Resp

28
2.
Tcnicas Computacionais Aproximao Clssica e
Aproximao Quntica
O desenvolvimento deste captulo nos itens 2.1-2.4 e 2.6-2.9 est baseado

no manual do GROMACS (van der Spoel et al., 2005) e no trabalho de Baaden M.
(Baanden M., 2003). Quando as informaes apresentadas sejam tomadas de
outras fontes, se far a respectiva referncia.
O comportamento da matria em nvel de partculas constituintes dos
tomos e molculas descrito pela Mecnica Quntica, enquanto que em nveis
PUC-Rio - Certificao Digital N 0610635/CA
mais complexos a matria composta de tomos e molculas pode ser descrita de

forma aproximada pela Mecnica Clssica no relativstica.
Uma aproximao clssica perde detalhes do sistema molecular em estudo,
mas permite acessar propriedades macromoleculares do sistema, assim como
economizar tempo de clculo.
Os pacotes de Dinmica Molecular baseados numa aproximao clssica
esto fundamentados em duas aproximaes:
1.
As leis de Newton so aplicveis.
2.
O movimento dos eltrons muito mais rpido que o movimento dos

ncleos (Aproximao de Born-Oppenheimer).
Nossos modelos utilizados esto representados por sistemas massa-mola

onde cada tomo representado por sua massa, um raio e uma carga atmica e as
ligaes entre os tomos so representadas por molas (van der Spoel et al., 2005).
As caractersticas do sistema massa-mola esto contidas no campo de fora. As
interaes fsicas entre os tomos so levadas em conta e introduzidas no termo de
energia potencial. A partir do modelo fsico definido pelos parmetros do campo
de foras e a representao da energia potencial, ns vamos utilizar as leis de
Newton para estudar a evoluo das molculas definida pelos vetores de posio e
pelos vetores de quantidade de movimento. Desta forma geraremos ensambles
29
estatsticos de configuraes de tomos e molculas em diversas fases (Berendsen

at al., 1996).
Para se ter uma mdia temporal estatisticamente significativa de um sistema
qualquer com a DM, seriam necessrias acessar todas as possveis configuraes
do sistema e estabelecer a probabilidade de cada estado conformacional. H que
se ter em mente, porm, que neste trabalho estamos aplicando a DM sobre um
sistema envolvendo uma nica macromolcula e por um intervalo de tempo de
poucas dezenas de nanosegundos. Embora no se possa falar neste caso de
ensemble estatstico, a simulao da dinmica de protenas na conformao
biologicamente ativa, nesta escala de tempo, til para obter informaes sobre a
estabilidade da estrutura, transies conformacionais locais e vrias propriedades
de interaes com ligantes. Considerando que protenas expressam sua atividade
biolgica em estados conformacionais prximos ao mnimo global em um funil de
energia livre (Onuchic et al., 2004), espera-se que a probabilidade desses estados
bio-ativos sejam bastante alta em relao ao nmero astronmico de possveis
conformaes desta macromolcula. Mas devemos mencionar que variaces na
estrutura tamben estan relacionadas com a atividade (enzimas).
Em nossos clculos vamos utilizar o pacote GROMACS (van der Spoel et
al., 2005). Os detalhes referentes a representao de energia e parmetros da
simulao so prprios deste campo de foras.
Neste captulo daremos a descrio clssica e explicaremos o hamiltoniano
do sistema, a energia cintica, a energia potencial e a representao das foras,
assim como a aplicao de restries de distncias, tratamentos de contorno, etc.
Tambm veremos os mtodos para a Minimizao de Energia (ME), Dinmica
Molecular, tratamento eletrosttico, superfcies de interao molecular, docking
molecular e a gerao de matrizes de correlao.
No final do captulo veremos a aproximao quntica no clculo de cargas
atravs do mtodo DFT e o formalismo RESP.
2.1
Aproximao Clssica - Funo de interao e equaes de
movimento
Referimos-nos a clculos clssicos como aproximaes onde so vlidas as
leis de Newton. Para descrever corretamente os sistemas devemos estabelecer os
30
graus de liberdade que sero explicitamente tratados e aqueles que sero

implicitamente tratados e incorporados funo de interao.
Dentro de nosso esquema de clculo estamos interessados nos graus de
liberdade de posio das coordenadas dos tomos.
Num sistema clssico o hamiltoniano de um sistema molecular descrito da
seguinte forma:
H ( p, r , m, g ) = V (r , g ) + K ( p, m) (1)
onde V a energia potencial, K a energia cintica, p o momento das partculas, r
a posio, m a massa, e g so parmetros presentes no campo de foras. A energia
cintica est representada da seguinte forma:
N
pi2
mi vi2
K ( p; m ) =
=
2
i =1 2 mi
i =1
N
(2)
e depende das massas e velocidades, e independente das coordenadas r da

partcula. V(r;g) corresponde a energia potencial que descreve a interao em
funo das coordenadas das partculas.
V (r ; x) = V (r1 , r2 ,..rN ; g1, g 2 ,..g N )
(3)
Em geral V(r;g) depende dos parmetros do campo de foras indicados por

g = ( g1, g 2 ,..g N )
, e a soma de termos que representam as distintas interaes no
sistema.
Uma partcula nesse sistema est submetida a uma fora
fi
que tem a
seguinte representao:
fi =
V (r1 , r2 ,..rN )
ri
(4)
Devemos lembrar que as trajetrias dependem unicamente das foras que

agem sobre os tomos, e no explicitamente das energias.
Usamos as equaes de Newton para descrever a evoluo da posio na
seguinte forma:
dri (t )
= vi (t )
dt
(5)
dvi (t )
f
= i
dt
mi
(6)
Na simulao estas equaes so integradas numericamente no tempo.
31
Inclui-se um termo suplementar Vrestr(r), que uma funo de penalidade

(van der Spoel et al., 2003), dentro da funo de interao do sistema que limita o
movimento das partculas de tal forma que o valor simulado da partcula se
aproxima ao valor desejado.
2.2
O Hamiltoniano e a Funo de Interao: Campo de Foras
De uma forma geral a energia potencial no campo de foras pode ser escrito
da seguinte forma (van der Spoel et al., 2005: item 4.1, 4.2 e 4.3):
V (r ; g ) = V bonded (r ; g ) + V no bonded (r ; g ) + V especiais (r ; g )
(7)
Onde Vbonded corresponde aos termos chamados covalentes, Vno
bonded
aos
especiais
termos chamados no ligados (forcas eletrostticas e de van der Waals) e V
aos termos especiais como, por exemplo, as restries de posio e vnculos em

comprimentos e ngulos de ligao.
Assim o Hamiltoniano da equao 1 quedo
descrito por:
H ( p, r , m, g ) = V bonded (r ; g ) + V no bonded (r ; g ) + V especiais (r ; g ) + K ( p, m)
2.2.1
Interaes entre tomos (ou grupos) ligados
Na expresso para Vbonded (r;g)
V bonded = V bond (r ; g ) + V ngulo (r ; g ) + V diedro ( r ; g ) + V improp (r ; g )
(8)
Esta expresso descreve a variao do comprimento das ligaes, a

deformao dos ngulos e as tores devido aos ngulos diedros prprios e
imprprios.
Variao do comprimento das ligaes covalentes entre tomos
A interao entre termos ligados expressa por um potencial de tipo

harmnico, com uma soma feita sobres todas as ligaes covalentes n=1,....Nb.
Nb
Vbond = K bharmonico
(bn bon ) 2
n
n =1
No GROMACS utilizada por razes de eficincia computacional a expresso

para Vbond
32
K bn (bn2 bo2 )
n
Vbond =
4
n =1
Nb
(9)
As unidades para bn bon e para K bn so nm e kJmol-1nm-4, respectivamente.

