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UNIVERSIDADE ESTADUAL DO NORTE FLUMINENSE LABORATRIO DE ENGENHARIA E EXPLORAO DE PETRLEO

CLCULO DAS RAZES DE BIOMARCADORES PARA ANLISE GEOQUMICA MOLECULAR E MONTAGEM DE UM BANCO DE DADOS COM AS AMOSTRAS DO LABORATRIO DE GEOQUMICA

Fernanda Lins da Costa

MACA - RJ AGOSTO - 2013

Sumrio
1 Introduo
1.1 1.2 1.3 Escopo do Problema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Objetivo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Organizao do Documento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

1
1 1 1

2 Especicao
2.1 Especicao do programa - descrio dos requisitos . . . . . . . . . . . . . 2.1.1 2.1.2 2.1.3 2.2 2.3 2.4 Denies da interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

3
3 3 3 4 5 5 6

Entrada de dados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sada de dados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Casos de uso do Programa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Diagrama de caso de uso geral do programa . . . . . . . . . . . . . . . . .

Diagrama de caso de uso especco do programa . . . . . . . . . . . . . . .

3 Elaborao
3.1 3.2 3.3 3.4 Anlise de domnio Fomulao Terica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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7 7 11 11

Identicao de pacotes  assuntos

Diagrama de pacotes  assuntos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Captulo 1 Introduo
1.1 Escopo do Problema

Os parmetros geoqumicos moleculares so razes calculadas normalmente a partir das respectivas reas dos compostos de interesse (biomarcadores) detectados na frao de hidrocarbonetos alifticos, atravs da anlise dos cromatogramas de massas e seus respectivos ons obtidos por cromatograa gasosa acoplada espectrometria de massas (CG-EM). Esses parmetros fornecem informaes que so usadas para caracterizar o leo com relao sua origem, paleoambiente deposicional, caminhos migratrios, maturao trmica e nvel de biodegradao. Tais razes geralmente so calculadas em planilhas, de forma no uniformizada, por cada aluno do laboratrio de geoqumica. Alm do clculo das razes de biomarcadores, outro fator interessante para a rea de geoqumica a montagem de um banco de dados. Um banco de dados facilita o trabalho do usurio (aluno) visto que todas as informaes necessrias esto armazenadas em um nico local. O laboratrio possui diversas amostras de rocha cujas caractersticas so Entretanto, como tais informaes encontram-se na

utilizadas em diversos trabalhos.

maioria das vezes dispersas, h uma perda de tempo para reun-las prejudicando assim o bom andamento da produo dos trabalhos cientcos.

1.2

Objetivo

O objetivo geral do software calcular as razes de biomarcadores, otimizando o estudo geoqumico molecular, e montar um banco de dados com todas as amostras que se encontram no Laboratrio de Geoqumica.

1.3

Organizao do Documento

O presente documento est organizado como uma apostila, contendo a Especicao, a Elaborao, a Anlise Orientada a Objeto (AOO), a Implementao, os Testes e a

1 - Introduo

Documentao.

Apresenta-se tambm uma teoria bsica, para melhor compreenso do

programa, e o passo a passo da utilizao do mesmo.

Captulo 2 Especicao
Apresenta-se neste captulo a especicao do sistema a ser modelado e desenvolvido. Ser realizada a descrio do objetivo e o que se espera do sistema a ser desenvolvido, o contexto da aplicao. As especicaes denem as caractersticas gerais do programa, aquilo que ele deve realizar e no a forma como ir faz-lo, ou seja, denem as necessidades a serem satisfeitas.

2.1

Especicao do programa - descrio dos requisitos

A modelagem foi criada com a inteno de calcular as razes dos biomarcadores e montar um banco de dados com as amostras do laboratrio de geoqumica.

2.1.1 Denies da interface


o

software Qt Designer.

