N�o obstante ter perdido muito do seu protagonismo anterior, Babil�nia foi uma
cidade importante no Imp�rio Aquem�nida e durante o curto reinado de Alexandre na
segunda metade do s�culo IV a.C., que l� viveu durante alguns meses e patrocinou a restaura��o de monumentos e canais. Ap�s a morte do imperador maced�nio, a cidade foi duramente afetada pelas Guerras dos Di�docos. Durante o Imp�rio Sel�ucida, perdeu o seu estatuto de capital e helenizou-se. Embora mantendo alguma import�ncia regional, foi declinando lentamente e, durante o Imp�rio Parta, em meados do s�culo III a.C., come�ou a despovoar-se. Embora os seus grandes templos continuassem ativos e ainda fosse um centro de com�rcio no in�cio do s�culo I d.C.,o local j� estava ent�o em ru�nas. O templo principal ainda funcionava no in�cio s�culo III, mas desconhece-se quando a regi�o foi completamente abandonada, o que sucedeu durante o Imp�rio Sass�nida. No in�cio do per�odo isl�mico, no s�culo VII, n�o era mais do que uma pequena aldeia no meio de extensas ru�nas.
Devido possivelmente � sua grande import�ncia e esplendor numa regi�o onde
floresceram algumas das maiores civiliza��es da Antiguidade, �s men��es na B�blia e ao seu desaparecimento relativamente precoce, Babil�nia tornou-se gradualmente um mito, ainda durante o per�odo cl�ssico, que perdurou e ganhou contornos cada vez mais imagin�rios durante a Idade M�dia. Para a propaga��o dessa lenda, pode ter contribu�do o facto de, at� ao s�culo XIX, Babil�nia s� ser conhecida atrav�s das men��es b�blicas, nas quais a cidade aparece como s�mbolo do pecado e decad�ncia, e por relatos de autores greco-romanos, os quais, ou nunca a visitaram ou s� o fizeram quando dela mais n�o restavam do que ru�nas. Apesar da sua localiza��o nunca ter sido esquecida, s� no in�cio do s�culo XX � que se realizaram as primeiras escava��es importantes, sob a dire��o do arque�logo alem�o Robert Koldewey, que desenterrou os principais monumentos. A importante documenta��o arqueol�gica e epigr�fica descoberta na cidade, completada por informa��es provenientes de outros s�tios arqueol�gicos antigos que tiveram rela��es com Babil�nia, permitiram formar uma representa��o mais precisa da urbe, para al�m dos mitos. Tal n�o obsta a que haja grandes lacunas no conhecimento que se tem daquele que � um dos s�tios arqueol�gicos mais importantes do Antigo Pr�ximo Oriente, lacunas essas que persistem devido aos trabalhos arqueol�gicos estarem parados por causa da instabilidade pol�tica no Iraque desde 1990.