Onde:
2 K bn =
K bharmonico
bon2
n
2
Deformao dos ngulos nos tomos ligados
A seguinte relao e utilizada no GROMACS para representar o termo de

deformao entre tomos ligados por uma ligao covalente (van der Spoel et al.,
2005)
N
K n (cos n cos on ) 2
n =1
Vangulo =
(10)
Os ngulos so dados em graus e K n em kJmol-1.EKBT, a soma envolve os

ngulos desde n=1,N do sistema molecular.
E K BT = 0.5961575Kcal mol 1 a constante de Boltzmann a 300 K.

Termos de torso, ngulos diedros e imprprios
No campo de fora GROMACS a funo de interao que representa os

termos harmnicos imprprios da deformao dos ngulos diedros (fora do plano,
fora da configurao tetradrica) descrita por:
improp
(r; g ) =
( n on ) 2
n=1
K o
(11)
A soma compreende n=1,...,N definidos para manter os grupos de tomos

vizinhos dentro de uma configurao espacial determinada, por exemplo para
manter os grupos de tomos em um plano como no caso de um anel aromtico.
Em suma, este potencial simula a hibridao de orbitais sp2 ou sp3.
Os termos de toro de ngulos diedros tm a forma (Lindahl et al. 2003):
V
diedro
(r; g ) =
K n [1 + cos( n ) cos(mnn )]
n =1
(12)
33
onde a constante de fora K n , o angulo diedro n e os valores de n e mn esto

limitados aos valores n =0, e mn um inteiro positivo diferente de zero, por
conseguinte cos( n ) = 1 . A soma feita sobre todos os ngulos diedros
n = 1,..,N , selecionados de acordo a topologia da molcula.
2.2.2
Interaes no ligadas
As interaes entre tomos no ligados so descritos por dois termos, VLJ
para as interaes de Lenard-Jones e VCoul para as interaes eletrostticas.
V no bond (r; g ) =
{V
LJ
[rij ,C 12 (i, j ), C 6 (i, j )] + V Coul [rij , qi ,q j , o , 1 , C rf , Rrf ]} (13)
pares nao ligados
Esta soma estendida a todos os pares de tomos (i,j) salvo as excees

citadas adiante (2.3.1).
Interaes de Lenard-Jones
Estas interaes so chamadas tambm de van der Waals. Dentro do campo

de foras GROMOS96 se utilizam os parmetros C6 em kJmol-1nm6 e C12 em
kJmol-1nm12 para a interao entre os tomos i e j a uma distncia rij(nm).
C (i, j ) C (i, j )
V LJ = 12
6
12
6
(rij )
(
r
)
ij
(14)
O primeiro termo em (rij )12 corresponde repulso entre dois tomos, de

tal forma que haja certo grau de superposio de suas nuvens eletrnicas, e cuja
origem esta na repulso entre os ncleos atmicos e no principio de excluso de
Pauli. O segundo termo (rij ) 6 corresponde disperso atrativa de London, a
combinao destes dois fatores d o perfil de energia de interao mostrada na
Fig. 2.1.
Estas equaes levam em considerao as regras para determinar os
parmetros mistos entre dois tomos i e j de tipos diferentes.
34
C12 (i, j ) = C12 (i, i ).C12 ( j , j )

C6 (i, j ) = C6 (i, i ).C6 ( j , j )
Figura 2.1
(15)
Potencial de Lennard-Jones
Interaes eletrostticas
O primeiro termo corresponde s interaes eletrostticas coulombianas e os

outros dois termos correspondem ao campo de reao, o qual simula o efeito de
blindagem causada pelo solvente alm do raio de corte das interaes
coulombianas.
V
Coul _ RF
qi q j 1 C rf (rij ) 2 1 C rf 2
=
4 o 1 rij
Rrf
2 Rrf3
(16)
O campo de reao no GROMACS de tipo Poisson-Boltzmann que leva

em conta os efeitos de fora inica. Neste modelo o exterior de uma esfera de raio
Rrf ao redor de um soluto e modelado por um meio homogneo polarizvel.
2.2.3
Potenciais especiais devido a restries
Existem potenciais especiais devido a restries que so impostas sobre o
sistema para se ter resultados prximos realidade, estes podem ser usados em
casos particulares. Por exemplo, constries sobre a distncia de ligao e
ngulos, ou restries sobre a posio.
Vemos o caso de restrio de posio.
35
N pr
V (r ; g ) = 1 K npr (rn rno ) 2

2
n =1
pr
(18)
Onde pr referido a uma restrio de posio (position restraints), a soma

estendida a todos os Npr tomos selecionados, K npr a constante de fora do
oscilador harmnico e rno a posio de referncia. As outras expresses dos
termos para outros casos de foras especiais podem ser vistas na referncia van
Gunsteren et al., 1996.
2.3
Tratamento das interaes entre tomos no ligados, aproximaes.
2.3.1
Excluso ou modificao de interaes
Chamaremos de primeiros vizinhos (posies 1-2, Fig. 2.3) aos tomos i e j
ligados por uma ligao covalente e de segundos vizinhos aos tomos i e k, se k
est ligado a j (posies 1-3, Fig. 2.3).
Figura 2.3.
Interaes entre primeiros vizinhos (1-2), segundos vizinhos (1-3) e
terceiros vizinhos (1-4)
As interaes entre primeiros e segundos vizinhos no sero tomadas em

conta dentro da soma da equao 13, porque estas interaes so do tipo
harmnico e no so representados por um potencial de tipo Lenard-Jones. Essas
interaes sero levadas em conta na representao dos tomos ligados (2.2.1). As
interaes 1-4 entre terceiros vizinhos podem ser excludas dentro de certos casos,
por exemplo, tomos dentro de um anel aromtico. Mas, com maior freqncia,
36
esta interao tratada reduzindo o dimetro das esferas de van der Waals dos
tomos envolvidos, para evitar colises estricas.
2.3.2
Distncia de corte de interaes no ligadas
A soma da equao 13 se estende a todos os pares de tomos exceto aqueles
excludos pelas consideraes do pargrafo precedente. O nmero de interaes
aumenta com o tamanho do sistema estudado.
Grande parte do tempo de clculo se consome em procurar os pares de
tomos e avaliar suas interaes. Com o objetivo de limitar o tempo
computacional ns utilizamos uma dupla distncia de corte (twin cutoff) alm da
qual as interaes no ligadas (eletrostticas e de van der Waals) so
substitudas pelo campo de reao. No mtodo ilustrado na Fig. 2.4, a interao

dos tomos j com o tomo i no interior da zona I, limitada pelo raio R1c,
calculada a partir das posies instantneas de j para cada passo da dinmica. Se j
se encontra entre R1c < rij < R2c, suas interaes com o tomo i so calculadas a
partir de uma posio fixa promedio durante um nmero de passos Nc.
Figura 2.4
Mtodo da dupla distncia de corte.
Em geral, o mtodo aplicado a grupos de tomos e no a tomos isolados.