Devido a sua complexidade, o programa dever ter interface no modo grco utilizando

2.1.2 Entrada de dados


A entrada de dados ser fornecida pelo usurio, contendo as reas dos biomarcadores a serem utilizadas, para o clculo da razo de biomarcadores, e diversos dados teis para a montagem do banco de dados, estruturado da seguinte forma:

Clculo da razo de biomarcadores:

 

Tipo de razo de biomarcadores (este ser selecionado em uma lista); rea dos compostos.

Banco de dados:

2 - Reviso Bibliogrca

          

Cdigo; Amostra; Sigla; Localidade; Coordenada geogrca; Massa do malteno; Massa da frao F1 (Saturados); Massa da frao F2 (Aromticos); Massa da frao F3 (NSO); Fcies; Nome do pesquisador;

2.1.3 Sada de dados


Quando o programa for executado, duas sadas de dados sero possveis, de acordo com a escolha do usurio:

Clculo da razo de biomarcadores:

Razo de biomarcadores;

Banco de dados:

         

Cdigo; Amostra; Sigla; Localidade; Coordenada geogrca; % Saturados; % Aromticos; % NSO; Fcies; Nome do pesquisador;

Esta ltima opo dever apresentar-se na forma de formulrio ou tabela, cujas sadas de dados estaro nas colunas, como mostrado na gura abaixo:

2 - Reviso Bibliogrca

Tabela 2.1: Exemplo de tabela de sada para a opo Banco de dados.

2.2

Casos de uso do Programa

Um caso de uso descreve um ou mais cenrios de uso do software, exemplos de uso, como o sistema interage com usurios externos (atores). Ademais, ele deve representar uma sequncia tpica de uso do programa. Tambm deve representar as excees, casos em que o usurio comete algum erro, em que o sistema no consegue realizar as tarefas solicitadas [Bueno, 2003].

2.3

Diagrama de caso de uso geral do programa


o di-

O diagrama de casos de uso uma representao visual dos casos de uso.

agrama mais simples da UML, sendo utilizado para demonstrar os cenrios de uso do sistema pelos usurios, os quais ao verem esses diagramas tero uma viso geral do sistema [Bueno, 2003]. O diagrama de caso de uso geral do programa apresentado na

Figura 2.1. Observe que o usurio poder calcular a razo dos biomarcadores, acessar o banco de dados, alimentar o banco de dados e gerar grcos a partir das opes anteriores.

Figura 2.1: Diagrama de caso de uso  Caso de uso geral

2 - Reviso Bibliogrca

2.4

Diagrama de caso de uso especco do programa

Apresenta-se na Figura 2.2 um diagrama de caso de uso especco do programa. Nele esto detalhadas as opes de arquivo que o programa oferece. Essas opes so: Selecionar o tipo de razo de biomarcador, onde ser necessrio exibir em uma lista as opes de razo a ser calculada; Escolher mais uma razo, onde o usurio poder escolher se quer correlacionar duas razes em um mesmo grco; Informar as reas dos compostos, onde o usurio dever fornecer a rea dos compostos para que o programa possa efetuar o clculo; e Gerar grcos, onde ser gerado o grco correspondente (s) razo(s) selecionada(s).

Figura 2.2: Diagrama de caso de uso especco 

Captulo 3 Elaborao
Neste captulo apresentada a elaborao, que envolve a anlise de domnio, o estudo de conceitos relacionados ao programa desenvolvido e a identicao de pacotes.

3.1

Anlise de domnio
rea relacionada:

A principal rea relacionada ao desenvolvimento do programa a geoqumica do petrleo. Cabe a esta cincia a identicao de rochas geradoras nas bacias sedimentares, anlise de maturao, biodegradao e a avaliao do potencial gerador das mesmas. A geoqumica pode ser denida como a aplicao de mtodos qumicos aos estudos de fenmenos de geologia. No caso particular da geoqumica do petrleo, trata-se da aplicao de mtodos da qumica orgnica geologia do petrleo.

