Resumo

Introduo
Mecnica molecular

Mtodos de mecnica molecular

Hugo Verli

Principais caractersticas
Termos do campo de fora
Caractersticas comuns aos campos de fora
Topologia molecular
Cargas atmicas
Porque utilizar?
Modelos para representao de gua
Modelos de tomo unido
Campos de fora

Dinmica molecular

Grupo de Bioinformtica Estrutural

Centro de Biotecnologia/Faculdade de Farmcia
Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Aspectos gerais
Princpios tericos
Tempo de integrao
Escolha do campo de fora
Termalizao do sistema
Tamanho da amostragem do sistema

1. Introduo

2. Mecnica molecular

2.1. Principais caractersticas

Os mtodos qunticos tornam proibitivo o estudo de grandes sistemas
moleculares:

Mtodos de Mecnica Molecular:

Protenas;
Polissacardeos;
cidos nuclicos;
Membranas;
Complexos!

Muitos trabalhos foram (e so) desenvolvidos considerando modelos

simplificados do stio receptor:

Omisso de variveis importantes para a descrio do sistema em estudo!

Todos os mtodos qunticos (ab initio) e semi-empricos lidam

diretamente com os eltrons, produzindo uma enorme quantidade de
dados a serem computados;

Uma alternativa a estas metodologias so os mtodos de mecnica

molecular.

2. Mecnica molecular

2. Mecnica molecular

2.2. Termos do campo de fora

Ignoram os eltrons do sistema, calculando a energia do sistema como funo

das posies nucleares:
Estes mtodos so incapazes de descreverem propriedades dependentes
da distribuio eletrnica;
A reduo no custo computacional permite a manipulao de grandes
sistemas moleculares (centenas de milhares de tomos);
O conjunto de funes capazes de descreverem o comportamento de um dado
sistema molecular denominado Campo de Fora;
Dependendo da parametrizao do campo de fora, os resultados obtidos
podem ser to acurados quanto os melhores mtodos qunticos;
So compostos por equaes descrevendo foras intra- e intermoleculares;
So associadas penalidades energticas ao desvio das geometrias de seus
valores de referncia: quanto maior o desvio, maior a penalidade energtica e
maior a energia;

2.2. Termos do campo de fora

Termos do campo de fora:

Estiramento de ligao qumica:

Interaes eletrostticas
Interaes de van der Waals

2. Mecnica molecular

2. Mecnica molecular

2.2. Termos do campo de fora

2.2. Termos do campo de fora

Abertura e fechamento de ngulos:

2. Mecnica molecular

2. Mecnica molecular

2.3. Caractersticas comuns aos campos de fora

Estes mtodos tm como ponto de partida algumas premissas bsicas:

2.3. Caractersticas comuns aos campos de fora

Os tipos de equaes e foras a serem descritas devero ser escolhidas

(forma funcional do campo de fora);
As diversas constantes presentes nas equaes dos campos de fora devem
ser determinadas para cada sistema molecular a ser estudado;
Aproximao de Born-Oppenheimer:
Como a massa dos eltrons muito menor que a massa do ncleo, podese considerar que suas posies podem se adaptar rapidamente
qualquer mudana nuclear;
Em conseqncia, a energia de uma molcula pode ser considerada
somente como uma funo das coordenadas nucleares;
Pode-se entender como modificao nas posies nucleares um
estiramento de ligao, ngulo, rotao de diedros ou grandes mudanas
conformacionais em protenas.
Transferabilidade:
Os mesmos parmetros podem ser utilizados para compostos
semelhantes e estruturalmente relacionados;
Reduo no esforo de parametrizao do campo de fora;

2. Mecnica molecular
Arquivo PDB:

Estes mtodos tm como ponto de partida algumas premissas bsicas:

Campos de fora so em geral parametrizados para reproduzir determinadas

propriedades:
Geometria molecular;
Densidade;
Presso de vapor.
Os mtodos de mecnica molecular so de natureza emprica, sendo portanto
seus termos ajustados para reproduzirem parmetros determinados
experimentalmente;
O arquivo que descreve os parmetros do campo de fora para uma
determinada molcula denominado topologia:
Inclui a lista dos tomos;
Descreve o tipo de cada tomo;
Define os parmetros de estiramento de ligaes, ngulos e diedros;
Inclui a carga atmica para cada tomo do sistema.