Neste caso o espao limitado pelo cut-off igual unio das esferas ao redor de
cada tomo do grupo. No GROMACS estes so chamados grupos de cargas, se
tratando de tomos onde a soma das cargas neutra (ou inteira, por causa dos
ons).
37
2.3.3
Interaes eletrostticas - limites sobre as interaes eletrostticas
As interaes coulombianas so inversamente proporcionais distncia rij
entre os tomos i e j. Em conseqncia, estas interaes so de longo alcance e
no podem ser omitidas para as cargas atmicas parciais da ordem de 0.1 a 0.4 e e
at a distncias de corte tpicas de 8 a 10 Ao. Dois mtodos permitem reduzir os
artefatos devidos ao truncamento de interaes no ligadas. Primeiramente, no se
consideram as componentes de alta freqncia da interao coulombiana na regio
R1c < rij < R2c, como descrito anteriormente. Em segundo lugar, a definio de
grupos de cargas (tomos de H podem se unir a tomos de C e formar um
tomo CH com uma carga que seria a suma das cargas componentes) dentro do
GROMACS nos permite reduzir certas interaes a tipo 1/r3.
2.4
Tratamento das fronteiras
Em toda simulao deve-se levar em conta o tratamento das fronteiras. No
caso de um lquido ou uma soluo, os efeitos de fronteira devem ser reduzidos
com a aplicao de condies peridicas de contorno.
2.4.1
Condies peridicas
Para reduzir os efeitos de fronteira de um sistema finito, ns utilizamos as
condies peridicas de contorno. Os tomos de um sistema so introduzidos
dentro de uma caixa cbica rodeada de imagens idnticas eqidistantes Rcaixa
como se mostra na Fig. 2.5.
38
Figura 2.5
Condies peridicas em duas dimenses, mostrando a vista superior e
frontal (acima e embaixo respectivamente)
O clculo das foras sobre o tomo representado pela esfera cheia dentro da
caixa central se efetua a partir das contribuies de outros tomos desta caixa e
das caixas vizinhas, imagens da caixa central, que se encontram no interior da
distncia de corte Rc. Quando o tomo abandona a caixa por uma face, ele entra
novamente pela face oposta, transladando a distncia Rcaixa, com a mesma
velocidade. A aplicao das condies peridicas de fronteira lembra assim a
ordem dentro de um cristal. Desta forma no h fronteiras no sistema. O artefato
causado por condies indesejadas de um sistema isolado e o efeito de superfcie
so substitudos por condies peridicas.
Para evitar que uma molcula possa interagir com uma ou mais de suas
imagens, a menor dimenso da caixa deve exceder em duas vezes a distncia de
corte:
Rcaixa > 2 Rc
(19)
Quando uma macromolcula estudada em soluo esta restrio no

suficiente. Em princpio, uma nica molcula de solvente no deve interagir com
ambos os lados da macromolcula. Isto significa que o comprimento de um
determinado lado da caixa deve exceder o comprimento da macromolcula na
39
mesma direo mais duas vezes o raio de corte Rc. Uma estratgia comum fazer
a camada de solvatao o quanto menor para reduzir o custo computacional,
respeitando-se o estabelecido acima.
2.5
Gerao da topologia, coordenadas atmicas e adio do solvente
2.5.1
Topologia do Sistema
Para que os programas de simulao reconheam as molculas, ns
devemos fornecer informaes sobre as ligaes entre tomos, constituio de
cada molcula, massas e cargas a utilizar. Este conjunto de dados conhecido
como a topologia do sistema. No GROMACS o mdulo pdb2gmx permite gerar
topologias a partir de uma biblioteca j existente. As topologias assim geradas

reproduzem valores consistentes com os experimentos quando se trata de
protenas. Este mdulo no aplicvel quando o ligante no se encontra na
biblioteca do GROMACS ou de complexos organometlicos (exceto o heme).
O GROMACS possui a topologia da gua pr-estabelecida. Como as
molculas de gua so todas idnticas, s necessria a topologia de uma s
molcula.
2.5.2
Colocando o soluto numa caixa de gua
Para o clculo em soluo o soluto (porfirina, HSA e HSA-porfirinas) deve
ser inserido numa caixa de gua e ons Na+ e CL- para tentar simular o meio
fisiolgico. Este sero reproduzido periodicamente dentro das trs dimenses, tal
como mostrado na figura abaixo.
40
Figura 2.7
A molcula Heme numa caixa de gua (Grfico realizado com o programa
VMD)
As dimenses da caixa Rcaixa devem ser escolhidas em funo das dimenses

dos solutos para evitar os artefatos no clculo. Para construir esta caixa de
simulao o soluto deve ser localizado no centro de um cubo constitudo de uma
concatenao de n3 molculas de solvente.
2.6
Mecnica e Dinmica Molecular
2.6.1
Minimizao de energia
A mecnica molecular nos permite minimizar a energia calculada a partir da
equao (7) com o objetivo de obter as configuraes do sistema no estado
fundamental e de reduzir as foras iniciais muito grandes que poderiam produzir
trajetrias sem sentido fsico.
Mas atingir o mnimo absoluto impraticvel pelas numerosas
conformaes que uma protena pode apresentar. O mtodo steepest-descent
permite encontrar o mnimo local mais prximo da superfcie de energia potencial
(Fig. 2.8), j o mtodo dos Gradientes Conjugados encontra o mnimo de energia
41
de maneira mais rpida, aproximando-se mais ao mnimo absoluto. A seguir
mostraremos os dois mtodos:
Figura 2.8
Superfcie de energia potencial: Dependendo da configurao inicial da
protena ela percorre diferentes caminhos at o mnimo de energia mais prximo ao

absoluto.
O primeiro mtodo utilizado nos nossos clculos o mtodo steepestdescent (Courant, 1943). Os n+1 passos de minimizao so feitos com base no
clculo das forcas f(tn) a partir da derivada da equao (7) para a configurao
r(tn) dada, e do clculo da configurao seguinte r(tn+1) com um passo x.
r (t n+1 ) = r (t o ) + N n xf (t n )
(19)
Nn um fator de normalizao. Ao incio do clculo um valor inicial de x