3.2

Fomulao Terica

Os parmetros geoqumicos moleculares so razes calculadas normalmente a partir das respectivas reas dos compostos de interesse (biomarcadores) detectados na frao de hidrocarbonetos alifticos, atravs da anlise dos cromatogramas de massas e seus respectivos ons obtidos por cromatograa gasosa acoplada espectrometria de massas (CG-EM). Esses parmetros fornecem informaes que so usadas para caracterizar o leo com relao sua origem, paleoambiente deposicional, caminhos migratrios, maturao trmica e nvel de biodegradao. A tabela 3.1 mostra os on-fragmentos em que as classes de compostos podem ser observadas.

3 - Reviso Bibliogrca

Tabela 3.1: ons caractersticos das classes de biomarcadores monitorados.

Com cromatograa gasosa acoplada espectrometria de massas (CG-EM) possvel obter um cromatograma selecionando qual o on deseja analisar. A Figura 3.1 nos mostra os pers obtidos com relao aos ons m/z 191, 177 e 217. Aps obter esses pers, os

compostos so identicados pelo usurio, normalmente atravs do tempo de reteno, e sua rea pode ser calculada.

3 - Reviso Bibliogrca

Figura 3.1: Exemplo de pers geoqumicos, onde os compostos foram identicados pelo usurio, da amostra 09 para: (A) m/z 191; (B) m/z 177; (C) m/z 217.

Para o clculo da rea de cada um desses picos necessrio selecionar os picos de interesse e utilizar a opo  Percent Report do

software que gera tais pers.

Este, por

sua vez, ir gerar um arquivo txt conforme mostrado na Figura 3.2.

3 - Reviso Bibliogrca

Figura 3.2: Arquivo txt gerado pelo compostos identicados pelo usurio.

software, onde a coluna selecionada representa os

A coluna 8 representa a rea de cada composto. De posse dessas reas, diversas razes, que so obtidas na literatura, so calculadas e assim podemos caracterizar a amostra quanto maturao, biodegradao, origem, etc. Por exemplo, a razo tricclico/hopano utilizada para avaliar o grau de maturao de uma amostra, pois ela aumenta com o aumento da maturao. Seu clculo feito da seguinte forma:

(T 19 + T 20 + T 21 + T 22 + T 23 + T 24 + T 25 + T 28r + T 28s + T 29r + T 29s + T 30r + T 30s) T ric clicos = Hopanos (H 29 + H 30 + H 31r + H 31s + H 32r + H 32s + H 33r + H 33s + H 34r + H 34s + H 35r + H 35s)
(3.1)

De posse desta razo, um grco poder ser gerado a m de poder comparar com as razes das outras amostras estudadas, conforme mostrado na Figura 3.3.

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3 - Reviso Bibliogrca

Figura 3.3: Exemplo de grco gerado aps o clculo das razes para quatro amostras diferentes.

O grco de correlao entre duas razes tambm pode ser gerado para que o usurio tenha uma melhor visualizao, conforme mostrado na Figura 3.4.

Figura 3.4: Grco de correlao entre duas razes.

3.3

Identicao de pacotes  assuntos


Geoqumica: Utilizada para identicar os compostos biomarcadores. Matemtica: Utilizada para o clculo das razes dos biomarcadores. Geologia: Utilizada para a localizao das amostras.

3.4

Diagrama de pacotes  assuntos

A Figura3.5 representa um diagrama de pacotes simplicado, para o programa a ser desenvolvido. Nele esto contidos os pacotes (assuntos) descritos anteriormente.

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3 - Reviso Bibliogrca

Figura 3.5: Diagrama de Pacotes

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Referncias

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Referncias Bibliogrcas
[Bueno, 2003] Bueno, A. D. (2003).

Programao Orientada a Objeto com C++ - Aprenda a Programar em Ambiente Multiplataforma com Software Livre. Novatec, So Paulo. 5

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ndice Remissivo
Casos de uso, 5 Elaborao, 7

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