8 | Nucleotidos e cidos

Nucleicos

aula traduzida e modificada por Paula Sebastio, ESTM-IPL, a partir do documento powerpoint existente no databank do livro: www.whfreeman.com/lehninger4e

2009 W. H. Freeman and Company

Nucleotidos e cidos Nucleicos tpicos

Funo biologica de nucleotidos e cidos nucleicos. Estruturas dos nucleotidos comuns. Estrutura do DNA dupla cadeia. Estruturas dos cidos ribonucleicos. Desnaturao e annealing de DNA Bioqumica dos cidos nucleicos: mutagenesis

Funes dos nucleotidos e cidos nucleicos

Funes dos nucleotidos: Metabolismo energtico(ATP) cofactores enzimticos(NAD+) transduco de sinal (cAMP) Funes dos cidos nucleicos: Armazenamento da informao gentica (DNA) Transmisso da informao gentica (mRNA) Processamento da informao gentica (ribozimes) Sntese de protenas (tRNA and rRNA)

Nucleotidos e Nucleosidos
Nucleotido =
Base azotada Pentose fosfato

Nucleosido =
Base azotada Pentose

Nucleobase =
Base azotada

Grupo fosfato
Carga negativa a pH neutro Ligado geralmente posio 5da pentose cidos nucleicos so formados a partir de nucleotidos 5-trifosfato cidos nucleicos contem um grupo fosfato por nucleotido. Este grupo fosfato pode estar ligado noutras posies.

Pentose nos Nucleotidos

-D-ribofuranose no RNA -2-deoxy-D-ribofuranose no DNA Podem ser possveis as diferentes conformaes do anel da pentose.

Nucleobases
Derivadas da pirimidina ou purina Compostos heteroaromaticos contendo azoto. Estruturas Planares ou prximo Absorvem radiao UV a 250-270 nm

Pirimidinas
presente no DNA e RNA Timina presente no DNA Uracilo presente no RNA estas bases so boas dadoras e receptoras de ligaes de hidrognio. Citosina pKa a N3 4.5 Timina pKa a N3 9.5 compostos neutros a pH 7
Citosina

Purinas
Adenina e guanina presentes no RNA e DNA H-bond donors and acceptors Adenina pKa a N1 3.8 Guanina pKa a N7 2.4 Compostos neutros a pH 7

Tautomerismo das nucleobases

tautomeros so isomeros estruturais que diferem na localizao dos protes. Tautomerismo ceto-enol comum nas cetonas Tautomerismo Lactam-lactim ocorre em alguns compostos heterociclicos. Tautomeros existem em soluo mas as formas lactam predominantes a pH neutro.

Absoro UV das Nucleobases

Absoro da radiao UV a 250-270 nm devida a transies electrnicas * Estados excitados das nucleobases comuns decaem rapidamente via transies que no emitem fluorescncia.
Fotoproteco do material gentico. cidos nucleicos no so fluorescentes.

Ligao N-Glicosidica
Nos nucleotidos o anel pentose encontra-se ligado nucleobase via ligao N-glicosidica A ligao formada pelo carbono anomerico da pentose na configurao A ligao formada Posio N1 nas pirimidinas Posio N9 nas purinas Esta ligao estvel hidrolise, em particular nas pirimidinas. Quebra da ligao conseguida por catlise cida.

Conformao da ligao N-Glicosidica

rotao livre pode ocorrer na ligao N-glicosidica nos nucleotidos livres. O angulo de torso na ligao N-glycosidic bond (N-C1') simbolizado por A sequencia de atomos escolhida para definir este angulo O4'-C1'-N9-C4 para a purinas, e O4'-C1'-N1-C2 para pirimidinas Angulo prximo de 0corresponde a conformao syn Angulo prximo de 180 corresponde a conformao anti Conformao anti encontrada no B-DNA

Nomenclatura

Nomenclatura: Desoxiribonucleotideos

Nomenclatura: Ribonucleotideos

Nucleosideos raros no DNA

Modificao ocorre aps sntese de DNA.

5-Metilcitosina comum nos eucariotas, tambm encontrada nas bactrias. N6-Metiladenosina comum nas bactrias, no encontrada nos eucariotas. Funo: marcador epigenetico: forma de marcar o prprio DNA para degradar o DNA estranho (mecanismo presente nos procariotas). forma de marcar os genes que devem estar activos (mecanismo presente nos eucariotas)

Minor Nucleosides in RNA

Inosina encontrada por vezes na wobble position do anticodo no tRNA formada por desaminao da adenosina Possibilita um codigo genetico mais rico. Pseudouridina () encontrada no tRNA e rRNA Mais comum em eucariotas mas tambm em eubacteria Formada a partir da uridina por isomerizao enzimtica aps sintese de RNA Pode estabilizar a estrutura do tRNA Pode ajudar no folding do rRNA

Polinucleotideos
Ligaes covalentes formadas via ligaes fosfodiester
esqueleto com carga negativa

Esqueleto de DNA relativamente estvel

Hidrolise catalizada por enzimas (DNAse) Foi possvel obter DNA de amostras de mamute! (animal j extinto)

Esqueleto de RNA instvel

Em gua, RNA dura alguns anos Nas clulas, mRNA degradado em poucas horas.