dado. Nos passos da simulao, se V(r) decresce ento x deve aumentar, se V(r)
aumenta, x diminui. Assim, este mtodo permite descer rapidamente para perto
de um mnimo local, mas isso no assegura a convergncia.
No caso do mtodo dos Gradientes Conjugados (Fletcher et al., 1964), a
fora (o gradiente) f(tn+1) calculada em cada iterao a conjugada da precedente
para determinar o vetor unitrio p(tn+1) da direo descendente sobre a
hipersuperficie energtica.
p (tn +1 ) = f (t n +1 ) + n p (t n )
(20)
42
n =
< f (t n +1 ) | f (t n +1 )
< f (tn ) | f (t n ) >
(21)
O passo de minimizao smin escolhido levando em conta o gradiente da

iterao precedente. Isto o que permite a otimizao do mtodo com relao ao
mtodo steepest-descent. A nova configurao obtida por:
r (t n +1 ) = r (tn ) + smin p (tn )
(22)
O critrio de convergncia feito sobre um nmero, a fora mxima que

atua por tomo. No nosso caso, esse critrio (emtol = 100 kcal.mol-1.-1, Fora
mxima por unidade de mol aplicada a um tomo ou grupo no Gromacs)
geralmente obtido aproximadamente em 5000 iteraes, segundo a complexidade
do sistema. Geralmente uma minimizao de energia feita primeiro pelo mtodo
steepest-descent e depois pelo mtodo dos Gradientes Conjugados.
2.6.2
Dinmica Molecular
Princpios
As simulaes de dinmica molecular a partir de uma funo de energia

emprica, como dada na equao (7), so amplamente utilizadas para estudar a
estrutura, a dinmica e aspectos termodinmicos de sistemas moleculares no
equilbrio e fora dele. As equaes de movimento dos tomos so integradas no
tempo. Para realizar estas integraes o GROMACS utiliza o algoritmo de leap-
frog. Numa simulao de DM a energia total E sempre constante. Alm disso, o

nmero de tomos N e o volume V da caixa so fixos. Assim, estas simulaes se
desenvolvem no formalismo de um ensemble microcannico (N,V,E). s vezes
prefervel manter a temperatura constante, mais que a energia, sendo estas
simulaes de tipo (N,V,T). Em outros casos vantajoso simular o sistema
presso constante em vez de volume constante, sendo estas simulaes do tipo
(N,P,T). Para as simulaes (N,V,T) ou (N,P,T) necessrio acoplar o sistema
molecular a um banho trmico ou um banho de presso respectivamente.
Algoritmos de Verlet e Leap-frog
Os dois algoritmos so equivalentes, em seguida descreveremos o algoritmo

de Verlet (Verlet, 1967).
43
A partir da diferena das sries de Taylor das velocidades vi(tn-t/2) a t=tn e

vi(tn+t/2) a t=tn ns obtemos:
vi (tn + t / 2) = vi (tn t / 2) + mi1 f i (t n )t
(23)
na qual desprezamos os termos de 3a ordem e ordens superiores. Da mesma

forma, fazendo as diferenas entre as sries de Taylor das posies em ri(tn) a
t=tn+t/2 e ri(tn+ t) a t=tn+t/2 dando o seguinte:
ri (tn + t ) = ri (tn ) + vi (tn + t / 2)t
(24)
Estas duas equaes permitem a integrao no tempo conforme mostrado no
esquema da figura 2.9.
Figura 2.9
Integrao das equaes de movimento no algoritmo de leap-frog
Para deduzir o algoritmo de Verlet, devem-se eliminar as velocidades nas

equaes 23 e 24 e substituir tn por tn-t na equao 24, obtendo-se
ri (t n + t ) = 2ri (t n ) r (t n t ) + mi1 f i (t n )(t ) 2
(25)
A particularidade do algoritmo que a velocidade dos tomos no aparece

explicitamente na equao, e assim um banho trmico por acoplamento de
velocidades no possvel.
O tempo de clculo necessrio proporcional ao passo de integrao t. O
passo de tempo deve ser menor que o menor perodo de vibrao do sistema para
poder desta forma representar adequadamente o movimento do sistema. Em geral
so as vibraes X-H que limitam t a 10-15s= 1fs (as vibraes nos tomos de
hidrognio se da em intervalos de femtosegundo).
44
2.7
Controle da temperatura
H muitos mtodos para o controle da temperatura nas simulaes de DM.
Um mtodo simples que ns utilizamos no nosso sistema o Mtodo de
Acoplamento Fraco (weak coupling method) (Berendsen, 1991) onde a equao
de movimento dos tomos modificada a fim de obter uma relao de primeira
ordem da temperatura T perto da temperatura de referncia To .
dT (t )
= T1[To T (t )]
dt
(26)
A temperatura de um ensemble de Ndf graus de liberdade definida em

termos da energia cintica desses graus de liberdade. O controle da temperatura
pode se realizar por uma modificao das velocidades dos tomos por um fator de
correo (t)
(t ) = [1 +
1
t To
[
1]] 2
T T (t )
(27)
A velocidade de relaxao da temperatura controlada pelos tempos de

relaxao da temperatura T Este parmetro ajustado em funo do sistema,
T deve ser suficientemente pequeno (acoplamento forte) para manter a

temperatura mdia em To, mas suficientemente grande (acoplamento fraco) para
evitar perturbar o sistema.
Diferentes partes de um sistema molecular podem apresentar diferentes
tempos de aquecimento. Por conseguinte, prefervel acoplar as diferentes partes
de um sistema separadamente aos banhos trmicos. Acoplando cada um dos trs
subsistemas protena, ligante e solvente a trs banhos trmicos com a mesma
temperatura de referncia To (310 K em nosso caso), garante-se uma distribuio
de velocidades tal que nenhum dos subsistemas estar mais quente ou mais frio
em relao temperatura mdia global.
2.8
Controle da Presso
O controle da presso realizado por um mtodo de acoplamento fraco
(Berendsen, 1984) como o controle da temperatura, mas neste caso a presso faz o
papel da temperatura e as posies atmicas das velocidades. As equaes de
45
movimento so modificadas para obter a presso de relaxao P, numa

aproximao de primeira ordem perto do valor de referncia Po.
dP (T )
= P1[ Po P (t )]
dt
(28)
A presso pode ser definida usando o teorema do virial,