2. Mecnica molecular

2.4. Topologia molecular

Interaes de van der Waals:

2.4. Topologia molecular

Arquivo TOP:

Tipo de tomo
Grupo de carga

Carga atmica
Geometrias de referncia
(ligao, ngulo e diedro)
Constantes de fora
(ligao, ngulo e diedro)

2. Mecnica molecular

2. Mecnica molecular

2.5. Cargas atmicas

Diversos mtodos esto disponveis para a obteno de cargas atmicas

para a parametrizao de campos de fora de mecnica molecular:

Mtodos Ab initio;
Mtodos de densidade funcional;
Mtodos semi-empricos;

Mulliken
Lwdin
Cargas ajustadas ao potencial eletrosttico molecular
CHELPG

Adicionalmente, diferentes molculas apresentaro dependncia diferente

para as referidas propriedades.

2. Mecnica molecular

2.6. Porque utilizar?

2.7. Modelos para representao da gua

Velocidade: mecnica molecular >> semi-emprico > ab initio

Preciso, confiabilidade e capacidade de prever dados experimentais?

A maior vantagem da mecnica molecular em comparao aos mtodos

qunticos , sem dvida, sua velocidade;
Clculos envolvendo centenas de milhares de tomos podem ser
realizados sem maiores problemas, dependendo do software e hardware
disponveis;
Canais inicos inseridos em membranas e ribossomos inteiros j foram
descritos por mtodos de mecnica molecular;
A maior limitao provavelmente se deve incapacidade de descrever
propriedades dependentes do comportamento eletrnico;
As simplificaes realizadas nos mtodos de mecnica molecular no
necessariamente comprometem a qualidade do modelo computacional gerado;
A qualidade das predies realizadas depende, principalmente, da
parametrizao do campo de fora utilizado;
A validao final do modelo realizada atravs da comparao
propriedade experimentai conhecidas.

2. Mecnica molecular

Constitui-se em um dos sistemas mais desafiadores

representados com preciso em simulaes computacionais;

Embora seja uma molcula pequena, a gua apresenta uma srie de

dificuldades para ser adequadamente descrita em modelos de mecnica
molecular:

Os modelos de mecnica molecular

explicitamente todos os tomos do sistema;

serem

Polarizabilidade.

Em contrapartida, diversas de suas propriedades podem ser facilmente

obtidas (e comparadas a dados experimentais) atravs de simulaes de
dinmica molecular:

Densidade;
Difuso;
Funes de distribuio radial;
Papel na conformao de molculas;
Etc.

Principais modelos de gua existentes:

SPC, SPC/E, TIP3P, TIP4P e TIP5P.

2. Mecnica molecular

2.8. Modelos de tomo unido

Geometria;
Barreiras conformacionais;
Conformao em um determinado meio;
Energia de interao;
Densidade;
Etc.

A despeito desta variedade de metodologias (e dos diferentes resultados

que podem surgir do uso de diferentes mtodos), nem toda propriedade
pode ser sensvel mudana na carga atmica, ou s-lo de forma
varivel.

2. Mecnica molecular

A despeito desta variedade de metodologias (e dos diferentes resultados

que podem surgir do uso de diferentes mtodos), nem toda propriedade
pode ser sensvel mudana na carga atmica, ou s-lo de forma
varivel:

Para cada um destes mtodos vrios tipos de estratgias podem ser

utilizadas para clculo das cargas atmicas:

2.5. Cargas atmicas

2.9. Campos de fora

usualmente

consideram

Contudo, o nmero de interaes intermoleculares (no ligadas) cresce ao

quadrado do nmero de possveis interaes;
A reduo no nmero de possveis interaes acarreta em uma brutal reduo
no custo computacional:
Aumento no tempo de simulao;
Para um mesmo tempo de simulao tem-se um aumento na amostragem
do espao conformacional;
Reduo no custo financeiro associado trabalhos de simulao.
A forma mais comum de fazer isso remover determinados tomos
(usualmente s os tomos de hidrognio) e consider-los juntamente aos
tomos nos quais esto ligados;
Um grupo CH3 passa a ser descrito somente por 01 pseudo-tomo ou
tomo unido;
Normalmente s os tomos de hidrognio ligados a tomos de carbono
so omitidos;
Em alguns campos de fora os tomos de hidrognio de anis aromticos
tambm so explicitados.