Polmeros lineares
No branching ou cross-links

Sentido da cadeia
Extremo 5 diferente do extremo 3 Lemos a sequncia de 5 a 3

Hidrolise do RNA
RNA instvel em condies alcalinas. Hidrolise tambm catalizada por enzimas (RNase) Enzimas RNase so abundantes: RNase P uma ribozima (RNA com actividade cataltica) que processa percursores de tRNA. Dicer uma enzima que degrada RNA em dupla cadeia em oligonucleotidos. Proteco contra genomas virais. Tecnologia de RNA

Ligaes de hidrognio
Duas bases podem ligar-se por ligaes de hidrognio, formando um par de bases. Para monomeros, um grande nmero de pares de bases possvel. Num polinucleotideo, existe um pequeno numero de possibilidades. Pares de base Watson-Crick predominam num DNA dupla cadeia: A com T C com G Purina emparelha com pirimidina.

Pares de bases AT e GC

Descoberta da estrutura de DNA

Uma das descobertas mais importantes em biologia. Porque que importante. "This structure has novel features which are of considerable biological interest
--- Watson and Crick, Nature, 1953

Um bom exemplo de cincia em aco:

Muitos Erros durante a descoberta Valor do conhecimento Valor da colaborao Partilha de dados (aspectos positivos e tambm negativos).

Estrutura do DNA (1868-1935)

OH HO P O Thymine C5H7O O HO P O Adenine C5H7O O
OH HO P O H H Thymine H O H H OH CH2O O H H Adenine O H O H OH CH2O P O O P O

Friedrich Miescher isola nucleina dos nucleos da clula.

O

Hidrolise da nucleina:
fosfato pentose uma nucleobase

Estrutura do DNA:

1929
(Levene and London)

Anlise qumica:
Ligaes fosfodiester. pentose uma ribofuranose

Estrutura do DNA:

1935
(Levene and Tipson)

Caminho at dupla hlice

Watson e Crick: camada em falta pattern (major & minor groove) ligaes de hidrogenio: A emparelha T G emparelha C helice dupla est conforme os dados!

Franklin e Wilkins:
Cross - hlice Diamonds esqueleto fosfato-aucar encontra-se no exterior. parametros da hlice calculados.

Watson, Crick, e Wilkins receberam Prmio Nobel 1962 Franklin morreu em 1958

Modelo Watson-Crick de B-DNA

Complementaridade das duas cadeias de DNA

Duas cadeias diferem na sequencia (sequencia lida de 5 a 3) As duas cadeias so complementares As duas cadeias so antiparalelas

Replicao do cdigo gentico

separao das cadeias ocorre primeiro

cada cadeia serve como molde para a sntese de uma nova cadeia. Sintese catalizada por enzimas conhecidas por DNA polimerases. As novas moleculas de DNA tem uma cadeia antiga e outra nova.
It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material Watson and Crick, in their Nature paper,1953

Sequencias palindromicas podem formar Hairpins

Palindromas:palavras ou frases que so iguais quando lidas num sentido ou noutro : ana Saippuakuppinippukauppias: (palavra finlandesa para tabuleiro com pratos de sopa) 'Nipson anommata m monan opsin' (texto grego antigo)

Outras Formas de DNA

RNA mensageiro: transporte do cdigo para a sntese de protenas

I sintetizada utilizando o DNA como molde Contem ribose em vez de desoxiribose Contem uracilo em vez de timina Um mRNA pode codificar mais que uma protena.

RNA de transferncia: posicionamento de Aminoacidos de acordo com o cdigo mRNA

Moleculas de tRNA apresentam estruturas complexas

Desnaturao do DNA
Ligaes covalentes permanecem intactas Cdigo Gentico permanece intacto Ligaes de hidrognio so quebradas As duas cadeias separam-se Base stacking perdida A absorvncia da radiao UV aumenta. Desnaturao pode ser induzida por elevada temperatura ou modificao de pH. Desnaturao pode ser reversivel:annealing

DNA Desnaturao pela temperatura (Melting)

DNA existe como dupla hlice a temperaturas normais. As duas cadeias de DNA dissociam-se a temperaturas elevadas. As duas cadeias voltam a associar-se quando a temperatura diminui. A desnaturao trmica reversvel e o annealing constituem o principio de polymerase chain reaction A desnaturao do DNA monitorizada por espectrofotometria UV a 260 nm

Hibridao de duas cadeias de DNA complementares

Deteo de uma molecula de DNA especfica numa mistura complexa. - deteco radioactiva - chips de DNA fluorescentes Amplificao de DNA especifico - polymerase chain reaction - site-directed mutagenesis Relaes evolutivas. Terapia Antisense

Mecanismos Moleculares da mutagenesis espontanea

Desaminao
reaces muito lentas
elevado nmero de residuos o efeito global significante: 100 Citosinas Uracilo /dia numa clula de mamifero.

Depurinao
ligao N-glycosidica hidrolizada Significante para purinas: 10,000 purinas perdidas/dia numa celula de mamfero.

as clulas possuem mecanismos para corrigir a maioria destas modificaes.

Mecanismos moleculares da Mutagenesis qumica e oxidativa

modificao oxidativa

Hidroxilao da guanina DNA mitocondrial mais susceptvel. alquilao qumica Metilao da guanina as celulas possuem mecanismos para corrigir a maioria destas modificaes.

Mecanismos moleculares da Mutagenesis induzida por radiao

Radiao UV induz dimerizao das pirimidinas, este pode ser o mecanismo principal dos cancros de pele. Radiao Ionizante(X-rays and -rays) provoca a abertura do anel e a quebra da cadeia. As Celulas podem reparar algumas destas modificaes, mas outras causam mutaes. Acumulao de mutaes provocam o envelhecimento e carcinogenese.

Estrutura dum dominio da Thermus aquaticus DNA polymerase I ligada a DNA e ddATP

Exemplo de uma enzima com aplicao biotecnologia isolada a partir de uma bactria aquatica.