Ekin (t ) W (t )
P (t ) = 2
3
V (t )
(29)
Onde W(t) o virial e V(t) o volume da caixa de simulao e Ekin(t) a energia

cintica do sistema. O virial molecular definido por:
W (t ) = 1
NN
R (t ) F (t )
(30)
<
Com R sendo a distncia entre os centros de massa das molculas e
no instante t e F a fora sobre o centro de massa de sobre . Como a presso

temperatura constante est relacionada ao volume pela compressibilidade
trmica T , o acoplamento efetuado por um ajuste das coordenadas atmicas e o
tamanho da caixa de simulao por um fator de correo . Neste caso o ajuste
isotrpico obtido por
(t ) = [1 T
[ Po P (t )]] 3
(31)
O valor de T para a gua, utilizado 44,6 x 10-6 bar-1[92]. Como o tempo

de relaxao da presso P um parmetro adaptvel, no necessrio conhecer
o valor de T do sistema com exatido. P foi escolhido considerando o valor
para o gua (que o sistema com maior mobilidade).
Como a definio da presso depende da energia cintica, o acoplamento da
presso no dever ser mais forte que o da temperatura.
P T
(58)
Para nosso clculo, ns utilizamos um valor de 1.0 ps e uma presso de

referncia de 1 atm.
46
2.9
Funo de distribuio radial
Para a correta descrio da posio mdia das partculas em soluo, usamos
a funo de distribuio radial g(r) (Funtion radial distribution -FDR). Calculamos
unicamente a funo normalizada por pares cortada pela funo g(r), a qual nos d
uma medida de como a matria est se distribuindo ao redor do tomo ou grupos
de tomos de interesse.
g ij (r ) =
N (r + dr ) N (r )
4 ((r + dr ) 3 r 3 )
3 j
(32)
O clculo de g ij (r ) envolve a densidade dos tomos j e o nmero mdio

N(r) de tomos j dentro de uma esfera de raio r ao redor do tomo i (Fig. 2.10) e
leva em conta as correlaes na distribuio das molculas provenientes das
foras que elas exercem umas sobre as outras.

Quando g(r) =1 no existe correlao entre as molculas e no se exerce
influncia uma sobre outra. A Energia Livre de Helmholtz pode ser escrita na
forma de um potencial de Campo Mdio (PCM), definido como W(r)= - kT ln g(r)
e usado para determinar a hidropaticidade. Se W(r) < 0 (g(r) > 1) o potencial
atrativo (comportamento hidroflico), e repulsivo no caso contrario (g(r) < 1,
comportamento hidrofbico) (Manfred, 1996)
O nmero de tomos contido numa camada obtido por integrao da
funo 4r2g(r) na largura da camada, adicionalmente a amplitude g(r) distncia
r, necessrio analisar os tipos de interao entre tomos e molculas. Em grupos
polares, por exemplo, uma ligao de hidrognio acontecendo no limite de r =
0.35 nm conectando doador e aceitador com um ngulo de tolerncia hidrogniodoador-aceitador de 30o.
A avaliao da FDR e os enlaces de hidrognio mostram a possvel
localizao das camadas de gua ao redor de cada tomo presente na molcula,
permitindo-nos analisar o padro hidrofbico em cada forma pontual e total.
47
Figura 2.10
Funo g(r) mostrando a distribuio da matria em torno do tomo central
(azul).
2.10
Modelo para a gua
A gua importante em todos os processos da vida conhecida na Terra. Ns

somos 80% gua e, por conseguinte muito do xito que se possa conseguir numa
simulao de DM vai depender do modelo de gua utilizado. Alm disso, a gua
tem propriedades especificas que no so facilmente reproduzidas na simulao
(efeito tnel nos tomos de hidrognio a T ambiente), e dependendo dos
fenmenos a estudar, eles poderiam ser desprezados. Uma dessas propriedades
especficas a dependncia da densidade com a temperatura, a qual alcana um
mximo perto de ~ 4 oC.
Os nveis de detalhe no modelo da gua passam desde os modelos de
solvatao contnua at os modelos de solvente explcito (Fig. 2.11).
Nvel de detalhe
Figura 2.11
Modelos de solvente implcito (esquerda), modelos de solvente explicito
(direita) (Grfico obtido e modificado de http://agave.wustl.edu/)
48
2.10.1
O modelo SPC (Single Point Charge)
Para determinar as interaes entre as molculas de gua existem vrios
modelos, uns dos mais sucedidos por sua simplicidade e eficincia computacional,
usado em nosso caso, o modelo SPC (Berendsen et al., 1981) o qual contem o
efeito das cargas. No modelo SPC a molcula de gua tem trs centros de carga:
as cargas positivas dos tomos de hidrognio e a carga negativa do oxignio,
sendo um modelo de 3 stios.
O fato de assumir cargas pontuais uma aproximao que no reproduz de
maneira correta o momento dipolar da molcula. Para tentar reproduzir o
resultado experimental, este modelo considera o ngulo HOH 109.47o, como
se mostra na Fig. 2.12.
Figura 2.12
Molcula de gua no modelo SPC. A carga parcial negativa do tomo de
oxignio tem duas vezes a carga parcial positiva dos tomos de hidrognio.
Resultado da concentrao da carga e do redimensionamento do ngulo

HOH , o momento dipolar no modelo tem um valor prximo ao valor
experimental. A mobilidade da gua no modelo maior que a mobilidade da gua
na natureza, pois no contm o par de eltrons isolados (eltrons do oxignio). No
entanto, este efeito decresce rapidamente com a temperatura.
Alm do modelo SPC, existem muitos que consideram efeitos de
polarizao, mediante tomos fantasmas, para tentar reproduzir os efeitos dos
orbitais eletrnicos do oxignio, etc.
O momento dipolar efetivo de uma molcula de gua em fase liquida
aproximadamente 2,6 D. Os modelos reproduzem os seguintes valores: SPC, 2.27
D e TIP4P, 2.18 D (modelo de quarto stio, localiza uma carga negativa sobre um
49
tomo fantasma perto do oxignio ao longo do bissetor do ngulo HOH)

(http://en.wikipedia.org/wiki/Water_model).
Propriedades estruturais e termodinmicas tais como a densidade, funo de
distribuio radial, entalpia de vaporizao, capacidade calorfica, coeficiente de
difuso e constante dieltrica so usadas para ajustar os parmetros destes
modelos.
O modelo SPC um modelo rgido, por conseguinte algumas propriedades
da gua no podem ser calculadas. Por exemplo, os aspectos vibracionais s
podero ser calculados se forem inseridos termos de flexibilidade na funo de
energia potencial.
Finalmente um fator importante no momento de escolher o modelo o custo
computacional. Deve-se tomar em conta que no processo da solvatao do
sistema, uma quantidade aprecivel de gua inserida no mesmo. Um modelo
extremamente fino poderia tornar muito custosa a simulao.
2.11
Tratamento eletrosttico da protena
O tratamento eletrosttico nos d informao a respeito dos aspectos
funcionais das diferentes regies da protena, sobre a posio dos stios de
interesses, sobre o componente eletrosttico na energia de ligao do ligante, etc.
A grande maioria dos aminocidos que constituem uma protena interage
atravs de foras de longo alcance, essencialmente de natureza eletrosttica. Os
campos eltricos gerados por protenas estendem-se significativamente a uma
distncia de 10-15 , dependendo de condies de temperatura, solvente e carga
eltrica da protena (em maiores distncias, as flutuaes trmicas aleatrias do
solvente predominam sobre grande parte do efeito que o campo eltrico da
protena pode exercer).
Desta forma, para entender as foras de atrao-repulso entre biomolculas
necessrio compreender as leis da eletrosttica que regem as interaes
intermoleculares. Os fundamentos da fsica eletrosttica so bem estabelecidos e
podem ser expressos concisamente por equaes relativamente simples. Contudo,
a aparente simplicidade destas equaes esconde algumas dificuldades conceituais
e numricas da aplicao das mesmas ao estudo de sistemas complexos. Este um
50
problema relevante devido vasta quantidade de estruturas tridimensionais de