Alguns dos campos de fora atualmente disponveis:

GROMOS87
GROMOS96
GROMACS
AMBER
CHARMM
MM2
MM3
MM4
MMF94
CVFF
CFF91
OPLS

3. Dinmica molecular

3. Dinmica molecular

3.1. Aspectos gerais

3.2. Princpios tericos

Aspectos importantes sombre simulaes de dinmica molecular (DM):

Princpios tericos;
Tempo de integrao (dt);
Escolha do campo de fora;
Termalizao do sistema;
Tamanho da amostragem do sistema (tamanho da simulao);
Anlise e interpretao dos resultados;
Validao dos resultados.

3. Dinmica molecular

3.2. Princpios tericos

Segunda Lei de Newton:

Fora aplicada sobre o
tomo i na posio x

Acelerao sobre o
tomo i

Qual o papel de dt na DM?

dt muito pequenos iro cobrir somente uma

pequena parte do espao conformacional:
Maior custo computacional.
dt muito elevado pode acarretar em
instabilidades:
Menor custo computacional.

Valores de dt comumente utilizados em

simulaes de DM:

1fs sistema totalmente livre;

2fs restries nas ligaes;
4fs restries nas ligaes e ngulos.
Valores menores podem ser utilizados em
situaes particulares:
Grandes instabilidades;
Processos muito rpidos;
Grandes mudanas de energia envolvidas.

Cristalografia de raios-X:
RMN:
Dinmica molecular:

estrutura esttica
estrutura dinmica
estrutura dinmica

grandes molculas
pequenas molculas
grandes molculas

A dinmica molecular nos permite descrever as propriedades dinmicas

de um sistema, detalhando em nvel atmico as transformaes ocorridas
em uma dada molcula, macromolcula ou complexo como uma funo
do tempo (t).

3. Dinmica molecular

3.3. Tempo de integrao (dt)

Algumas tcnicas para estudos estruturais de protenas e seus

complexos:

Massa do tomo i

3. Dinmica molecular

Mtodos envolvidos na busca de conformaes de mnimo de energia.

Mtodos de mecnica molecular;
Mtodos semi-empricos;
Mtodos ab initio.
Mtodos envolvidos na busca de uma sucesso (ensemble) de conformaes.
Mtodos de dinmica molecular;
Mtodo de amostragem: integrao da segunda lei de Newton.
O resultado destes mtodos uma trajetria que descreve como as
posies (e velocidades) dos tomos variam como funo do tempo.
Mtodos de Monte Carlo.
Mtodo de amostragem: mudana aleatria nas posies atmicas.

3. Dinmica molecular

3.2. Princpios tericos

Os mtodos de modelagem molecular podem ser reunidos da seguinte

forma:

3.4. Escolha do campo de fora

As simulaes de DM utilizam, para clculo das foras intra- e interatmicas, campos de fora de mecnica molecular:

Quanto melhor for a parametrizao do campo de fora, mais precisos sero

os resultados obtidos;

Quo boa pode ser a parametrizao de campos de fora de mecnica

molecular (quo bem estes mtodos podem reproduzir propriedades
obtidas experimentalmente)?

As propriedades mais simples de serem obtidas atravs de simulaes de DM

incluem:
Densidade;
Viscosidade;
Presso de vapor;
Conformao de macro e micromolculas;
Mudanas conformacionais em compostos em conseqncia de
mudanas no meio;
Desnaturao e renaturao (folding).

Leach, A. R.: Molecular Modelling Principles and Applications, 2nd Ed., 2001, Longman, Cingapura; Karplus & Petsko, Nature, 1990, 347, 631.

3. Dinmica molecular

3. Dinmica molecular

3.4. Escolha do campo de fora

3.5. Termalizao do sistema

Como qualquer modelo, as simulaes de dinmica molecular precisam

estar parametrizadas para descrever as propriedades do sistema em
estudo:

Protenas;
cidos nuclicos;
Lipdeos e fosfolipideos;
Solventes;
Carboidratos:
Poucos estudos;
Elevada flexibilidade;
Complexidade
conformacional.

