dados. Isto exigir o desenvolvimento de ferramentas altamente sensveis para identificar e quantificar as concentraes, fluxos e interaes de vrios tipos de molculas em alta resoluo, tanto no espao e no tempo. Da mesma forma, a maioria dos trabalhos no momento concentra-se na totalidade das interaes instantneas das atividades em poucos ambientes selecionados em um espao abstrato. No entanto, o estado interno de uma clula ou sua posio no ciclo celular, por exemplo, um fator determinante da real interao que requer a coleta de dados em diferentes estados funcionais e temporais. Igualmente importante, todas estas interaes tm lugar no contexto da existncia fsica da clula. Assim, o seu nico meio intracelular, forma tridimensional, a arquitetura anatmica, e a compartimentaro do estado de seu citoesqueleto so susceptveis de restringir ainda mais as potenciais interaes em redes celulares. Finalmente, a maioria dos estudos at agora esta focado nos diferentes subconjuntos das complexas redes celulares. Os estudos integrados que nos permitem olhar para todas as interaes (metablica, regulamentar, espacial e assim por diante) poderiam oferecer novas perspectivas sobre como a rede de redes contribui para o comportamento observvel da clula, como mostrado para a utilizao galactose S. cerevisiae pathway103. Estender toda a rede celular de um organismo o maior objetivo das redes e da biologia de sistemas.

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Concluses

Ao longo do caminho e dos estudos podemos observar a complexidade das interaes, modelando-as como rede de componentes que interagem entre si, o desafio detectar e quantificar a interao comportamental entre os elementos, para isso o estudos dos agrupamentos alm da observao de nodos chaves que tem um papel crucial de ligao na rede analisa uma srie de outra mtricas importantes para o desenvolvimento do estudo que j reflete em vrios campos como medicina, e na indstria farmacutica.
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CORREA, Leandro. Acadmico do Curso de Cincias da computao da Universidade Federal do Par (UFPA).