biomolculas disponveis recentemente.
2.11.1
Aplicao da Equao de Poisson-Boltzmann para o clculo de
energias eletrostticas em protenas
Um sistema biomolecular sempre est rodeado de um meio o qual pode

estar composto de ons, estes ons interagem eletrostaticamente com a
biomolcula a qual poderia tambm ter carga eltrica.
Uma das aproximaes que tem descrito com sucesso as interaes
eletrostticas em sistemas biomoleculares a equao de Poisson-Boltzmann

(http://bessie.che.uc.edu/tlb/rctb6/rctb6.html).
r
r
r
r r r
r
r
r
q ( r )
q ( r )
.( (r ) (r )) = 4 [ (r ) + qn+ exp[(
) v(r )] qn exp[(+
) v(r )]]
k BT
k BT
(33)
Onde o primeiro termo a direita da igualdade representa a contribuio pelas
cargas fixas na biomolcula e os outros termos representam a contribuio dos
ons mveis positivos e negativos respectivamente.
(r) : A constante dieltrica
(r) : Potencial eletrosttico
(r) : Densidade de cargas na biomolcula
q: Carga de cada on positivo ou negativo
n : Densidade inica
kB : Constante de Boltzmann
v(r): 0 ou em regies accessveis ou inacessveis para o on.
Na aproximao de campo fraco, considerando-se um conjunto de cargas

em um meio de constante dieltrica uniforme e de baixa fora inica, a equao
33, pode ser escrita na forma a seguir:
51
r
r
r
r
. [ ( r ) ( r )] = k 2 ( r ) 4 ( r )
Figura 2.13
(34)
Modelo para clculo da superfcie eletrosttica na equao de Poisson-
Boltzmann (Grfico obtido de http://agave.wustl.edu/)
Onde k a constante de Debye-Hckel ou blindagem inica do meio. A forma da

interface dieltrica e a excluso de ons contidos no interior da protena so
introduzidos no clculo atravs da dependncia das constantes e k do vetor r. Em
condies onde k = 0, ons esto ausentes e a Equao (34) pode ser reduzida
equao de Poisson. Devido diferena de polarizabilidade da gua e do interior
da protena, duas constantes dieltricas e p so necessrias para representar
realisticamente o sistema (ver Fig. 2.14).
Figura 2.14
Constantes dieltricas que caracterizam os diferentes meios nos quais se
aplica a equao de Poisson-Boltzmann (Grfico obtido e modificado de

http://agave.wustl.edu/).
52
2.12
Superfcies de interao molecular
Superfcie acessvel ao solvente
A superfcie acessvel ao solvente (SAS) de uma biomolcula uma forma

de quantificar o efeito hidrofbico, este conceito tem sua origem no trabalho de
Lee e Richards (Lee et al., 1971) no ano 1971. A rea acessvel ao solvente
descreve a rea na qual o contato entre a protena e o solvente ocorre.
A SAS definida como o lugar geomtrico dos centros de uma esfera de
prova (representando a molcula do solvente) como se esta rodasse sobre uma
superfcie de van der Waals da protena (Fig. 2.15).
Superfcie molecular (ou superfcie excluda do solvente)
A superfcie molecular (SM) traada pela frente interna da esfera de prova

(Fig. 2.15). Est composta de:
Superfcie de contato: a parte da superfcie de van der Waals que

pode ser tocada pela esfera de prova.
Superfcie reentrante: formada pela frente interna da esfera de prova

quando esta est em contato com mais de uma molcula.
Figura 2.15
Esquema grfico que mostra as definies de SAS e SM.
53
2.13
Docking Molecular - Algoritmo Gentico
Nos estudos de docking fizemos uso do programa AUTODOCK (Morris
et al., 1998), que utiliza o Algoritmo Gentico (do ingls, Genetic Algorithm,
GA), para otimizar a interao e descobrir os possveis stios de ligao entre as
porfirinas e o HSA. No programa AUTODOCK tambm foi implementado um
algoritmo gentico modificado que introduz passos de busca conformacional local
entre cada passo, possibilitando que as mudanas fenotpicas (adaptaes
conformacionais da molcula ao ambiente) possam ser adquiridas pelas prximas
geraes. Este hbrido do Algoritmo Gentico chamado de Algoritmo Gentico
Lamarchiano (do ingls, Lamarchian Genetic Algorithm, LGA). O mtodo de
busca local utilizado baseado no algoritmo de otimizao de Solis e Wets (SW)
(Solis e Wets, 1981).

Na terminologia desses algoritmos, uma soluo candidata chamada de
indivduo e ao conjunto de indivduos simultaneamente avaliados dado o nome
de populao. Inicia-se com uma populao de conformaes, orientaes e
translaes randmicas do ligante. Ento o programa executa o nmero de
avaliaes energticas e geraes (iteraes) requisitadas pelo usurio e seleciona
os indivduos sobreviventes (os melhores adaptados). Uma taxa de mutao e
cruzamento especificada e introduzida no problema a fim de possibilitar uma
melhor adaptao das geraes futuras (Sousa, 2005). Mais detalhes sobre o
Algoritmo Gentico implementado podem ser encontrados no prprio manual do
AUTODOCK.
2.14
Correlao em dinmica de biomolculas
Movimentos correlacionados em sistemas moleculares so essenciais para a
funo biomolecular, exemplos so os efeitos alostricos e efeitos cooperativos.
Muitas vezes a funo energtica da protena dominada por contribuies
entrpicas que esto diretamente relacionadas a movimentos atmicos
correlacionados (Lange et al., 2006). A correta compreenso destes movimentos
54
correlacionados importante para o entendimento da funo da protena e poderia

melhorar a interpretao dos experimentos de NMR e espalhamento de raios X.
Correlao uma forma de medir quanto associadas ou relacionadas esto
duas variveis. O propsito de fazer correlaes fazer predio acerca de uma
varivel baseada no conhecimento de outra varivel
Coeficientes de Correlao Generalizada
Os coeficientes de correlao generalizada esto baseados na formulao da