A principal referncia (e estrutura de partida!) para simulaes de DM

de origem cristalogrfica:

A formao de uma rede cristalina pode acarretar na formao de interaes

inter-protena que no ocorrem normalmente em soluo:
Estados artificiais de oligomerizao;
Induo de estados conformacionais existentes somente no cristal.
Adicionalmente, a presena de elementos no biolgicos (sais, compostos
anfiflicos e demais agentes de cristalizao) que podem induzir estados
conformacionais no existentes no meio biolgico.

Situaes semelhantes podem tambm ocorrer atravs do uso de

estruturas de macromolculas obtidas por RMN, principalmente no que
concerne composio da soluo.
Como conseqncia destes processos, diferentes regies de uma dada
macromolcula podem estar sujeitas diferentes conjuntos de fora no
cristal:

Estas foras, se liberadas livremente durante a simulao de DM, podem

induzir desnaturao da macromolcula.

Leach, A. R.: Molecular Modelling Principles and Applications, 2nd Ed., 2001, Longman, Cingapura; Karplus & Petsko, Nature, 1990, 347, 631.

3. Dinmica molecular

3. Dinmica molecular

3.5. Termalizao do sistema

3.5. Termalizao do sistema

Empacotamento cristalino:

Uma estratgia utilizada para evitar tais distores na estrutura da

protena durante a DM chamada termalizao:

Empacotamento da
rodopsina de arqueas

3. Dinmica molecular

3. Dinmica molecular

3.5. Termalizao do sistema

Outra estratgia, anloga termalizao, consiste na restrio do

movimento dos tomos atravs de foras, de intensidades definidas pelo
modelista, nos eixos x, y e z;

Consiste no aquecimento progressivo do sistema, de forma a permitir a

uniformizao da energia potencial de todos os tomos do sistema
(temperatura);
Durante este processo (e aps tb! Ou seja, uma caracterstica da DM),
composto por uma seqncia de pequenas simulaes de DM, o sistema
mantido em um banho termosttico a uma temperatura definida.

3.6. Tamanho da amostragem do sistema

Estas foras podem ser aplicadas a todos os tomos do sistema ou a somente

um grupo de tomos;
Embora tais foras possam ser mantidas durante toda a simulao de DM (por
exemplo, para evitar a abertura da dupla-fita de DNA em alguns protolos de
DM), normalmente so reduzidas gradativamente, at que por fim as foras
so removidas e permite-se ao sistema mover-se livremente.

To importante quanto a qualidade dos parmetros do campo de fora

escolhido o tamanho da simulao, ou amostragem, realizado. Tempos
de simulao muito pequenos podem levar a:

Ausncia de equilibrao do sistema;

Falta de tempo para que as propriedades de interesse se manifestem;
Falta de tempo para que mudanas realizadas no sistema possam ser
observadas;
Observao de mudanas em propriedades irrelevantes para o processo
(falsos positivos);

Em contrapartida, grandes tempos

principalmente, no custo computacional.

de

simulao

esbarram,

Adicionalmente, quanto maior o sistema molecular, maior o tempo de

simulao necessrio para represent-lo;
Diferentes sistemas moleculares podem apresentar diferentes comportamentos
conformacionais, i.e. podem estar submetidos a mudanas conformacionais
em diferentes escalas de tempo.

3. Dinmica molecular
3.6. Tamanho da amostragem do sistema

Medida das possibilidades conformacionais de um conjunto de tomos:

1 tomo:
3 graus rotacionais
6 graus de liberdade
3 graus translacionais
2 tomos:
3 graus rotacionais para cada tomo
6x6 graus de liberdade (62)
3 graus translacionais para cada tomo
n tomos:
6n possibilidades conformacionais!

Ou seja, quando aumentamos nosso sistema em somente 1000 tomos,

estamos inserindo no sistema mais 61000 possibilidades conformacionais!

Obviamente nem todas estes confrmeros so viveis, mas como saber a

percentagem de estados viveis antes da simulao?
Paradoxo de Levinthal!