Mutua Informao de Kraskov, e residem na definio fundamental de
independncia de variveis aleatrias. A descrio que daremos sta baseada no
trabalho desenvolvido por ele no ano 2004 (Kraskov et al., 2004). Segundo este
trabalho duas variveis so independentes se e somente se a distribuio do
conjunto um produto de suas distribuies marginais,
P ( X , Y ) = P ( X ) P (Y )
(35)
a idia expressar a correlao como a diferena entre P(X,Y) e P(X)P(Y) (ver

Fig 2.16).
Figura 2.16
Correlao de variveis aleatrias so definidas como a desviao de sua
distribuio de probabilidade (cinza) da distribuio de probabilidades das variveis

aleatrias independentes (preto). (Grfico obtido de Lange et al., 2006)
Isto equivale a definir a correlao C como a entropia de Shannon

(correlao total) (Lange et al., 2006).
C[ X , Y ] = H [ X ] + H [Y ] H [ X , Y ]
(36)
55
onde H denota a entropia das variveis aleatrias. Esta relao equivalente a:

H [ X , Y ] H [ X ] + H [Y ]
(37)
a qual uma igualdade se e somente se as variveis so independentes. Pode-se

observar que quando no existe correlao entre as variveis X e Y, C[X,Y]=0,
caso contrrio tem um valor positivo.
A matrix de correlaco esta formado pelos coeficientes de corrrelaco e nos
forneceria informaco sobre como estan relacionadas as diferentes regiones da
proteina.
2.15
Aproximao Quntica - Teoria do Funcional de Densidade ( DFT)
Porque usamos o mtodo DFT (do ingls Density Funtional Theory) em
nossos clculos com as Porfirinas?

A aproximao de Hartree - Fock (HF) descreve a funo de onda de N
eltrons por um determinante simples construdo de orbitais ocupados, os quais
so variacionalmente determinados minimizando-se a energia. Este clculo no
incorpora a correlao eletrnica e no adequado para descrever compostos com
metais de transio (Margulis et al., 2002).
A preciso do mtodo DFT comparado com HF muito melhor (Ghosh et
al., 2003; Himo et al., 2003, Siegbanhn et al., 2000). Neste tipo de clculo, a
densidade eletrnica tem um papel central porque a energia e as propriedades
moleculares so derivadas da densidade. A expresso para a energia incorpora a
correlao eletrnica atravs do termo de correlao de intercmbio. A aplicao
do DFT precisa de um funcional de intercmbio adequado e de uma base
adequada. Na literatura h muitos funcionais desde a Aproximaco de Densidade
Local (local density approximation, LDA), passando por funcionais de gradiente
corrigido (generalized gradient approximation, GGA) e funcionais hbridos (com
mistura de HF e termos de intercmbio) para formas mais avanadas.
Alguns destes funcionais so derivados de primeiros princpios, outros
envolvem uma calibrao semi-emprica ajustada a dados tericos ou
experimentais. Na prtica, funcionais de gradiente corrigidos tais como BP86,
BLYP e BPW91 so aplicados adequadamente a espcies enzimticas. Sem
dvida, os funcionais hbridos como B3LYP ou B3PW91 (Ghosh et al., 2003;
56
Himo et al., 2003) esto entre os mais usados. Em particular, B3LYP tem tido
xito ao reproduzir valores experimentais de entalpias de formao com desvio
mdio absoluto de 3 kcal.mol-1 (Curtiss et al., 2000). B3LYP clcula muito bem
um nmero de outras propriedades (Siegbanhn et al., 2000) ainda que no
reproduza bem as barreiras de reao. B3LYP geralmente o mtodo preferido
para um clculo DFT em sistemas biolgicos e na investigao de precursores e
derivados do heme (Ghosh et al., 2003; Himo et al., 2003).
2.15.1
Introduo DFT
A teoria do Funcional de Densidade est baseada na noo de que a
energia total, E, de um sistema eletrnico determinado pela distribuico da
densidade eletrnica.
Os tempos de computao nos diferentes mtodos baseados em HF escalam

como n4 a n6 onde n o nmero de eltrons no sistema estudado. Neste aspecto, o
mtodo DFT mais bem sucedido porque tem a vantagem de o tempo de
computao escalar com ~ n3.
Os mtodos ab initio baseados no formalismo HF do precises de 0,2
para as distncias de ligao, mas estes mtodos tm sido menos bem sucedidos
nos clculos que envolvem metais de transio (Lthi et al., 1982). Os parmetros
geomtricos calculados por mtodos DFT tm mostrado, h mais de duas dcadas,
uma razovel aproximao com os experimentos atravs das distncias de ligao
(Dunlap et al., 1986).
A Teoria do Funcional de Densidade uma aproximao de muito xito
para a descrio de estados fundamentais de metais, semicondutores, molculas,
etc.
A idia principal descrever um sistema de frmions interagentes via
densidade e no via funo de onda de muitos corpos. Para N eltrons em um
slido, que obedecem ao princpio de Pauli, isto significa que a varivel bsica
dos sistemas depende das coordenadas espaciais x, y, e z em vez de 3N graus de
liberdade (aproximao de Thomas-Fermi). Desta forma, a energia total passa a
ser escrita como um funcional E[(r)].
A DFT considera o termo de correlao eletrnica no potencial. Os eltrons
se movem tentando evitar a interao eletrnica e assim existem zonas dentro das
57
quais os eltrons no podem penetrar. Isto chamado o buraco da correlao de

intercmbio e vai dar o termo de intercmbio (Energia de Intercmbio) (Ziegler et
al., 1991; Gritsenko et al., 1997).
2.15.2
Descrio da teoria
Os mtodos tradicionais esto baseados nas funes de onda de muitos
eltrons, uma das ventagems do metodo DFT substituir a funo de onda
eletrnica de muitos corpos pela densidade eletrnica. A implementao mais
comum da teoria atravs do mtodo de Kohn-Sham (Kohn et al., 1965), que
reduz o sistema a um conjunto de eltrons interagentes num potencial efetivo. O
potencial efetivo inclui o potencial externo e a interao de Coulomb. Modelar as
ltimas duas interaes o problema, sendo a aproximao mais simples a
aproximao de densidade local (Local density aproximation, LDA), a qual est

baseada na energia de intercmbio de um gs de eltrons.
No entanto, esta aproximao no precisa o suficiente para os clculos
necessrios em qumica quntica e necessrio adicionar outros termos ao
potencial efetivo. Isto especialmente certo quando os sistemas so dominados
pela foras de van der Waals ou quando a disperso compete significativamente
com outros efeitos (em biomolculas).
2.15.3
Descrio matemtica
O presente item est baseado na informao disponibilizada em
http://en.wikipedia.org/wiki/Density_functional_theory.
No formalismo DFT, a varivel chave a densidade eletrnica
dada por:
r
r r
r
r r
v
n(r ) = N d 3 r2 d 3 r3 .... d 3 rN * (r , r2 ,...., rN ) (r , ,r2 ,...,rN )
, que
(38)
Hohenberg e Kohn provaram em 1964 (Hohenberg et al., 1964) que a

funo de onda no estado fundamental
funcional da densidade eletrnica
funcional de
o = o [ no ]
(39)
podia ser escrita como um

.Em outras palavras que
um nico
58
Disto se deriva que a energia no estado fundamental, abaixo, um funcional

de
, onde T e U so a energia cintica e potencial do sistema e V o potencial
externo:
E o = E[no ] =< o [no ] | T + V + U | o [no ] >
Onde a contribuio do potencial externo dada por
O Potencial redefinido por um potencial no interagente, onde s denota o
sistema no interagente e V o potencial efetivo no qual as partculas se esto
movendo. V escolhido tal que:
Vs = V + U + (T Ts )
(40)
De tal forma que o funcional na equao pode ser escrito em termos de um

funcional fictcio de um sistema no interagente
E s [n] =< s [n] | Ts + V s | s [n] >
(41)
Desta forma as equaes de Kohn-Sham so resolvidas um sistema sem

interao.
O potencial efetivo Vs pode ser escrito em mais detalhe:
r
e 2 ns (r ' ) 3 '
r
Vs = V + r r ' d r + V XC [n s (r )]
(42)
|r r |
Onde o segundo termo direita denota o termo de Hartree descrevendo a
repulso de Coulomb eltron-eltron, e o ltimo termo denota o potencial de
correlao de intercmbio VXC.
Aqui VXC inclui todas as interaes de muitas partculas. O clculo
autoconsistente pelo fato de que o termo de Hartree e VXC depende de n(r), o qual
depende de
, que por sua vez depende de
2.15.4
O Mtodo RESP (Restrained Electrostatic Potential)
Como resultado de um clculo quntico, ns obtemos o potencial
eletrosttico (ElectroStatic Potential - ESP). a partir do ESP que se gera a
distribuio das cargas nas molculas.
59
Fig 2.17 Esquema representando a obteno das cargas a partir do ESP para o heme
(as cargas mostradas so s ilustrativas, o grfico foi gerado com o VMD).
Existem diferentes metodologias para gerar cargas atravs do ESP, sendo

que entre as mais bem sucedidas esto:
O mtodo CHELPG (CHarges from ELectrostatic Potential using a

Grid based method, (Breneman et al., 1990))
O mtodo RESP (Bayly et al., 1993)
No caso de sistemas nos quais existem tomos fortemente blindados

(chamados de tomos ocultos) como o ferro no centro do anel porfirnico, o
mtodo CHELPG falha. Entre as falhas do mtodo CHELPG esto a
superestimao ou subestimao das cargas de tomos ocultos e a variao da
distribuio das cargas com a conformao da molcula (Bayly et al., 1993).
J o mtodo RESP diminui a variabilidade da distribuio das cargas com a
conformao e estima melhor as cargas dos tomos ocultos. O mtodo RESP
envolve uma aproximao em dois nveis de clculo, onde as cargas dos tomos
como os hidrognios metil so foradas a ser equivalentes at o segundo nvel do
clculo. Neste ponto estas cargas so reajustadas, enquanto que as cargas dos
outros tomos so mantidas nos valores do primeiro nvel (Bayly et al., 1993).
Os resultados baseados no mtodo RESP do valores concordantes com a
energia conformacional para pequenas molculas e tambm reproduzem
corretamente as energias livres de solvatao (Wang et al., 2000).

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O desenvolvimento deste captulo nos itens 2.1-2.4 e 2.6-2.9 est baseado

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mais complexos a matria composta de tomos e molculas pode ser descrita de

As leis de Newton so aplicveis.

O movimento dos eltrons muito mais rpido que o movimento dos

Nossos modelos utilizados esto representados por sistemas massa-mola

estatsticos de configuraes de tomos e molculas em diversas fases (Berendsen

graus de liberdade que sero explicitamente tratados e aqueles que sero

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e depende das massas e velocidades, e independente das coordenadas r da

V (r ; x) = V (r1 , r2 ,..rN ; g1, g 2 ,..g N )

Em geral V(r;g) depende dos parmetros do campo de foras indicados por

, e a soma de termos que representam as distintas interaes no

Devemos lembrar que as trajetrias dependem unicamente das foras que

Na simulao estas equaes so integradas numericamente no tempo.

Inclui-se um termo suplementar Vrestr(r), que uma funo de penalidade

Onde Vbonded corresponde aos termos chamados covalentes, Vno

termos chamados no ligados (forcas eletrostticas e de van der Waals) e V

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aos termos especiais como, por exemplo, as restries de posio e vnculos em

Assim o Hamiltoniano da equao 1 quedo

Esta expresso descreve a variao do comprimento das ligaes, a

A interao entre termos ligados expressa por um potencial de tipo

No GROMACS utilizada por razes de eficincia computacional a expresso

As unidades para bn bon e para K bn so nm e kJmol-1nm-4, respectivamente.

Deformao dos ngulos nos tomos ligados

A seguinte relao e utilizada no GROMACS para representar o termo de

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Os ngulos so dados em graus e K n em kJmol-1.EKBT, a soma envolve os

E K BT = 0.5961575Kcal mol 1 a constante de Boltzmann a 300 K.

No campo de fora GROMACS a funo de interao que representa os

A soma compreende n=1,...,N definidos para manter os grupos de tomos

onde a constante de fora K n , o angulo diedro n e os valores de n e mn esto

[rij ,C 12 (i, j ), C 6 (i, j )] + V Coul [rij , qi ,q j , o , 1 , C rf , Rrf ]} (13)

pares nao ligados

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Esta soma estendida a todos os pares de tomos (i,j) salvo as excees

Estas interaes so chamadas tambm de van der Waals. Dentro do campo

O primeiro termo em (rij )12 corresponde repulso entre dois tomos, de

C12 (i, j ) = C12 (i, i ).C12 ( j , j )

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O primeiro termo corresponde s interaes eletrostticas coulombianas e os

O campo de reao no GROMACS de tipo Poisson-Boltzmann que leva

V (r ; g ) = 1 K npr (rn rno ) 2

Onde pr referido a uma restrio de posio (position restraints), a soma

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Interaes entre primeiros vizinhos (1-2), segundos vizinhos (1-3) e

terceiros vizinhos (1-4)

As interaes entre primeiros e segundos vizinhos no sero tomadas em

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substitudas pelo campo de reao. No mtodo ilustrado na Fig. 2.4, a interao

Mtodo da dupla distncia de corte.

Em geral, o mtodo aplicado a grupos de tomos e no a tomos isolados.

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GROMACS nos permite reduzir certas interaes a tipo 1/r3.

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Condies peridicas em duas dimenses, mostrando a vista superior e

frontal (acima e embaixo respectivamente)

Quando uma macromolcula estudada em soluo esta restrio no

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topologias a partir de uma biblioteca j existente. As topologias assim geradas

A molcula Heme numa caixa de gua (Grfico realizado com o programa

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